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肝移植IRI相关的细胞及分子机制（一）
移植过程中参与缺血再灌注损伤的细胞和分子机制及其庞大，包括肝窦内皮细胞、肝细胞、Kupffer细胞、中性粒细胞和血小板，其参与复杂的分子通路网络，比如toll样受体的活化、调节microRNA的表达、ROS 因此，了解肝IRI的临床危险因素与调控其的细胞和分子机制的关系，对于肝移植术后更高水平的成功至关重要。这反过来也将有助于治疗的发现肝移植中的IRI -这一过程将改善终末期肝病患者的预后。 肝细胞损伤时，脂质过氧化、ROS和损伤相关分子模式(DAMPS)的释放增强了中性粒细胞和巨噬细胞的破坏活性。 在IRI被启动后，其他分子途径对其进行调节。自噬可以限制ROS的产生。 因此，了解的机制肝移植中的IRI是设计有效治疗方法的关键。有效的治疗方法将改善肝移植术后患者的预后，并为肝病患者提供更好的生存机会。 ? 最后，粘附分子如ICAM‐1沿血管内皮细胞表达增加，以应对脑死亡，这导致免疫细胞浸润到组织中，并伴有末端器官损伤。 肝IRI的细胞机制 1.肝窦内皮细胞 肝窦内皮细胞(LSEC)排列于肝脏的血管内皮。
1.2K30发布于 2020-09-14 - 来自专栏生信菜鸟团
综述 | 焦亡：分子机制及其在疾病中的作用
326篇原创内容 公众号 Basic Information 英文标题：Pyroptosis: molecular mechanisms and roles in disease 中文标题：焦亡：分子机制及其在疾病中的作用 这些分子可以作为与危险相关的分子模式（DAMPs），当被邻近细胞检测到时会引发炎症。 从机制上讲，焦亡是由gasdermin蛋白家族成员启动的，这些成员在十年前被鉴定为细胞死亡的孔形成执行者。 在此，我总结了在细胞水平上诱导焦亡的机制及其在疾病中的作用，特别关注最近对调节gasdermin激活和细胞死亡诱导的分子机制的见解。 Para_02 今天，气孔素自动抑制和孔形成机制在分子水平上已经得到了很好的表征，并且已发表了由GSDMA3、GSDMD和GSDMB形成的孔的高分辨率冷冻电镜结构。 Perspectives Para_01 自从发现细胞焦亡以来，在理解诱导这种细胞死亡的分子机制及其在健康和疾病中的作用方面取得了显著进展。
72700编辑于 2025-06-20 - 来自专栏R基础
分子对接—蛋白分子和小分子配体
分子对接—蛋白分子和小分子配体记录下蛋白分子和小分子配体之间的分子对接，以HSP90AA1蛋白和川陈皮素为例1 蛋白结构下载Uniprot数据库中检索HSP90AA1蛋白（物种：人类）。 挑选最佳构象AF-P07900-F1（AlphaFold预测），下载其PDB格式文件；pubchem数据库中搜索川陈皮素（Nobiletin），获得其小分子结构的sdf格式文件。 pymol对 HSP90AA1蛋白结构进行删除水分子、删除无关配体或小分子等操作，重新输出文件为rep.pdbqt(一般下载的是AlphaFold预测的结构的话，不需要这个步骤，这里也做下)；使用pymol 记得保存口袋盒子的坐标，输出为grid.gpf格式sup/rep.pdbsup/lig.mol2sup/rep.pdbqtsup/lig.pdbqtsup/grid.gpf3 分子对接使用AutoDock Vina对上述文件进行分子对接。
2.2K11编辑于 2024-11-30 HD文章分享--肝细胞癌早期恶变的分子机制研究
为识别癌前病变恶性转化的关键分子事件，研究者从19名乙肝病毒感染者处获取了19个无原位癌病变、癌变潜能未定的不典型增生结节（简称“癌未定DN”）及其配对非癌组织作为对照，与癌 prone DN（即与极早期肝细胞癌具演化关系的 免疫激活特征：与非炎症型相比，炎症型veHCC高表达趋化因子（如CXCL12、CCL2、CCL5）、HLA II类分子及免疫细胞标志物（CD3D、CD4、CD8A），且通过多重染色证实CD4+和CD8+ 在激活炎症信号的同时，通过CD4+ T细胞与CD8+ T细胞的协同聚集、癌症相关成纤维细胞与TGF-β介导的抑制、以及肿瘤相关巨噬细胞的浸润，从空间上建立了多重免疫抑制网络，为理解极早期肝癌的免疫逃逸机制提供了空间维度的直接证据 ，伴随PD1+CD8+ T细胞、FOXP3+CD4+ Treg细胞和PDL1+细胞浸润增加总结：本研究提出了早期肝癌发生的两种演化路径——一种以拷贝数变异积累为主导驱动恶性转化，另一种则依赖于免疫逃逸机制的建立
