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两蛋白间的分子对接—2
两蛋白间的分子对接—21 与Chatgpt之间的对话需要进行的是SFN和HDAC6两蛋白分子的对接，思路是Uniprot数据库中检索SFN与HDAC6蛋白质，挑选分别率最佳的构象。 使用HDOCK进行分子对接，挑选最佳对接结果导入PYMOL进行可视化。 这是我上一篇分子对接帖子的实现思路，但是是有问题的，在 选择构象的时候，未关注到结构的完整性，在分子对接前需要对分子进行处理，如去除多余配体，水分子等，再进行分子对接 。 以下记录和chatgpt的对话：2 优化后的分析流程具体看最后一条与chatgpt之间的对话现在的分析流程是下载AF-Q9UBN7-F1、AF-P31947-F1的PDB文件，不需要去除水分子和多余配体 使用HDOCK进行分子对接，HDAC6结构为受体，SFN为配体。
57111编辑于 2024-11-19 - 来自专栏生信菜鸟团
肝移植IRI相关的细胞及分子机制（一）
移植过程中参与缺血再灌注损伤的细胞和分子机制及其庞大，包括肝窦内皮细胞、肝细胞、Kupffer细胞、中性粒细胞和血小板，其参与复杂的分子通路网络，比如toll样受体的活化、调节microRNA的表达、ROS 因此，了解肝IRI的临床危险因素与调控其的细胞和分子机制的关系，对于肝移植术后更高水平的成功至关重要。这反过来也将有助于治疗的发现肝移植中的IRI -这一过程将改善终末期肝病患者的预后。 2.供体挑战 供体相关的危险因素影响了肝移植中IRI的严重程度。肝脂肪变性、供者年龄变大、缺血时间延长和器官恢复的性质是增加肝IRI的危险因素。严重的IRI是这些非功能类型移植肝的主要增加的原因。 最后，粘附分子如ICAM‐1沿血管内皮细胞表达增加，以应对脑死亡，这导致免疫细胞浸润到组织中，并伴有末端器官损伤。 肝IRI的细胞机制 1.肝窦内皮细胞 肝窦内皮细胞(LSEC)排列于肝脏的血管内皮。 2.Kupffer细胞 库普弗细胞(KC)是肝内的巨噬细胞，来源于胎儿肝脏的erythro‐myeloid祖细胞。在正常肝功能期间，因为肝脏暴露于大量循环抗原，KC是抗原反应的中心。
1.2K30发布于 2020-09-14 - 来自专栏R基础
分子对接—蛋白分子和小分子配体
分子对接—蛋白分子和小分子配体记录下蛋白分子和小分子配体之间的分子对接，以HSP90AA1蛋白和川陈皮素为例1 蛋白结构下载Uniprot数据库中检索HSP90AA1蛋白（物种：人类）。 #HSP90AA1蛋白结构sup/AF-P07900-F1-model_v4.pdb#川陈皮素结构sup/Structure2D_COMPOUND_CID_72344.sdf2 分子对接前准备使用pymol as 为mol2格式,文件名lig.mol2。 将前两步获得的rep.pdb，lig.mol2文件复制到AutoDock的工作目录中pymol中，导入rep.pdb文件，进行加氢操作。 记得保存口袋盒子的坐标，输出为grid.gpf格式sup/rep.pdbsup/lig.mol2sup/rep.pdbqtsup/lig.pdbqtsup/grid.gpf3 分子对接使用AutoDock
2.3K11编辑于 2024-11-30 - 来自专栏生信菜鸟团
综述 | 焦亡：分子机制及其在疾病中的作用
