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细菌血清分型——sistr和Seqsero2预测
这包括O抗原、H1抗原、H2抗原和cgMLST类型。 2. SeqSero2 SeqSero2是一个用于沙门氏菌血清型预测的管道，可以从原始测序reads或基因组组装中预测沙门氏菌的血清型。SeqSero2有三种工作流程，其中默认的工作流程是等位基因微组装。 血清型预测：SeqSero2能够从原始测序reads或基因组组装中预测沙门氏菌的血清型，提供详细的血清型信息。 2. 总结 sistr_cmd和SeqSero2都是强大的沙门氏菌血清型预测工具，SeqSero2在速度上有优势，但sistr_cmd在准确性等方面也有自己的特点。 sistr_cmd SeqSero2
77600编辑于 2025-01-12 - 来自专栏科技记者
编译|mummer2circos画环状细菌基因组圈图
mummer2circos 是一个用于绘制细菌基因组的圈图（circos 图）的工具。 sudo docker pull metagenlab/mummer2circos:1.4.2 # Singularity # 准备镜像 singularity build mummer2circos.simg docker://metagenlab/mummer2circos:1.4.2 # 运行 singularity exec mummer2circos.simg mummer2circos -r <reference.fna mummer2circos -l -a promer ... :1.4.2 (base) mambauser@8561c1b8f8de:/data$ mummer2circos -l -r source/mummer2circos/examples/genomes
67310编辑于 2024-04-12 - 来自专栏静默虚空的博客
2_表达式
[C++][基础]2_表达式 2.1 算术操作符 2.2 关系操作符和逻辑操作符 2.3 位操作符 2.4 赋值操作符 2.5 自增、自减操作符 2.6 箭头操作符 2.7 2.9 逗号操作符 逗号表达式是一组由逗号分隔的表达式，这些表达式从左向右计算，但返回的结果是其最右边表达式的值。 Eg: int i = (2+1, 3+2, 5*3); cout << i << endl; 2.10 复合表达式的求值 2.11 new和delete表达式 2.12 类型转换 2.12.1 何时发生隐式转换 在混合类型的表达式中，用作条件的表达式被转换为bool类型 用一个表达式初始化某个变量，或将某一个表达式赋值给某个变量，则表达式被转换为该变量的类型。 Eg: int ival = 3.14; //3.14转为整数 int *ip; ip = 0; //0转为指针 2.12.2 算术转换 在算术表达式中，会将操作数类型转为表达式中的最大类型
56610编辑于 2022-05-10 杆状病毒表达系统为何成为蛋白表达首选
昆虫蛋白表达与杆状病毒蛋白表达系统昆虫蛋白表达指在昆虫细胞系中表达外源基因使其翻译为蛋白质的过程。 2. 真核蛋白的正确折叠与后翻译修饰与微生物表达系统相比（如大肠杆菌），昆虫细胞具有复杂的内质网／高尔基体系统，能进行真核蛋白折叠、二硫键的形成、某些类型的糖基化、磷酸化等。 文献中很多疫苗候选或结构生物学研究都采用 BEVS 来表达病毒外壳蛋白、膜蛋白或病毒样颗粒。比如用于 SARS-CoV-2 病毒样颗粒（VLP）的生产、疫苗中采用昆虫细胞 + 杆状病毒表达系统。 实验案例疫苗：Nuvaxovid / Covovax（SARS-CoV-2 亚单位疫苗）是一个已上市或正在审批中的案例，该疫苗中有部分成分通过昆虫细胞 + 杆状病毒表达系统生产。 它比细菌等简单系统在折叠与后翻译修饰方面更接近哺乳动物系统，但成本比哺乳动物系统低，操作更简单；灵活性强，可表达难以在其他系统中成功表达的蛋白，包括膜蛋白、多亚基复合体、病毒样颗粒等。
