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超量化合物库筛选策略–P2
上期回顾： 超量化合物库筛选策略–P1 具体步骤： 1. ├── Workflow #工作流程 ├── 参考资料 #辅助文献 └── 超量化合物库筛选策略.md #本文 2. 获取BuildingBlock库 从Enamine官方网站下载：https://enamine.net/building-blocks/functional-classes 注： 也可以自己构建，或者获取其余厂家的反应片段库 ,比如说ZINC以及Life Chemical 需要注意的是在构建自己的building block时，需要自己确定每个片段库的反应基团，比如说羧酸基团反应库，仲胺反应库等等。 参考： [1] https://enamine.net/ [2] Grygorenko O O , Radchenko D S , Dziuba I , et al.
58510编辑于 2022-05-17 - 来自专栏生命科学
“老药新用”化合物库&抗衰老化合物库 | MedChemExpress
而老药新用的研发成本可以降低到原来的十分之一（3 亿美金）左右，研发周期也会缩短一倍以上的时间（6.5 年）[2]。 MCE 推出的老药新用化合物库（DrugRepurposing Compound Library）不但包括已经上市的临床药物，还包括那些通过了临床 I 期的安全性测试而由于种种原因最后未能成功上市的药物 ，可以为研究者提供更加丰富全面的化合物资源。 PMID: 22378269. [2] Nature. 2016 Jun16;534(7607):314-6.
50430编辑于 2023-02-24 - 来自专栏生命科学
MCE 化合物库 | MedChemExpress
JPharmacol Exp Ther. 2011 Feb;336(2):336-43. R916562 R916562 是有效的和有选择性的 Axl/VEGF-R2 双重抑制剂, IC50 值分别为 136 nM和 24 nM。 VEGFR2 是血管内皮生长因子信号的主要应答器，可调控内皮细胞的迁移和增殖。R916562 对于 Axl/VEGF-R2 的 IC50 值分别为 36 nM 和 4 nM。 该化合物是 HNE 的第 4 代抑制剂。此外，BAY-678 在大鼠和小鼠中也显示出重要的肺血流动力学和血管作用。 Bioorg Med Chem Lett. 2015 Oct 15;25(20):4370-81. [2]von Nussbaum F,et al.
56810编辑于 2023-02-22 - 来自专栏生命科学
MCE 化合物库 | MedChemExpress
R916562 R916562 是有效的和有选择性的 Axl/VEGF-R2 双重抑制剂, IC50 值分别为 136 nM和 24 nM。 VEGFR2 是血管内皮生长因子信号的主要应答器，可调控内皮细胞的迁移和增殖。R916562 对于 Axl/VEGF-R2 的 IC50 值分别为 36 nM 和 4 nM。 Nussbaum 等[2]研究发现一种具有口服活性的 HNE 抑制剂—BAY-678，现已进入临床实验中。在这项研究中，作者在体内和体外都鉴定了探针 BAY-678 的高效力。 该化合物是 HNE 的第 4 代抑制剂。此外，BAY-678 在大鼠和小鼠中也显示出重要的肺血流动力学和血管作用。 Bioorg Med Chem Lett. 2015 Oct 15;25(20):4370-81. [2]von Nussbaum F,et al.
29110编辑于 2023-02-24 - 来自专栏生命科学
铁死亡化合物库 | MedChemExpress
目前研究发现，一些其他的信号通路及生命进程也会影响铁死亡的敏感性，如 CoQ10 作为细胞膜上的抗氧化剂，是一种内源性的铁死亡的抑制剂；NADPH 及硒的丰度也会影响铁死亡的敏感性；p53 及 Nrf2 研究发现，某些癌细胞对铁死亡相对比较敏感，一些化合物可以通过增加铁富集和 ROS 压力诱导铁死亡的发生，特异性杀死癌细胞。 为方便科研研究，MCE 铁死亡化合物库，主要包含一些常用的铁死亡诱导剂及抑制剂，化合物主要靶向 GPX4，system Xc-，ROS，DPP4，p53，Nrf2 等与铁死亡密切相关的靶点，可以用于铁死亡机制及相关疾病的研究 J Hematol Oncol 12, 34(2019). [2] Brent R.Stockwell, José Pedro Friedmann Angeli. et al.