这些分子可以作为与危险相关的分子模式（DAMPs），当被邻近细胞检测到时会引发炎症。 从机制上讲，焦亡是由gasdermin蛋白家族成员启动的，这些成员在十年前被鉴定为细胞死亡的孔形成执行者。 在此，我总结了在细胞水平上诱导焦亡的机制及其在疾病中的作用，特别关注最近对调节gasdermin激活和细胞死亡诱导的分子机制的见解。 ‘经典’炎症小体通过Pyrin、AIM2、CARD8以及NOD样受体（NLR）家族的多个成员蛋白激活caspase-1，这些蛋白直接或间接检测病原体衍生信号（病原体相关分子模式，PAMPs）或内源性危险信号 Para_02 今天，气孔素自动抑制和孔形成机制在分子水平上已经得到了很好的表征，并且已发表了由GSDMA3、GSDMD和GSDMB形成的孔的高分辨率冷冻电镜结构。 Perspectives Para_01 自从发现细胞焦亡以来，在理解诱导这种细胞死亡的分子机制及其在健康和疾病中的作用方面取得了显著进展。
75300编辑于 2025-06-20 - 来自专栏生物信息云
分子对接教程 | (2) 选择合适的蛋白受体
接前文：分子对接教程 | (1) 软件安装准备 关于蛋白质结构的PDB文件，做分子对接，估计大家都知道PDB这个蛋白质数据库啦。这里简单的介绍一下。 但是核磁共振法只能用于质量小于 70 千道尔顿的分子，大约对应 200 个氨基酸的长度。 这里的0.9Å，Å是光波长度和分子直径的常用计量单位，值越小，分辨率越高，结构越准确。页面往下拉，可以看见这个值越来越大，我们优先选择值小的。 总之，需要先了解这些所解析的晶体结构是否已经包含了拟对接分子的潜在结合位点，已知的配体和我们要对接的分子结构相似度。 比专业级的PyMOL（https://pymol.org/2/）。这个软件已经被世界上著名的生物医药软件公司“薛定谔公司（Schrödinger）”收购。
7.1K64发布于 2021-02-26 HD文章分享--肝细胞癌早期恶变的分子机制研究
为识别癌前病变恶性转化的关键分子事件，研究者从19名乙肝病毒感染者处获取了19个无原位癌病变、癌变潜能未定的不典型增生结节（简称“癌未定DN”）及其配对非癌组织作为对照，与癌 prone DN（即与极早期肝细胞癌具演化关系的 该区域包含ARID1A和NR0B2两个肿瘤抑制基因，且在veHCC中表达下调。 免疫激活特征：与非炎症型相比，炎症型veHCC高表达趋化因子（如CXCL12、CCL2、CCL5）、HLA II类分子及免疫细胞标志物（CD3D、CD4、CD8A），且通过多重染色证实CD4+和CD8+ 在激活炎症信号的同时，通过CD4+ T细胞与CD8+ T细胞的协同聚集、癌症相关成纤维细胞与TGF-β介导的抑制、以及肿瘤相关巨噬细胞的浸润，从空间上建立了多重免疫抑制网络，为理解极早期肝癌的免疫逃逸机制提供了空间维度的直接证据 ，伴随PD1+CD8+ T细胞、FOXP3+CD4+ Treg细胞和PDL1+细胞浸润增加总结：本研究提出了早期肝癌发生的两种演化路径——一种以拷贝数变异积累为主导驱动恶性转化，另一种则依赖于免疫逃逸机制的建立
9020编辑于 2026-03-31- 来自专栏程序猿杂货铺
【MySQL（2）| MySQL索引机制】
(1)由于是m分叉的，高度能够大大降低； (2)每个节点可以存储j个记录，如果将节点大小设置为页大小，例如4K，能够充分的利用预读的特性，极大减少磁盘IO； 注意：高度降低的原因在于： 在利用了局部性原理前提下 ，我们把一个节点的大小设为一页，一页4K，假设一个KEY有8byte，一个节点可以存储500个KEY，即j=500 m叉树，大概m/2<= j <=m，即可以差不多是1000叉树 一层树：1个节点，1*
1.2K20发布于 2019-09-03 - 来自专栏Y大宽
类鼻疽伯克霍尔德菌致病机制的分子与细胞基础
