生信学习第四天之R语言生信学习第四天之R语言1R语言学习和了解1.1 之前就安装过R和Rstudio,浅学习过《r语言实战》,及基本的语言。后续可以再计划学习R for Data Science。
生信学习第三天1 生信软件的安装图片2 具体安装步骤2.1 百度搜索清华镜像下的安装链接=》进入:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda
生信学习之第五天R语言实操1.R语言基本数据类型重点掌握向量和数据框,明确元素、向量、标量的定义元素:数字或者字符串(chr)标量:一个元素组成的变量向量:多个元素组成的变量图片2.提取元素2.1向量x
生信学习第二天1.登录服务器,下载安装好xshell7、xftp7等软件,根据账号密码和ip地址等信息正确远程登录服务器2.学习了解什么是linux系统及它的用处2.1 Linux系统下所有皆由“文件夹组成
DAY1--生信学习前准备1学习方式,使用电脑进行学习,与小伙伴交流讨论,共同进步2解决问题,利用搜索引擎学会搜索,推荐虫快搜部落,去解决学习过程中的问题3提高效率的软件,浏览器推荐如chrome,电脑文件搜索 ,Windows用everything,Mac自带搜索;快捷截图软件snipaste或者电脑版微信;思维导图记录,推荐xmind,便于后期整理回顾学习4学习Markdown语法做笔记4.1展示代码a=14.2
2.服务器可以配置自己的Rstudio,供大家远程登陆,用浏览器打开后面加上:8787就可以登录,但是阿里云并没有自带,用自己电脑完全可以。
(1)R的规范赋值符号是<-,也可以用=代替 (2)在Console 控制台输入命令,相当于Linux的命令行 (3)R的代码都是带括号的,括号必须是英文的。 (4)显示工作路径 getwd() (5)向量是由元素组成的,元素可以是数字或者字符串。 (6)表格在R语言中称为数据框^_^ (7)别只复制代码,要理解其中的命令、函数的意思。函数或者命令不会用时,除了百度/谷歌搜索以外,用这个命令查看帮助:?read.table,调出对应的帮助文档,翻到example部分研究一下。 (8)数据类型(重点只有两个)
R包是多个函数的集合,R语言必学的原因是丰富的图表和Biocductor上面的各种生信分析R包。
x1 = read.csv("C:/Users/win10/Desktop/x.csv")
[]中括号里面的可以是逻辑值判断,可以是具体的值(即下标),可以是函数,可以是向量
arrange(test, desc(Sepal.Length)) #从大到小 desc()
---title: "生信技能树学习笔记"引用自生信技能树author: "天空"date: "2023-01-02"output: html_document---一、文件读写1.
如果代码可以运行但是不出图,可能是因为画板被占用,可以多次dev.off()关闭画板
mkdir biosoft #存放生信软件 mkdir project #存放生信项目 mkdir tmp #存放一些杂七杂八 mkdir src #存放源代码 第三个 ls ls 显示列表,不管是目录还是文件
---title: "生信技能树学习笔记"引用自生信技能树author: "天空"date: "2023-01-02"output: html_document---一、函数和R包1.
---title: "生信技能树学习笔记"引用自生信技能树author: "天空"date: "2023-01-02"output: html_document---一、数据框、矩阵和列表1.
---title: "生信技能树学习笔记"author: "天空"date: "2023-01-04"output: html_document---R语言综合应用1. [17] "test2.Rdata" ## [18] "<e7>\u0094\u009f信< e6>\u008a\u0080<e8>\u0083<bd><e6><a0>\u0091<e7><ac>\u0094记day7.html" ## [19] "<e7>\u0094\u009f信<e6>
生信星球学习小组笔记 2023年12月3日之前学习生信完全靠零碎的知识点凑凑补补,“知其然不知其所以然”,忘记了最重要的是了解原理,即测序的原理,今天对测序的发展和原理有了基本的框架,至少不会闹出NGS
2.在R包homologene里有张基因对应表 同时已经有可以转换的代码可用 homologene(genes, inTax, outTax) genes:需要查找同源基因的基因列表 inTax:输入基因所属物种 outTax:查找的同源基因属于那个物种
生信星球学习小组笔记 2023年11月28日一、Linux相关知识参考生信星球公众号文章生信小白第一天-0成本召唤linux★重点:了解windows安装子系统,实现在win上运行linux二、服务器运行