- 综合排序
- 最热优先
- 最新优先
- 来自专栏生信喵实验柴
细菌完成图
一、细菌基因组 细菌基因组按照拼接基因组完整性，可以分为草图，精细图和完成图。 草图（draft genome）：也就框架图，一般只采用一个小片段建库，MiSeq 深度测序和初步的基因组组装策略，性价比高，满足细菌基因组研究基本需求。 二、细菌基因组为什么可以做完成图？ 受技术条件的限制，相比于其他物种，例如病毒，真菌，动植物等，目前只有细菌基因组才容易得到完成图。 细菌个体微小，结构简单，进化地位低。 三、细菌完成图方案 目前主要的细菌完成图拼接方案可以选择 illumina 测序+纳米孔测序的方案。 扬长避短，充分利用两种测序技术的优势，首先利用纳米孔测序数据搭建细菌基因组框架，然后使用二代测序进行纠错，最终得到细菌完成图。 可以使用 unicycler 进行拼接。
1.8K10编辑于 2022-10-25 - 来自专栏数据结构与算法
15:细菌的繁殖与扩散
15:细菌的繁殖与扩散 总时间限制: 1000ms 内存限制: 65536kB描述 在边长为9的正方形培养皿中，正中心位置有m个细菌。 假设细菌的寿命仅一天，但每天可繁殖10个后代，而且这10个后代，有两个分布在原来的单元格中，其余的均匀分布在其四周相邻的八个单元格中。求经过n(1≤n≤4)天后，细菌在培养皿中的分布情况。 输入输入为两个整数，第一个整数m表示中心位置细菌的个数（2 ≤ m ≤ 30），第二个整数n表示经过的天数（1 ≤ n ≤ 4）。输出输出九行九列整数矩阵，每行的整数之间用空格分隔。 整个矩阵代表n天后细菌在培养皿上的分布情况。
1.5K70发布于 2018-04-03 - 来自专栏Listenlii的生物信息笔记
Science: 细菌种间很少合作
作者举了一个例子，测量20种土壤细菌之间的相互作用，结果表明可培养细菌中正相互作用更为常见。这似乎表明土壤群落与树洞和其他环境的土壤群落非常不同。 群落中的细菌物种之间存在多种相互作用，包括互利主义（+/+），偏利（+/−）和竞争（−/−）。细菌如何相互作用对于群落的稳定性和组成很重要。 如对树洞细菌研究还发现，负相互作用的影响随着物种多样性的增加而增加，大概是因为更多物种的存在增加了对限制营养物质的竞争。 许多细菌使用强效抗菌毒素相互对抗，从而产生强烈的负相互作用。抗菌毒素通常针对同一物种的个体，这些个体争夺相同的营养和位置。 这种效应在益生菌研究中很普遍，其中“有益”细菌物种通常无法定植于肠道。然而当进入的细菌有害时，这种定植抗性也可能是一种好处。
64130编辑于 2022-05-18 杆状病毒表达系统为何成为蛋白表达首选
其中昆虫蛋白表达系统，尤其是以杆状病毒蛋白表达系统（baculovirus expression vector system，简称 BEVS）为代表的表达平台，因其在重组蛋白表达中的多项优势，成为很多科研机构与产业界的首选 昆虫蛋白表达与杆状病毒蛋白表达系统昆虫蛋白表达指在昆虫细胞系中表达外源基因使其翻译为蛋白质的过程。 杆状病毒蛋白表达系统（BEVS）是一种利用昆虫杆状病毒（baculovirus）作为表达载体，将目的基因插入病毒基因组中，用该重组病毒感染昆虫细胞，从而驱动目标蛋白高水平表达的系统。 它比细菌等简单系统在折叠与后翻译修饰方面更接近哺乳动物系统，但成本比哺乳动物系统低，操作更简单；灵活性强，可表达难以在其他系统中成功表达的蛋白，包括膜蛋白、多亚基复合体、病毒样颗粒等。 对于科研或产业界正在选择蛋白表达系统的人来说，如果目标蛋白要求真核折叠、有功能的 PTMs、表达复杂、多亚基或者要用于疫苗或人体用途，那么杆状病毒蛋白表达系统几乎是当前最优的选择之一。
30110编辑于 2025-09-24- 来自专栏简说基因
细菌综述 IF8.5 Q1 | NGS在细菌感染研究和控制中的应用
