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在真核生物中，转录因子和RNA聚合酶的复合物能稳定增强子-启动子环(5；6；7；8)，而HP1 (9)、组蛋白H1 (10)和多梳-抑制子复合物PRC1 1/2 (11；12)则形成非活性染色质。分子桥与染色质活性区和非活性区的选择性结合也被认为是形成富含局部相互作用的拓扑相关结构域(-regions)的一种可能机制。/2则形成非活性染色质。蛋白质还与特定的DNA序列结合，形成较大的结构，如核仁和组蛋白位点，或Cajal和早幼粒白血病小体。分子桥与染
浏览 5提问于2017-03-30得票数 1
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我目前正在研究蛋白质的二元分类问题。目的是弄清楚突变是否会改变蛋白质的功能，使其从活性变为非活性。这种突变可以发生在组成蛋白质的氨基酸链中的4个不同但固定的位置。
浏览 7提问于2020-06-02得票数 0
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蛋白质-蛋白质相互作用网络是已知的。它是一个无向图。网络的每一行都是这样的(蛋白质2-蛋白质6)，它代表蛋白质2和蛋白质6之间的相互作用。在这个网络中，一些蛋白质的功能是已知的，功能相似的蛋白质往往是相关的。众所周知，蛋白质的一部分是与癌症相关的蛋白质。但绝大多数蛋白质是癌症相关蛋白还是非癌症相关蛋白尚不清楚。您如何使用已知的癌
浏览 2修改于2016-01-09得票数 1
我在fasta中有5000条蛋白质序列，其中有假想的蛋白质和功能蛋白，我怎样才能把假想的蛋白质和推测的蛋白质区分开来。假设的蛋白质在标题中有假设这个词，所以我希望我能用一些命令来区分它们。像这样的事情
我希望有两个文件，其中一个
浏览 0修改于2017-07-22得票数 1
我正在做一个涉及蛋白质相互作用网络聚类的项目，在相互作用的蛋白质图上做了几个聚类算法，我有点困惑，现在我要如何去看看所创建的集群是否有用。为了将其纳入上下文，蛋白质相互作用网络代表了蛋白质与参与相同生物过程或共同履行特定功能的相互作用蛋白质群之间的成对连接。这是很重要的，因为许多蛋白质和相互作用是没有标记的，因此，如果某个特定的标记蛋白在一个簇中，就可以推断它们的功能。与典型的有监督机器学习任务不同的是，标记数据集可以显示正确分组的数
浏览 1提问于2015-12-10得票数 0
outputFile .write(("%s\t")%(cell_1))一个示例输出行是: GA10034 7421353 7424287 DpseGA10034从InterPro的电子标注推断出的蛋白质水解:IPR007484-未知-肽酶活性从Inter
浏览 1修改于2013-06-03得票数 0
我有大约500个fasta格式的蛋白质序列，这是我从blastp搜索得到的。从这些序列中，我需要有蛋白质名称、有机体、Uniprot ID，如果可能的话，还要有蛋白质家族，这样我就可以用这些信息构建一个表。
有没有什么办法可以用python做到这一点？一些与Uniprot通信功能？如何解析fasta报头中的信息？
浏览 2提问于2013-02-13得票数 1
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具体来说，我需要代表一些关于蛋白质的信息，我需要包含的信息是与它们的功能相关的术语。例如，这些值包含在相同的属性“Function”上：而这些术语的多样化程度也很大。
浏览 2提问于2013-05-20得票数 2
我有一个不同短语的数组，如“蛋白质”、“蛋白激酶”、“功能蛋白”、“功能性蛋白”、"sox5“、”IL6“，现在如果我给出一个句子作为输入，”功能性蛋白激酶和il-6和sox5"，它必须提供输出为"{functional
浏览 6修改于2013-02-04得票数 1
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我正在开发一个函数，用于在线下载蛋白质.pdb文件，作为我正在创建的代码体的一部分，用于停靠由我们的AIBind机器学习模型生成的蛋白质和配体。然而，对于其他40%的蛋白质，只有计算生成的α折叠PDB模型，而我一直使用的基因库不承认这些蛋白质具有有效的PDB ID。谢天谢地，在字母折叠网站上有一个搜索功能，通过使用HGNC ID进行搜索，我收到了一个条目列表(其中最上面的条目是我正在寻找的蛋白质的99% )，如下所示；一旦我有了uniprot (在本例中显示为Q7K0E6)，
浏览 11提问于2022-04-20得票数 -1