45120编辑于 2023-03-03 - 来自专栏生命科学
PROTAC 降解剂化合物库 | MedChemExpress
该化合物是最开始具有抑制癌细胞增殖活性的 BRD4 靶向 MDM2 的PROTAC。 在体外，A1874 在诱导细胞内 BRD4 降解时的 DC50 值为 32 nM。 HJB97 HJB97 是一种高亲和力 BET 抑制剂，Ki 值分别为 0.9±0.2 nM (BRD2 BD1)，0.27±0.09 nM (BRD2 BD2)，0.18±0.01 nM (BRD3 BD1)，0.21±0.03 nM (BRD3 BD2)，0.5±0.2 nM (BRD4 BD1)，1.0±0.1 nM (BRD4 BD2)。 添加 BET 抑制剂-HJB97，可有效抑制 BETd-260 诱导的 BRD2、BRD3、BRD4 蛋白降解。 JMed Chem. 2018 Jan 25;61(2):504-513.
36840编辑于 2023-02-27 - 来自专栏生命科学
MCE虚拟筛选化合物库 | MedChemExpress
药物筛选是发现药物先导物的重要途径，好的化合物库则是药物筛选的必备武器。MCE 拥有丰富的数据库资源，助力您的药物筛选研究！药物筛选研究与化合物新颖性密切相关。 DDS 库共含有 60,480 个类先导物化合物，包含 DDS 10 (含 10,240 个化合物)和 DDS 50 (含50,240 个化合物)两个化合物库，库中化合物不重叠。 Hit Locator Library 最多样化的化合物库！ HLL 库是将250万有库存化合物经MedChemfilters、PAINS等过滤后得到的化合物库，从而保持最高水平的多样性，库中约 2000 化合物超出 RO5 原则，以实现更多的多样性。 以上化合物库可以整库用于高通量实验筛选；也可以在 MCE 虚拟筛选后，选择部分高分化合物组库进行实验验证。
53620编辑于 2023-02-24 - 来自专栏生命科学
天然产物化合物库 | MedChemExpress
在目前已经批准上市的小分子药物中，天然产物或其衍生物来源的药物仍能占据半壁江山（图1）[1，2]。 MCE 天然产物化合物库（Natural Product Library）包含来自植物、动物和微生物的多种内源性物质，如糖类、糖苷类、苯丙素类、黄酮类等，可以为药物研发过程中先导物化合物的发现提供多种有生物活性的母核结构 最近，在天然产物化合物库的基础上，MCE 又推出天然产物化合物库 plus 版本（Natural Product Library Plus）和天然产物类似物化合物库（Natural Product Like 前者在原来天然产物化合物库的基础之上，又添加了部分溶解度不高及理化性质稳定性较低的天然产物；后者则包含多种生物活性已知且与天然产物的母核结构类似的化合物。 PMID: 26852623. [2] Drug Discov Today. 2008 Oct;13(19-20):894-901.
