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1行代码完成8种免疫浸润分析
免疫浸润一直是生信数据挖掘的重点，免疫浸润的各种算法也是大家学习生信数据挖掘必学的知识点。 下面就给大家演示如何使用1行代码实现8种免疫浸润方法！ 首先是安装R包。 13.60652 14.53353 dim(expr_coad) ## [1] 17170 524 这样我们的表达矩阵就整理好了，下面就开始演示1行代码实现8种免疫浸润分析 1行代码实现8种免疫浸润分析 所有方法只要通过deconvo_tme()函数即可完成，只要在method中选择不同的方法即可！也不需要自己再去寻找各种方法对应的免疫细胞集，都是内置好的！ ,method = "lsei" # ,arrays = F # ) 这样8种免疫浸润方法就做好了
1.8K30编辑于 2023-08-30 - 来自专栏分析工具
转录组8种免疫浸润分析方法整理
适用场景: 专门针对肿瘤免疫微环境的研究，特别是当肿瘤样本中的肿瘤纯度可能影响分析结果时。8.ESTIMATE原理: 通过基因表达特征推断肿瘤样本中的肿瘤纯度以及免疫细胞和基质细胞的比例。 EPIC_raw$mRNAProportionshead(EPIC_re)[1:4,1:4]# Bcells CAFs CD4_Tcells CD8_ 1.576249 0.39682554 1.6890668 1.1589795 0.7454383# CD8 https://mp.weixin.qq.com/s/D-X3ZkyTSb6vyajo_aLDGg https://mp.weixin.qq.com/s/kFz56f0okY8TkSxKnJd3UQ https://mp.weixin.qq.com/s/JTD8ZmH2YYCIqcbs-97JzA https://mp.weixin.qq.com/s/UehaaJZgARryH7P25v9wNQ致谢
3.7K00编辑于 2024-08-17 - 来自专栏作图丫
8分+的肿瘤免疫浸润和预后模型的文章思路！
与TCGA一致，低风险评分患者的OS更好（p=0.0025）（Fig.8A）。在GSE65858队列中使用3年和5年的ROC分析评估风险评分的生存预测（Fig.8B）。 低风险评分患者始终具有较高的免疫得分（Fig.8C）。 此外，还发现在TCGA训练、TCGA验证和独立GSE65858队列中，高风险评分患者比低风险评分患者的PD-L1表达水平下降（Fig.8D、F） Fig.8 作者探讨了放疗的应用是否会影响HNSCC患者 在风险评分和 B细胞（p < 0.001）、CD4+ T细胞（p = 0.012）和 CD8+ T细胞（p < 0.001，Fig.10A、C）的浸润水平之间观察到显著负相关。 deletion和arm-level gain，显著影响了HNSCC中B细胞、CD4+ T细胞、CD8+ T细胞、中性粒细胞、巨噬细胞和树突细胞的浸润水平（Fig.11）。
1.6K20编辑于 2022-03-29 【免疫学实验】放射免疫法、酶联免疫吸附法和竞争抑制分析
放射免疫法（RIA）和酶联免疫吸附法（ELISA）是利用抗体和抗原直接结合的检测方法，两者原理相同，但其检测的方式不同。 放射免疫分析常用于测量血液和组织液中的激素水平，而酶联免疫吸附法常用于病毒诊断，如检测人类免疫缺陷病毒（HIV）引发的艾滋病。 这类检测的另外一种方法是以标记的抗免疫球蛋白抗体作为RIA 或ELISA 的二抗，将未标记的抗体与未标记的抗原涂层板结合，因为每个未标记的抗体上能够结合两个分子以上标记的抗免疫球蛋白抗体，所以使用这种二抗放大了信号 图1 酶联免疫吸附法（ELISA）的原理：为了检测抗原A，纯化的抗原A特异性抗体与酶发生化学反应。将待测样品涂布于塑料孔表面，非特异性结合；塑料上残留的黏性位点被添加的无关蛋白（未显示）封闭。 在此基本方法基础上的改进版可检测未知样本中的抗体或抗 捕获酶联免疫吸附法（capture ELISA）或夹心酶联免疫吸附法（sandwich ELISA）是ELISA 的一种改良方法，常被用于检测细胞因子等分泌性产物
24210编辑于 2025-12-29【免疫学笔记】免疫原、抗原与佐剂：免疫应答的基础