30910编辑于 2025-09-24- 来自专栏R语言数据分析
表达芯片数据分析2
db) ls("package:hgu133plus2.db") #列出R包里都有啥 ids <- toTable(hgu133plus2SYMBOL) #把R包里的注释表格变成数据框}# 方法2 str_detect(ids2$symbol,"///");table(k2) ids2 = ids2[ k1 & k2,] # ids = ids2 #使用方法二需要将42行F改为T，55行取消注释 ', getGPL = F)#网速太慢，下不下来怎么办#1.从网页上下载/发链接让别人帮忙下，放在工作目录里#2.试试geoChina,只能下载2019年前的表达芯片数据class(eSet)length (eSet)eSet = eSet[[1]] class(eSet)#(1)提取表达矩阵expexp <- exprs(eSet)dim(exp)range(exp)#看数据范围决定是否需要log，是否有负值 ，异常值#exp = log2(exp+1) #需要log才logboxplot(exp,las = 2)#(2)临床信息pd <- pData(eSet)#(3)让exp列名与pd的行名顺序完全一致p
68920编辑于 2023-09-27 - 来自专栏单细胞天地
DESeq2差异表达分析
原始计数数据 利用DESeq2工具对特定细胞类型聚类进行pseudobulk差异表达分析 创建函数以遍历不同细胞类型的pseudobulk差异表达分析 本课程基于2019 Bioconductor tutorial DESeq2差异表达分析 ? 在鉴定了scRNA-seq簇的细胞类型之后，我们通常希望在特定细胞类型内的条件之间执行差异表达分析。 然后，我们将使用DESeq2对感兴趣的条件进行差异表达分析。 用DESeq2进行基因的差异表达分析 我们将使用DESeq2进行DE分析，下面的流程图中用绿色显示了使用DESeq2的分析步骤。 最后一步是使用DESeq2包中的适当函数来执行差异表达式分析。
6.6K34发布于 2020-12-24 - 来自专栏单细胞天地
根据表达矩阵进行分群-2
3 使用Seurat进行tSNE 上面我们使用了RPKM矩阵，下面的Seurat将会使用原始表达矩阵。 当然也是推荐使用原始矩阵进行分析的 3.1 下载原始表达矩阵 链接在：https://raw.githubusercontent.com/IStevant/XX-XY-mouse-gonad-scRNA-seq 2],cluster2[,1]) 0 1 2 3 C1 224 3 13 0 C2 6 0 84 0 C3 12 177 0 1 FF0000FF 190 43 90 240 # 取前1000个sd最大的基因作为HVGs choosed_count <- females # 表达矩阵过滤 3 4 1 2 0 0 206 0 2 1 106 0 0 0 3 0 93 10 0 0 4 1 138 0 1 5
97540发布于 2020-03-30 Python 正则表达式（2）
re pattern = re.compile(r'\d+') # 查找数字 result1 = pattern.findall('runoob 123 google 456') result2 = pattern.findall('run88oob123google456', 0, 10) print(result1) print(result2) 输出结果： 输出结果： 多个匹配模式，返回元组列表 re* 匹配0个或多个的表达式。 re+ 匹配1个或多个的表达式。 re? 匹配0个或1个由前面的正则表达式定义的片段，非贪婪方式 re{ n} 精确匹配 n 个前面表达式。 例如， o{2} 不能匹配 "Bob" 中的 "o"，但是能匹配 "food" 中的两个 o。 re{ n,} 匹配 n 个前面表达式。 例如， o{2,} 不能匹配"Bob"中的"o"，但能匹配 "foooood"中的所有 o。"o{1,}" 等价于 "o+"。"o{0,}" 则等价于 "o*"。