57320编辑于 2023-02-28 - 来自专栏生命科学
MCE化合物库-新药研发 | MedChemExpress
化合物库分类选择合适的小分子化合物库不仅能极大的提升筛选效率，同时可以节省筛选时间以及科研费用。面对琳琅满目的产品，该怎么从大量的分子中遴选出可能有效的候选化合物，避免对化合物的盲目筛选呢？ MCE 根据生物医药研究热点，将化合物库分为 100 种，方便您更加迅速准确地选择出适合自己的分子库：根据临床状态分为上市药物化合物库以及临床期化合物库；根据疾病类型分为抗肿瘤化合物库，抗病毒化合物库， 以及抗感染化合物库等；根据信号通路或蛋白家族分为 GPCR 化合物库，表观遗传学化合物库，干细胞化合物库以及凋亡化合物库等；根据产品特性分为可渗透血脑屏障化合物库以及天然产物化合物库等；此外，我们还会根据您的具体需求 完美包装——附带化合物详尽的生物、化学信息及溶解度，方便您的后续实验操作和数据分析。采用高端 2D 条码管包装，严格保证运输过程中的产品密封性，适用于高通量仪器操作和单独挑取研究。 化合物库发表科研文章MCE 化合物库现已帮助全球众多科研工作者发表大量高水平论文。
47810编辑于 2023-02-08 - 来自专栏生命科学
糖尿病化合物库 | MedChemExpress
MCE 糖尿病相关的小分子化合物库，其中的小分子可以调节多个与血糖代谢相关靶点，如 SGLT, PPAR, DPP-4,AMPK, Glucagon Receptor 等，是研究糖尿病发病机制及筛选糖尿病治疗药物的有力工具 WHO, 2016. [2] Cardiovasc DrugsTher. 2017 Dec;31(5-6):579-592. PMID: 28956186.
33910编辑于 2023-03-01 - 来自专栏生命科学
核苷酸类化合物库 & 脂类化合物库参与细胞调控 | MedChemExpress
在生化反应中作为伪底物，抑制核苷酸从头合成的相关酶，干扰 dNTPs 库，从而抑制 DNA 的复制。2. 掺入 DNA 或 RNA，中断 DNA 和 RNA 链的延伸。3. MCE 核酸类化合物包括一些内源性的核苷及核苷酸物质及其类似物，是研究癌症及抗感染的有用工具。 脂类化合物是脂肪、类脂及其衍生物的总称，其中具有特定生理、药理学作用的化合物称为脂类药物。 脂类化合物是机体内的一类重要物质，参与机体的多种生物进程，如储存能量（如脂肪），组成细胞结构（如磷脂）以及作为活性成分参与信号转导（如激素）等。 MCE 脂类化合物库包括甘油三酸酯、磷脂、鞘脂、类固醇及其结构类似物或衍生物等，为您筛选脂类药物提供了便利。 参考文献 1. Jordheim LP, et al. Int Rev Psychiatry. 2006 Apr;18(2):85-98
33920编辑于 2023-03-01 - 来自专栏生命科学
MCE 天然化合物相关库更新
天然产物库及衍生物库化合物种类的丰富度及结构多样性在药物筛选中起到关键作用。 相关化合物库作用天然产物化合物库2000+ 种天然产物集合，包括糖类和糖苷，苯丙素类，醌类，黄酮类，萜类，类固醇，生物碱，酚类，酸和醛等天然产物类似物库180+ 个结构上与类固醇、单宁、黄酮、醌类、异喹啉类等结构类似的天然产物类似物集合 抗生素化合物库400+ 种抗生素集合，均来自天然提取或半人工合成，包括青霉素类、头孢菌素类、四环素类、大环内酯类等多种类型。萜类化合物库200+ 个来自天然产物的萜类化合物集合。 酚类化合物库100+ 种酚类天然化合物集合参考文献1. Eric Patridge, etc. ,.2.
