RAM ()函数-RAM没有释放？内存泄漏？

Question

我正在为多个加性多项式模型运行gbm()函数，每个响应类别在一个大型数据集中(~ 0.5-1 mio )。(每种型号的线)。模型是这样的(基本上是默认的)。

gbm <-
gbm(Y ~ A + B + C + D + E + F, 
  data=data,                   
  var.monotone=c(0,0,0,0,0,0), 
  distribution="multinomial", 
  n.trees=500,                
  shrinkage=0.1,               
  interaction.depth=1,        
  bag.fraction = 0.5,          
  train.fraction = 0.5,        
  n.minobsinnode = 5,         
  cv.folds = 0,               
  keep.data=TRUE,              
  verbose=FALSE,                
  weights=sampleWeight)     

Y是一个有6个范畴的因子，解释变量是度量和因子。data是data.table。这段代码运行良好。预测是好的。完成此操作后，我保存预测并使用：rm(list=ls(all=TRUE))清理工作区，并另外运行gc()，但它不会释放内存。我希望在清理所有工作区时，我的内存使用量应该与R会话开始时大致相同。

在我的具体情况下，加载数据后RAM的使用量约为1.5GB。在拟合模型后，它在我的个人电脑的极限在14 at左右。清理工作区后，它的容量约为12 at。对我来说，目前唯一的解决方案是重新启动整个R会话，重新加载数据并运行下一个模型。

有没有解决这个问题的方法，这样我就不必总是重新启动会话了？

非常感谢!

Answer 1

是的，gbm有内存泄漏。具有讽刺意味的是，修复是在gbm网站上进行的，但是维护人员并没有将其整合到CRAN版本中。

id=443&func=browse

Answer 2

gbm()的维护人员修正了Laplace和多项式分布的内存泄漏问题，以及其他bug。此外，他们还增加了cox回归和其他功能。截至2016年7月，这些修补程序尚未被整合到gbm包的新版本中，这些版本可以在CRAN镜像上找到或使用install.packages("gbm")语句安装。然而，这正在进行中，应该出现在未来的版本gbm-2.1.2或gbm-3.0.0的CRAN镜像上。

幸运的是，您现在可以使用bug修复获得最新的工作版本。你是从：https://github.com/gbm-developers/gbm得到的。另见https://github.com/gbm-developers/gbm/issues/16#issuecomment-234054158。

我用来安装最新工作版本的声明如下：

在Linux控制台中：

sudo apt-get -y build-dep libcurl4-gnutls-dev sudo apt-get -y install libcurl4-gnutls-dev sudo apt-get -y build-dep libxml2-dev sudo apt-get -y install libxml2-dev

在R：

remove.packages("gbm") install.packages("devtools", dependencies=TRUE) library(devtools) install_github("gbm-developers/gbm")

我刚刚在Windows、Linux (Gnome)和Linux (薄荷)上测试了上述开发版本，方法是运行gbm与选项distribution="laplace“和distribution=”多项式“。没有像那些困扰gbm版本2.1.1和更早版本那样的内存泄漏。