️ 免疫应答与抗原 免疫应答：免疫系统可对病原体抗原或简单非活性抗原产生应答，表现为释放细胞因子、特异性抗体（体液免疫）及诱导效应T细胞（细胞免疫）。 免疫原（Immunogen）：指能刺激机体免疫细胞活化、增殖、分化并产生免疫效应物质（抗体或致敏淋巴细胞）的物质。 关系：所有免疫原都是抗原，但并非所有抗原（如半抗原）都是免疫原。 免疫接种与抗原递呈 免疫接种：有目的地诱导免疫应答称为免疫接种，抗原的注入途径、剂量和形式会影响免疫应答的类型和强度。 口服/鼻内：可引起肠道局部抗体应答，但同时可能诱导系统性免疫耐受，防止食物过敏。 佐剂的作用机制 佐剂（Adjuvant）：是一种非特异性免疫增强剂，能增强抗原的免疫原性或改变免疫应答类型。 免疫应答的监测与抗血清 在免疫诱导过程中，通过检测个体的免疫产物（如血清中的抗体、细胞因子，或脾脏、外周血中的T细胞）来跟踪免疫应答。血清是血液凝固后的液体部分，经特定抗原免疫后的血清称为抗血清。
41410编辑于 2025-12-21肿瘤免疫逃逸
尽管机体的固有免疫和适应性免疫具有识别和清除肿瘤细胞的免疫监视机制,但仍难以阻止肿瘤的发生和发展。 “清除”阶段代表的是传统的肿瘤免疫监视,是指免疫系统通过多种途径识别并杀死肿瘤细胞的过程;“相持”阶段是发生在免疫系统对肿瘤细胞不完全清除后的一段潜伏期:“逃逸”阶段是指新的肿瘤细胞经免疫压力选择后能够脱离免疫系统的限制并泛滥性生长的阶段 早期研究表明:致瘤病毒诱发的肿瘤免疫原性最强，化学致癌物诱导的肿瘤免疫原性次之,自发性肿瘤的免疫原性最弱。 由于肿瘤细胞之间也存在免疫原性的差异，免疫原性较强的肿瘤细胞可以诱导有效的抗肿瘤免疫应答而易被清除，但是，免疫原性相对较弱的肿瘤细胞则能逃脱免疫系统的监视而选择性地增殖。 这就是许多有免疫功能的宿主不能有效清除体内有免疫原性的肿瘤的主要原因。研究发现将B7基因转入弱或无免疫原性的肿瘤细胞中是不能激发免疫反应的,这说明肿瘤免疫原性是共刺激分子发挥作用的前提。
53910编辑于 2024-02-28【免疫学实验】揭秘蛋白互作：免疫沉淀与免疫共沉淀
今天，我们就来聊聊两种核心的“打捞”技术：免疫沉淀（Immunoprecipitation, IP）和免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation, Co-IP）。 一、 免疫沉淀（IP）：精准捕获目标蛋白 免疫沉淀是利用抗体从复杂的混合物中分离特定蛋白质的技术。 1. 免疫沉淀与 SDS-PAGE 分析 免疫沉淀法用于从细胞裂解液中富集特定抗原。细胞可通过 ³⁵S-蛋氨酸代谢标记（标记所有新合成蛋白）或 表面碘化/生物素化（仅标记膜蛋白）进行示踪。 最后通过放射自显影（或显色）确定蛋白位置 三、 免疫共沉淀（Co-IP）：验证蛋白互作 如果说免疫沉淀是“抓单个”，那么免疫共沉淀就是“抓团伙”。 总结 免疫沉淀技术不仅帮助我们纯化和鉴定蛋白质（分子量、等电点），更是通过免疫共沉淀技术，成为了揭示蛋白质之间物理相互作用的金标准实验方法。
32810编辑于 2025-12-29- 来自专栏人工智能与演化计算成长与进阶
不完全免疫算法简介MOIA-DCSS--AIS学习笔记8
However, when solving some complicated MOPs (e.g., the UF test problems [30] and F test problems [32]), this kind of clonal selection operator based on the crowding distance metric is not so effective due to the complicated PSs and PFs. Therefore, this paper presents a novel MOIA with a clonal selection strategy based on decomposition approach (MOIA-DCSS), which is expected to have a stronger exploration capability on tackling these complicated MOPs.