8220编辑于 2026-03-31- 来自专栏Y大宽
类鼻疽伯克霍尔德菌致病机制的分子与细胞基础
该基因簇编码的分泌体，功能类似于分子注射器，该系统的亚单位与真核细胞的细胞膜互作，把三型分泌系统的效应分子转移至靶细胞的胞质，然后破坏宿主细胞的细胞周期。 虽然人和动物的补体能够在菌体表面形成膜攻击复合物，并且完成外膜打孔，但整体而言该菌有着很强的抗补体杀灭机制。近期的研究表明，Ⅱ型O抗原是抗补体杀灭作用的分子基础。 类鼻疽与特异性人白细胞抗原(HLA)二类分子存在关联。HLA二类分子DRBI1602与急性败血型类鼻疽呈正相关，而DQA1*03与其呈负相关。 基因组信息和芯片分子技术工具的采用，该病原菌的分子和细胞致病机制的探索也初见成效。然而从Whitemore发现鼻疽伯克霍尔德菌至今，其感染发病的每一个过程仍有许多问题尚未探明。 未来的研究应着重从以下几个方面进行:(1)进一步明确鼻疽伯克霍尔德菌对上皮细胞和巨噬细胞的吸附、入侵和细胞内存活机制;(2)进而了解细菌传播的机制;(3)探索细菌如何与免疫系统互作导致疾病暴发的机制，这是开发多功能疫苗的基础
1.7K40发布于 2019-06-11 TNF-α介导的炎症响应转录记忆现象及其分子机制研究
一、研究背景与科学问题转录记忆是指部分基因在接受信号分子的初次刺激后，对二次刺激产生更快、更强响应的现象。这一机制在生物体适应环境变化、调控基因表达中具有重要意义。 然而，TNF-α是否能够介导转录记忆、其形成机制以及决定哪些基因具有记忆潜能的分子基础，此前尚未阐明。 三、转录记忆形成的分子机制（一）NF-κB结合区域的DNA去甲基化机制研究发现，在转录记忆建立过程中，NF-κB结合位点附近发生显著的DNA去甲基化改变。 这一特征决定了这些调控元件具备"可记忆"的分子基础。四、转录记忆的功能意义（一）响应灵敏度的显著提升研究观察到，具有转录记忆效应的基因（如CALCB）在接受二次刺激时，其响应灵敏度大幅提升。 这一发现将炎症信号调控从即时响应拓展至长期记忆层面，深化了对炎症反应动态调控机制的理解。（二）为慢性炎症治疗提供新视角转录记忆导致的信号响应灵敏度提升，可能成为慢性炎症维持的重要机制之一。
5300编辑于 2026-02-25- 来自专栏单细胞天地
小鼠毛发生长和休止期时皮肤中的分子学机制
当你的才华还撑不起你的野心时，请潜下心来，脚踏实地，跟着我们慢慢进步。不知不觉在单细胞转录组领域做知识分析也快两年了，通过文献速递这个栏目很幸运聚集了一些小伙伴携手共进，一起成长。
2.7K30发布于 2020-03-27 - 来自专栏生命科学
MCE | 小分子降解剂——分子胶
小分子抑制剂是靶向治疗的主要类型之一，但也有它的局限性，如无法完全阻断蛋白功能，会引起的脱靶效应和副作用等。然而近年来，小分子降解剂颠覆了先前认为 “不可治疗” 靶点的观点。 什么是分子胶？ 小分子降解剂通过介导泛素化连接酶与靶蛋白的识别，对靶蛋白进行降解。 理论来说，PROTAC 分子既可以作为 PROTAC 降解剂来结合和降解靶蛋白，也可以充当 “分子胶” 降解新底物。 因此，在 PROTAC 降解剂的设计中需要考虑这两种机制。 特异性降解 “核蛋白” 的分子胶 接着，我们来讲讲另外一种新型“分子胶”。
84830编辑于 2023-03-10 - 来自专栏百味科研芝士
如何深入挖掘单基因分子机制发4分+纯生信文章？
文章重点研究ESR1基因在ERα阳性乳腺癌中的分子机制，着重使用了网络分析来构建分子调控机制！ 01 研究流程图 ? 02 结果 1.筛选Luminal a型乳腺癌 and Luminal B型乳腺癌的DE-miRNAs和DE-mRNAs 为了研究ERα阳性乳腺癌中ESR1介导的miRNA分子调控机制，本文选取了GSE38280 此外，在乳腺癌分子亚型分类中另外三个关键分子（PGR、ERBB2和MKI67）的表达值分别如图1D-F所示。 基于miRNAs对下游靶基因的负调控机制，27个hub基因的上游miRNA在luminal B型乳腺癌中应表达下调。 因此，本文重点研究了ESR1基因在ERα阳性乳腺癌中的分子调节机制，所用到的方法主要是网络分析（STRING+Cytoscape）。想研究单基因在某种癌症中作用机制的朋友可以借鉴一下这篇文章！