41420编辑于 2023-03-15 - 来自专栏DrugOne
RDKit | 基于Lipinski规则过滤化合物库
在药物研发领域，里宾斯基五规则被用于对化合物库的初筛，以期摒除那些不适合成为药物的分子，缩小筛选的范围并降低药物研发成本。 里宾斯基五规则的内容 化合物的分子量小于500道尔顿 化合物结构中的氢键给体 (包括羟基、氨基等)的数量不超过5个 化合物中氢键受体的数量不超过10个 化合物的脂水分配系数的对数值 (logP)在-2到 一些药物化学家还仿照里宾斯基五规则提出了用于筛选类先导化合物的五规则： 化合物的分子量在100至380道尔顿之间 化合物中有尽可能少的氢键受体 化合物中有尽可能少的芳香环 化合物脂水分配系数的对数值在1 到3之间 化合物能够与靶受体相结合 当然很多药物已超出Lipinski规则，如果化合物具有特异性的吸收通道，或者抗菌药，抗生素，维生素，强心配糖体和生物药等不适用于Rule of five。 ---- 作者丨王建民 单位丨湖南大学 研究方向丨药物设计、生物医药大数据 参考资料 1. http://blog.sina.com.cn/s/blog_63af12fa0102wyrw.html 2.
2.6K70发布于 2021-01-29 - 来自专栏生命科学
MCE | 抗 COVID-19 化合物库
老药新用一般指针对上市药物及处于临床 2 期及以后药物新适应症的开发。 我们根据 2019-nCoV 新冠病毒 3CL 水解酶结构 (PDB ID: 6LU7) 对公司已有的老药新用化合物库（包含上市药物及临床2 期及以后药物）进行虚拟筛选，并结合已报道的科研团队筛选的结果汇总整理得到 500 多个可能具有抗 2019-nCoV 活性的化合物 (该数据仅代表计算机模拟、计算的结果，未经生物实验验证），建立了抗 COVID-19 化合物库。
36950编辑于 2023-03-10 - 来自专栏DrugOne
RDKit | 化合物库的相似性分析
作者丨王建民 单位丨湖南大学 研究方向丨药物设计、生物医药大数据 ---- 展示一种小分子数据库的相似性分析策略。 FingerprintMolsfrom rdkit.Chem import Draw # clusteringfrom scipy.cluster.hierarchy import dendrogram, linkage 载入数据 该库包含超过 = plt.subplot(gs1[0:-1,2:6])f=ax2.imshow (hmap_2, cmap='PRGn_r', interpolation='nearest') ax2.set_title ('Fingerprint Similarity',fontsize=20,weight='bold')ax2.set_xticks (range(len(new_data)))ax2.set_yticks (range(len(new_data)))ax2.set_xticklabels (new_data,rotation=90,size=8)ax2.set_yticklabels (new_data
1.7K30发布于 2021-01-29 - 来自专栏生命科学
中药单体库 ｜ 高通量药筛化合物库| MedChemExpress
近年来，中药单体库的分离和制备已经取得了显著的进展，中药单体库和天然产物库等对传统中药成分进行了全面详尽的汇编，人们发现通过对传统药物化合物库进行高通量筛选 (High throughput screening 通过液相色谱和质谱分析进一步鉴定Hit 化合物，并通过蛋白免疫印迹 (Western blotting) 和免疫荧光初步探索其作用机制 (图 2)。 MCE 的中药单体化合物库目前可以提供近 3000 种中草药来源的单体化合物，包括含黄酮类、多酚类、生物碱、萜类等多种结构类型，具有较高的药用价值，是筛选中药来源药物的有用工具相关产品天然产物库MCE 中药单体化合物库MCE 近 3,000 种中草药来源的单体化合物，包括含黄酮类、多酚类、生物碱、萜类等多种结构类型，具有较高的药用价值，是筛选中药来源药物的有用工具。 植物来源化合物库MCE 包含 2,500+ 种植物来源的天然产物。
74510编辑于 2023-03-29 - 来自专栏生命科学
MCE 虚拟筛选、小分子化合物库 | MedChemExpress
