如何在biomaRt R软件包中使用NCBI基因数据库

Question

我对R不是很在行，但我正在尝试学习如何使用biomaRt包来查找位于我感兴趣区域的基因。

我已经设法使用ensembl数据集生成了一个有效的输出，代码如下：

> mart= useMart(biomart="ensembl",dataset="hsapiens_gene_ensembl")
> results <- getBM(attributes =c("chromosome_name","start_position","end_position",
"band","hgnc_symbol","entrezgene"), filters = c("chromosome_name","start","end"),
values = list(1,226767027,227317593), mart=mart)

我知道"entrezgene“对应于NCBI的基因ID，但我想要来自NCBI的基因名称。

有没有一种方法可以使用连接到NCBI数据库的biomaRt并检索该信息？

感谢您的支持。

Answer 1

输入listAttributes(mart)以查看可选择的属性列表

关于基因名称，我认为您可能需要external_gene_id，但也有其他基因名称选项。