使用python3.x如何将Tree对象从ete3传递给DendroPy而无需写入文件

Question

我正在使用python中的ete3包根据我用随机模型生成的数据构建系统发育树，它运行得很好。我以前已经将这些树写成newick格式，然后使用另一个脚本，连同Dendropy包，来读取这些树并对它们进行一些分析。这两个脚本都运行良好。

现在，我正在尝试进行大量的此类数据处理，并希望编写一个脚本，在其中跳过文件编写。这两个方法都称为Tree，所以我通过导入树状方法来解决这个问题，比如：

from dendropy import Tree as DTree

ete3方法如下：

from ete3 import Tree

似乎没什么问题。

我的问题是如何将对象从一个包传递到另一个包。我有一个循环，首先使用ete3方法构建树对象，我称之为t‘。然后，我的计划是使用ete3中的ete3方法将树状图传递给Dendropy，使用'get‘方法并跳过实际的外部文件位，如下所示：

treePass = t.write(format = 1)
DendroTree = DTree.get(treePass, schema = 'newick')

但这就产生了错误：

    DendroTree = DTree.get(treePass)
TypeError: get() takes 1 positional argument but 2 were given

任何想法都欢迎。

Answer 1

DTree.get()只以self作为实际参数，rest是通过关键字给出的。这基本上意味着不能将treePass作为参数传递给DTree.get()。

我没有使用这两个库，但是我找到了一种将数据导入到树状树这里的方法。

tree = DTree.get(data="((A,B),(C,D));",schema="newick")

这意味着您必须以这种格式从ete3获取树。对于一棵树来说，这似乎并不罕见，因此，在看了更多之后，这里似乎支持ete3格式，您可以阅读这里。我想是9号。

所以最后我会试试这个：

from dendropy import Tree as DTree
from ete3 import Tree

#do your Tree generation magic here
DendroTree = DTree.get(data=t.write(format = 9),schema = 'newick')

编辑：

随着我阅读的越来越多，我认为任何格式都应该被读取，所以基本上，您需要添加到示例中的所有内容都是data这里：DendroTree = DTree.get(data=treePass, schema = 'newick')