65030发布于 2020-08-14 - 来自专栏单细胞天地
单细胞水平揭示CD8⁺ T-LGLL的免疫组特征
文章信息 题目：Single-cell characterization of leukemic and non-leukemic immune repertoires in CD8+ T-cell large 强调了克隆和非克隆免疫组库在 T-LGLL 发病机制中的协同作用，认为T-LGLL的治疗应该考虑整个免疫系统 ，而非单纯关注克隆型扩增的T-LGLL T细胞免疫特征。 cell exhaustion (LAG3 and TIGIT) STAT3野生型的T-LGLL T细胞具有更强的细胞毒性 整合STAT3扩增子测序数据、scTCRαβ-seq、Vβ流式细胞术得到CD8⁺ 之后为了验证突变型和野生型STAT3 T-LGLL 之间的差异，分析了普通转录组数据，与突变型STAT3患者相比，野生型 STAT3 患者的 CD8+ T 细胞具有更高的细胞毒性评分。 T-LGLL患者的细胞通讯增强 作者为了解释T-LGLL患者中细胞因子介导的白血病细胞和非白血病细胞间的细胞互作关系，分析了9 名 T-LGLL 患者和 8 名健康对照的血浆细胞因子表达。
61310编辑于 2023-02-16 - 来自专栏用户7627119的专栏
免疫组库
免疫组库（immune repertoire, IR）：是指某个体在特定时间点其循环系统中所有功能多样性B淋巴细胞和T淋巴细胞的总和。 免疫组库分析：通过分析决定B细胞受体（BCR）或T细胞受体（TCR）多样性的互补决定区（CDR区），全面评估免疫系统的多样性，深入挖掘免疫组库与疾病的关系。 ? 应用领域：免疫组库中每一种免疫蛋白彼此间结构差异很小，但亚型种类繁多，正是这种多样性对健康的维护起着至关重要的作用；免疫蛋白的亚型越多，越能有效抵抗病原体。 正因为如此，免疫组库在肿瘤研究、移植和免疫重建、自身免疫性疾病、感染性疾病、抗体开发、用药及疫苗评估等多个方面均有重要的应用价值。 单细胞测序揭示新型模式 ? 抗体在免疫应答反应中发挥着至关重要的作用，抗体的多样性是抗体能够抵御各种各样入侵病原体的关键所在。
1.6K30发布于 2020-08-06 肿瘤免疫与单细胞、空间、外显子和免疫疗法
类分子限制性的方式供CD4'T细胞识别,或者以交叉提呈的方式供CD8+T细胞识别。 CD4+TH淋巴细胞发挥抗肿瘤免疫应答的重要辅助作用，其介导的抗肿瘤免疫机制有几种:①活化的CD4+TH1细胞可辅助CD8+CTL激活，同时，它们分泌的IL-2及肿瘤微环境中其他细胞分泌的IL-15能够促进和维持 CD8细胞的功能与活性;②活化的CD4+TH2细胞参与辅助B细胞产生特异性抗肿瘤抗体;③活化的CD4+T淋巴细胞可辅助固有免疫细胞(如NK细胞、DC)的活化;④部分活化的CD4+T细胞可直接杀伤肿瘤细胞 CD8+TC淋巴细胞负责杀伤肿瘤细胞,是抗肿瘤免疫应答最主要的效应细胞,其介导的抗肿瘤免疫机制包括:①通过穿孔素和颗粒酶等杀伤靶细胞;②通过表面的Fas配体与肿瘤细胞表达的Fas受体结合，从而启动肿瘤细胞凋亡 此外，CD8+CTL细胞具有免疫记忆功能，在相同肿瘤抗原再次刺激后，能很快分化成效应细胞，并显示杀伤活性。
53510编辑于 2024-02-27- 来自专栏流式抗体推文
精准识别CD8a分子！Elabscience PECyanine7标记抗人CD8a抗体赋能免疫研究
在免疫学研究中，精准识别和分析免疫细胞亚群是探究免疫机制、疾病诊断及药物研发的关键。 ，助力科研人员深入开展免疫相关研究。 CD8，也被称为T8和Leu2，是免疫球蛋白超家族的一员，存在于大多数胸腺细胞、外周血T细胞和NK细胞（几乎只表达CD8a二聚体）中。 应用领域 免疫细胞亚群分析：用于鉴定和定量分析外周血、淋巴组织、骨髓等样本中表达CD8a的T细胞（如细胞毒性T淋巴细胞）及NK细胞等免疫细胞亚群 免疫功能研究：通过检测CD8a阳性细胞的数量和活性，探究免疫细胞在抗感染 检测药物对免疫细胞CD8a分子表达及相关免疫功能的影响 产品优势 高特异性：单克隆抗体，克隆号OKT-8经过验证，可特异性结合人类CD8a分子，与其他非靶标蛋白交叉反应低 优质荧光标记：偶联的PE/Cyanine7
22600编辑于 2025-11-10 - 来自专栏mwangblog
免疫算法简单介绍
免疫算法的基本步骤： 抗原识别。输入目标函数和各种约束作为免疫算法的抗原。 初始抗体生成。随机生成初始抗体种群。 亲和力计算。计算抗体的适应值。 免疫处理。 免疫处理包括免疫选择、克隆、变异和抑制。 免疫选择：根据抗体的亲和力选出亲和度较高的抗体。 克隆：对选出的亲和力较高的抗体进行复制。 变异：对克隆得到的个体进行交叉、变异操作，使其亲和力发生改变。 将免疫选择的抗体和免疫抑制后的抗体组成一个集合，保留其中亲和度较高的抗体，使这些抗体进入新的种群。新的种群中不足的部分随机生成，以增加多样性。 免疫算法流程图： ?
