回答情况：
提问时间：
问题标签：
我正在写一份报告，我想知道，在你看来，哪些开源的物理模拟方法(如分子动力学，布朗动力学等)，还没有移植，将值得移植到GPU或其他特殊硬件，可以潜在地加速计算。提前感谢
浏览 2修改于2010-03-15得票数 0
1回答
我有一个水箱中胶束的分子动力学轨迹。对于每一帧，我想要得到胶束的质心( COM )，并计算从COM到水箱侧面的水分子密度。有人知道最好的方法是什么吗？我想知道以前是否有人处理过这样的问题。
浏览 1修改于2016-03-30得票数 0
计算平方根的速度有多慢(多少周期)？这是在一门分子动力学课程中出现的，其中效率很重要，取不必要的平方根对算法的运行时间有明显的影响。
浏览 3提问于2011-10-11得票数 34
在用分子动力学模拟薄膜沉积时，其中的均方根粗糙度计算的lammps代码如何编写呢？备注：Ta上沉积Cu。
还请各位懂得的老师或同学们帮忙告诉一下吧，万分感谢！！！
浏览 777提问于2020-05-22
我正在寻找一个python包，我可以用它来模拟非平衡情况下的分子动力学。我需要一个装置，它可以以主要的动力学理论方式处理相当多的分子，并且可以处理固体表面的存在。关于表面，我需要能够创建任意形状，并监控由分子作用产生的压力和其他变量。或者，如果我有可以处理它的分子，我可以自己添加表面部分。
有没有人知道什么包可能是合适的？
浏览 1提问于2010-03-03得票数 9
午睡是计算机程序的实现，帮助执行有效的电子结构计算和ab nitio分子动力学模拟分子和固体。TranSiesta是午睡的一部分，它可以帮助我们计算由两个半无限金属引线之间的有限结构组成的开放系统中通常使用的电子传输特性。
我安装了午睡，我能够计算和获得带结构，状态密度和我的系统的这些性质。
浏览 0修改于2020-05-01得票数 1
我用它同时用16个核进行分子动力学模拟。由于计算的性质，我需要连续运行几天。在运行这种类型的作业一两天之后，我的工作站经常会以未知的原因崩溃。如果我升级到Ubuntu 14，这种不稳定会消失吗？
浏览 0提问于2014-10-03得票数 2
我只有代价函数，因为这个函数的计算使用了LAMMPS (分子动力学)。我需要一些工具，我只能给出成本函数和我的猜测，然后它会最小化它。
浏览 1提问于2019-07-24得票数 0
我正在写一个分子动力学代码，它需要使用3个函数计算3种不同类型的力，即Compute2BodyForce，Compute3BodyForce和ComputeOtherForce。
浏览 1修改于2011-06-06得票数 3
回答已采纳
我是OpenMM的新手，我希望就以下问题提供一些指导：最好我想用python来实现这一点。
任何具体的例子或指导都是非常感谢的。
浏览 14提问于2020-07-29得票数 1
回答已采纳
0回答
想利用分子动力学方法模拟Ta上Cu薄膜的电沉积，但lammps的input文件不太会编写，还望做过或懂得的大神帮助一下，万分感谢！急需！！！可以有偿！
浏览 327提问于2020-05-25
我想计算系统的总势能。我实现了POT函数，它计算所有粒子的所有贡献，并给出正确的结果(这是经过测试的，可以假设为真)。目标
我的目标是使第二个函数产生与第一个函数相同的结果。
浏览 0修改于2020-03-23得票数 0
该软件包设计用于计算n矩阵A的一般n的特征值和相应的特征向量。我想在Ubuntu终端上运行C代码，安装ARPACK++来进行分子动力学模拟。
浏览 0提问于2021-10-29得票数 3
1回答
整个代码都是用MPI并行化的，所以上面的函数是由单个核计算的。
对于第二个函数，我尝试将堆上声明的force_fp替换为堆栈上声明的中间变量。
浏览 0修改于2020-03-23得票数 3
回答已采纳
我需要在fortran 2003/2008中为我的分子动力学代码实现一个链表数据结构。我使用的是最新的fortran编译器(英特尔)。
如何以最好的方式实现链表?
浏览 2提问于2011-12-28得票数 6
回答已采纳
它看起来相当快，并且使用GPU进行计算。作为家庭作业，我们需要找到具有可用源代码的数字处理应用程序，其瓶颈是矩阵乘法。我们将把程序与GPU代码连接起来进行矩阵乘法，并测量加速比。我们的老师谈到了分子动力学和类似的东西，但我们是计算机科学专业的学生，对此没有经验。
非常感谢
浏览 0修改于2010-06-04得票数 1
从量子和分子动力学软件包的扩展列表中，哪些软件包可以轻松地“互连”到与排队系统PBS和Sun Grid Engine一起工作的集群？
浏览 0修改于2012-12-04得票数 0
回答已采纳
LAMMPS是一个分子动力学模拟软件。我下载了这个软件，但是我无法安装LAMMPS。我在Windows中搜索像.exe这样的文件，但是我找不到它。
浏览 0修改于2016-08-27得票数 0
回答已采纳
我需要造一个重型分子动力学模拟器。我想知道python+numpy是不是一个好的选择。这将在生产中使用，所以我想从一种好的语言开始。我想知道我是否应该从像eg.scala这样的函数式语言开始。我们是否有足够的库支持scala中的科学计算？或者您认为好的任何其他语言/范例组合--以及原因。如果你确实在过去建立了一些东西，并从经验中谈论，请提及它，因为它将有助于我收集数据点。
非常感谢！
浏览 2提问于2011-08-05得票数 4
回答已采纳
我只是在寻找一个基本工具箱，例如:各种常数，如理想气体常数，Avogadro常数，元素值周期表；分子量计算；也许实现化学计量、气体定律、热力学、动力学方程的基本函数。
化学/物理101类的东西。
浏览 5提问于2010-07-15得票数 4
腾讯云开发者
Copyright © 2013 - 2026 Tencent Cloud. All Rights Reserved. 腾讯云 版权所有
深圳市腾讯计算机系统有限公司 ICP备案/许可证号：粤B2-20090059 
粤公网安备44030502008569号
腾讯云计算（北京）有限责任公司 京ICP证150476号 | 京ICP备11018762号