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> data> A.ab1> C.ab1 return ab1_reads
print(expand("data/2.fastq_files}.ab1&q
浏览 8修改于2018-05-06得票数 2
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我需要转换一堆名称如下的文件：bar_S4_R2_001.fastq.gzbar_R1_001.fastq.gz我想用Makefile (，)来实现SHELL:=/bin/bash touch foo_S13_R2_001.fastq.gztouch baz_S9_R2_001.fast
浏览 0提问于2019-02-28得票数 0
files:ERR1045141_2.fastq.gzERR1045144_2.fastq.gzERR1045145_2.fastq.gzERR1045146_2.fastq.gzERR10
浏览 14修改于2017-11-01得票数 0
下面，我创建了一个包含FASTQ文件的params.files变量，然后将其输入到fasta_files通道中。/usr/bin/env nextflow
println "fastq files for trimming' '{ pr
浏览 12提问于2022-03-07得票数 1
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results/file1_1.fastq.gz results/file2_1.fastq.gz results/file3_2.fastq.gz END=["1","2"]
(dirs, f
浏览 5修改于2017-08-21得票数 1
我有两种文件: a) fastQ文件和b)程序集(fasta)。我可以使用全局通配符“读取”fastq文件和程序集。FASTQ, =glob_wildcards( unzip_res + "{fastq}_R1.fastq")#unzipped fastq filesFASTQ<
浏览 19提问于2020-01-09得票数 1
我对snakemake非常陌生，我正试图为每个示例创建一个merged.fastq。下面是我的蛇形。configfile: "config.yaml"print(config['ss_files']) expand("{ss_file}", ss_file=config["ss_files&
浏览 4提问于2020-09-06得票数 0
我想知道如何通过请求发布fastq文件/python对象。from Bio import SeqIO我使用Bio来解码fastq文件。我希望发送整个fastq文件，然后在服务器端创建对象，或者在服务器端发布对象并解码对象。最好是发送整个fastq文件，我知道对于一个文本文件您会这样做：
fil
浏览 5提问于2020-05-11得票数 0
, Mapping,PATH = Union[str, Path] "plus.fastq.gz")
fastq_files["-"] = reads_dir.jo
浏览 1提问于2020-02-29得票数 11
FILES=($(zenity --file-selection --multiple --title "Pick a file"))
dofastx_quality_stats -i $i -o ${i%.fastq}quality.txt
bash /home/fil/Desktop/Pipeline_MISEQ/fastq_quality_boxplot_graph
浏览 3修改于2015-04-30得票数 1
我不知道如何在concat步骤中为输入编写什么，因为我不知道如何定义所有适合模式bam_files/test*的文件。/{FASTQ}.out", FASTQ=SAMPLE_IDS)
input: output:
"bam_files/{FASTQ</
浏览 1提问于2018-10-01得票数 1
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我在snakemake中使用以下配置文件格式进行一些排序分析实践(我有大量样本，每个样本包含2个fastq文件：Sample1_XY: - fastq_files/SRR4356728_2.fastq.gz - fastq_files/SRR6257171_1.<em
浏览 2修改于2018-05-03得票数 2
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我的目录中有以下文件：L002_R2_001.fastq L005_R2_001.fastqL004_R2_001.fastq L002_R1_001.fastq L005_如果我手动完成
浏览 3修改于2015-03-20得票数 2
我有一些文件的名称如下： 0195_R1.fastq0196_R1.fastq0197_R1.fastq
0197_R2.fastq 诸若此类我需要为每一对文件( R1和R2彼此对应)运行一个软件，如下所示： bowtie2 -x index_files -1 0195_R1.fastq -2 0195_R2.fastq -S 0195_output.sam我尝试过以下几种方
浏览 12提问于2020-01-17得票数 0
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在每个文件夹中，可能有或可能没有一个或两个特定扩展名的文件(特别是".fastq“扩展名)。我想要做的是编写一个脚本，输入这些文件夹，检查fastq文件是否存在。我所写的脚本如下：do myfolder=${folder::-1} echo Entered $myfolder
fastq_test=(´find ./ -maxdepth 1 -name "*.fastq</em
浏览 2提问于2021-11-17得票数 0
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JSON or YAML with keys at top level输入： - Unmap_17_2.fastq - Unmap_31_1.fastq - Unmap_0
浏览 17修改于2019-11-25得票数 2
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fastq.files <- list.files(path = rawdatapath, pattern = c("(.fastq.gz|.fq.gz|.fastq|.fq)$"), full.names= TRUE)目录中的文件如下所示：t1_R2.fqt2_R1.fq下面给出的是bash等效项。bin/bash
for i
浏览 2修改于2018-06-07得票数 0
/*shuf; do #lists all the directories
#FILES=${f}/*.fastq #to get all the fastq files in the directoryFILES="./74.C115_7.merge.align.rg.sorted.rmdup.shuf/C115_7.121017_1_f.fastq ./74.C115_7.merge.align.rg.sorted.
浏览 0修改于2015-03-20得票数 0
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from fastq to fasta' ...
println 'Combine all fastafrom fastq to fasta* Dereplication using full reads lentgh[c0/044
浏览 1提问于2019-01-07得票数 0
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