1.6K10发布于 2018-12-21 - 来自专栏百味科研芝士
深度解读8分+围绕免疫治疗对泛癌展开建模和分析
，将样本分成4个基因组类别，并且基于免疫基因表达和肿瘤浸润淋巴细胞分析分为cold和hot免疫微环境（a）；箱线图展示4个基因组类别在MSI、SCNA和mTMB方面的差异（b）；并且对不同肿瘤进行了4个基因组类别下样本量的展示 2.2 不同基因组类别的免疫微环境差异 用GSEA分析对不同基因组类别进行了免疫相关通路表达的比较，并用热图进行高低表达展示（红色代表高表达，蓝色代表低表达，颜色深浅与p.value呈负相关，即颜色越深 ，并对免疫治疗的相应（a、c）和生存分析（b、d）进行了比较，不同基因组分类对免疫治疗的响应和总生存有差异，且具有统计学意义； ? 结语 文章整合的信息包括MSI、mTMB、SCNA，均与免疫检查点抑制剂响应相关，对数据集分类后分析的内容主要包括免疫相关通路、免疫刺激基因、免疫抑制基因等表达差异和生存差异；对外部数据集的分析除了生存分析外 ，还对不通类别下的样本响应情况进行了比较；分析围绕着免疫检查点抑制剂展开，大家在对数据集分组后如果要做免疫相关分析，也可以参考这篇文章的内容展开。
1K40发布于 2020-06-11 - 来自专栏单细胞天地
头颈癌免疫状况研究
Abstract 本文研究了HPV+/HPV- (Human Papillomavirus) 的Head and Neck Squamas Cancer (HNSCC) 患者的肿瘤免疫微环境，发现这两类患者中 CD4+和B细胞更加多样而CD8+和Treg更相似。 免疫疗法为HNSCC的一个新疗法，但只有20-30%患者在PD-1/PD-L1的临床试验中获益，且原因不明。因此，有必要研究HNSCC的免疫微环境，从而为免疫治疗提供可能靶点。 ? primary tumor: 18 HPV+, 8 HPV-; 对照: 5 tonsil tissue; 6 PBMC (healthy people) => CD45+ sorting，共131224 1 2.按细胞类型分别解析lineage，并作HPV-/+的比较 2.1 CD8+ T ?
82520发布于 2020-03-27 - 来自专栏作图丫
8+！免疫相关：肝细胞癌中 T 细胞介导的肿瘤杀伤的分子特征
图 2 03 不同TTK亚型患者免疫治疗反应的机制 通过比较两种 TTK 亚型之间 HCC 的 TME 中的浸润性免疫细胞组成（图 3A），本研究发现：1) 簇 1 中的样本大多表现出低免疫细胞浸润，而簇 2 中的样本大多表现出高免疫细胞浸润。 2) 热图中的高免疫浸润区包含为介导抗肿瘤免疫反应而建立的免疫细胞和多种免疫抑制细胞，提示可能存在反馈机制，即 TME 可能促进免疫抑制细胞的募集或分化。 图 3 为了确定导致Cluster 1和Cluster 2之间TME差异的特定免疫成分，本研究计算了28个免疫细胞在不同亚型之间的差异。 结合生存分析结果（图 2E），与有利生存结果相对应的簇 2 中的样本显示，效应记忆 CD8+ T 细胞、Th1 细胞、CD56 自然杀伤细胞、嗜酸性粒细胞、自然杀伤 T 细胞、中性粒细胞和浆细胞样树突状细胞大量浸润
62420编辑于 2022-12-14 - 来自专栏免疫组库研究
【生信分析】免疫组库基础分析8-CDR3氨基酸使用频率
"Q", "H", "M", "I", "L", "K", "R", "F", "Y", "W") # 创建包含10个虚拟CDR3序列及其频率的数据框 # 序列长度在8- 长度14 "CASSLDVNTGQLYF", # 序列6：长度13 "CASSLEGANTGQFY", # 序列7：长度13 "CASSLGQWGNTIYF", # 序列8： "CASSQGGNKEQYF", # 序列9：长度12 "CASSLGMGQGRNTIYF" # 序列10：长度15 ), Frequency = c(15, 12, 10, 8, 20, 5, 10, 8, 7, 5) # 各序列占比(%) ) # 验证频率总和是否为100% if (sum(seq_data$Frequency) !
