回答情况：
提问时间：
问题标签：
：其中meta_data = 'DF.classifications_0.25_0.03_252'和是一个字符类。但是，当我尝试执行以下任何一项操作时：
seurat_object <- subset(seur
浏览 7修改于2022-03-20得票数 0
回答已采纳
我首先使用.h5ad函数将.h5Seurat文件转换为library(SeuratDisk)文件。我的尝试的代码可以在这里找到：> library(SeuratDisk)
Warning<- LoadH5Seurat("train.h5Seurat")
Validating h5Seurat<
浏览 15提问于2022-10-27得票数 1
我是R的新手，并试图安装Seurat来分析我的基因组单细胞数据。但是，我想使用Seurat ()，但是在安装软件包时遇到了困难。从Hadley Wickham安装"devtools“软件包(成功)
install.packages("devtools")
install_github("satijalab/seurat&qu
浏览 3修改于2019-11-29得票数 1
我有一个Seurat单细胞基因表达对象，它有槽。我想通过将meta$brain.region的值指定为一个因子来创建一个$orig.ident列。用户提示：> seurat.obj <- "gw14"> seurat.obj
浏览 0修改于2019-11-29得票数 0
当我运行importr('Seurat')时，它给出了错误：
/Users/kipnislab/anaconda3/envs/rmain/lib/python3.6/site-packages/rpy2启动R和运行library('Seurat')工作得很好。如果我只是打开spyder并运行importr('Seurat')，它也可以正常工作，但是当运行在终端：python seur
浏览 2修改于2019-02-04得票数 0
我试图在seurat对象上运行DoubletFinder，这是由于集成了各种数据集。规范化和FindVariableFeature RunPCA，FindNeighbors，FindClusters，RunUMAP关于集成对象.[1] "Creating artificial doublets for pN = 5%"
浏览 45提问于2020-06-08得票数 0
回答已采纳
我在试着分析Seurat的单细胞RNAseq数据。这是一个Dockerfile。/Dockerfile hostname: seurat - '0.0.0.0:8787:8787'
environment然后我试着安装Seurat软件包
浏览 29提问于2022-02-13得票数 0
我使用以下代码查看数据并找到局部最小值： bins = cut(Seurat_obj$nCount_RNA, geom_histogram(binwidththis
color="blue", linetype="dashed
浏览 7提问于2020-08-26得票数 0
我正在使用一个名为"Seurat“的R包进行单细胞RNA-Seq分析。我正在尝试将有关单个细胞样本的元数据信息添加到Seurat对象中。但下游绘图命令不起作用。我想知道是否有人知道我如何检查修改后的Seurat对象，以确认元数据已添加到正确的槽和列中。> Cells <- WhichCells(seurat_object)
然后，我使用数字1-3创建了一个从形态上确定的细胞类型的列表。MorphCell
浏览 6修改于2021-03-04得票数 4
回答已采纳
我正在研究Seurat上的单细胞rna-seq，我试图在Seurat对象上做一个for()循环，绘制几个平均基因表达的热图。T)ggsave行不工作，因为它将I作为seurat因此，我的问题是:如何使ggsave()使用存储在"i“中的seurat对象的名称？
我试着代替(我)和离开(代替(我))取得成功。
浏览 2提问于2020-05-18得票数 0
回答已采纳
当未加载Seurat库时，它会生成像这样的好图输出：
然后，当导入Seurat库时，图形会恢复到这种丑陋状态：
Imports: methods, ROCR已尝试的解决办法：
尝试过的"detach("package:Seurat"，unload = TRUE)“//在关闭和重新加载RStudio时没有恢复绘图，也不允许上游代码块提供ggplot2正常图形
浏览 2修改于2019-12-02得票数 2
我正在尝试下载R中的软件包"Seurat“，这个包已经安装，现在它在我的软件包列表中。packages are in但是，当我试图调用它(库(Seurat))时，我会得到以下错误：Error: package or namespace load failed for ‘Seurat’:
object ‘wrap_plots
浏览 11提问于2020-05-03得票数 3
回答已采纳
我尝试将Seurat包安装在Rstudio中，安装在markdown文件中，显然我需要在CentOS上本地安装libicui18n才能正常工作：我没有root权限。
浏览 0提问于2018-04-25得票数 0
我已经处理了一个带有scRNAseq包(朱庇特笔记本)的Seurat CellTypist对象，以注释免疫细胞类型。我成功地将预测的单元格标签导出为CSV。我已将其读入R中，并希望将结果合并为Seurat对象元数据中的Idents列。它们与原始Seurat对象共享完全相同的行标签，该对象是单元格标识符条形码。csv的标题也被正确地跨过，作为他们自己的标识列。这两个对象( Seurat对象和csv)也具有相同的长度。
浏览 26修改于2022-08-08得票数 1
1回答
我想在R中为下面的函数写一个循环：immune.0 = subset(immune, idents = ("0"))save(file='immune.0.Rdata',immune.0)
Idents(immune) = "seurat_clusterswrite.csv(immun
浏览 0修改于2019-11-18得票数 0
使用木星1.0.0、Python3.7.4、R3.5.1、irkernel 1.0.2和rpy2 3.1.0运行conda环境，并通过R安装了R包Seurat。当我使用R内核创建一个木星笔记本时，我可以用library(Seurat)加载Seurat。Radata_allen <- as(allen, 'SingleCellExperiment')
浏览 44修改于2019-11-29得票数 3
回答已采纳
我用"seurat“来处理老师给我的一些数据。我首先提取了B细胞的部分，并将其定义为pbmc。然后我试着分析里面的线粒体。但是，我得到了以下错误，我不知道如何修复它。applicable method for 'DefaultAssay' applied to an object of class "list"install.packages("Seurat")install.pack
浏览 32修改于2022-04-20得票数 0
因此，如果变量为空，我可以假定别名不存在，
keytool -list -v -storepass "%KEYSTORE_PASS%" -keystore cert/seurat-keystore.jksFOR /F "tokens=* delims=" %%A IN ('keytool -list -v -storepass "%KEYSTORE_PASS%" -keystore cert/seurat-keystore.jks我使用下面的代码在shel
浏览 0提问于2012-07-04得票数 0
回答已采纳
我正在尝试从Seurat的聚类功能产生的聚类中创建一个层次聚类树。我正在尝试找出如何使用其他函数来绘制已由Seurat生成的聚类，但我不知道如何或哪个R包最有效。有人对我有什么建议吗？
浏览 2提问于2020-06-05得票数 0
腾讯云开发者
Copyright © 2013 - 2026 Tencent Cloud. All Rights Reserved. 腾讯云 版权所有
深圳市腾讯计算机系统有限公司 ICP备案/许可证号：粤B2-20090059 
粤公网安备44030502008569号
腾讯云计算（北京）有限责任公司 京ICP证150476号 | 京ICP备11018762号