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【科研猫·绘图】高级科研做图 – AI入门
当然，有些工作做得特别出色的，杂志编辑会推荐科研做图润色。 所以，学好科研做图，可以为我们文章加一层buff，战斗力提升一个档次哦~ 那么，先让我们欣赏一下优秀的文章中的图吧~ 这是一篇发表在NATURE BIOTECHNOlOGY上的文章，排版紧凑，图片形式涉及点图 对其操作在我们科研绘图中是非常常用的，可能很多人都停留在手动对齐以及目测对齐的水平上，其实是很不规范的操作！ AI中的对齐工具非常简单，选择这两个对象，然后选择垂直对齐即可。 当然了，科研做图，绝非一朝一夕之事，各位一定要勤加练习，多阅读高质量的文献，才能做出一眼让人看到就觉得非常惊艳的图。科研是一条漫长的图，一篇优秀的文章，既是科学的积淀，也是艺术的结晶。
2.7K51发布于 2019-10-08 - 来自专栏科研猫
【科研猫·高级绘图】 tSNE 分析
基础作图 ggpubr提供了非常多的作图函数，可以方便大家绘制更美观的科研做图。这里我们使用ggscatter这个函数，x轴为tSNE_1，y轴为tSNE_2。 ? ?
8K20发布于 2019-11-23 - 来自专栏科研猫
【科研猫】综述阅读心得分享
IF越高、引用率越高、学科主流杂志上的文献重点阅读：科研猫公众号之前发过一篇技术贴【科研猫·技能】Pubmed文献显示影响因子，并按IF进行分类筛选，是在pubmed里插入筛选码，方便大家在检索的任意时刻都可以直接知晓文章发表杂志的影响因子 注意重要数据的参考文献，标记并下载：我们做科研的过程中，大约有50%的时间花费在文献阅读上，茫茫文献大海里怎么打捞有价值的「金鱼」，是我们有效阅读的关键，综述阅读为我们提供了一条捷径。 重视归纳性图标的采集：如果说综述是对众多文献的概括，那么综述里具有概括性的图和表则是对综述的更精华浓缩的概括，可以帮助我们对科研概念更形象具体的理解，一图抵千言。 ? 切记不要盲目的肯定或否定、断章取义：就像我们前面所说的，综述是「棕」+「述」，好的综述就好在作者的「述」上面，这也就让综述有意或无意引用了作者的主观愿望，希望大家在阅读综述的时候不要一叶障目不见泰山，科研就是在不断的怀疑和肯定中进步的 更多科研新鲜资讯、文献精读和生物信息技能
56220发布于 2020-02-24 - 来自专栏科研猫
【科研猫·绘图】世界地图绘制
这些图频繁出现在Lancet或者NEJM、CNS等顶级杂志中，不过对于很多科研人员来说，地图的绘制由于没有现成软件可以直接操作，一直以来都是一大难题。 ? 前面一期的教程中，我们给大家讲解了中国地图的绘制方法【科研猫·绘图】中国地图绘制：R语言版，在我们发布这篇教程后，马上有同学反映想要学习世界地图的绘制，作为实力宠粉的科研猫团队，粉丝的要求岂能不去满足。 不过，作为力臻完美的科研猫技术宅，有没有可能更进一步呢？试着把NEJM当中的配色或者Lancet当中的配色直接用到图中去。
5.1K21发布于 2020-03-26 - 来自专栏科研猫
【科研猫·绘图】bar（霸）图绘制之霸气满屏
如果一篇科研论文没有 bar图，那它可能就不是一篇合格的科研论文。 很多同学也许会问，bar图有什么难的，我科研论文做第一张图就是bar图，so~so~easy。 在我们阅读过的科研论文中，几乎所有的文章都包含bar图，因此bar图可谓是霸气满屏，科研一姐。 本期干货 Bar图绘制代码&测试数据 原文详情“科研猫”公众号 科研猫原创系列，未经许可严禁转载，版权事宜由上海辰明律师事务所提供法务支持。
1.7K20发布于 2019-09-24 - 来自专栏科研猫
【科研猫·统计】ROC曲线（2）：一码到底
咱们科研猫的技术向来都是很少说废话空话的技术流、实干派，所以，看看这些分析结果，各位傲娇的科研喵们可还满意？
3.7K31发布于 2019-12-17 - 来自专栏科研猫
【科研猫·绘图】高级技能 – 使用AI绘制Cell封面箭头
箭头在我们的科研绘图中出现频率非常高，特别是流程图（workflow, pipeline)中会出现大量的箭头，它在我们的绘图中起到非常重要的指向性和衔接作用。有同学可能想，箭头做起来不是很简单吗？