虽然人和动物的补体能够在菌体表面形成膜攻击复合物，并且完成外膜打孔，但整体而言该菌有着很强的抗补体杀灭机制。近期的研究表明，Ⅱ型O抗原是抗补体杀灭作用的分子基础。 2 宿主的免疫机制 类鼻疽伯克霍尔德菌感染后机体能够产生针对荚膜多糖、O-PS多糖和鞭毛蛋白等抗原成分的特异性抗体，抗体种类以IgG为主。 类鼻疽与特异性人白细胞抗原(HLA)二类分子存在关联。HLA二类分子DRBI1602与急性败血型类鼻疽呈正相关，而DQA1*03与其呈负相关。 基因组信息和芯片分子技术工具的采用，该病原菌的分子和细胞致病机制的探索也初见成效。然而从Whitemore发现鼻疽伯克霍尔德菌至今，其感染发病的每一个过程仍有许多问题尚未探明。 未来的研究应着重从以下几个方面进行:(1)进一步明确鼻疽伯克霍尔德菌对上皮细胞和巨噬细胞的吸附、入侵和细胞内存活机制;(2)进而了解细菌传播的机制;(3)探索细菌如何与免疫系统互作导致疾病暴发的机制，这是开发多功能疫苗的基础
1.7K40发布于 2019-06-11 - 来自专栏Linux基础入门
（2）分子生物学专业名词
以“原噬菌体”的方式嵌存于宿主的DNA中，可随寄主繁殖，延续后代，“和平共处”，一般不引起细胞裂解 2、泛基因组(Pan-genome)：是某一物种全部基因的总称, 其中包括核心基因组(该物种所有个体中都存在的基因 4、保守序列（Conserved Sequence ）：指DNA分子中的一个核苷酸片段或者蛋白质中的氨基酸片段，它们在进化过程中基本保持不变。 5、同源基因：是由一个共同祖先在不同物种中遗传的基因。 7、分子伴侣（Chaperone），又称为侣伴蛋白（molecular chaperone）。是一类协助细胞内分子组装和协助蛋白质折叠的蛋白质。包括热休克蛋白Hsp60和Hsp10两个家族。 是指DNA、蛋白质等生物大分子中的保守序列，介于二级和三级结构之间的另一种结构层次。 12、转录本是由一条基因通过转录形成的一种或多种可供编码蛋白质的成熟的mRNA。
1.1K20发布于 2020-08-26 - 来自专栏生命科学
MCE | 小分子降解剂——分子胶
什么是分子胶？ 小分子降解剂通过介导泛素化连接酶与靶蛋白的识别，对靶蛋白进行降解。 PROTAC “变身” 分子胶 MG-277 是对 MD-222 (PROTAC MDM2 降解剂) 进行了简单的结构修饰而来的。但正是这一小步的修饰，却带来了完全不同的靶向降解 “结局”。 通过敲除 MDM2 等试验发现，MG-277 的对细胞的抑制作用不仅不依赖 MDM2，本身也不与 MDM2 结合。 MG-277 对细胞的抑制活性，到底从何而来？ 因此，在 PROTAC 降解剂的设计中需要考虑这两种机制。 相关产品 MG-277 MG-277 是一种由 PROTAC 降解剂转化而来的分子胶。MG-277 诱导中等程度的 MDM2 降解。
86030编辑于 2023-03-10 TNF-α介导的炎症响应转录记忆现象及其分子机制研究
一、研究背景与科学问题转录记忆是指部分基因在接受信号分子的初次刺激后，对二次刺激产生更快、更强响应的现象。这一机制在生物体适应环境变化、调控基因表达中具有重要意义。 然而，TNF-α是否能够介导转录记忆、其形成机制以及决定哪些基因具有记忆潜能的分子基础，此前尚未阐明。 三、转录记忆形成的分子机制（一）NF-κB结合区域的DNA去甲基化机制研究发现，在转录记忆建立过程中，NF-κB结合位点附近发生显著的DNA去甲基化改变。 这一特征决定了这些调控元件具备"可记忆"的分子基础。四、转录记忆的功能意义（一）响应灵敏度的显著提升研究观察到，具有转录记忆效应的基因（如CALCB）在接受二次刺激时，其响应灵敏度大幅提升。 这一发现将炎症信号调控从即时响应拓展至长期记忆层面，深化了对炎症反应动态调控机制的理解。（二）为慢性炎症治疗提供新视角转录记忆导致的信号响应灵敏度提升，可能成为慢性炎症维持的重要机制之一。
5600编辑于 2026-02-25- 来自专栏百味科研芝士
如何深入挖掘单基因分子机制发4分+纯生信文章？