1.5K20发布于 2020-07-20 IL-6信号通路：分子机制、生物学功能与疾病关联
3.下游信号分子：主要包括Janus激酶家族（JAKs）和信号转导与转录激活因子家族（尤其是STAT3），同时也能旁路激活Ras-MAPK、PI3K-Akt等通路。 二、IL-6信号转导的两种主要模式IL-6的信号传递主要通过两种机制，扩大了其作用的细胞范围与功能复杂性。 这一机制使得IL-6能作用于更多原本不表达IL-6R的细胞类型，在炎症放大和组织损伤中尤为关键。无论何种模式，最终均导致JAK激酶的激活，进而磷酸化并激活STAT3。 五、IL-6蛋白作为研究与干预靶点的价值鉴于IL-6通路在生理和病理中的核心地位，IL-6蛋白本身不仅是关键的效应分子，也成为重要的研究工具和药物开发靶点。 2.药物作用机制研究与筛选：作为标准配体，用于评估和筛选靶向IL-6、IL-6R或下游信号分子（如JAK激酶抑制剂）的治疗性抗体的中和活性或小分子抑制剂的阻断效力。
28510编辑于 2026-02-06分子动力学--不同拮抗剂与5-HT1AR结合机制的研究：一项分子对接与分子动力学模拟分析
今天继续分子动力学知识积累明确配体与靶蛋白的精确结合机制，是基于结构的药物设计实现先导化合物理性优化及新药发现的核心环节。 分子对接与分子动力学模拟可在原子层面预测结合亲和力，解析配体-蛋白相互作用模式。 研究采用常规分子对接与分子动力学模拟方法，系统解析上述六种代表性拮抗剂与5-HT₁AR的结合机制：首先通过分子对接探索六种拮抗剂的潜在结合构象，并对其药效团进行精细解析；继而开展多轮分子动力学模拟，监测不同拮抗剂结合状态下 5-HT₁AR的构象动力学变化，揭示六种拮抗剂的差异化结合机制。 结果4、六种拮抗剂通过多重结合模式与5-HT₁AR结合研究通过深入分析氢键、阳离子-π/阴离子-π及π-π堆叠相互作用，揭示了六种拮抗剂与5-HT₁AR结合的差异化分子机制。1.
44120编辑于 2025-10-08- 来自专栏分子生物和分子模拟计算
分子对接
细胞色素P450(Cytochrome,CYP450)是一类以还原态与CO结合后在450nm处具有最高吸收峰的含血红素的单链蛋白质。 有业务需求的，请联系微信号wbf3ng或者发邮件到wbf3ng@g
1.3K20发布于 2018-07-03 - 来自专栏DrugAI
. | GraphVelo：精准揭示单细胞多模态动态与分子机制
细胞必须持续感知并适应内外环境的变化，而转录调控是其中关键机制。单细胞测序揭示了细胞状态的基因型景观，但缺乏时间动态信息。 其优势体现在： 在模拟与真实数据中均显著提高速度推断的准确性； 能够外推至全基因组，揭示关键调控因子的因果关系； 在病毒感染、多组学和空间数据中展现广泛适用性； 支持定量的调控机制解析和虚拟扰动预测。 未来的改进可进一步提升对复杂染色体事件及更高维模态数据的解析能力，从而推动对细胞状态转变机制的系统理解。
14020编辑于 2026-01-06 - 来自专栏DrugOne
MIMOSA: 用于分子优化的多约束分子采样
为此，本文提出多约束分子采样框架—MIMOSA，使用输入分子作为初始采样框架，并从目标分布中采样分子。 分子优化生成模型 将输入的分子投影到潜在空间，然后在潜在空间中搜索新的和更好的分子。 2 方法 2.1 基于采样的分子优化 与一般的分子生成略有不同，分子优化以一个分子X为输入，目的是获得一个新的分子Y，它与X相似且具有比X更理想的药物特性。 图1 (I)用于子结构类型和分子拓扑预测的预训练GNN 为了准确地表示分子，在大分子数据集上预先训练分子嵌入。 这使得MIMOSA能够以无监督的方式利用海量分子数据，而不需要像许多现有方法那样了解任何分子对（即输入分子和增强分子）。 3）保证无偏采样。
1.4K40发布于 2021-02-02 - 来自专栏全栈程序员必看
autodock分子对接结果分析_分子对接公司