4.7K40发布于 2019-10-16 - 来自专栏科研猫
【科研猫·绘图】GSEA分析全攻略，带视频分享
本期干货 GSEA完整教学视频&测试数据 文章详情：“科研猫”公众号 科研猫原创系列，未经许可严禁转载，版权事宜由上海辰明律师事务所提供法务支持。
2.8K20发布于 2019-09-24 - 来自专栏科研猫
【科研猫】生存分析的正确姿势（1）视频+R代码分享
老规矩，为了方便大家上手，为大家录制了操作视频，快上车吧~ 更多科研新鲜资讯、文献精度和生物信息技能，请关注科研猫公众号
1.9K10发布于 2019-09-24 - 来自专栏科研猫
【科研猫】轻盈的蛋白组学文章怎么发？
作者：科研猫 | 老丁 责编：科研猫 | 依米 蛋白质组学的催生得益于基因组学、生物化学、分析化学、自动化、基于电磁场的精密质谱仪、信号处理、数理统计和计算机科学等多学科的协同发展和进步。 www.beyotime.com/html/Label-free.htm https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5733471/pdf/fpls-08-02113.pdf 科研猫原创出品
1.2K20发布于 2020-07-28 - 来自专栏科研猫
【科研猫·绘图】今夏最热的“热图”（带R代码分享）
热图是科研论文中一种常见的可视化手段，因其丰富的色彩变化和饱满的信息涵盖量，往往是一篇文章中最引人注目的所在之一。上至CNS顶刊，下至1到2分小文，可以说热图无处不在，堪称文章C位。 如何做出一张完美的热图，是居家旅行（科研写作），拜访亲朋好友（征服editor和reviewer的心）必备技能。本次教程，我们将为大家详细讲述如何使用R语言绘制高大上的热图。 ? 在科研做图过程中，有时候我们并不需要对基因或者样本进行聚类，那么如何调整热图中的聚类树呢，在pheatmap函数中，cluster_row参数可以控制基因的聚类，cluster_col可以控制样本的聚类 参考科研期刊中的文章热图，还有一个重要的部分，就是样本的附注，用来标注哪些样本是实验组，哪些样本是对照组。那么如何实现在热图中添加标注呢？代码如下： ? ? 本期干货 ！！绘制热图代码！！ 原文详情：“科研猫”公众号
8.9K21发布于 2019-09-24 - 来自专栏科研猫
【科研猫·绘图】缤纷版·韦恩图（带R代码分享）
还有不少同学在问有没有线下培训课程，科研猫已经在筹备啦，预计9月份会跟大家见面。只要是大家有需要，科研猫都会推出的。 绘图操作：使用科研猫提供的 韦恩图·R代码，只要提供几个参数即可： 由于我们常用的韦恩图可能涉及多个组别，如2组、3组乃至4组、5组，为了更全面地展示作图过程，更好地教会大家，我们在这里把不同组别全部做一遍 更多科研新鲜资讯、文献精度和生物信息技能，请关注科研猫公众号
2K10发布于 2019-09-24 - 来自专栏科研猫
科研猫小课堂：敲黑板！竞争风险模型应该如何分析？
作者：科研猫 | 西红柿 责编：科研猫 | 馋猫 1 背景 在观察某一事件是否发生时，如果该事件受到其他事件的阻碍，在这种所谓的竞争风险研究中可能会有多个结果事件，有些结果会阻止感兴趣的事件发生或影响其发生的概率 科研猫原创出品，任何形式转载，均需获授权 若您是读者，欢迎分享，无需授权 易法通律师事务所提供版权法律支持
4.7K20发布于 2020-07-28 - 来自专栏科研猫
【科研猫·绘图】看·箱线图·如何美丽动人（代码分享）
古语云“字如其人”，现在讲“第一印象”，说的都是形象、气质的重要作用，在科研领域而言，规范的、高质量的图片是发表高水平文章的必备条件。 有请我们科研猫特聘作图系列讲师，飞飞老师~ 俗话说的好，“一图顶十表”。我们经常在Nature，Science杂志的各种高级文章中看到异常优美的图片，大都是这样色儿的： ? 那么如何才能绘制出美观的图形呢，从本次课程开始，科研猫推出《科研绘图系列课程》，我们将会逐一跟大家讲解每个图形的特点以及如何绘制出漂亮的科研图形。 绘图操作：直接使用 科研猫·箱线图R代码，读取数据，设置几个参数即可： （1）设置要读取的文件； （2）设置Box的颜色，可以是red、blue、green等各种颜色，当你想绘制多种颜色时，使用“random 更多科研新鲜资讯、文献精度和生物信息技能，请关注科研猫公众号