22310编辑于 2025-12-16【辰辉创聚生物】酵母蛋白表达|酵母表达系统|异源蛋白表达|真核蛋白表达
酵母蛋白表达宿主系统1、酿酒酵母 (S. cerevisiae)作为最早被用于异源蛋白表达的真核宿主，酿酒酵母的遗传背景清晰，分子生物学工具完善，适合基础研究和结构相对简单的蛋白表达。 这些非传统酵母宿主为不同类型的重组蛋白提供了更多可行的表达选择。酵母系统表达载体与调控元件1. 组成型启动子：如 GAP 启动子，可在多种碳源条件下持续表达，适合需要稳定表达的蛋白。2. 翻译后修饰与分泌机制与原核表达系统相比，酵母表达系统的突出优势在于其翻译后加工能力：糖基化：酵母能够进行 N-和 O-糖基化，但其糖基化结构与哺乳动物存在差异，需通过工程改造以获得更接近人源的修饰模式。 系统优化与建模策略近年建模技术使表达策略更具设计性。
37810编辑于 2025-08-28- 来自专栏leoay
C++の表达式(2)
题图：NoCopy 字数：361 | 50秒读完我半小时的思考 C++の表达式 左值与右值 今天，我们继续接着昨天的说，昨天说到了C++中表达式的左值与右值，由于时间关系就没有详细说完整。
34720发布于 2019-12-27 - 来自专栏蛋白表达与生物实验技术
无细胞蛋白表达系统的发展：从传统蛋白表达系统到自动化蛋白筛选系统
在蛋白工程和药物研发领域，蛋白表达系统是基础技术之一。传统蛋白表达系统通常依赖细胞培养，例如大肠杆菌表达系统、酵母表达系统或哺乳动物细胞表达系统。 什么是无细胞蛋白表达系统无细胞蛋白表达系统是一种在体外环境中完成蛋白合成的技术。该系统通过提取细胞中的转录翻译组件，在体外重建蛋白合成所需的分子机器。 典型无细胞蛋白表达系统通常包含以下组分：核糖体与tRNA 转录翻译酶体系 能量再生系统 氨基酸与辅因子 研究人员只需要加入DNA模板，系统即可在数小时内完成蛋白表达。 无细胞蛋白表达系统的优势相比传统细胞蛋白表达系统，无细胞蛋白表达系统具有多个优势。快速表达传统蛋白表达系统通常需要数天时间完成培养和诱导，而无细胞蛋白表达系统可以在数小时内完成蛋白合成。 无细胞蛋白筛选系统能够在微量反应体系中同时表达多个蛋白构建体。适用于复杂蛋白某些膜蛋白或毒性蛋白在细胞表达系统中难以表达，而无细胞蛋白表达系统可以绕过细胞生长限制。
12710编辑于 2026-03-20 【辰辉创聚生物】昆虫蛋白表达|昆虫杆状病毒表达系统|真核蛋白表达|Bac-to-Bac 系统
昆虫杆状病毒表达系统类型杆状病毒-昆虫细胞表达系统（BEVS）是最广泛使用的系统，利用重组杆状病毒感染昆虫细胞进行高效表达。 2. 实验方案设计确定使用杆状病毒系统适合大规模表达和复杂蛋白）还是病毒自由系统（适合快速小规模表达）。设计标签策略、分泌信号肽选择、载体构建方案。 5、重组病毒或表达载体制备杆状病毒系统（BEVS）1）将转移载体与 bacmid 结合，转入大肠杆菌筛选重组病毒 DNA。2）转染昆虫细胞（如 Sf9），获得 P1 病毒。 3）放大病毒至 P2/P3，用于大规模感染。病毒自由系统直接将重组质粒转染昆虫细胞，无需制备病毒，几天内即可检测蛋白。 例如，通过昆虫杆状病毒表达系统表达的丙型肝炎病毒 E1/E2 跨膜结构域蛋白，在昆虫细胞中可实现正确的折叠和糖基化。此外，用于表达大型蛋白的案例也较多。
44810编辑于 2025-08-26- 来自专栏mythsman的个人博客
正则表达式基础（2）
所谓后向引用，就是将之前匹配到的字符串记录下来，供后来继续用，提高表达式的效率。 具体用法是，系统会给表达式中所有的分组标上序号，从1开始。 =exp) 零宽度正预测先行断言 它断言自身出现的位置的后面能匹配表达式exp。比如bw+(? 2、(?<=exp) 零宽度正回顾后发断言 它断言自身出现的位置的前面能匹配表达式exp。比如(? 例如：2[0-4]d(?#200-249)|25[0-5](?#250-255)|[01]?dd?(?#0-199) 。 贪婪与懒惰 当正则表达式中包含能接受重复的限定符时，通常的行为是在满足匹配关系的情况下匹配尽可能多的字符。这被称为贪婪匹配，也是默认的匹配方式。