分析方法 分子流行病学的基本假设之一是：系统发育近似于流行病学传播路径。具体而言，若致使患者患病的病原体在系统发育上密切相关，则这些患者之间存在流行病学关联的可能性，远高于病原体无亲缘关系的情况。 同理，若源自食物或环境的病原体与临床分离株在系统发育上相关，则两者很可能存在因果关系。通过序列分析产生可重复且具有系统发育意义的数据，是将序列数据实际应用于疫情检测与调查的核心所在。 该参考基因组必须与比对菌株亲缘相近，方能识别出真正具有系统发育信息量的 SNP 位点。使用不同参考基因组和分析流程得出的结果无法直接比较。 例如，细菌全基因组测序（WGS）的计算机分析工具可在基因组流行病学中心（CGE）网站（www.genomicepidemiology.org）获取。 小编总结 本文简单介绍了测序技术的发展，然后提及了几种细菌分型的办法： • 高质量单核苷酸多态性分析（high-quality single nucleotide polymorphisms，hqSNP
21910编辑于 2025-11-12 - 来自专栏生物信息云
肿瘤中的细菌可能促进癌症
在过去的5年中，研究人员已经表明癌症组织包含整个细菌和真菌群落。现在看来，一些细菌可能是癌症的帮凶。 微生物闯入者可能会引发连锁反应，阻止免疫系统杀死癌细胞，它们还可能有助于癌症转移到身体的其他部位。 这项研究并没有完全证明细菌在癌症中的作用，但它非常具有启发性，Gustave Roussy研究所的肿瘤免疫学家Laurence Zitvogel说：“这表明结直肠和口腔肿瘤中的细菌可以主动扰乱免疫平衡” 他发现，细菌通过产生一种分解吉西他滨的酶来“保护”细胞。 使用一种称为单细胞测序的技术，研究人员发现细菌优先感染癌症上皮细胞 - 排列在器官的内表面 - 并且只有梭杆菌和密螺旋体细菌占主导地位的细胞倾向于表现出免疫抑制和癌症促进特征。
55820编辑于 2022-11-24 【辰辉创聚生物】酵母蛋白表达|酵母表达系统|异源蛋白表达|真核蛋白表达
酵母蛋白表达宿主系统1、酿酒酵母 (S. cerevisiae)作为最早被用于异源蛋白表达的真核宿主，酿酒酵母的遗传背景清晰，分子生物学工具完善，适合基础研究和结构相对简单的蛋白表达。 其他酵母系统乳酸克鲁维酵母具备较强的分泌能力和较高的蛋白产量，常用于食品与工业酶的生产；多形汉逊酵母在高温下仍能高效生长，适合于高温工业过程；脂肪裂殖酵母则在合成与分泌脂类及膜蛋白方面具有优势。 这些非传统酵母宿主为不同类型的重组蛋白提供了更多可行的表达选择。酵母系统表达载体与调控元件1. 翻译后修饰与分泌机制与原核表达系统相比，酵母表达系统的突出优势在于其翻译后加工能力：糖基化：酵母能够进行 N-和 O-糖基化，但其糖基化结构与哺乳动物存在差异，需通过工程改造以获得更接近人源的修饰模式。 系统优化与建模策略近年建模技术使表达策略更具设计性。
36810编辑于 2025-08-28- 来自专栏蛋白表达与生物实验技术
无细胞蛋白表达系统的发展：从传统蛋白表达系统到自动化蛋白筛选系统
在蛋白工程和药物研发领域，蛋白表达系统是基础技术之一。传统蛋白表达系统通常依赖细胞培养，例如大肠杆菌表达系统、酵母表达系统或哺乳动物细胞表达系统。 什么是无细胞蛋白表达系统无细胞蛋白表达系统是一种在体外环境中完成蛋白合成的技术。该系统通过提取细胞中的转录翻译组件，在体外重建蛋白合成所需的分子机器。 典型无细胞蛋白表达系统通常包含以下组分：核糖体与tRNA 转录翻译酶体系 能量再生系统 氨基酸与辅因子 研究人员只需要加入DNA模板，系统即可在数小时内完成蛋白表达。 无细胞蛋白表达系统的优势相比传统细胞蛋白表达系统，无细胞蛋白表达系统具有多个优势。快速表达传统蛋白表达系统通常需要数天时间完成培养和诱导，而无细胞蛋白表达系统可以在数小时内完成蛋白合成。 无细胞蛋白筛选系统能够在微量反应体系中同时表达多个蛋白构建体。适用于复杂蛋白某些膜蛋白或毒性蛋白在细胞表达系统中难以表达，而无细胞蛋白表达系统可以绕过细胞生长限制。
