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SRA-Toolkit工具下载SRA数据
传入目标文件夹, 如/dev/sda1/home/tenney/app/sratoolkit/, 并在终端中进入该地址, 如cd /dev/sda1/home/tenney/app/sratoolkit /, 对文件解压, tar -vxzf sratoolkit.tar.gz, 注意tar -vxzf后的内容可能产生变化, 以实际为准, 比如我是tar -vxzf sratoolkit.current-centos_linux64 完整代码如下: cd /dev/sda1/home/tenney/app/sratoolkit/ wget --output-document sratoolkit.tar.gz https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov /sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz tar -vxzf sratoolkit.current-centos_linux64 .tar.gz export PATH=$PATH:$PWD/sratoolkit.3.0.5-centos_linux64/bin which fastq-dump # ~/app/sratoolkit
2.6K00编辑于 2023-05-24 - 来自专栏单细胞
sra转fastq
下载sratoolkitwget --output-document sratoolkit.tar.gz https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current /sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gztar -vxzf sratoolkit.tar.gzexport PATH=$PATH:$PWD/sratoolkit.3.1.1
47911编辑于 2024-07-12 - 来自专栏有困难要上，没有困难创造困难也要上！
使用SPAdes测序数据拼接软件拼装基因组
ERR571/ERR571271/ERR571271.sra 将 sra 文件转换成 fastq 文件 为了将sra文件转换成fastq格式，我们需要使用 fastq-dump 工具，这个工具被打包在 sratoolkit sratoolkit 工具包下载地址 https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi? .2.9.2-centos_linux64.tar.gz # Ubuntu wget -c https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.2/sratoolkit .2.9.2-ubuntu64.tar.gz tar zxvf sratoolkit.2.9.2-centos_linux64.tar.gz 将 sra 文件转换成 fastq 文件 . /sratoolkit.2.9.2-centos_linux64/bin/fastq-dump --split-files ERR571271.sra 解压后产生 ERR571271_1.fastq 和
2.3K10发布于 2019-03-20 - 来自专栏生信技能树
计算资源及编程-仅针对生信人员
5.2 软件安装 大部分的数据分析最重要的就是学习使用各种各样的软件了，一般生物信息学软件发布的时候会提供多种种形式以供下载，比如sratoolkit sratoolkit.2.6.3-centos_linux64 .tar.gz 2016-05-25 17:24 61M sratoolkit.2.6.3-mac64.tar.gz 2016-05-25 17:25 52M sratoolkit 例子如下： cd ~/biosoft mkdir sratoolkit && cd sratoolkit wget http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/ 2.6.3/sratoolkit.2.6.3-centos_linux64.tar.gz tar zxvf sratoolkit.2.6.3-centos_linux64.tar.gz ~/biosoft /sratoolkit/sratoolkit.2.6.3-centos_linux64/bin/fastdump -h ## 我的系统是linux，所以用上面的代码软件就安装成功可以使用啦，是不是非常简单呢
2.4K111发布于 2018-03-09 - 来自专栏生物信息云
单细胞专题 | 4.单细胞转录组的上游分析-从SRA到FASTQ
（10×genomics技术）的原理 单细胞专题 | 2.如何开始单细胞RNASeq数据分析 单细胞专题 | 3.单细胞转录组的上游分析-从BCL到FASTQ ---- (1) 软件安装和介绍 SRAtoolkit SRAtoolkit将NCBI的SRA数据库中SRA文件转换为FastQ文件。 在conda的环境中安装SRAtoolkit。 地址：https://anaconda.org/daler/sratoolkit conda install -c daler sratoolkit 不使用conda安装，可在线下载后自行安装，并配置环境变量 view=software curl -O https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.0/sratoolkit.3.0.0-centos_linux64 .tar.gz tar zxf sratoolkit.3.0.0-centos_linux64.tar.gz ##配置环境变量 echo 'export PATH=~/sratoolkit.3.0.0-
4.5K21编辑于 2022-06-13 - 来自专栏生信补给站
单细胞免疫组库VDJ|从数据下载开始完成cellranger vdj分析（1）
（2）也可以获取第一列的SRR信息，使用SRAToolkit的prefetch进行批量下载 1.1 安装SRAToolkit 可以在https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki -Downloading-SRA-Toolkit的链接中选择合适的SRAToolkit下载 或者通过wget方式获取 wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra /sdk/3.0.2/sratoolkit.3.0.2-centos_linux64.tar.gz tar zxvf sratoolkit.3.0.2-centos_linux64.tar.gz 1.2 2 sra文件转为fastq 使用sratoolkit中的fastq-dump命令将 sra 转化为 fastq 文件。