51910编辑于 2022-11-14 - 来自专栏单细胞天地
DESeq2差异表达分析(二)
接上文DESeq2差异表达分析 质量控制——样品水平 DESeq2工作流程的下一步是QC，它包括样本级和基因级的步骤，对计数数据执行QC检查，以帮助我们确保样本/重复 看起来很好。 ? 热图显示了数据集中所有样本成对组合的基因表达相关性。由于大多数基因没有差异表达，样本之间通常有很高的相关性(值高于0.80)。低于0.80的样品可能表示您的数据和/或样品污染中存在异常值。 由于我们没有通过PCA或层次聚类检测到异常值，也没有任何额外的变异源需要回归，所以我们可以继续运行差异表达分析。 Running DESeq2 使用DESeq2进行差异表达分析涉及多个步骤，如下面的蓝色流程图所示。简而言之，DESeq2将对原始计数进行建模，使用归一化因子(大小因子)来考虑库深度的差异。 Results 既然我们已经执行了差异表达式分析，我们就可以查看特定比较的结果了。为了对感兴趣的比较，我们需要指定对比度并执行log2 fold changes。
7.2K52发布于 2020-12-24 - 来自专栏DrugOne
Nature | 细菌免疫系统中潜在的抗病毒天然化合物库
之前的研究表明一些细菌和古细菌的编码基因与脊椎动物viperins具有显著的序列相似性，于是作者想研究原核生物中人viperins的同源物是否参与噬菌体的防御过程。 首先在包含38,000多个细菌和古细菌基因组的数据库中对人viperins同源物进行搜索，得到与人viperins同源的1,724个基因并基于序列相似性将它们分为17个簇。 结果表明，其中一个簇中，60%的基因位于CRISPR-Cas系统、限制-修饰系统(RM)和其他防御基因的附近，这种与防御系统高度共定位倾向是一个强烈的预测信号，表明该基因在噬菌体抵抗中发挥作用，最终作者得到了 基于动物viperin催化ddhCTP的产生，作者通过LC-MS检测了表达pVips或人viperin的大肠杆菌裂解液中的小分子物质，对不同pVips表达的细胞裂解液进行分析，发现只有pVip50裂解液中检测到了 原文链接： https://www.nature.com/articles/s41586-020-2762-2_reference.pdf 原文引用：10.1038/s41586-020-2762-2
1.2K60发布于 2021-02-02 - 来自专栏民工哥技术之路
Linux系统正则表达式
Linux系统正则表达式的介绍 学习Linux系统的朋友们肯定都会接触到正则表达式，或者开发人员也会遇到这个东东，说起正则表达式，使我想起“会者不难，难者不会”这句话，的确如此，相信很多人刚接触正则表达式 那么今天就来聊一聊正则表达式 何谓正则表达式呢？ 网上一堆的名词介绍，大家可以自己查找，民工哥的理解是：首先它是一种文本模式，然后它的作用就处理字符串的一种方法 给定一个正则表达式和另一个字符串，我们可以达到如下的目的 1. 给定的字符串是否符合正则表达式的过滤逻辑（称作“匹配”） 2. 可以通过正则表达式，从字符串中获取我们想要的特定部分 正则表达式的特点是： 1. 灵活性、逻辑性和功能性非常的强 2. 文件名 -F 使用分隔符 ==等于 NR 取行 grep、sed、awk的参数非常的多，大家有兴趣可以慢慢研究，查看帮助文档 举例说明 例一：将系统用ifconfig命令列出的信息中eth0的IP
1.9K30发布于 2020-09-16 - 来自专栏草捏子
系统学习Lambda表达式
