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生信星球——生信入门DAY4:R语言
rnorm(n,mean,sd)函数用于从具有特定均值和标准差的正态分布生成n个随机值。
39910编辑于 2024-01-21生信入门Day3-4
引自生信技能树引自生信技能树DAY3三、数据结构——数据框1、数据框的来源（1）用代码新建（2）由已有数据转换或处理得到（3）读取表格文件（4）R语言内置数据注意：向量是一维的，且只存储一种数据类型；matrix DAY4练习题2-4# 练习2-4# 说明：运行load("gands.Rdata"),即可得到和使用我准备的向量g和s，# 如有报错，说明你的代码写错或project没有正确打开load("gands.Rdata (-2)]四、函数与R包1、函数与参数引自生信技能树#↑如果此处↑↑↑↑出现黄色提示条，你就阅读理解一下，然后随便选择↑jimmy <- function(a,b,m = 2){ (a+b)^m}jimmy #<-之间要有空格或打个括号，不然会被当成赋值符号2、R包介绍3、R包镜像引自生信技能书使用镜像，加快R包的下载，不用从大洋彼岸去下载4、R包的安装与来源（1）CRAN网站（2）Bioconductor sdlibrary(limma)browseVignettes("limma") #不是每个包都有ls("package:limma")5、R包的安装和使用逻辑引自生信技能书引自生信技能树练习题4-1#
49210编辑于 2025-05-15- 来自专栏Jely’s生信笔记
Jelys Note之生信入门class4
class 4#本文引用自生信技能树一、课前导言【R语言的版本99%的情况下没有问题，最后才应考虑是他的问题】【R语言报错让你选择时，先选否定的答案，如果还不行，就该yes就yes；而linux报错时有选择则应该优先选 x = c(2,5,6,2,9);plot(x)：横坐标是坐标、纵坐标是xx = seq(2,80,4);plot(x)：数据大了，看起来会有趋势x = rnorm(10);plot(x)：随机数x = jimmy(1/2/3/4/5)相应的画出五张点状图4.R包【找到R包的使用规则】（1）是什么？ 下载的方法· 方法1【代码在脚本里】· 方法2【每次使用都要运行，一次性的】options("repos"=c(CRAN=""))options(BioC_mirror="xxxx")（4）R包的安装和使用的逻辑函数存在于
42820编辑于 2023-05-17 - 来自专栏生信入门笔记
Day4 生信入门——R语言基础
显示文件列表 dir 3.加减乘除 1+2 回车 4.赋值 赋值符号用<-，这是小于号加上减号，也可以按Alt加上减号 x<- 1+2 意思是把1+2的运算结果赋值给x， 赋值后，x会显示在右上角的框 5.删除变量 a<-3 b <- 1 c <- 4 u <- 5+6 rm(b) rm(u,c) rm(list = ls())#清空所有变量 TIP: 7.列出历史命令 history()直接点右上角的
476100编辑于 2023-10-05 生信星球--生信入门DAY1
R 语言与 C 语言都是贝尔实验室的研究成果，但两者有不同的侧重领域，R 语言是一种解释型的面向数学理论研究工作者的语言，而 C 语言是为计算机软件工程师设计的。
36410编辑于 2024-01-17- 来自专栏生信基础
生信入门（一）
session（交互式会话），restartR将R重启（快捷键：ctrl+shift+F10），解决R90%的问题
44820编辑于 2023-03-21 生信技能树 Day4 R语言入门
plot(iris[,1],col = iris[,5])plot(iris[,2],col = iris[,5])plot(iris[,3],col = iris[,5])plot(iris[,4], 当一个代码需要复制粘贴三次，就应该写成函数或使用循环jimmy <- function(i){ plot(iris[,i],col=iris[,5])}jimmy(1)jimmy(2)jimmy(3)jimmy(4)
29900编辑于 2024-04-12- 来自专栏生信入门课
生信入门课DAY4--向逸一
语言基本操作①用Rproject管理工作目录（https://mp.weixin.qq.com/s/G-LXN9P2HVLv9v0cvyFJMA）②显示文件列表dir()③删除变量a<-3b <- 1c <- 4u
39240编辑于 2023-02-10 - 来自专栏生信技能树
2022年4月_生信入门班_微信群答疑笔记
下面是2022年4月_生信入门班_微信群答疑笔记 上一期答疑笔记是：2022年3月_生信入门班_微信群答疑笔记 请问老师有没有相关的书籍推荐呢，跟课程相关的书籍。 还有一句dev.off你没运行 小洁老师，我看生信技能树公众号您写的一篇文章，讲的是怎么处理GPR格式的原始数据（链接：https://mp.weixin.qq.com/s/AnXKIQrMGnnG5Td62v961w 老师，我在R4的环境中安装R包之后library，发现有个error，该怎么处理呢 缺啥补啥就好，如果用conda安装的话，conda install r-rvcheck；可以通过搜索关键字找到安装的命令和在 包可以--help成功，但是当我切换环境回来之后发现还是报错了，包括安装install libstdcxx-ng=9.1.0也没用 看看error.pdf 有类似的报错，你还缺了一步 我网页安装的R4环境 你要先把 R4.yaml 文件保存到当前文件夹下 老师为啥我的geneid还有小数点 因为gtf文件中的geneid有小数点 老师，请问featurecounts的比对率低于多少属于结果不太好呢？