11110编辑于 2026-03-20 【辰辉创聚生物】昆虫蛋白表达|昆虫杆状病毒表达系统|真核蛋白表达|Bac-to-Bac 系统
昆虫杆状病毒表达系统优势与特点真核翻译后修饰能力：昆虫细胞具备真核系统中的糖基化、折叠、寡聚化等能力，所表达的蛋白在结构与功能上更接近自然状态。 昆虫杆状病毒表达系统类型杆状病毒-昆虫细胞表达系统（BEVS）是最广泛使用的系统，利用重组杆状病毒感染昆虫细胞进行高效表达。 实验方案设计确定使用杆状病毒系统适合大规模表达和复杂蛋白）还是病毒自由系统（适合快速小规模表达）。设计标签策略、分泌信号肽选择、载体构建方案。 昆虫蛋白表达在真核蛋白表达中的应用昆虫表达系统是重要的“真核蛋白表达”平台之一，与酵母、哺乳动物系统相比具有独特优势。 其中，昆虫杆状病毒表达系统被广泛运用于昆虫蛋白表达，在科研和产业上发挥重要作用。
43010编辑于 2025-08-26- 来自专栏微生态与微进化
神秘的细菌基因组：GC skew
from 达尔文 每当我们拼接出一个完整的细菌基因组时，总是迫不及待地画出它的图谱，一个常见的细菌基因组图谱如下所示： 最外圈为正负链上的编码区及结构RNA基因，其内为基因组不同区域GC含量的变化，最内圈就是 在大多数细菌基因组中，DNA复制中的前导链（leading strand）和对应的滞后链（lagging strand）在碱基组成上存在着很明显的不同，表现出碱基组成上的不对称性（compositional 因此在复制起点处两条DNA链分别向左右两边呈现由GC skew-到GC skew+的明显变化，而在环状DNA的复制起点的对称处，也即双向复制的汇合处，也会有GC skew+到GC skew-的变化，使得细菌基因组单链呈现较明显的一半
1.3K20编辑于 2022-05-05 - 来自专栏Listenlii的生物信息笔记
MicrobiologyOpen: 土壤细菌DDR的组装机制
First published: 10 May 2019 Journal: MicrobiologyOpen IF: 2.682 南土所褚老师最新文章，研究了东北玉米田不同空间尺度的细菌群落组装过程。 由地理因素引起的均质化扩散和扩散限制导致了细菌群落33%的空间周转率。确定性选择过程的影响最大(57%)。生物因素和非生物的环境筛选(主要受土壤pH影响)分别贡献了约37%和63%的变异。 有研究表明随机过程在小尺度(<900km)上控制细菌群落，而确定性过程在大尺度(>900km)上控制细菌群落。另外，在温带森林的小尺度上土壤真核生物上也观察到了随机作用的主导作用。
3.5K31发布于 2020-05-29 - 来自专栏DrugOne
Nature | 细菌免疫系统中潜在的抗病毒天然化合物库
之前的研究表明一些细菌和古细菌的编码基因与脊椎动物viperins具有显著的序列相似性，于是作者想研究原核生物中人viperins的同源物是否参与噬菌体的防御过程。 首先在包含38,000多个细菌和古细菌基因组的数据库中对人viperins同源物进行搜索，得到与人viperins同源的1,724个基因并基于序列相似性将它们分为17个簇。 结果表明，其中一个簇中，60%的基因位于CRISPR-Cas系统、限制-修饰系统(RM)和其他防御基因的附近，这种与防御系统高度共定位倾向是一个强烈的预测信号，表明该基因在噬菌体抵抗中发挥作用，最终作者得到了 在脊椎动物基因组中，viperin基因通常编码在胞苷激酶基因旁边，在干扰素反应期间二者共同表达，胞苷激酶将CMP磷酸化为CTP，从而产生viperin的活性底物。 基于动物viperin催化ddhCTP的产生，作者通过LC-MS检测了表达pVips或人viperin的大肠杆菌裂解液中的小分子物质，对不同pVips表达的细胞裂解液进行分析，发现只有pVip50裂解液中检测到了
1.2K60发布于 2021-02-02 - 来自专栏民工哥技术之路