在《挑苹果中的行为参数化思想》已经介绍了用Lambda表达式将行为抽象化，对Lambda表达式有一定认识。而本文将对Lambda表达式进行系统性的介绍。 1. 2. 函数式接口 Lambda表达式写好了，我们要知道哪里能用Lambda表达式。 compare：(T, T) -> int，两个泛型T类型的入参，返回int类型 Lambda表达式：（Apple a1, Apple a2） -> a1.getWeight - a2.getWeight - a2.getWeight(); weightComparator.compare(new Apple(100), new Apple(150)); // -1 4. 复合Lambda表达式 之前的例子都是使用的单个Lambda表达式，现在我们把多个Lambda表达式组合在一起，构建更复杂一点的表达式。
86120发布于 2020-08-10 - 来自专栏R语言&linux
转录组测序分析——差异表达分析2
1.功能注释2.功能富集rm(list = ls())options(stringsAsFactors = F)library(clusterProfiler)library(org.Hs.eg.db) library(GSEABase)library(ggplot2)library(tidyverse)## Error in download.KEGG.Path(species)# https://github.com clusterProfiler.download.method",'auto')options(clusterProfiler.download.method = "wininet") #windows系统用 "clusterProfiler.download.method")# 读取差异分析结果load(file = "data/Step03-edgeR_nrDEG.Rdata")ls()# 提取所有差异表达的基因名 my_path <- data.frame(my_path)write.csv(my_path,"result/6.enrich_HALLMARK.csv") 3.功能富集 GSEA &GSVAGSEA：基因集表达分析总共有
51210编辑于 2023-11-03 酵母蛋白表达系统：高效、经济、可扩展的异源表达平台
近年来，随着合成生物学和基因工程技术的发展，酵母蛋白表达系统因其兼具原核与真核系统的优点，在学术研究和工业生产中占据了重要位置。 一、酵母蛋白表达的优势酵母蛋白表达系统在真核蛋白生产中独具优势：1. 具有真核翻译后修饰能力：如糖基化、二硫键形成、蛋白折叠等，能更好地保留目的蛋白的天然结构和功能。2. 基因克隆与构建表达载体 将编码目标蛋白的DNA序列插入到酵母表达载体中，通常选用强启动子（如AOX1启动子）以增强表达效率。2. 转化宿主酵母细胞 将构建好的质粒导入毕赤酵母等宿主细胞中。 三、毕赤酵母蛋白表达服务的技术特点在众多酵母表达系统中，毕赤酵母蛋白表达服务因其稳定性和灵活性备受青睐。作为一种甲醇诱导型表达系统，毕赤酵母在表达高产蛋白方面具备显著优势：1. 可实现高密度发酵 毕赤酵母能够在生物反应器中以甘油或葡萄糖为碳源快速增长，并在添加甲醇后诱导表达，从而大幅提高产量。2.
38610编辑于 2025-07-15- 来自专栏医学数据库百科
GEO2R差异表达分析软件
所有的表达芯片做的差异表达分析都是基于limma的算法来的。我们今天介绍的这个GEO2R也只是把这个算法更加方便使用了而已。 PS：GEO2R只是适用于表达谱芯片。 2 GEO2R GEO2R就是一个基于GEO数据库来对表达谱芯片进行差异分析的一个软件。我们在每个数据集的下面都可以看到这个软件的的入口。 关于logFC logFC，全称是log2 foldchange。foldchange可以代表变化倍数，如果处理组的表达均值是8；对照组的表达均值是2，那么foldchange就是4。 而log2 fold change就是2。所以我们默认的logFC > 1,则代表两组之前差异在2倍以上的为有意义。 logFC的绝对值, 由于相较于对照组，基因的变化并不一定是升高的。也有降低的。 不然的话，按照系统的分析方法，我们得到的结果有可能方向就完全是相反的了。
1.5K40发布于 2020-06-15
腾讯云开发者
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