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生信技能树笔记day4
---title: "生信技能树学习笔记"引用自生信技能树author: "天空"date: "2023-01-02"output: html_document---一、函数和R包1. 当一个代码需要复制粘贴三次，就应该写成函数或使用循环jimmy <- function(i){ plot(iris[,i],col=iris[,5])}jimmy(1)jimmy(2)jimmy(3)jimmy(4) mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/ # 中科大镜像# http://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/# http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/4.
45820编辑于 2023-01-16 第4天生信学习笔记-微信公众号生信星球
今天的学习内容： 1.安装R（基础）和Rstudio（人性化一些的界面） 2.粗略了解R语言是什么，干什么的，认识Rstudio的工作界面 3.学会外观设置和基本操作 4.完成第一个R做的图 如果已经安装或者基础较好 3.加减乘除 1+2 回车 4.赋值 赋值符号用<-，这是小于号加上减号，也可以按Alt加上减号 x<- 1+2 意思是把1+2的运算结果赋值给x， 赋值后，x会显示在右上角的框，Environment 5.删除变量 a<-3 b <- 1 c <- 4 u <- 5+6 rm(b) rm(u,c) rm(list = ls())#清空所有变量 代码可以复制，更推荐的方式是用键盘上q前面的那个tab
59310编辑于 2024-02-25- 来自专栏生信星球--生信入门
生信星球学习小组笔记 Day 4——LIU
生信星球学习小组笔记 2023年11月30日*之前已对R语言和Rstudio的基本操作有了初步的入门了解，但每次对R语言学习都能够获得“新知”。电脑用户名要设置为英文名，否则会带来潜在的麻烦。 = （之前有看过相关说法，<-是R语言特有，部分老师推荐使用更简洁的=）高级绘图：ggplot2学习 参考豆豆和花花老师公众号文章https://mp.weixin.qq.com/s/jOIJLpCN4qTznPH0b-qJdw
27210编辑于 2023-11-30 生信学习笔记
生信学习第四天之R语言生信学习第四天之R语言1Ｒ语言学习和了解1.1 之前就安装过R和Ｒstudio，浅学习过《r语言实战》，及基本的语言。后续可以再计划学习R for Data Science。
21410编辑于 2024-03-08生信学习笔记
生信学习第三天1 生信软件的安装图片2 具体安装步骤2.1 百度搜索清华镜像下的安装链接=》进入：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda show_channel_urls yes#复制代码后回车，注意理解代码意思conda list#开始使用condaconda install fastqc -yfastqc --help#确认是否安装成功3 实践操作图片4后续计划
26410编辑于 2024-03-07生信学习笔记
生信学习之第五天R语言实操1.R语言基本数据类型重点掌握向量和数据框，明确元素、向量、标量的定义元素：数字或者字符串（chr）标量：一个元素组成的变量向量：多个元素组成的变量图片2.提取元素2.1向量x [4]x[-4]x[2:4]x[-(2:4)]x[c(1,5)]数据框重点：一定要将示例数据保存在工作目录下！！！
22810编辑于 2024-03-09生信学习笔记
生信学习第二天1.登录服务器，下载安装好xshell7、xftp7等软件，根据账号密码和ip地址等信息正确远程登录服务器2.学习了解什么是linux系统及它的用处2.1 Linux系统下所有皆由“文件夹组成 用户分为管理员和一般用户，一般用户能到的最高级目录为宿主目录，放在home目录下3.学习了解Linux系统中最常见的几个基础命令图片4.实践操作图片
21010编辑于 2024-03-06生信学习笔记
DAY1--生信学习前准备1学习方式，使用电脑进行学习，与小伙伴交流讨论，共同进步2解决问题，利用搜索引擎学会搜索，推荐虫快搜部落，去解决学习过程中的问题3提高效率的软件，浏览器推荐如chrome，电脑文件搜索 ，Windows用everything，Mac自带搜索；快捷截图软件snipaste或者电脑版微信；思维导图记录，推荐xmind，便于后期整理回顾学习4学习Markdown语法做笔记4.1展示代码a=14.2
29110编辑于 2024-03-05- 来自专栏生信技能树
