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来自专栏生信小驿站
Python从零开始第五章生物信息学（3）：查询目录正文
正文导入必须的python包 from bioservices.kegg import KEGG s = KEGG() KEGG拥有许多数据库。该列表可以在属性bioservices.kegg.KEGG.databases中找到。可以使用bioservices.kegg.KEGG.list（）方法查询每个数据库：数据库列表 s.list("organism") 通常，方法需要访问在线KEGG数据库，因此需要时间。根据上图可以看出，共计统计三百三十个人类的kegg通路 KEGG API提供的另一个功能是bioservices.kegg.KEGG.get（）查询特定条目。 bioservices.kegg.KEGG.find（）方法可以非常方便地搜索不同数据库中的条目。
1K40发布于 2018-12-24
来自专栏生信小驿站
Python从零开始第五章生物信息学④kegg查询续
正文导入必须的python包 %clear %reset -f # In[*] # 加载Python库 from bioservices.kegg import KEGG s = KEGG() 查询某一通路的信息 # In[*] from pylab import * # extract all relations from all pathways from bioservices.kegg import KEGG
94220发布于 2019-02-22