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seurat标准流程实例之2个10x样本的项目（GSE135927数据集）

其中有一个环节是需要比较seurat分群以及singleR的分群，这样就可以合理的命名啦。在jimmy老师的督促下，我使用老师的代码处理了GSE135927数据...

生信技能树 2020-09-142020-09-14 16:37:29

geo

10X单细胞转录组理论上有3个文件才能被读入R进行seurat分析

比如SRR7722939数据集里面，文件barcodes.tsv 和 genes.tsv，就是表达矩阵的行名和列名：

生信技能树jimmy 2020-06-102020-06-10 15:58:14

数据分析、typescript

Seurat新版教程：分析空间转录组数据（下）

Seurat提供了两个工作流程来识别与组织空间位置相关的分子特征。第一种是根据组织内预先标注的解剖区域进行差异表达，这种差异表达可以通过非监督聚类或先验知识来确...

生信技能树 2021-10-212021-10-21 17:13:27

dataset、image、integration、na、reference

Seurat新版教程：分析空间转录组数据（上）

随着转录组技术的发展，空间转录组已经正式走向商业化时代，作为单细胞数据分析的工具箱的Seurat与时俱进，也相应地开发了空间转录组分析的一套函数，让我们跟随卑微...

生信技能树 2021-10-212021-10-21 17:13:46

https、网络安全、css、存储

多个单细胞转录组样本的数据整合之CCA-Seurat包

大多数百万经费起的项目，当然，现在想发普通的单细胞文章，也是得做多个样本了，就面临如何整合的问题，其中最出名的当然是Seurat包的CCA方法了，具体多火呢，发...

生信技能树 2019-09-062019-09-06 10:18:56

https、网络安全

全网第一个单细胞转录组数据分析实战视频教程

回首年前开创的单细胞天地公众号，再看看单细胞转录组知识星球的精华资源，一年时间就这样过去了，感慨万千！

生信技能树 2018-12-292018-12-29 15:59:48

生物基因

祖传的单个10x样本的seurat标准代码

其实单细胞领域进展太快，我那些课程内容关于R包相关的代码基本上过时了，因为R语言本身都经历了一个超级大的变革！考虑到不能把粉丝带歪，我早就全部公开了系列视频课程...

生信技能树 2020-08-282020-08-28 10:41:11

https、网络安全、数据处理

使用seurat3的merge功能整合8个10X单细胞转录组样本

本教程演示的数据来源于发表在2017年10月的NC文章：Differentiation dynamics of mammary epithelial cells...

生信技能树jimmy 2020-03-302020-03-30 11:34:22

git、cell、count、merge、教程

三个10X单细胞转录组样本CCA整合

其中，我委婉的指出来了，那个文章对两个两个样本的10X单细胞转录组数据的整合是有问题的，不过他们文章发表期刊是 Immunity影响因子很高，二十多分，其实单细...

生信技能树jimmy 2020-03-302020-03-30 11:10:48

腾讯云开发者社区、数据分析

Seurat:用于分析10X单细胞转录组数据的R包

Seurat是一个分析单细胞转录组数据的R包，提供了t-SNE降维分析，聚类分析，mark基因识别等多种功能，网址如下

生信修炼手册 2019-12-192019-12-19 11:47:11

生物基因

Seurat包里面的Read10X_h5函数介绍

本文使用的是题目为Senescence of Alveolar Type 2 Cells Drives Progressive Pulmonary Fibros...

生信技能树 2021-02-032021-02-03 15:54:14

https、html5、typescript、网络安全、腾讯云开发者社区

生信中各种ID转换

1.Uniprot ID mapping 可以很方便地把 ID 转换为其他 ID 类型, 所包含的类型十分全面【https://www.uniprot.org/...

DoubleHelix 2020-06-042020-06-04 11:26:47

数据库、sql、https、网络安全、go

在非Linux系统的电脑也可以使用命令行工具操作R语言

而在个人电脑，通常是Mac或者Windows，都是直接使用界面版本的rstudio更方便的交互式使用R语言。交互式的好处是所见即所得，每个代码随时响应随时看到效...

生信技能树 2021-10-122021-10-12 12:04:15

r 语言、腾讯云命令行工具、git、windows

R语言绘图练习——ggplot2画tSNE的聚类点图（带圈带阴影）

首先，可以看出这张图是张点图，而x轴、y轴和点的颜色分别对应数据中的tSNE_1、tSNE_2和cluster，所以用映射来实现。

生信技能树 2021-07-292021-07-29 11:37:41

ggplot2

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