Linux系统正则表达式
Linux系统正则表达式的介绍 学习Linux系统的朋友们肯定都会接触到正则表达式，或者开发人员也会遇到这个东东，说起正则表达式，使我想起“会者不难，难者不会”这句话，的确如此，相信很多人刚接触正则表达式 那么今天就来聊一聊正则表达式 何谓正则表达式呢？ 网上一堆的名词介绍，大家可以自己查找，民工哥的理解是：首先它是一种文本模式，然后它的作用就处理字符串的一种方法 给定一个正则表达式和另一个字符串，我们可以达到如下的目的 1. 给定的字符串是否符合正则表达式的过滤逻辑（称作“匹配”） 2. 可以通过正则表达式，从字符串中获取我们想要的特定部分 正则表达式的特点是： 1. 灵活性、逻辑性和功能性非常的强 2. 文件名 -F 使用分隔符 ==等于 NR 取行 grep、sed、awk的参数非常的多，大家有兴趣可以慢慢研究，查看帮助文档 举例说明 例一：将系统用ifconfig命令列出的信息中eth0的IP
1.9K30发布于 2020-09-16 - 来自专栏草捏子
系统学习Lambda表达式
在《挑苹果中的行为参数化思想》已经介绍了用Lambda表达式将行为抽象化，对Lambda表达式有一定认识。而本文将对Lambda表达式进行系统性的介绍。 1. 语法 首先我们要知道如何写Lambda表达式，或者说怎么样才能写出有效的Lambda表达式，这就需要了解其语法。 Lambda表达式由三部分组成： 参数列表 箭头 主体 ? ，一个字符串表达式；（3）是块风格，有花括号和返回语句；（4）非有效，写了返回语句，但缺少花括号，补上花括号和分号，为块风格，而去掉return则为表达式风格；（5）非有效，"Apple"是一个字符串表达式 函数式接口 Lambda表达式写好了，我们要知道哪里能用Lambda表达式。 复合Lambda表达式 之前的例子都是使用的单个Lambda表达式，现在我们把多个Lambda表达式组合在一起，构建更复杂一点的表达式。
85620发布于 2020-08-10 酵母蛋白表达系统：高效、经济、可扩展的异源表达平台
在重组蛋白生产领域，选择合适的表达系统对蛋白的产量、活性、结构和功能至关重要。 近年来，随着合成生物学和基因工程技术的发展，酵母蛋白表达系统因其兼具原核与真核系统的优点，在学术研究和工业生产中占据了重要位置。 以毕赤酵母（Pichia pastoris）为代表的表达系统，凭借其高密度发酵能力、蛋白修饰功能和较低成本，已成为主流的酵母异源表达平台之一。 三、毕赤酵母蛋白表达服务的技术特点在众多酵母表达系统中，毕赤酵母蛋白表达服务因其稳定性和灵活性备受青睐。作为一种甲醇诱导型表达系统，毕赤酵母在表达高产蛋白方面具备显著优势：1. 表达系统成熟稳定 目前已有大量商业化试剂盒、表达载体和优化菌株支持毕赤酵母平台的标准化操作，使其成为可靠的生产选择。
37710编辑于 2025-07-15- 来自专栏单细胞天地
细菌性败血症的免疫细胞特征
摘 要 对细菌感染的免疫反应失调可导致败血症，这是一种死亡率很高的疾病。多项全血基因表达研究已经确定了脓毒症相关的分子标记，但尚未解析特定细胞类型转录状态的变化。 这项研究证明了单细胞基因组学在发现疾病相关的细胞学特征方面的实用价值，并为深入了解细菌败血症免疫失调的细胞基础提供了思路。 ? (10X Genomics) 研究者们对脓毒症患者和对照组的PBMC进行了单细胞RNA测序(scRNA-seq)，以确定这些受试者的细胞状态范围，识别组间细胞状态组成的差异，并检测区分脓毒症与正常的细菌感染免疫应答的免疫信号 研究者们寻找能够区分脓毒症和没有细菌感染的危重症的特征，因为这些队列不能仅通过细胞状态的丰度来进行显著区分因此，研究者们鉴定了ICU-SEP和ICU-NoSEP受试者中MS1细胞中差异表达的基因(图2d 区别于其他CD14+单核细胞的差异表达基因、低HLA-DR和高IL1R2表达可用于定量MS1细胞的比例(图3f)。 ?