我试图想象荧光蛋白可以有效地从一种能量转移到另一种蛋白质的范围。在这个过程中，一个非常重要的因素是两个蛋白质之间的距离。因此，我想绘制能量转移的理论图，作为这些蛋白质顶部距离的函数。我想要一个2D强度图，我可以用它来融入我的蛋白质模型。描述有效能量转移的函数是：E=能量转移效率R=荧光蛋白之间的实际距离
R的低值导致E的高值，这意味着有效的能量转移->绿色的高到目前为止，我尝试了网格+冲浪<e
浏览 7修改于2014-06-25得票数 0
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其中之一是“命中”数据，其中我有许多蛋白质ids。第二种是数据库数据，它包含所有已知的蛋白质及其功能。见下面的例子。
目标是将我的蛋白质命中与数据库dataframe中的相应行关联起来。更复杂的是，我的一些点击在一行中包含多个蛋白质(下面是Protein_3A；Protein_B )。是否有一种方法可以使用在操作中合并这些数据帧，以便将蛋白质3的行匹配，如下面的df所示，尽管数据库数据中只存在一个子类型(Protein_3B)？
浏览 2修改于2022-11-05得票数 -1
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我有一个"Uniprot“格式的蛋白质名称列表，我想将它们全部转换为MGI格式。如果您转到www.uniprot.org并在“查询”栏中键入uniprot名称，它将生成一个页面，其中包含有关该蛋白质的大量信息，包括其MGI名称(尽管在页面下更低)。我的列表包含270个蛋白质名称，所以最好避免将每个蛋白质名称复制和粘贴到查询栏中。我看到了“Python中的谷歌搜索”这篇文章，我对这个概念有了更坚定的理解，但我怀疑运行google搜索与在其他一些网站上运行搜索功能不同，比如uniprot.org。
浏览 3提问于2012-12-19得票数 6
这个想法来自论文“超越炒作:深度神经网络优于使用ChEMBL生物活性基准集的既定方法”，其中作者描述了一个具有3个隐藏层(4000,2000,1000)和一个输出层的MT-NN，其节点数量与任务数量相同该数据集由针对不同蛋白质靶标和标签"1“和"0”测试的分子组成，将它们描述为活性/非活性。此外，一个分子可以被归类为在多个目标中具有活性。
浏览 28提问于2019-05-28得票数 2
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我有JSON格式和csv格式的蛋白质-蛋白质相互作用数据。我想利用这些数据进行网络可视化。数据属性:蛋白质名称、蛋白质组、蛋白质类型、蛋白质来源节点、蛋白质目标节点
有人能为这样的数据建议良好的网络可视化吗？它是如何处理蜂巢情节的？
浏览 0提问于2014-11-15得票数 2
TGEIVYFIASVVVLFNYEERTQRHYLGHTDCVKCLAIHPDKIRIATGQIAGVDKDGRPLQPHVRVWDSVT我想循环通过FASTA，在它遇到的所有'R‘处分割蛋白质序列从blastp获取结果，并将blastp结果存储在fasta文件中每个蛋白质ID的单独文件中。我对使用什么语言并不挑剔。我想学习如何做到这一点，这样我就可以在它上面构建更多的功能。谢谢!
浏览 1提问于2013-06-08得票数 1
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作为不同样本的训练集，为了增加人工神经网络的灵活性，而不是只计算平均值而仅使用(对同一细胞株的不同测量)。
我在想，我是否可以用同一细胞株的不同测量值的平均值作为我的验证测试--你认为呢？这是一个回归神经网络，标签是蛋白质结构。
浏览 1修改于2020-04-23得票数 0
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我在一个数据分析环境中处理蛋白质。任何给定蛋白质的可用数据都是可变的。我希望能够从更简单的父类构建蛋白质类。每个父类将特定于我可用的数据层。
不同的项目可能有不同的可用数据层。我想为蛋白质编写简单的类，这些类包含与特定数据层相关的所有变量和方法。然后，对于任何给定的项目，能够编译一个特定于项目的蛋白质类，该蛋白质类继承自相关的数据层特定蛋白质类。此外，每个特定于数据层的蛋白质类都需要类似的特定于数据层的链类、残基类和原子类。它们都是构建块。原子被用来构
浏览 3提问于2013-01-17得票数 1
但我想知道在可用性、灵活性和多功能性方面，哪些是功能强大的canvas库。
我发现拉斐尔非常有趣，但我发现它的影响较小。所以我正在寻找一个有很多动画效果和灵活性的画布库，可以处理SVG和画布元素。
浏览 0修改于2015-06-24得票数 15
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