3.1K30编辑于 2023-08-25 - 来自专栏生信技能树
有一些软件不应该是使用conda的默认安装
MS Windows 64 bit architecture cd ~/biosoft/ wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.7/sratoolkit .3.0.7-ubuntu64.tar.gz tar zxvf sratoolkit.3.0.7-ubuntu64.tar.gz cd sratoolkit.3.0.7-ubuntu64/bin ls 然后使用最新版的 ~/biosoft/sratoolkit.3.0.7-ubuntu64/bin/prefetch SRR8705087 --max-size 50G 就可以看到如下所示软件正确运行的提示
69140编辑于 2023-11-03 - 来自专栏生信技能树
生信菜鸟团博客2周年精选文章集(6)三个最基础生信软件教程
fastqc对原始测序reads质控 NCBI的blast++软件使用说明书 SRA工具sratoolkit把原始测序数据转为fastq格式 目录 一：下载安装该软件 二：准备数据 三：运行命令 四：输出文件解读 .tar.gz tar xzf sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz 解压直接使用即可，里面有一大堆的软件，针对不同的测序仪，不同的数据 ? 我一般只用/home/jmzeng/down_software/sratoolkit.2.3.5-2-ubuntu64/bin/fastq-dump /home/jmzeng/down_software /sratoolkit.2.3.5-2-ubuntu64/bin/fastq-dump –split-3 SRR1793917.sra 二：下载数据 首先去NCBI里面搜索并找到你想要的数据的SRA地址 [shell] for i in *sra do echo $i /home/jmzeng/bio-soft/sratoolkit.2.3.5-2-ubuntu64/bin/fastq-dump –split
1.4K110发布于 2018-03-08 - 来自专栏生物信息学、python、R、linux
SRA toolkit下载数据
1.sra toolkit 的安装 wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.10.8/sratoolkit.2.10.8-ubuntu64.tar.gz tar -zxvf sratoolkit.2.10.8-ubuntu64.tar.gz #添加环境变量 echo 'export export PATH=$PATH:/yourpath/sratoolkit
1.4K20发布于 2020-09-16 - 来自专栏有困难要上，没有困难创造困难也要上！
高通量测序数据质控神器Trimmomatic
ERR571/ERR571271/ERR571271.sra 将 sra 文件转换成 fastq 文件 为了将sra文件转换成fastq格式，我们需要使用 fastq-dump 工具，这个工具被打包在 sratoolkit sratoolkit 工具包下载地址 https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi? .2.9.2-centos_linux64.tar.gz # Ubuntu $ wget -c https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.2/sratoolkit .2.9.2-ubuntu64.tar.gz $ tar zxvf sratoolkit.2.9.2-centos_linux64.tar.gz 将 sra 文件转换成 fastq 文件 . /sratoolkit.2.9.2-centos_linux64/bin/fastq-dump --split-files ERR571271.sra 解压后产生 ERR571271_1.fastq 和
1.9K40发布于 2019-03-20 - 来自专栏Y大宽
RNA-seq(2)-1:原始数据下载的几种方法
---- 第1选择--Aspera Connect 如果aspera connect不能下载，推荐sratoolkit的prefetch功能。 速度可达200-500Mbps，几乎所有站点都超过10Mbps -如果Aspera connect不能下载，则推荐sratoolkit的prefetch功能 -最后，尽量使用sratoolkit中的fastq-dump
5.4K60发布于 2018-09-10 - 来自专栏HUBU生信
第二次RNA-seq实战总结（1）软件的准备
connect/bin/ascp -h 2.sra文件解压软件SRA-toolkit在Linux的安装 wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.2/sratoolkit .2.9.2-ubuntu64.tar.gz tar -zvxf sratoolkit.2.9.2-ubuntu64.tar.gz echo 'export PATH=~/sratoolkit.2.9.2
1K40发布于 2018-12-27 - 来自专栏代码小菜鸟
生物信息学分析——从公共数据库获取测序数据[obtain NGS data from public database]
download the package for MacOS 64 bit architecture】wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.6/sratoolkit SRA Toolkit网站可以下载不同系统对应的工具包 【the link for different OS is in NCBI website】解压【Unzip the file】tar vxzf sratoolkit .3.0.6-mac64.tar.gz将路径添加到环境变量【Add a path to the environment variable】export PATH="/path/to/sratoolkit