1.5K64发布于 2020-04-08 - 来自专栏DrugScience
榕树集--休眠细菌的抗生素研发
今天介绍一篇发表在Cell Chemical Biology的抗生素研发的文章，传统抗生素多针对细菌活跃代谢时期，而作者针对于代谢不活跃的细菌(休眠细菌)进行药物设计。 研究发现，细菌群体中少数休眠细菌的存在是其长期生存和适应环境压力的一种策略。这种机制使得抗生素耐药性问题变得更加复杂，需采取新的治疗方法来应对。 休眠细菌是指处于一种低代谢或不活动状态的细菌。 持久存在：这些细菌能够在宿主体内长期存活，导致慢性感染和反复发作。这是许多慢性和难治性细菌感染的根源。 应激反应：代谢休眠是细菌应对不利环境的一种生存策略。 生物膜形成：代谢休眠细菌常常形成生物膜，这是一种细菌聚集在一起并包裹在自身产生的保护性基质中的结构。生物膜使细菌更加难以被抗生素和免疫系统清除。 鉴于许多针对休眠细菌有效的抗生素具有较高毒性，作者设计了一个三步毒性过滤系统，目的是找到对代谢休眠细菌细胞具有选择性致命作用的化合物。
32110编辑于 2024-06-18 - 来自专栏纳米药物前沿
胡全银团队Advanced Materials综述: 工程化细菌递送系统用于新型诊断和治疗
近年来，随着基因工程技术和微生物学迅猛发展，科学家们开发出了多种细菌递送系统，加速了工程化细菌在疾病治疗和诊断领域的应用。 作者进一步指出，化学生物技术和细菌的有机结合为基于细菌的递送系统的临床应用提供了巨大的希望，这将对人类健康产生深远的影响。 细菌可以被用来专门设计特定的基因回路来展示某些生物功能，例如免疫调节蛋白的合成及诱导功能性蛋白在病灶处特异性表达并发挥疗效。 尽管科学家们对该研究领域的兴趣日益增加，并且基于细菌的递送系统在临床前和临床研究方面取得了令人振奋的进展，但工程细菌递送系统的大规模临床应用仍然存在重大挑战。 其中大规模生产放大过程中发酵及工程化条件的一致性控制、递送过程中细菌递送系统的稳定性控制、如何控制细菌递送系统的精确定植、如何确定具有增殖性的细菌的用药剂量和确保潜在的生物安全性仍然是未来研究需要重点解决的难题
2K20编辑于 2022-08-15 【辰辉创聚生物】大肠杆菌蛋白表达纯化|原核蛋白表达|蛋白功能活性表达|原核表达系统
在所有蛋白表达系统中，大肠杆菌蛋白表达纯化已成为最成熟和应用最广泛的方式。 作为典型的原核表达系统，大肠杆菌（Escherichia coli）凭借生长快、操作简便、表达量高和成本低等优点，常被用于原核蛋白表达。 然而，该系统在复杂翻译后修饰、蛋白折叠和功能性表达方面仍存在一定挑战，因此如何实现高效的蛋白功能活性表达成为研究焦点。 2、分子建模预测表达优化研究者通过系统建模宿主折叠与氧化能力，以指导表达策略（如控制二硫键形成条件）。 大肠杆菌蛋白表达纯化技术依托于成熟的原核表达系统，在基础研究和应用开发中展现了高效性与普适性。
45710编辑于 2025-09-01- 来自专栏简说基因
快速锁定细菌耐药基因与移动遗传元件
Staramr简介 Staramr是一款基于参考序列的生物信息学工具，专门用于从细菌全基因组测序数据中检测耐药基因和移动遗传元件（MGEs） 。 简单来说，只要把细菌的测序数据交给Staramr，它就能告诉我们这个细菌对哪些抗生素可能耐药，以及耐药基因是如何在细菌间传播的。 Staramr功能特点 1. 通过检测移动遗传元件，我们可以更好地了解耐药基因是如何在不同细菌之间传播的，为制定防控策略提供重要依据。 4. 结果可视化：生成Excel和TSV格式的总结报告，包含预测的耐药表型和质粒类型。 总结 Staramr作为一款专业的细菌耐药基因检测工具，凭借其强大的数据库支持、高效的比对算法、独特的移动遗传元件检测功能以及直观的结果可视化，在生物医学研究中发挥着重要作用。
25210编辑于 2025-03-03
腾讯云开发者
Copyright © 2013 - 2026 Tencent Cloud. All Rights Reserved. 腾讯云 版权所有
深圳市腾讯计算机系统有限公司 ICP备案/许可证号：粤B2-20090059 
粤公网安备44030502008569号
腾讯云计算（北京）有限责任公司 京ICP证150476号 | 京ICP备11018762号