ete3:如何从分类法id中获取分类等级名称？

Question

我想使用它来转换一组标识符，但我需要确切地知道分配给每个分类代码的分类等级。下面所示的是一个转换示例，它很有意义，但我不知道如何标记一些分类法调用。基本的分类等级是：(领域、王国、门、科、目、科、属、种) rank。

在大多数情况下，这将是容易的，但如果有亚种和菌株的细菌，这可能会变得混乱。

我如何让ete3指定在分类等级中哪个等级的血统I对应？

import ete3
import pandas as pd

ncbi = ete3.NCBITaxa()
taxon_id = 505
lineage = ncbi.get_lineage(taxon_id)
Se_lineage = pd.Series(ncbi.get_taxid_translator(lineage), name=taxon_id)
Se_lineage[lineage]


1                       root
131567    cellular organisms
2                   Bacteria
1224          Proteobacteria
28216     Betaproteobacteria
206351          Neisseriales
481            Neisseriaceae
32257               Kingella
505          Kingella oralis
Name: 505, dtype: object

Answer 1

使用ncbi.get_rank()获取{id:name}的字典，然后进行一些基本转换以获得{name:taxonomy}