文章重点研究ESR1基因在ERα阳性乳腺癌中的分子机制，着重使用了网络分析来构建分子调控机制！ 01 研究流程图 ? 02 结果 1.筛选Luminal a型乳腺癌 and Luminal B型乳腺癌的DE-miRNAs和DE-mRNAs 为了研究ERα阳性乳腺癌中ESR1介导的miRNA分子调控机制，本文选取了GSE38280 同时检测ESR2的表达（图1C），两组之间无显著差异。此外，在乳腺癌分子亚型分类中另外三个关键分子（PGR、ERBB2和MKI67）的表达值分别如图1D-F所示。 如表2所示，筛选出节点度≥10的前51个hub基因。为了更好的可视化，作者重新构建了前51个hub基因的亚PPI网络（图2E）。选择这些hub基因进行后续分析。 ? 图2 ? 3. 因此，本文重点研究了ESR1基因在ERα阳性乳腺癌中的分子调节机制，所用到的方法主要是网络分析（STRING+Cytoscape）。想研究单基因在某种癌症中作用机制的朋友可以借鉴一下这篇文章！
1.5K20发布于 2020-07-20 - 来自专栏单细胞天地
小鼠毛发生长和休止期时皮肤中的分子学机制
Msx2 expression（占比大） Barx2 expression（文中称此亚群为OL1） Il11ra1 expression（文中称此亚群为OL2） 其中细胞亚群2和3没有被报道过，紧接着， 说明的是： Msx2+细胞被分成GL,IRS,MED,CX这四个亚群，GL 这个亚群又可以分化成IRS,MED,CX这三个亚群，且Markov model又说明了 IRS4/6, CX5 and MED2 OL2Edn2 (OL2A and OL2B) Fgf5 (OL2C) 其他细胞群 作者大概分析了一下，没有什么特别新的发现，作者推测可能是测序深度的问题。 Ucp2), Mitochondrial function (mt-‐Cytb), and protein synthesis.生长期，HF Barx2,Dbi,and Ucp2上调，Cd34 and Ccl6，Lyz1 MC3：Ccl6, Ly6c2, Emilin2 总结 本文分析工作做的比较细致、深入。
2.7K30发布于 2020-03-27 IL-6信号通路：分子机制、生物学功能与疾病关联
2.信号转导亚基gp130：在细胞表面广泛表达，是信号传导的共用亚基。 二、IL-6信号转导的两种主要模式IL-6的信号传递主要通过两种机制，扩大了其作用的细胞范围与功能复杂性。 2.反式信号传导：IL-6与可溶性IL-6R在细胞外形成复合物，该复合物可结合并激活仅表达gp130的细胞。 这一机制使得IL-6能作用于更多原本不表达IL-6R的细胞类型，在炎症放大和组织损伤中尤为关键。无论何种模式，最终均导致JAK激酶的激活，进而磷酸化并激活STAT3。 2.药物作用机制研究与筛选：作为标准配体，用于评估和筛选靶向IL-6、IL-6R或下游信号分子（如JAK激酶抑制剂）的治疗性抗体的中和活性或小分子抑制剂的阻断效力。
29610编辑于 2026-02-06分子动力学--不同拮抗剂与5-HT1AR结合机制的研究：一项分子对接与分子动力学模拟分析
今天继续分子动力学知识积累明确配体与靶蛋白的精确结合机制，是基于结构的药物设计实现先导化合物理性优化及新药发现的核心环节。 分子对接与分子动力学模拟可在原子层面预测结合亲和力，解析配体-蛋白相互作用模式。 研究采用常规分子对接与分子动力学模拟方法，系统解析上述六种代表性拮抗剂与5-HT₁AR的结合机制：首先通过分子对接探索六种拮抗剂的潜在结合构象，并对其药效团进行精细解析；继而开展多轮分子动力学模拟，监测不同拮抗剂结合状态下 5-HT₁AR的构象动力学变化，揭示六种拮抗剂的差异化结合机制。 结果4、六种拮抗剂通过多重结合模式与5-HT₁AR结合研究通过深入分析氢键、阳离子-π/阴离子-π及π-π堆叠相互作用，揭示了六种拮抗剂与5-HT₁AR结合的差异化分子机制。1.