1.8K10编辑于 2022-07-26 生信星球——生信入门DAY7:测序
今天的笔记是自己记的Goodnotes，字比较丑请见谅…………关于测序的入门，零基础的非常推荐【陈巍学基因】视频1，讲的很清晰，可以对二代测序有一个最基本的了解。 fastqc`chmod 用3个数字来表达对 用户（文件或目录的所有者），用户组（同组用户），其他用户 的权限： 如：chmod 755 fastqc 数字7是表达同时具有读，写，执行权限：(7 = 4 + 2+ 1) 读取--用数字4表示； 写入--用数字2表示； 执行--用数字1表示; 三者皆否：0将FastQC文件夹导入环境变量echo 'export PATH=/YOUR/FASTQC PATH
21210编辑于 2024-01-24- 来自专栏我的生信入门
生信入门day4分野—认识R
Tools—Global Options—Appearance—Editor font size
37420编辑于 2023-09-21 - 来自专栏用户10800790的专栏
生信星球 Day 4 —— 橙子🍊
源自生信星球，由于有R基础，内容1、2、3跳过了基础代码1、显示文件列表（右下角窗口file直接有显示，在R中其实不那么重要）dir()list.files()图片2、显示历史命令（右上角history count(p,manufacturer) #显示出现次数2、入门级ggplot2模板（大写部分可替换）ggplot(data = MPG)+ geom_POINT(mapping = aes(x
32630编辑于 2023-10-24 生信星球——生信入门DAY5:数据结构
向量与标量相鉴别，标量只由一个元素组成，向量由多个元素组成，在R语言中，可以使用<-进行赋值，例如x<-seq(1,10,by=0.5)表示1-10之间每0.5取一个数从向量中提取元素x[4] #x第4 个元素x[-4]#排除法，除了第4个元素之外剩余的元素x[2:4]#第2到4个元素x[-(2:4)]#除了第2-4个元素x[c(1,5)] #第1个和第5个元素x[x==10]#等于10的元素x[x<0
23500编辑于 2024-01-21生信星球——生信入门DAY6:学习R包
（library() : library(package)将加载名为package的命名空间，并添加到包的搜索列表中。加载前对搜索列表进行检查并更新，如果package不存在则报错，如果之前已加载package，则不会重复加载。如没有参数package即library()，则列出lib.loc指定的库中的所有可用包。library(help=package)将返回package的基本信息。
54610编辑于 2024-01-23- 来自专栏生物信息与临床医学专栏
生信与临床入门简介
No.1 生物信息学 生物信息学（Bioinformatics），简称生信，是一门在人类全基因组测序工程和计算机工程基础上迅速发展起来的新兴交叉学科，目前主要定位于精准医疗，适用于复杂性状的基因定位 欢迎大家入门生信与临床，今后我将会和大家经常分享一些生信和临床知识！
2.1K20发布于 2020-08-06 第4天生信学习笔记-微信公众号生信星球
今天的学习内容： 1.安装R（基础）和Rstudio（人性化一些的界面） 2.粗略了解R语言是什么，干什么的，认识Rstudio的工作界面 3.学会外观设置和基本操作 4.完成第一个R做的图 如果已经安装或者基础较好 3.加减乘除 1+2 回车 4.赋值 赋值符号用<-，这是小于号加上减号，也可以按Alt加上减号 x<- 1+2 意思是把1+2的运算结果赋值给x， 赋值后，x会显示在右上角的框，Environment 5.删除变量 a<-3 b <- 1 c <- 4 u <- 5+6 rm(b) rm(u,c) rm(list = ls())#清空所有变量 代码可以复制，更推荐的方式是用键盘上q前面的那个tab
57310编辑于 2024-02-25- 来自专栏我的生信入门
生信入门day7—测序入门
测序过程加入4种红黄蓝绿不同荧光标记的dNTP进行互补配对，通过荧光判断碱基是哪一种二次测序读取Index（最开始文库里人工加的DNA接头），可以确认DNA片段来自哪个样本
37010编辑于 2023-10-16 - 来自专栏生信入门笔记
Day2 生信入门——linux入门
地址图片常用的linux指令1. pwd （print working directory 显示当前路径）2. mkdir (make directory 创建空目录)3. ls（显示列表 文件or目录都可）4.
40640编辑于 2023-10-04 - 来自专栏生物信息云
生信入门第1课
我就是分享一些生信基础的生信分析技能，以满足大家在科研工作中的生信需求。说实话，大家需要给你自己以定位，自己做纯生信的还是只是借助生信为大家在湿实验中提供思路，或者文章中添加一些生信内容。 这里按照我个人的学习经历和总结，让刚刚入门的你，能快速学习一些基础的生信技能，学到高水平我也做不到，因为我自己也觉得自己很菜的，但有一些经验可以分享给大家。 1.首先给自己一个定位，你学生信为了干什么？ 如果你不是纯生信的，比如做一些药理，分子生物学等相关以实验为主，那么你学习生信主要还是做一个辅助，你可能注重的还是一些基础分析。 4.还需要学什么编程语言？ 前面说了，无论做什么，R必须学习，那么Python，Linux呢？ 对于其他的书籍可以参考之前的文章：这才是生信入门的书籍清单。
1.1K31编辑于 2022-06-13 - 来自专栏笔记生信
生信提升day4-婷
以iris内置数据集画箱线图，以length为纵坐标，species为横坐标2：字体设置学到新的知识跳转以后可自行修改，蛙去~牛啊生信星球公众号
22940编辑于 2023-11-16
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