如何从包glmmTMB绘制GLMM的预测数据？

Question

我有以下数据，并以R中的glmmTMB包建立了一个具有随机绘图效应的植物直径~植物密度(植物数量)的模型：

d <- data.frame (diameter = c(17,16,15,13,11, 19,17,15,11,11, 19,15,14,11,8),
                      plant_density = c(1000,2000,3000,4000,5000, 1000,2000,3000,4000,5000, 1000,2000,3000,4000,5000),
                      plot = c(1,1,1,1,1, 2,2,2,2,2, 3,3,3,3,3))

glmm.model <- glmmTMB(diameter ~  plant_density + (1|plot),
                        data = d,
                        na.action = na.omit,
                        family="gaussian",
                        ziformula = ~ 0)

我的目的是为不同植物密度建立一个具有预测直径数据的地块，其中包含随机小区效应。所以我试着预测数据：

new.dat <- data.frame(diameter= d$diameter,
                      plant_density = d$plant_density,
                      plot= d$plot) 

new.dat$prediction <- predict(glmm.model, new.data = new.dat, 
                              type = "response", re.form = NA)

不幸的是，我得到了每个地块的输出，但是我想要一个关于直径~植物密度的广义预测。

我的目标是创建一个类似于这里的图，但是使用一个glmmTMB的回归模型，该模型考虑了随机效应。

谢谢你的帮助！

Answer 1

ggeffects包使这种类型的东西很容易实现和定制。

例如

library('ggplot2')
library('glmmTMB')
library('ggeffects')
d <- data.frame (diameter = c(17,16,15,13,11, 19,17,15,11,11, 19,15,14,11,8),
                 plant_density = c(1000,2000,3000,4000,5000, 1000,2000,3000,4000,5000, 1000,2000,3000,4000,5000),
                 plotx = as.factor( c(1,1,1,1,1, 2,2,2,2,2, 3,3,3,3,3)))

glmm.model <- glmmTMB(diameter ~  plant_density + (1|plotx),
                      data = d,
                      family="gaussian")

# basically what your looking for
plot(ggpredict(glmm.model, terms = "plant_density"))

# with additional a change of limits on the y-axis
plot(ggpredict(glmm.model, terms = "plant_density")) + 
scale_y_continuous(limits = c(0, 20))

你真的可以用它做任何你想做的事，改变颜色，主题，音阶，这个包也有一些漂亮的小插曲。。