3.2K11发布于 2019-09-24 - 来自专栏科研猫
【科研猫】基因表达与肿瘤预后：生存分析（1）代码+视频分享
生存分析（Survival Analysis）是研究生存现象和响应时间数据及其统计规律的一种统计学方法，是关联表型与患者预后的重要手段。今天，我们带领大家，看看如何用R语言做生存分析，快速锁定目标基因。
5.3K11发布于 2019-11-07 - 来自专栏科研猫
【科研猫·绘图】团团“圆圆”，来个不一样的月饼
月圆圆月团圆夜，团圆夜里望月圆， 月圆夜圆月圆圆，夜圆月圆夜团圆～ 值此中秋佳节到来之际，“科研猫”祝大家节日快乐，还精心给大家备了一份送来圆圆的月饼。 前面三个相信都是大家想要的，最后一个是什么鬼？ 所以，虽然这是运行Circos最原汁原味、而且功能最为强大的方法，画出来的图都是下面这样的，美但是不方便，但是科研猫温馨提示大家：如果Perl语言没到大神水平，千万不要尝试这种做法。 本期干货 Circos软件及绘图资料 原文详情：“科研猫”公众号 科研猫原创系列，未经许可严禁转载，版权事宜由上海辰明律师事务所提供法务支持。
1.1K40发布于 2019-09-24 - 来自专栏科研猫
【科研猫·绘图】优雅版·小提琴图（带R代码分享）
绘图操作：使用科研猫提供的提琴图·R代码，只要提供几个参数即可： （1）设置用来绘图的数据文件； （2）设置小提琴的颜色，可以是red、blue、green等各种颜色，当你想绘制多种颜色时，使用“random 讲师简介： 飞飞老师，绰号“小飞鼠”，国家重点实验室生物信息学博士，生物信息及动画专业双985学士，有近十年科研绘图经验，精通R、Python、Perl等多门编程语言及Photoshop、Illustrator 更多科研新鲜资讯、文献精度和生物信息技能，请关注科研猫公众号
6.2K12发布于 2019-09-24 - 来自专栏科研猫
【科研猫·绘图】献礼国庆70年，R语言绘制中国地图
当然可以，作为无所不能的科研猫技术宅，没有什么对我们来说是不能实现的。下面就给大家演示一个最直观的例子。 最后，祝福祖国永远繁荣昌盛，愿祖国的科研、卫生事业快速稳定发展，跃居世界一流水平。 本期干货 ！地图绘制代码！ · 关注“科研猫”公众号，联系客服 胖雨小姐姐 or 折耳猫小姐姐 领取 ? ? 【科研猫·绘图】今夏最热的“热图”（带R代码分享） 【科研猫·绘图】看·箱线图·如何美丽动人（代码分享） 【科研猫·绘图】优雅版·小提琴图（带R代码分享） 【科研猫·绘图】缤纷版·韦恩图（带R代码分享 ） 【科研猫·绘图】朋友圈最火热的“火山图”（带R代码分享） 【科研猫·绘图】bar（霸）图绘制之霸气满屏 【科研猫·绘图】GSEA分析全攻略，带视频分享 【科研猫·绘图】团团“圆圆”，来个不一样的月饼 （5） 生存分析系列 【科研猫】生存分析的正确姿势（1）视频+R代码分享 【科研猫·出品】TCGA超大批量生存分析教程 GEO数据挖掘系列 GEO数据库挖掘（1）--SCI文章速成 GEO数据库挖掘（2
2.7K20发布于 2019-09-28 - 来自专栏科研猫
【科研猫·绘图】朋友圈最火热的“火山图”（带R代码分享）
另外需要用到的一个包围ggthemes，这个包整合了很多ggplot2的绘图主题，对科研人员十分友好。 ? 在包安装完成之后，我们将它们加载到R环境中。接下来就是读取我们差异基因的文件了。 关注“科研猫”公众号 以上内容均为“科研猫”公众号原创，严禁未经许可擅自转载及资源分享，如需转载，请申请获得许可。
22.8K42发布于 2019-09-24 - 来自专栏科研猫
【科研猫·绘图】三维饼图-增加厚度才能提升高度
这个缺点极大地限制了Excel在科研绘图中的应用。今天我们重点学习一下，如何用R语言制作三维饼图。 输入数据 先来看看我们的数据。
1.9K40发布于 2019-10-16
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