使用Entrez解析来自PubMed的发布数据的问题

Question

我试图使用Entrez将发布数据导入数据库。搜索部分工作正常，但当我试图解析时：

from Bio import Entrez

def create_publication(pmid):

    handle = Entrez.efetch("pubmed", id=pmid, retmode="xml")
    records = Entrez.parse(handle)
    item_data = records.next()
    handle.close()

..。我得到以下错误：

文件"/venv/lib/python2.7/site-packages/Bio/Entrez/Parser.py"，第296行，在解析ValueError(“XML文件不代表列表。请使用Entrez.read而不是Entrez.parse") ValueError: XML文件不代表列表。请使用Entrez.read而不是Entrez.parse

直到几天前，这段代码才开始工作。有什么想法吗这里可能出了什么问题？

此外，查看源代码(http://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.Entrez-pysrc.html)并尝试遵循列出的示例，也会出现相同的错误：

from Bio import Entrez 
Entrez.email = "Your.Name.Here@example.org"
handle = Entrez.efetch("pubmed", id="19304878,14630660", retmode="xml")    
records = Entrez.parse(handle) 
for record in records: 
    print(record['MedlineCitation']['Article']['ArticleTitle']) 
handle.close()

Answer 1

正如其他评论和GitHub问题中所记录的那样，这个问题是由NCBI实用程序开发人员故意做出的更改造成的。正如Jhird在这个问题中所描述的，您可以将代码更改为：

from Bio import Entrez 
Entrez.email = "Your.Name.Here@example.org"
handle = Entrez.efetch("pubmed", id="19304878,14630660", retmode="xml")  

records = Entrez.read(handle)      # Difference here
records = records['PubmedArticle'] # New line here  

for record in records: 
    print(record['MedlineCitation']['Article']['ArticleTitle']) 
handle.close()