）高血脑屏障穿透率的小分子化合物数据库 CNS library 精选具有低极性表面积(TPSA< 70 Å2)、低 ClogP (平均为1.63)、低氢键形成程度(氢键供体和受体的总数小于 8 )、低 Serine Hydrolase Library （含 12,040 种化合物）可能与丝氨酸残基形成共价键的精选化合物库 （含 21,969 种化合物）带有 "弹头" 结构可用于共价靶向修饰的化合物集合 共价修饰剂通常指含有亲电性基团或经体内代谢产生亲电基团，通过共享电子的方式与靶标亲核部位结合形成复合物使靶标失活而发挥药理作用的一类化合物 以上化合物库可以整库用于高通量实验筛选；也可以在MCE 虚拟筛选后，选择部分高分化合物组库进行实验验证。 MCE 和 Enamine 强强联合，为广大科研工作者提供前沿和最多样化的化合物库和大规模的虚拟筛选服务。详询当地市场经理或授权经销商。
58830编辑于 2023-02-27 - 来自专栏生命科学
泛素化合物库的组成和作用 | MedChemExpress
蛋白泛素化系统包括泛素分子、泛素激活酶 E1、泛素结合酶 E2、泛素连接酶 E3 以及去泛素化酶 (Deubiquitinase，DUB)，在泛素-蛋白酶体途径中，还需要蛋白酶体 (Proteasome 泛素分子经由 E1、E2、E3 酶的级联反应，共价结合到底物蛋白的赖氨酸残基上，实现了蛋白的泛素化。被泛素化标记的蛋白要么被蛋白酶体降解，要么被转运至细胞的特定部位，执行相应的调控功能。 如 MDM-2 是一种 E3 泛素连接酶，其作用底物为 p53 , p53 是一种重要的抑癌基因，在 50% 以上的肿瘤中都发现有 p53 突变现象。 MDM-2 表达上调会导致 p53 被过度降解，诱发癌症的发生。因此 MDM-2/p53 作为癌症治疗的靶点而广受关注。 为方便科研研究，MCE 新推出了泛素化合物库，主要靶向 E1/E2/E3 酶，NEDD8 激活酶（NAE）, DUB, 蛋白酶体， P97 等泛素化系统中的关键成分，为研究泛素化机制及相关疾病提供了便利
54420编辑于 2023-03-03 - 来自专栏生命科学
虚拟筛选、高通量实验筛选化合物库 | MedChemExpress
Kynurenine Pathway Library (含12,300种化合物) 靶向犬尿氨酸代谢途径关键酶的新型化合物库 KynureninePathway (犬尿氨酸途径, KP)是色氨酸代谢的主要途径 Kynurenine Pathway Library 是通过分子对接、药效团模型匹配等精心挑选的化合物库，库中化合物靶向犬尿氨酸代谢关键酶：indoleamine dioxygenase (IDO)、tryptophandioxygenase RNA Library (含9,070种化合物) 可能结合 RNA 的化合物库 作为生命体“中心法则”的枢纽，RNA 不仅是基因表达的调控因子，而且具有调节蛋白质合成的能力。 Tubulin Librarys 是通过分子对接、2D 相似性和拓扑类似物搜索、使用分子和结构过滤器等精选的 3,454 种靶向微管蛋白的化合物库。 以上化合物库可以整库用于高通量实验筛选；也可以在 MCE 虚拟筛选后，选择部分高分化合物组库进行实验验证。
74210编辑于 2023-02-28 - 来自专栏生命科学
用于高通量实验筛选的化合物库 | MedChemExpress
Protein-Protein Interaction Library 化合物骨架举例 Epigenetics Library (含9,353 种化合物) 表观遗传相关的化合物库 表观遗传学是研究基因功能中可遗传的变化 Fig2. Fig3.AntiviralLibrary 化合物举例 Agro-like Library (含 15,085 种化合物) 用于农业/作物科学的化合物库 农业化学品指农业生产中投入的如化肥、农药、兽药和生长调节剂 以上化合物库可以整库用于高通量实验筛选；也可以在 MCE 虚拟筛选后，选择部分高分化合物组库进行实验验证。 MCE 和 Enamine 强强联合，为广大科研工作者提供新颖又全面的化合物库和大规模的虚拟筛选服务。
42410编辑于 2023-02-28
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