45820编辑于 2025-10-08Boltz-2：高效准确的生物分子结合亲和预测
说话人2 这个确实是个挺有意思的问题。 说话人1 很大程度上其实就看药物分子，还有它在咱们身体里的目标通常是个蛋白质，它们俩能结合的多牢。 说话人2 这个进步，主要还是得益于它在结构模拟能力上的提升，有几个关键点，首先他学习的时候，不光看分子的静态照片，他还用了动态的分子系综。 说话人1 系综？听起来有点专业，通俗点说。 说话人1 再进一步，能不能用它来从0开始凭空设计出全新的药物分子， 说话人2 这个也可以研究里提到了，当把Boltz-2和像SynFlowNet这种专门用来生成分子结构的AI模型结合起来。 说话人2 结果就是他们联手成功生成了一批全新的分子，这些分子结构很多样，看起来也有成药潜力，关键是Boltz-2预测它们的结合力都很强， 说话人1 太酷了。 本研究介绍了Boltz-2，这是一个新的基础模型，旨在阐明生物分子相互作用，特别关注蛋白质与小分子的结合亲和力预测。该模型在结构准确性和物理基础方面有所改进，并能预测动态分子集合，超越了其前身模型。
27210编辑于 2026-01-08- 来自专栏Android 研究
Android Handler机制2之ThreadLocal
firstValue) { t.threadLocals = new ThreadLocalMap(this, firstValue); } 这样我们就对ThreadLocal的存储机制彻底清楚了 2/3。 在很多情况下，ThreadLocal比直接使用synchronized同步机制解决线程安全问题更简单，更方便，且结果程序拥有更高的并发性。 ThreadLocal和synchronize用一句话总结就是一个用存储拷贝进行空间换时间，一个是用锁机制进行时间换空间。 是一致的，每个线程都有自己的局部变量，一个线程的本地变量对其他线程是不可见的，ThreadLocal不是用与解决共享变量的问题，不是为了协调线程同步而存在，而是为了方便每个线程处理自己的状态而引入的一个机制
1.1K10发布于 2018-08-30 - 来自专栏分子生物和分子模拟计算
分子对接
细胞色素P450(Cytochrome,CYP450)是一类以还原态与CO结合后在450nm处具有最高吸收峰的含血红素的单链蛋白质。 有业务需求的，请联系微信号wbf3ng或者发邮件到wbf3ng@g
1.3K20发布于 2018-07-03 - 来自专栏壹种念头
《耻辱2》潜行玩法机制分析
中文摘要 本文将潜行游戏的玩法机制拆解到底层，并串联玩法机制从内核到表现形式中的各个重要组成部分，结合《耻辱2》具体的关卡设计，深入分析《耻辱2》潜行玩法机制的本质。 《耻辱2》潜行玩法机制的核心循环 3《耻辱2》潜行玩法机制的内核拆解 4《耻辱2》情境化下的潜行玩法机制 5 结语 1 绪论 1.1 选题意义与创新点 近年来，电子游戏产业迅猛发展，而潜行游戏是其中的热门游戏门类之一 基于我的专业背景，本文将通过《耻辱2》这一热门游戏，对潜行游戏的玩法机制进行研究，并挖掘令《耻辱2》杰出并成为该游戏门类佼佼者的潜行机制特色。 本文的创新点在于，本文将潜行游戏的玩法机制拆解到底层，并串联玩法机制从内核到表现形式中的各个重要组成部分，结合《耻辱2》具体的关卡设计，深入分析《耻辱2》潜行玩法机制的本质。 2《耻辱2》潜行玩法机制的核心循环 《耻辱2》是一款以潜行玩法为主要玩点的第一人称潜行游戏。
1.7K10发布于 2021-03-10 - 来自专栏golang云原生new
存活探针副本机制2
存活探针副本机制2 本次我们开始 k8s 中存活探针和副本控制器的学习 如何保持 pod 健康 前面我们已经知道如何创建 pod，删除和管理 pod了，但是我们要如何才能保持 pod 的健康状态呢 我们可以使用 存活探针和副本机制 探针的分类 探针目前有 存活探针 liveness probe 就绪探针 readiness probe 本次我们这里先分享存活探针 存活探针 使用存活探针可以检查容器是否还在运行 ，我们可以为 pod 中的每一个容器单独的指定存活探针，如果探测失败，那么 k8s 就会定期的执行探针并重启容器 在 k8s 中，有 3 中探测容器的机制： http get 探针 可以对容器的 IP 地址，指定的端口和路径，进行 http get 请求，若探测器收到的状态码不是错误（2xx，3xx 的状态码），那么就认为是认为是探测成功，否则就是探测失败，本次容器就会被终止，然后重新启动一个 pod pod ，并立刻重新创建 pod 但是，如果是 pod 所在节点挂掉了，那么 存活探针就没有办法进行处理了，因为是节点上面的 Kubelet 来处理存活探针的事项，现在节点都异常了 我们可以使用副本机制来解决
42330编辑于 2023-09-01
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