编写一个脚本，该脚本使用agrep逐行遍历文档中的行，然后得到结果。

Question

我正在尝试编写一个脚本，该脚本使用agrep循环遍历一个文档中的文件，并将它们与另一个文档进行匹配。我相信这可能会使用嵌套循环，但是，我不能完全确定。在模板文档中，我需要它获取一个字符串并将其与另一个文档中的其他字符串匹配，然后移动到下一个字符串并再次匹配它。

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如果由于一些奇怪的原因无法看到图片，我已经包括在底部的链接，以及这里。如果你需要我解释更多的话，请告诉我。这是我的第一篇文章，所以我不确定这将如何被理解，或者我是否使用了正确的术语:)

Template agrep/highlighted- https://imgur.com/kJvySbW
Matching strings not highlighted- https://imgur.com/NHBlB2R

我已经看过关于循环的各种网站了。

#!/bin/bash
#agrep script
echo ${BASH_VERSION}


TemplateSpacers="/Users/kj/Documents/Research/Dr. Gage 
Research/Thesis/FastA files for AGREP 
test/Template/TA21_spacers.fasta"
MatchingSpacers="/Users/kj/Documents/Research/Dr. Gage 
Research/Thesis/FastA files for AGREP test/Matching/TA26_spacers.fasta"

for * in filename 

do 

agrep -3 * to file im comparing to  

#potentially may need to use nested loop but not sure 

Answer 1

好吧，我想我现在明白了。这应该能让你开始。

#!/bin/bash

document="documentToSearchIn.txt"

grep -v spacer fileWithSearchStrings.txt | while read srchstr ; do
   echo "Searching for $srchstr in $document"
   echo agrep -3 "$srchstr" "$document"
done

如果这看起来是正确的，在echo之前删除agrep并再次运行。

如果如您在注释中所述，您希望将脚本存储在其他地方，比如在$HOME/bin中，您可以这样做：

mkdir $HOME/bin

将上面的脚本保存为$HOME/bin/search。现在，通过以下方式使其可执行(只需一次)：

chmod +x $HOME/bin/search

现在将$HOME/bin添加到您的路径中。所以，找到开始的行：

export PATH=...

在登录配置文件中，并将其更改为包含新目录：

export PATH=$PATH:$HOME/bin

然后启动一个新的终端，您应该能够运行：

search

如果希望能够指定字符串文件和要搜索的文档的名称，可以将代码更改为：

#!/bin/bash

# Pick up parameters, if supplied
#   1st param is name of file with strings to search for
#   2nd param is name of document to search in
str=${1:-""}
doc=${2:-""}

# Ensure name of strings file is valid
while : ; do
   [ -f "$str" ] && break
   read -p "Enter strings filename:" str
done

# Ensure name of document file is valid
while : ; do
   [ -f "$doc" ] && break
   read -p "Enter document name:" doc
done

echo "Search for strings from: $str, searching in document: $doc"

grep -v spacer "$str" | while read srchstr ; do
   echo "Searching for $str in $doc"
   echo agrep -3 "$str" "$doc"
done

然后你就可以跑：

search path/to/file/with/strings path/to/document/to/search/in

或者，如果你像这样跑：

search

它会问你两个文件名。