自动efetch不返回xml文件

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python-3.x、beautifulsoup、pubmed

当我使用Entrez网站()上提供的示例url时，数据可以作为xml文件正确下载，但如果我要通过将id替换为变量(temp_id)来自动执行搜索，则返回的是文本而不是xml文件。因此我得到了这个错误(因为没有带有xml标记的xml文件) 回溯(最近一次调用)：文件"test.py"，第14行，in pub_doi = soup.find(idtype="doi").text A

浏览 20提问于2019-03-31得票数 0

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Parser.py", line 248, in readBio.Entrez.Parser.NotXMLError: Failed to parse the XMLPlease make sure that the input data are in XML formatimport numpy as np from Bio import Entrezhandle = Entrez.esearch(db="pmc", term = "Antimicrob

浏览 3提问于2018-10-01得票数 0

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如何通过BioPython自动保存PMC全文到磁盘？

python、bioinformatics、biopython、pubmed

是否有方法下载Entrez模块返回到本地磁盘的XML文件并保存这些文件？我目前所做的是： resetmode='xml', rettype='full')然后通过article

浏览 1提问于2017-04-11得票数 1

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SeqIO：“在句柄中找不到记录”

python、bioinformatics、biopython、genbank

当我在下面运行代码时，它会返回一个错误，它说： handle = Entrez.efetch(db = searchdb, id = records['IdList'][i], retty

浏览 2提问于2014-03-25得票数 0

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使用Entrez解析来自PubMed的发布数据的问题

python、bioinformatics、biopython、pubmed

搜索部分工作正常，但当我试图解析时： records = Entrez.parse(handle) 文件"/venv/lib/python2.7&

浏览 3提问于2016-12-22得票数 6

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如何使用Efetch下载_full_ RefSeq记录？

biopython、ncbi、genbank

我使用： from Bio import Entrez seq_record = SeqIO.read(handle, "gb") print(seq_record) 这给了我一个简短的gb文件版本，因此命令： seq_record.features 不<

浏览 34提问于2019-03-21得票数 1

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将文件中的值作为Makefile变量传递

bash、makefile

我想使用文件中的值传递给Make中的命令。问题上下文是传递一组Ids，以便使用从NCBI中获取蛋白质。我考虑使用进程替换，但这将传递一个文件位置，我们需要一个字符串。查克普 test1.txt:

浏览 3提问于2015-07-01得票数 0

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urllib2.HTTPError Python

python、urllib2、biopython、ncbi

我有一个带有GI号码的文件，我想从ncbi获得FASTA序列。(db="nucleotide", id=line, retmode="xml") print ">GI "+line.rstrip(db="nucleotide", id=line, retmode="xml") File "C:\Python27\lib\site-packages\

浏览 1提问于2013-02-12得票数 1

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在python中，将"or“与if条件一起使用的正确方式是什么

python

我写了一个代码来获取科学文献，给出了下面的代码来获取"xml“文件，并从大文件中提取所需的数据或行。在这个文件中，我希望打印包含标签"AbstractText“或"Title”的两行代码，当我将"AbstractText“或"Title”与"if“一起使用时，它会打印所需的输出，但当我将这两个标签与”未正确运行的代码： def fetch_abstract(pmid): handle = efetch(db='pub

浏览 20提问于2017-05-11得票数 0

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使用Biopython Entrez从fasta记录中访问序列元素

python、biopython、fasta、ncbi

我只想访问返回的fasta记录中的序列，但我不想为了这样做而将记录写到文件中。我在试着写代码 Entrez.email = "myemailaddress"AttributeError: 'generator' object has no attribute 'readline' 如果我用handle.read

浏览 1提问于2013-07-21得票数 1

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Entrez.efetch(db="Taxonomy"，id=tax_id，retmode="xml")返回空记录

biopython

下面的代码返回一个空记录： handle = Entrez.efetch(db="Taxonomy", id="158330", retmode="xml") #From biopython tutorial

浏览 0提问于2012-06-01得票数 0

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从R统计数据中的XML文件创建数据集

r、xml-parsing

我正在尝试下载期刊文章记录的XML文件，并创建一个数据集，以便在R中进一步询问。我对XML完全陌生，在R中也是相当新手。我使用两个来源的代码拼凑了一些代码：和。db=pubmed&WebEnv=",env,"&retmode=xml&query_key=",key)myxml<-xmlTreeParse(pub.efetch,asText=TRUE,useInter

浏览 0提问于2012-07-26得票数 0

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传递给os.system()的外壳命令失败: sh: 2:语法错误："|“意外

python、bash、shell、bioinformatics

输入示例(文本文件)：Saccharopolyspora erythraeaRoseiflexus sp.(name) for row in names_board: os.system("esearch -db pubmed -query %s | efetch-format xml | xtract -pattern PubmedArticle -element AbstractTe

浏览 3提问于2016-11-05得票数 0

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无法请求使用biopython返回网格项

python、biopython、pubmed

我似乎无法让Entrez.efetch()返回给定文章的网格条件，唯一的方法似乎是我正在做的事情，即：records = Entrez.read(handle)我尝试过在没有运气的情况下调整每个的rettype和retmode参数

浏览 8提问于2012-11-30得票数 2

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无法使用biopython从pubmed检索文件

biopython、pubmed

'relevance', retmode='xmlids = ','.join(id_list) handle = Entrez.efetch(db='pubmed',

浏览 13提问于2021-05-30得票数 0

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使用Biojava或Biopython检索某些生物的全基因组genbank文件

bioinformatics、biopython、ncbi、biojava

谁知道如何使用BIopython或BioJAVA从FTP ncbi中自动搜索和解析gbk文件。我在BIojava中搜索了实用程序，但没有找到任何实用程序。否则，我将不得不从头开始自动执行此过程。谢谢。

浏览 22提问于2014-03-14得票数 1

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如何利用entrez.efetch获得特定的蛋白质序列？

xml、sequence、bioinformatics、biopython、ncbi

proteina = Entrez.efetch(db="protein", id= gi, rettype="gb", retmode="xml").或者我使用以下方法检查XML树： proteinaXML[0]["GBSeq_feature-table"][2]["GBFeature_quals"][6]['GBQualifier_value'].但是，根据提交的蛋白质的GI，XML树可能会有所不同。

浏览 2提问于2013-11-14得票数 2

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biopython的efetch只从任何数据库返回第一个特性

python、biopython

知道为什么这个代码： id=['556503834'], rettype="gb", print(handle.read())我尝试了其他数据库得出了同样的结论。

浏览 2提问于2015-05-12得票数 2

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NCBI发布的新RefSeq与Bio.Entrez.Parser兼容吗？

python、xml、dtd、biopython、ncbi

我试图使用Entrez.efetch从XML文件中获取一些信息，然后读取它。上周，这个脚本运行得很好：records = Entrez.read但我还是有个错误：经过

浏览 3提问于2014-05-05得票数 2

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慢第一次调用C# web服务

c#、web-services、serialization、pubmed

我试图访问这里提供的PubMed web服务：我尝试以两种方式写入C#中的web服务--都是作为控制台应用程序。1) (来自Add Service Reference向导) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/soap/v2.0/efetch

浏览 1提问于2012-01-23得票数 3

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