AutoDock分子对接 一、预处理：准备受体分子 首先，用Select->Select From String工具，选择所有的水分子，再用Edit->Delete Selected Atoms去除所有的水分子 二、预处理：准备配体分子 使用Ligand下拉菜单中的Torsion Tree一系列工具，设置配体分子的可扭转键，保存配体分子。 结合能大小比较：原配的小分子<相似体系的小分子<无关的小分子 接下来，对上述配体结合能进行聚类，依旧可以明显发现上述的结果。 图一是原配的小分子，图二是相似体系的配体小分子，图三图四是完全无关的小分子。原配的小分子结合能是最小的，然后是相似体系的小分子结合能，结合能最大的是无关的小分子体系。 图表 6 无关小分子6HH对接比较 图表 7 无关小分子FGZ对接比较 优化与改进 当然，上面的分子对接也有一些可以改进的地方，就比如图二和三，按理来说毫无关系的小分子结合能应该比相似体系结合能大很多
3.8K22编辑于 2022-10-01 - 来自专栏DrugOne
IEEE TNNLS | 利用分子几何特征进行分子生成
3D表征学习问题，利用分子的几何特征进行分子生成。 以往关于分子生成的工作主要是基于1D SMILES字符串和2D分子图来表示分子，然后通过使用各种框架来学习采样的潜在空间。 1D SMILES不能捕捉长距离依赖，由于忽略分子结构特征，无法学习平滑的分子嵌入；2D 分子图更容易更直观地表达分子，但对于类似的分子图，它们往往具有非常不同的 3D 结构和分子性质。 分别从分子重构与有效性、分子3D结构相似性、分子化学性质评价等方面进行评估。表一发现该模型与基于VAE，Flow，AR的模型相比具有性能上的优势。 表1. 具有前五 QED 分数的生成的新颖分子 4 结论 在这项工作中，设计了一个名为GEOM-CVAE的基于分子几何特征的VAE模型用于分子生成。
77940编辑于 2022-03-25 - 来自专栏全栈程序员必看
python分子化学模拟_#分子模拟#MDTraj分子模拟python包（一）
MDTraj是分子动力学模拟的一个python包，相对于MDAnalysis个人觉得操作性更强，更加Python范一些。其能够进行不同模拟软件的轨迹转换，常规计算，分析等等一体化。
1.9K40编辑于 2022-08-25 白细胞介素-6信号通路的分子机制与生物学功能
二、IL-6信号通路的分子组成IL-6分子：IL-6是一种分子量约26kDa的糖蛋白，可由淋巴细胞、单核巨噬细胞、成纤维细胞及内皮细胞等多种细胞分泌。其表达受细菌内毒素、病毒及其他炎症因子的精密调控。 下游信号分子：JAK家族激酶（JAK1、JAK2、TYK2）与gp130胞内区结构性结合；受体复合物聚合诱导JAK磷酸化激活，进而催化gp130胞内酪氨酸残基磷酸化。 STAT3是IL-6信号通路最主要的效应分子，其SH2结构域结合于磷酸化gp130后被JAK磷酸化，形成二聚体转位至细胞核，调控急性期蛋白、细胞因子及抗凋亡基因转录。 三、信号转导模式与调控机制经典信号传导：依赖靶细胞膜表面同时表达IL-6R与gp130，主要发生于肝细胞及部分免疫细胞，是IL-6诱导急性期蛋白合成及B细胞终末分化的主要机制。 IL-6信号亦与胰岛素抵抗、肥胖相关代谢炎症存在机制联系。
14110编辑于 2026-02-24- 来自专栏ypw
分子量
给出一种物质的分子式（不带括号），求分子量。 本题中的分子式只包含4种原子，分别为C, H, O, N，原子量分别为12.01, 1.008, 16.00, 14.01（单位：g/mol），输入t个分子式，输出分子量，保留三位小数。
48220编辑于 2022-05-05 白细胞介素-10信号通路的分子机制与免疫调节功能
基于对IL-10信号通路的系统解析，人IL-10试剂盒（HICA）已成为免疫调节机制研究及炎症相关疾病评估的重要检测工具。 STAT3是IL-10信号通路最主要的效应分子，其通过SH2结构域结合于磷酸化受体位点，继而被JAK磷酸化。 磷酸化STAT3形成同源二聚体，通过核孔复合物主动转运进入细胞核，与靶基因调控区GAS基序结合，启动SOCS3、抗炎介质及组织修复相关分子的转录。 信号负向调控：IL-10信号通路受多层次负反馈机制精密控制。 四、IL-10信号通路与疾病关联自身免疫与炎症性疾病：IL-10信号功能缺陷是多种自身免疫病的重要发病机制。
14810编辑于 2026-02-24
腾讯云开发者
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