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我想要阅读基因组中特定区域的所有呼叫。与基因型无关(等于参考基因组或交替、编码或非编码区)。假设所有的基因组都被测序了。我应该看下面哪个表？我正在使用谷歌BigQuery基因组学数据，需要解释以下文件扩展名之间的差异：*.genome_calls *.variants *.multisample_variants *.single_sample_genome_calls
浏览 4提问于2017-12-07得票数 0
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我研究的是生物学，特别是DNA，通常是基因组测序所产生的数据大小有问题。我知道在不同的计算机上，整数的大小是不同的，但它仍然比四种选择具有更多的信息存储可能性。
浏览 3提问于2014-06-25得票数 4
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特别是，这些直方图是沿着人类基因组片段的基本呼叫。X轴上的每个点都是组成DNA的四个含氮碱基(A，C，T，G)之一，y轴代表碱基能够被“调用”(或被测序仪识别，以便对基因组进行排序，这只是确定基因组中每个碱基的同一性)的次数。如果你以前见过双螺旋，这意味着测序仪不能识别出螺旋的一半。基因组的某些区域比其他区域更难描述。在>=100级别上，具有大量基本呼叫的基本(或x个数据点)能够被确定地识别。
浏览 1修改于2016-01-20得票数 2
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我有一个定制的参考基因组，gene.fa和18个床文件。我正在考虑从参考基因组中复制/粘贴感兴趣序列的区域，并将其对齐以生成我的床文件。问题是，我的参考基因组是一个三聚体，所以这个序列被重复了三次，在比对中会出现错误。
有更好的方法吗？我是新的生物信息学和测序，所以我可能是过度思考这个问题。
浏览 12提问于2022-05-25得票数 0
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这是一个问题:用一个包含G元素的列表来表示G大小的基因组，其中每个元素都包含有关该位置的相关信息，例如，该位置的核苷酸被测序了多少次。若要模拟一次测序过程，请执行以下步骤：·将列表中的所有元素设置为0(标记每个核苷酸已被测序0次)。·随机选择L大小R读的起始位置，并对每次读更新所包含的核苷酸序列的次数进行测定。
浏览 2提问于2017-10-11得票数 0
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我最近获得了MinION的USB基因组(DNA)测序器，令我失望的是，它似乎没有在Ubuntu中正常工作。
我正在使用Ubuntu的12.04版本。
浏览 0修改于2012-06-11得票数 11
下面是全国范围内提供基因测序的实验室列表。如果最终的结果是你得到了一个90 3+的硬盘驱动器，你的基因组中有一个3+的十亿个碱基对，那么它们各自花费多少钱的原因是什么呢？
浏览 0修改于2016-06-06得票数 1
来自项目网站：
RabDB是一个数据库，用于探索Rab家族的小GTPases，这是真核生物内膜系统的关键调节因子，由RabDB分类管道在测序的真核基因组中预测。
浏览 0修改于2017-12-19得票数 0
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考虑了随机读取的基因组测序问题。如果G是整个序列的长度，L是读的长度，n是读的次数，那么覆盖被定义为nL/G。现在，如果我们想要50%的原始长序列被至少一个片段覆盖，我们需要多少覆盖率？我认为y是1，因为这个问题说，50%的原始长序列至少要被一个片段覆盖，这意味着这些碱基至少要被测序一次。专家们，你能指点我吗？
谢谢。
浏览 1修改于2011-12-08得票数 2
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我确实考虑过基因组测序和预测代谢途径。我想知道其他人认为什么是最好的？或者，可能没有一种特定的语言，而是几种最适合生物信息学工作的语言，这些工作数学繁重，需要处理大量数据。
浏览 3提问于2010-06-08得票数 9
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我正在使用R Gviz软件包来绘制我的深度测序数据。我在研究酿酒酵母基因组。当我把染色体表意图添加到我的图中时，着丝点就不会被绘制出来。genome = "sacCer3", chromosome = "chrI")
相反，当我使用人类基因组做同样的操作时
浏览 1修改于2019-06-30得票数 0
我有一个数据集的基因型大约200个个体基因组(列)，近1,000,000位点(行)。由于测序数据差，大多数行包含1-2个缺失基因型。
浏览 3提问于2021-12-16得票数 0
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我在试着刮掉维基百科上的“基因组”页面我只想抓取像“术语的起源”，“测序和绘图”，“病毒基因组”，“原核基因组”，“真核基因组”之类的小标题，包括下面的子标题，基因组大小，等等。
浏览 30提问于2021-03-17得票数 1
我有一个基因组测序文件，格式如下：所有染色体的数据都存储在一个文件中，我希望
将染色体名(如“chr1 1”、“x”)
浏览 2修改于2015-11-05得票数 0
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我有几兆字节的测序数据。从它们中，我想处理标准的计算，比如将读取映射到基因组，等等。
首先，我会把数据上传到亚马逊云。通过在集群上提交几个作业来执行计算，以便可以并行执行。
浏览 3提问于2017-02-04得票数 1
我为一个测序中心管理一个数据库。还有其他开发人员从数据库中获取数据，并运行自动化和半自动流程。DNA测序涉及从细胞中提取DNA，并将它们分成大约200个碱基对(每个碱基对就像一个DNA炭A、T、G或C)。我们将准备好的生物样本中的DNA加载到机器上，并对它们进行测序。我提到的两种类型的索引是另一段具有已知序列的DNA，它在测序之前附加到库DNA的开头。(我们通常感兴趣的是与参考基因组上的位置匹配的读取数)。
现在，我们
浏览 0修改于2013-09-20得票数 1
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我有一个测序数据文件，其中包含来自基因组的碱基对位置，如下所示：chr1 815 T A 0.3chr2 315 A T 0.3
浏览 2提问于2015-04-06得票数 0
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我有一个数据库文件集合，用于我存储在文件夹结构中的一些基因组测序工具，我使用tar -zvcf创建了一个压缩存档，并给出了一个.zip扩展。
浏览 3提问于2020-08-05得票数 1
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