生信入门DAY7-9

本篇内容引自生信技能树 DAY7-9 课前提问： 1、为什么要做数据挖掘？ 即用别人的数据用在自己的文章里面，多半是从别人的数据里筛选自己想要的基因。 step2output.Rdata") #比较复杂的探针注释参考资料 #资料1：拆分取列https://www.yuque.com/xiaojiewanglezenmofenshen/kzgwzl/sv262capcgg9o8s5

​生信星球--生信入门DAY1

R 语言与 C 语言都是贝尔实验室的研究成果，但两者有不同的侧重领域，R 语言是一种解释型的面向数学理论研究工作者的语言，而 C 语言是为计算机软件工程师设计的。

生信入门（一）

session（交互式会话），restartR将R重启（快捷键：ctrl+shift+F10），解决R90%的问题

生信星球——生信入门DAY7:测序

今天的笔记是自己记的Goodnotes，字比较丑请见谅…………关于测序的入门，零基础的非常推荐【陈巍学基因】视频1，讲的很清晰，可以对二代测序有一个最基本的了解。

生信星球——生信入门DAY4:R语言

rnorm(n,mean,sd)函数用于从具有特定均值和标准差的正态分布生成n个随机值。

生信星球——生信入门DAY5:数据结构

有几个问题，如果数据没处理完，或者a还没被赋值的时候，save a 会报错，提示找不到a；最后的plot，即是以R内置的iris数据中的两列数据作散点图，出现一个最基础的、x轴y轴一一对应的图像。

生信星球——生信入门DAY6:学习R包

（library() : library(package)将加载名为package的命名空间，并添加到包的搜索列表中。加载前对搜索列表进行检查并更新，如果package不存在则报错，如果之前已加载package，则不会重复加载。如没有参数package即library()，则列出lib.loc指定的库中的所有可用包。library(help=package)将返回package的基本信息。

生信与临床入门简介

No.1 生物信息学 生物信息学（Bioinformatics），简称生信，是一门在人类全基因组测序工程和计算机工程基础上迅速发展起来的新兴交叉学科，目前主要定位于精准医疗，适用于复杂性状的基因定位 欢迎大家入门生信与临床，今后我将会和大家经常分享一些生信和临床知识！

生信入门day7—测序入门

生信入门第1课

我就是分享一些生信基础的生信分析技能，以满足大家在科研工作中的生信需求。说实话，大家需要给你自己以定位，自己做纯生信的还是只是借助生信为大家在湿实验中提供思路，或者文章中添加一些生信内容。 如果你是做纯生信，那也是分档次和研究方向的，如果只是分析别人的数据，比如预后模型这种，属于比较低端的水平。有的做开发，比如开发一个R包或者一些其他生信分析工具，又或者是建数据库，这些属于开发类。 这里按照我个人的学习经历和总结，让刚刚入门的你，能快速学习一些基础的生信技能，学到高水平我也做不到，因为我自己也觉得自己很菜的，但有一些经验可以分享给大家。 1.首先给自己一个定位，你学生信为了干什么？ 如果你不是纯生信的，比如做一些药理，分子生物学等相关以实验为主，那么你学习生信主要还是做一个辅助，你可能注重的还是一些基础分析。 对于其他的书籍可以参考之前的文章：这才是生信入门的书籍清单。

Day2 生信入门——linux入门

图片9. mv （移动or重命名）mv file 路径是移动file到某路径下图片mv file1 file2是将file1重命名为file2图片

生信入门 第三天

This is my day 3 homework of BIC by 生信星球.Content for today is software installation in Linux OS.1.

生信入门DAY5-6

DAY5 本篇内容引自生信技能树 六、R语言作图 1、作图分三类 #作图分三类 #1.基础包 略显陈旧 了解一下 plot(iris[,1],iris[,3],col = iris[,5]) text iris, x="Sepal.Length", y="Petal.Length", color="Species") 2、ggplot2 （1）入门级绘图设置 color = change))+ scale_color_manual(values = c("darkgreen","grey","red")) library(ggplot2) #1.入门级绘图模板 5、画图扩展部分 （1）STHDA网站 （2）工作目录里有扩展学习的代码 （3）小洁老师语雀画图合集 DAY6 七、R语言的综合运用 引自生信技能树 1、玩转字符串 引自生信技能树 rm(list = ### 3.按位置提取字符串 str_sub(x,5,9) ### 4.字符检测 str_detect(x2,"h")#这串逻辑值的特点是：长度与向量x2一一对应，且长度相等。

生信分析Python实战练习 9 | 视频27

生信专用简明 Python 文字和视频教程 源码在：https://github.com/Tong-Chen/Bioinfo_course_python Reference 一些练习题 给定FASTA

生信入门 第六天

An R package is a set of R functions. Using dplyr as an example to learn R packages.

生信入门 第四天

This is my day 4 homework of BIC by 生信星球.The content for today is the introduction of R and R studio.1 R3.1 Managing working directoryRead a previous paper for this point.https://mp.weixin.qq.com/s/G-LXN9P2HVLv9v0cvyFJMAsetwd

生信入门环境搭建

ggplot2)library(ggpubr)library(hgu133plus2.db)library(limma)library(org.Hs.eg.db)library(pheatmap)以上均来自生信技能树生信技能树专辑

生信入门Day3-4

引自生信技能树引自生信技能树DAY3三、数据结构——数据框1、数据框的来源（1）用代码新建（2）由已有数据转换或处理得到（3）读取表格文件（4）R语言内置数据注意：向量是一维的，且只存储一种数据类型；matrix 三、数据结构——矩阵和列表1、矩阵m <- matrix(1:9, nrow = 3)colnames(m) <- c("a","b","c") #加列名mm[2,]m[,1]m[2,3]m[2:3,1 2、列表#列表x <- list(m1 = matrix(1:9, nrow = 3), m2 = matrix(2:9, nrow = 2))x#列表里两个元素的名称，分别是m1和m2 nrow = 3), m2 = matrix(2:9, nrow = 2))x# 判断数据结构：class(x[1])#数据结构是列表class(x[[1]])#数据结构是矩阵# 思考 sdlibrary(limma)browseVignettes("limma") #不是每个包都有ls("package:limma")5、R包的安装和使用逻辑引自生信技能书引自生信技能树练习题4-1#

生信入门DAY2—分野

生信星球——生信入门DAY3：Linux环境下安装软件

今天这部分比较痛苦……因为我用的是自己的MacBook的terminal，第一个指令