2022年4月_生信入门班_微信群答疑笔记
下面是2022年4月_生信入门班_微信群答疑笔记 上一期答疑笔记是：2022年3月_生信入门班_微信群答疑笔记 请问老师有没有相关的书籍推荐呢，跟课程相关的书籍。 还有一句dev.off你没运行 小洁老师，我看生信技能树公众号您写的一篇文章，讲的是怎么处理GPR格式的原始数据（链接：https://mp.weixin.qq.com/s/AnXKIQrMGnnG5Td62v961w 老师，我在R4的环境中安装R包之后library，发现有个error，该怎么处理呢 缺啥补啥就好，如果用conda安装的话，conda install r-rvcheck；可以通过搜索关键字找到安装的命令和在 包可以--help成功，但是当我切换环境回来之后发现还是报错了，包括安装install libstdcxx-ng=9.1.0也没用 看看error.pdf 有类似的报错，你还缺了一步 我网页安装的R4环境 你要先把 R4.yaml 文件保存到当前文件夹下 老师为啥我的geneid还有小数点 因为gtf文件中的geneid有小数点 老师，请问featurecounts的比对率低于多少属于结果不太好呢？
1.9K10编辑于 2022-07-26 生信星球——生信入门DAY4:R语言
rnorm(n,mean,sd)函数用于从具有特定均值和标准差的正态分布生成n个随机值。
40810编辑于 2024-01-21- 来自专栏用户10800790的专栏
生信星球 Day 4 —— 橙子🍊
源自生信星球，由于有R基础，内容1、2、3跳过了基础代码1、显示文件列表（右下角窗口file直接有显示，在R中其实不那么重要）dir()list.files()图片2、显示历史命令（右上角history
33230编辑于 2023-10-24 - 来自专栏Chocolate Ice 学习笔记
生信学习小组Day4笔记—Chocolate Ice
Rproject管理工作目录的教学视频：https://www.bilibili.com/video/BV1ZB4y127oJ/? 返回的就是工作目录下的文件图片图片加减乘除+：加-：减*：乘\：除^：平方sqrt():开方log2()：log2（8）=3log10()：log10（100）=2abs()：绝对值赋值<-删除变量a<-3b <- 1c <- 4u
80100编辑于 2023-01-12 第5天生信学习笔记-微信公众号生信星球
（4）显示工作路径 getwd()（5）向量是由元素组成的，元素可以是数字或者字符串。（6）表格在R语言中称为数据框^_^（7）别只复制代码，要理解其中的命令、函数的意思。 1,10,by = 0.5) #1-10之间每隔0.5取一个数（注意是逗号不是分号）xx<- rep(1:3,times=2) #1-3 重复2次xtips：如果把这几行代码都打过了，那么x就被赋值了4次 2.从向量中提取元素（1）根据元素位置#这里的x是你刚才赋值的变量名，根据自己的情况来修改x[4] #x第4个元素x[-4]#排除法，除了第4个元素之外剩余的元素x[2:4]#第2到4个元素x[-(2: 4)]#除了第2-4个元素x[c(1,5)] #第1个和第5个元素（2）根据值x[x==10]#等于10的元素x[x<0]x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c（1，2，5）中的元素Part2 ..dim(a)#几行几列（3）数据框的导出write.table(a,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)#分隔符改为逗号，字符串不加双引号（默认格式带由双引号） （4）
51410编辑于 2024-02-24第6天生信学习笔记-微信公众号生信星球
R包是多个函数的集合，R语言必学的原因是丰富的图表和Biocductor上面的各种生信分析R包。 filter(test, Species == "setosa"&Sepal.Length > 5 )filter(test, Species %in% c("setosa","versicolor")) 4. ","C",'D'))test1test2 <- data.frame(x = c('a','b','c','d','e','f'), y = c(1,2,3,4,5,6 , test2, by = 'x')left_join(test2, test1, by = 'x') 3.全连full_joinfull_join( test1, test2, by = 'x') 4. 函数和rbind()函数;注意，bind_rows()函数需要两个表格列数相同，而bind_cols()函数则需要两个数据框有相同的行数test1 <- data.frame(x = c(1,2,3,4)
42510编辑于 2024-02-25- 来自专栏笔记生信