29010编辑于 2025-10-20 新突破 | 治愈自身免疫性疾病？序贯免疫疗法：免疫系统也能 开机重启！ | MedChemExpress (MCE)
前段时间有个关于自身免疫性疾病的小新闻......But！咱们今天不聊这个。咱们聊聊自身免疫性疾病是否可治愈？ 哎嘿~有一新突破：序贯免疫疗法，让你的免疫系统 "开机重启"！ 01了解自身免疫自身免疫是指生物体对自身健康细胞、组织或成分的免疫反应，可能导致重要器官不可逆转的损害。 所以序贯免疫疗法的第二步是重置免疫系统，其主要目标是通过消除病理性免疫记忆细胞来减少免疫系统的异常反应，从而恢复免疫系统的正常功能[3]。 评估了 15 名患有重度系统性红斑狼疮 (SLE)(8 名)、特发性炎性肌炎 (3 名) 或系统性硬化症 (4 名) 的患者，这些患者在用 Fludarabine 和 Cyclophosphamide N Engl J Med. 2024 Feb 22;390(8):687-700.[5] Zhang W, et al.
39500编辑于 2024-11-04【免疫笔记】胸腺的“衰老剧本”—从发育到免疫老化的秘密
现在看这话简直是“大型真香现场”——胸腺根本不是“意外”，而是T细胞发育的“命运之地”：它负责筛选能识别外来抗原、同时不攻击自身的T细胞，是免疫耐受和免疫功能的“起跑线”。 六、 naive T细胞：免疫老化的“预测指标” 通过分析外周血里的初始T细胞（naive T细胞），可以预测“免疫年龄”。 比如： •健康人群的实际年龄和免疫年龄基本匹配； •百岁老人的免疫年龄比实际年龄“年轻”（这可能是他们长寿的原因之一）； •乙肝、HIV患者，以及红斑狼疮、重症肌无力患者的免疫年龄，比实际年龄“老很多” 相当于给免疫系统装了个“体检仪”，能提前预警免疫老化相关的疾病。 八、外周血的“证据”：新输出T细胞（RTE）越来越少 外周血的数据也印证了胸腺的“摆烂”：随着年龄增长，新从胸腺输出的T细胞（RTE）比例断崖式下降——不管是CD4+还是CD8+ RTE，老年组的占比连年轻组的
28210编辑于 2025-12-24- 来自专栏医学和生信笔记
免疫浸润结果可视化
免疫浸润结果可视化 在之前的推文中我们介绍了2行代码实现9种免疫浸润方法，今天给大家介绍下常见的免疫浸润结果的可视化。 就以大家最常见的cibersort为例进行介绍。 首先大家要对每种免疫浸润方法的结果有一个大体的认知，比如cibersort的结果是各种免疫细胞在样本中的比例，所以一个样本中所有的免疫细胞比例加起来总和是1！ 但是ssGSEA就不是这样了。 scale_color_manual(values = palette4,name=NULL) plot of chunk unnamed-chunk-24 除此之外也是可以添加分组，画热图等，其他的免疫浸润结果也是同样的可视化思路 2 " " ## 2 VEGFB Activated CD4 T cell -0.338 2.35e-15 "***" ## 3 VEGFB Activated CD8 height = 8) 除此之外，你还可以可视化1个基因和1个细胞之间的关系，用散点图或者散点图矩阵的形式。
1.9K30编辑于 2023-08-30
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