70830编辑于 2023-07-12 - 来自专栏生信技能树
计算资源及编程-仅针对生信人员
5.2 软件安装 大部分的数据分析最重要的就是学习使用各种各样的软件了，一般生物信息学软件发布的时候会提供多种种形式以供下载，比如sratoolkit sratoolkit.2.6.3-centos_linux64 .tar.gz 2016-05-25 17:24 61M sratoolkit.2.6.3-mac64.tar.gz 2016-05-25 17:25 52M sratoolkit 例子如下： cd ~/biosoft mkdir sratoolkit && cd sratoolkit wget http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/ 2.6.3/sratoolkit.2.6.3-centos_linux64.tar.gz tar zxvf sratoolkit.2.6.3-centos_linux64.tar.gz ~/biosoft /sratoolkit/sratoolkit.2.6.3-centos_linux64/bin/fastdump -h ## 我的系统是linux，所以用上面的代码软件就安装成功可以使用啦，是不是非常简单呢
94230发布于 2018-07-27 - 来自专栏生信喵实验柴
熟悉测序数据的下载
SRA 数据可以使用 NCBI 提供的 sratoolkit 工具来进行处理。 view=software 下载指定版本 ubuntu https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.10.8/sratoolkit.2.10.8-ubuntu64 .tar.gz centos 版本 wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.10.8/sratoolkit.2.10.8-centos_linux64 .tar.gz tar -zxvf sratoolkit.2.10.8-centos_linux64.tar.gz 首次运行需要进行配置 vdb-config --interactive 三、下载文献数据
1K20编辑于 2021-12-21 - 来自专栏生物信息学_troubleshooting
Download fastq from SRA
Biowulf has sratoolkit, need to load it before using. the details: sinteractive --gres=lscratch:20 --mem=64g --cpus-per-task=24 --time=35:59:00 module load sratoolkit
18500编辑于 2024-11-20 - 来自专栏生信技能树
Anaconda is a snake.
sickle.zip cd sickle-master make ~/biosoft/sickle/sickle-master/sickle -h ## Download and install sratoolkit view=software ## http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK158900/ mkdir -p ~/biosoft cd ~/biosoft mkdir sratoolkit && cd sratoolkit wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64 .tar.gz tar zxvf sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz ~/biosoft/sratoolkit/sratoolkit.2.8.2-1-centos_linux64
1.6K50发布于 2018-07-27 - 来自专栏生信技能树
谁能告诉我，这数据测毁了么？
本次目的与任务：了解fastq测序数据 需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件，并且用fastqc软件测试测序文件的质量。 SRA文件转换为fastq文件 用sratoolkit将NCBI上下载的sra文件转换成fastq文件，以便进行下一步的QC。该工具的安装与介绍在转录组入门1中已经有所介绍。 这里我再回顾一下sratoolkit的使用： 阅读官方文档 https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?
1.3K50发布于 2018-03-09 - 来自专栏生信技能树
下载sra数据库文件不仅仅是prefetch那么简单了
最近下载一个文章的数据，发现3个数据，就有3种结果： $cat logs/down.log.4 $cat need.sra.list |while read id;do ( ~/biosoft/sratoolkit /sratoolkit.2.9.2-centos_linux64/bin/prefetch $id -O ./ );done 2019-10-03T02:25:45 prefetch.2.9.2: 1 但是，诡异的是，第二天同样的命令又成功了 $~/biosoft/sratoolkit/sratoolkit.2.9.2-centos_linux64/bin/prefetch SRR5908780 -O
3.4K20发布于 2019-10-09 - 来自专栏生信情报站
生信软件 | Sratools (操作SRA文件)
/Downloads 在Linux系统（以CentOS为例）下将上述的链接下载到本地 wget http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.6-1/sratoolkit .2.9.6-1-centos_linux64.tar.gz 解压 gunzip -c sratoolkit.2.9.6-1-centos_linux64.tar.gz | tar xf - 设置环境变量 所有的可执行文件均在sratoolkit.2.9.6-1-centos_linux64/bin目录下 环境变量添加的详细方法：Linux 添加环境变量的五种方法 打开环境变量设置文件 sudo
7.2K20发布于 2021-01-13
腾讯云开发者
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