范捷琦

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CNVkit的使用方法--肿瘤基因组测序数据分析专栏

在进行肿瘤基因组数据分析时，拷贝数变异分析是常用的分析要点之一。CNVkit 则是用于基因组测序 WGS 和 WES 进行 call CNV 的工具之一，基于p...

生信菜鸟团 2021-12-262021-12-26 12:45:21

https、网络安全、html、github、git

R语言中的突变signature分析工具

新的一年开始了，今天给大家介绍一款用于发现、预测和探索突变特征的综合分析工具包musicatk。此包主要基于COSMIC突变数据中的最新数据进行肿瘤突变模式的探...

一粒沙 2022-03-142022-03-14 14:50:02

plotly、shiny、可视化

mskcc的vcf2maf极简解决方案代码分享

为了写这个教程，我特意在唐医生的共享云服务器上面测试了，从头到尾运行过，验证过，你一定可以follow成功的哈！首先是安装miniconda https://...

生信技能树 2020-09-292020-09-29 23:39:21

https、网络安全、数据库、sql、anaconda

比对质量评估之 QualiMap

QualiMap 是一款主要由Fernando Garcı ́a-Alcalde、Konstantin Okonechnikov 开发的用于评估高通量测序数据质...

生信菜鸟团 2023-11-292023-11-29 14:17:08

工具、软件、数据、统计、协议

玩转基因组浏览器之VCF文件的可视化

除了基因结构，测序深度的可视化外，IGV也可以展示基因组变异信息，支持以下两种文件格式

生信修炼手册 2020-05-072020-05-07 16:24:18

存储

Strelka2 call Somatic 流程--肿瘤基因组测序数据分析专栏

由 illumina 公司开发，用于突变检测，可以检测 somatic 和 germline ，通常来说，该软件对于小片段的 indel 检测效果比 Mutec...

生信菜鸟团 2021-11-232021-11-23 16:50:30

https、网络安全、github、git、开源

VEP注释结果怎么看？

众所周知，对于VCF文件的注释常用的有VEP、SnpEff、ANNOVAR等，软件各有优势，选择哪个工具通常取决于具体的分析需求、数据类型和用户的技术背景。例如...

生信菜鸟团 2024-05-112024-05-11 16:46:38

翻译、工具、coding、variant、编码

【Java 基础篇】Java Zip压缩：简化文件和文件夹的压缩操作

在Java开发中，经常会遇到需要对文件和文件夹进行压缩和解压缩的需求。Java提供了Zip压缩库，使我们能够轻松地进行文件和文件夹的压缩操作。本文将详细介绍Ja...

繁依Fanyi 2023-10-122023-10-12 10:21:24

java、zip、对象、基础、压缩

算法：龟兔赛跑

龟兔赛跑算法（Floyd's cycle detection 或 Tortoise and the hare algorithm）可用于判定链表、迭代函数、有限...

WEBJ2EE 2019-07-192019-07-19 14:42:33

编程算法、https、网络安全

浅析YSlow-23条规则

本文作者：IMWeb 孙世吉原文出处：IMWeb社区未经同意，禁止转载起因起初想要去了解如何提高网页加载性能，发现Yahoo发布的一款基于Fire...

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腾讯｜前端开发工程师 (已认证)

2018-01-082018-01-08 17:19:13

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Redis系列 | 缓存穿透、击穿、雪崩、预热、更新、降级

Redis是高性能的分布式内存数据库，对于内存数据库经常会出现下面几种情况，也经常会出现在Redis面试题中：缓存穿透、缓存击穿、缓存雪崩、缓存预热、缓存更新、...

王知无-import_bigdata 2020-07-222020-07-22 11:24:59

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秒懂QPS、TPS、PV、UV、GMV、IP、RPS

QPS 是一台服务器每秒能够相应的查询次数，即1秒内完成的请求数量，是对一个特定的查询服务器在规定时间内所处理流量多少的衡量标准

IT小马哥

人民教育出版社｜ Java开发工程师 (已认证)

2021-03-302021-03-30 09:50:44

tcp/ip

k8s实践(七)：存储卷和数据持久化(Volumes and Persistent Storage)

Kubernetes的卷是pod的一个组成部分，因此像容器一样在pod的规范中就定义了。它们不是独立的Kubernetes对象，也不能单独创建或删除。pod...

loong576 2019-10-232019-10-23 11:17:22

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用Pandoc+Latex制作红头文件

随着公司小伙伴增多，原来的管理也很不规范，有时候有些事情说了，却总是执行不下去。虽然有Tower、钉钉之类的系统，但有时候有些通用性的工作总不能每个人都指定一个...

杜金房 2020-12-212020-12-21 16:16:50

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面试官：为什么数据库连接很消耗资源，资源都消耗在哪里？

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java注解用法详解——@SuppressWarnings

　　在java编译过程中会出现很多警告，有很多是安全的，但是每次编译有很多警告影响我们对error的过滤和修改，我们可以在代码中加上 @SuppressWarn...

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MySQL加锁范围分析

最近，遇到了一个关于mysql 加锁的问题，将当时的情形简化如下，有一个index_test表，表结构如下所示：

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