生信提升day4-婷
以iris内置数据集画箱线图，以length为纵坐标，species为横坐标2：字体设置学到新的知识跳转以后可自行修改，蛙去~牛啊生信星球公众号
23440编辑于 2023-11-16 - 来自专栏生信星球学习小组每日作业
生信星球学习小组-Day4学习笔记--R语言基础
的基本设置设置字体大小图片图片创建工作目录(Rproject)图片图片图片图片3.R语言基础显示文件列表dir() 或 list.files()图片基本运算图片赋值R语言的赋值符号为<-x <- 1 + 4 # 将1+4的值赋值给变量 x输入后会在Rstudio右上角框框Environment中显示，在控制台中输入x，回车后就会显示1+4的值，即5。 图片图片删除变量y = 6z = 9 + 3c = 5 * 4rm(y) # 删除变量 yrm(y, z) # 删除变量 y 和 zrm(list = ls()) # 删除所有变量，ls()函数的作用就是显示当前所有变量名
93200编辑于 2023-02-09 生信入门Day3-4
引自生信技能树引自生信技能树DAY3三、数据结构——数据框1、数据框的来源（1）用代码新建（2）由已有数据转换或处理得到（3）读取表格文件（4）R语言内置数据注意：向量是一维的，且只存储一种数据类型；matrix DAY4练习题2-4# 练习2-4# 说明：运行load("gands.Rdata"),即可得到和使用我准备的向量g和s，# 如有报错，说明你的代码写错或project没有正确打开load("gands.Rdata (-2)]四、函数与R包1、函数与参数引自生信技能树#↑如果此处↑↑↑↑出现黄色提示条，你就阅读理解一下，然后随便选择↑jimmy <- function(a,b,m = 2){ (a+b)^m}jimmy #<-之间要有空格或打个括号，不然会被当成赋值符号2、R包介绍3、R包镜像引自生信技能书使用镜像，加快R包的下载，不用从大洋彼岸去下载4、R包的安装与来源（1）CRAN网站（2）Bioconductor sdlibrary(limma)browseVignettes("limma") #不是每个包都有ls("package:limma")5、R包的安装和使用逻辑引自生信技能书引自生信技能树练习题4-1#
50010编辑于 2025-05-15- 来自专栏小张的学习笔记
生信技能树学习笔记1
R Markdownknitr::knit("")转换为md文件is.numeric("A") ## [1] FALSE##是否为数值型数据，返回值为TRUE或FALSEas.numeric("4")# # [1] 4第一讲：认识R" > "在R语言中是命令提示符()前面的单词是函数getwd()获取绝对路径路径补充文件在桌面上，不在工作目录下，怎样读取绝对路径，换了电脑就读不成功x1 = read.csv =2. is族函数is.numeric("A") ## [1] FALSE##是否为数值型数据，返回值为TRUE或FALSE3. as族函数实现数据类型之间的转换as.numeric("4")## [1 ] 44## [1] 4##将其他数据转换成数值型数据4. 4.4 利用循环补齐简化代码（1）等位运算（2）向量长度不相等以长的为主paste0("student",seq(2,5,2))## [1] "student2" "student4"paste0(rep
71120编辑于 2023-05-10 - 来自专栏叶潭生信笔记
生信技能树数据挖掘笔记
[]中括号里面的可以是逻辑值判断，可以是具体的值（即下标），可以是函数，可以是向量
1.1K10编辑于 2023-02-08 - 来自专栏黄金榜
阿榜的生信笔记4
非常感谢您能够点击进来查看我的笔记。我致力于通过笔记，将生物信息学知识分享给更多的人。如果有任何纰漏或谬误，欢迎指正。让我们一起加油，一起学习进步鸭? 函数可视化 图片 par(mfrow = c(2,2)) #把画板分成四块，两行两列 #如果报错，把右下角画板拉大一点即可 x = c(2,5,6,2,9);plot(x) x = seq(2,80,4) ,col=iris,5是内置数据iris第五列有三个物种，因此可以当作三个数据集的颜色标志（映射，后面的笔记会讲到映射哦，大家关注后面的阿榜的生信笔记吧?）。 阿榜祝大家生信学习顺利，越来越厉害?? 接下来的知识点记忆卡片帮助大家梳理知识点和记忆 ⑧、大家来感受下计算机语言的魅力吧：不是对的话，那就是错的? # 分情况讨论 if(! sd 以上是我这次在学习生物信息学过程中所整理的笔记。希望大家能够一起学习，共同进步。如果在笔记中有错误或者不足之处，欢迎大家指正，我们一起加油鸭? 引用自生信技能树——小洁老师
50010编辑于 2023-05-04
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