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我目前正在尝试进行全基因组分析，我真的想知道我是否使用了正确的结构格式。我在网上找不到关于如何以及在哪里存储数据以提高效率的真实信息。'TGTCT00CTGA'],]
其中第一个字符串是第一个染色体分析
浏览 2提问于2016-12-07得票数 0
我正在开发一个新的snakemake元基因组学管道，用于裁剪fastq文件，并通过kraken运行它们。每个示例都有一个包含正向和反向读取的目录。
浏览 17提问于2021-05-20得票数 0
我目前正在使用(用python和Scala编写的基因组分析库)运行基因组分析管道。最近，Apache 3发布，它支持GPU的使用。
我尝试了库，用gpu节点启动了一个前提下的slurm集群。
浏览 7提问于2021-09-21得票数 2
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在我的基因组分析的最后一部分，我必须制作一个与基因功能相关的饼图。我有一个excel电子表格，上面有基因功能和相应的字母类别(COG字母栏D在屏幕截图中)，为了制作饼形图，我需要按C列过滤，这样我就可以根据我在分析的某些部分看到的基因组数量来调整基因组的数量，然后计算这个字母在大约
浏览 3提问于2021-06-21得票数 0
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我显然可以使用更大的计数，然后手动选择前749个，但是范围分析似乎是按数字对它们进行排序，所以我不会真正随机抽取样本。
浏览 2修改于2014-11-14得票数 1
我有基因组文件，我希望每个用户都能上传他们自己的基因组文件，但是他们只能有一个。我希望这样，如果他们试图上传另一个，那么他们将只是替换基因组和形成数据为他们的最后一个条目。我正在使用他们的条目，以及使用这个站点的n个人(每人也有一个条目)作为样本，根据这个人的基因组进行分析，所以我想要保存一个模型文件，里面装满了基因组，名字，性别等等。但每个用户只有一个。render(request, 'Upload.html', {
'form&#
浏览 5提问于2022-01-27得票数 0
我有一个基因组数据文件，大约有500万行长，应该只有A，T，C和G的字符。问题是，我知道这个文件应该有多大，但它比这个稍微大一些。这意味着，某种分析出了问题，或者有一些线条包含了基因组数据以外的其他东西。
有没有办法找出除了A、T、C或G之外的任何线？由于文件的性质，任何其他字母、空格、数字、符号都不应该出现。
浏览 0修改于2018-08-31得票数 7
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我的想法是执行RNAseq分析(9个样本配对，18个fastQ文件)，主要是执行FastQC和映射尝试不同的比对。下载Bam文件，然后在家中继续使用我的计算机。然后我转到基因组学API，出现了第一个错误：我怎样才能进步呢？在试用期内可以做我想做的事情吗？
向您致敬，Fer
浏览 6提问于2018-10-24得票数 0
我正在使用一个unix shell脚本，它可以构建基因组，然后创建一个系统发展史。根据您使用的基因组组装器，最终输出(系统发生图)可能会发生变化。我希望比较使用不同基因组组装器的效果。我已经开发了一些指标来比较它们，但我需要帮助组织它们，以便我可以运行有用的分析。我想将我的数据按列导入excel中。
浏览 3修改于2015-02-27得票数 3
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目前，我有一个在基因组中声明特定基因簇的dataframe，它被定义为一个格式良好的选项卡分隔文件，它看起来基本上与下面的dataframe (示例)类似：GCF3371 Streptomyces_xiamenensis
在此基础上，我想创建一个缺位/存在表或基于这个值为0和1的数据的应急表，这取决于基因组中某个特定基因簇的缺失或存在整个想法是让我能够测量特定基因簇在基因组中的出现，因此我想要一个存在/缺席表，以便能够对
浏览 0修改于2020-02-03得票数 0
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在我的工作流程中，我有一个样本表，其中包含应该分析的所有样本+查找输入文件的路径+应该使用的参考基因组。所有这些都是特定于样本的。在我的配置文件中，我有一个参考基因组的列表，以及每个参考基因组的文件路径列表，具体取决于工具。在执行每个样本的比对的规则中，我需要加载其中的一些文件，但需要以特定于样本的方式加载，因为所有样本的参考基因组可能并不相同。然后，在chrom_sizes=config[reference]['chrom_sizes']中，我需要使用reference作为变量来获得
浏览 8修改于2018-02-23得票数 0
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我正在接触一些基因组分析，有点卡住了。我有一些非常稀疏的数据，需要找到移动平均值超过某个阈值的地方，将每个点标记为1或0。数据的类型是唯一的，所以我不能使用可用的程序进行分析。每个点代表人类基因组上的一个点(basepair)。对于每个数据集，都有200,000,000个潜在的点。数据本质上是一个大约12000个索引/值对的列表，其中所有其他点都被假定为零。
浏览 1修改于2013-05-03得票数 5
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我正在分析基因组数据，寻找一种快速从噪声中解析出重要峰值的方法，以获得一系列跨染色体的统计指标(例如Tajima's D)。
浏览 2提问于2013-10-12得票数 0
我正在尝试学习RNAseq分析的基本工作流程:从将读数对齐到基因组，通过评估读数对齐质量，到通过计算读数来测量基因表达水平。
浏览 1提问于2013-01-13得票数 0
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我试图用200 K的预测器和20行的数据对基因组数据进行随机森林分类。预测器已经被修剪，以便进行自相关。是否有任何RF实现可以管理在可用内存中的分析(我希望避免增加交换空间)？是否应该使用不同的算法(对于我所读到的，RF应该处理好p>>n)?
浏览 3提问于2022-03-07得票数 0
我正在研究2600+基因组，希望研究不同群体的基因组、基因和基因间的特征。如果分类组只有很少的代表，就没有问题。在分类组具有多个基因组的情况下，我应该在什么基础上删除相似的基因组，以便从每个分类组中只获得几个代表。我是否应该使用lenght或GC%或其他特征来删除基因组-例如，如果两个基因组的GC%变异小于1%，我将删除它。类似这样的事情。请建议接受的方式，并友好地解释原因以及。tuberculosis alone which have
GC% range of 65.48 to 65.
浏览 1提问于2013-09-27得票数 0
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