- 综合排序
- 最热优先
- 最新优先
- 来自专栏科研猫
【科研猫·绘图】高级科研做图 – AI入门
当然，有些工作做得特别出色的，杂志编辑会推荐科研做图润色。 所以，学好科研做图，可以为我们文章加一层buff，战斗力提升一个档次哦~ 那么，先让我们欣赏一下优秀的文章中的图吧~ 这是一篇发表在NATURE BIOTECHNOlOGY上的文章，排版紧凑，图片形式涉及点图 对其操作在我们科研绘图中是非常常用的，可能很多人都停留在手动对齐以及目测对齐的水平上，其实是很不规范的操作！ AI中的对齐工具非常简单，选择这两个对象，然后选择垂直对齐即可。 当然了，科研做图，绝非一朝一夕之事，各位一定要勤加练习，多阅读高质量的文献，才能做出一眼让人看到就觉得非常惊艳的图。科研是一条漫长的图，一篇优秀的文章，既是科学的积淀，也是艺术的结晶。
2.8K51发布于 2019-10-08 - 来自专栏科研猫
【科研猫·高级绘图】 tSNE 分析
t-分布领域嵌入算法（t-distributed stochastic neighbor embedding，tSNE），是一种常用的非线性降维方法，非常适用于高维数据降维到2维或者3维，从而进行可视化 比如我们在进行转录组数据分析的时候，每一个样本可以检测到3万个基因，如果有10个这样的样本，我们如何判断哪些样本之间的相似性能高。当然，通过层次聚类等方法，可以显示样本与样本之间的关系。 然后，便是绘图的时刻了~ 3. 基础作图 ggpubr提供了非常多的作图函数，可以方便大家绘制更美观的科研做图。这里我们使用ggscatter这个函数，x轴为tSNE_1，y轴为tSNE_2。 ?
8.1K20发布于 2019-11-23 - 来自专栏科研猫
【科研猫】综述阅读心得分享
综述阅读的几点建议 最好是发表在3年以内的文献：3年内的综述可以反应该研究的热点和进展，辅助判断自身课题是否具有创新性和开展的价值。 IF越高、引用率越高、学科主流杂志上的文献重点阅读：科研猫公众号之前发过一篇技术贴【科研猫·技能】Pubmed文献显示影响因子，并按IF进行分类筛选，是在pubmed里插入筛选码，方便大家在检索的任意时刻都可以直接知晓文章发表杂志的影响因子 数量不低于3篇，同类专题综述的互补性：尽管很多的综述的主体是同一个，例如多囊卵巢综合症（PCOS），但是不同的综述他们的侧重点不同，有点是要强调科学界对它的认知史，有的侧重在诊断标准的演化，有的是强调基因水平和遗传水平上的研究进展 重视归纳性图标的采集：如果说综述是对众多文献的概括，那么综述里具有概括性的图和表则是对综述的更精华浓缩的概括，可以帮助我们对科研概念更形象具体的理解，一图抵千言。 ? 更多科研新鲜资讯、文献精读和生物信息技能
56520发布于 2020-02-24 - 来自专栏科研猫
【科研猫·绘图】世界地图绘制
这些图频繁出现在Lancet或者NEJM、CNS等顶级杂志中，不过对于很多科研人员来说，地图的绘制由于没有现成软件可以直接操作，一直以来都是一大难题。 ? 前面一期的教程中，我们给大家讲解了中国地图的绘制方法【科研猫·绘图】中国地图绘制：R语言版，在我们发布这篇教程后，马上有同学反映想要学习世界地图的绘制，作为实力宠粉的科研猫团队，粉丝的要求岂能不去满足。 # this lets us use the contry name vs 3-letter ISO wrld_simpl@data$id <- wrld_simpl@data$NAME wrld <- LEVEL 3 流行病学中绘制地图主要的目的是为了描述发病率一类的信息，然后用不同的颜色将其Highlight出来。 不过，作为力臻完美的科研猫技术宅，有没有可能更进一步呢？试着把NEJM当中的配色或者Lancet当中的配色直接用到图中去。
5.2K21发布于 2020-03-26 - 来自专栏科研猫
【科研猫·绘图】bar（霸）图绘制之霸气满屏
如果一篇科研论文没有 bar图，那它可能就不是一篇合格的科研论文。 很多同学也许会问，bar图有什么难的，我科研论文做第一张图就是bar图，so~so~easy。 在我们阅读过的科研论文中，几乎所有的文章都包含bar图，因此bar图可谓是霸气满屏，科研一姐。 本期干货 Bar图绘制代码&测试数据 原文详情“科研猫”公众号 科研猫原创系列，未经许可严禁转载，版权事宜由上海辰明律师事务所提供法务支持。
1.7K20发布于 2019-09-24 - 来自专栏科研猫
【科研猫·统计】ROC曲线（2）：一码到底
这六个文件分别是：（1）整合的ROC曲线（不同配色、线型区别，含AUC值）；（2）平滑拟合的ROC曲线；（3）带有95%置信区间（Confidence Interval，CI）的ROC曲线带状图；（4） 咱们科研猫的技术向来都是很少说废话空话的技术流、实干派，所以，看看这些分析结果，各位傲娇的科研喵们可还满意？
3.7K31发布于 2019-12-17 - 来自专栏科研猫
【科研猫·绘图】高级技能 – 使用AI绘制Cell封面箭头
箭头在我们的科研绘图中出现频率非常高，特别是流程图（workflow, pipeline)中会出现大量的箭头，它在我们的绘图中起到非常重要的指向性和衔接作用。有同学可能想，箭头做起来不是很简单吗？ 勾选虚线功能，然后将虚线属性改为3。 ? 这样，我们就可以建立一个虚线箭头了。当然，AI中也可以修改箭头的颜色，直接改变描边颜色即可。我们复制第一个箭头，然后同学们可以练习一下把它改成绿色。 ?
4.7K40发布于 2019-10-16 - 来自专栏科研猫
【科研猫·绘图】GSEA分析全攻略，带视频分享
也就是说，只需要 2 (实验条件) * 3(重复)个 RNAseq 的样本，我们就可以做出一张 Cancer Cell 的主图了，YY一下，有没有很激动呢~ 做转录组分析时，大家通常会先筛选差异表达基因 数据共有7列，第一列为基因名，第二至七列为样本表达，分别是三个 Case (Case1, Case2, Case3) 和三个 Control (Control1, Control2, Control3) 本期干货 GSEA完整教学视频&测试数据 文章详情：“科研猫”公众号 科研猫原创系列，未经许可严禁转载，版权事宜由上海辰明律师事务所提供法务支持。
2.8K20发布于 2019-09-24 - 来自专栏科研猫
【科研猫】生存分析的正确姿势（1）视频+R代码分享
大家都知道，要比较不同分组患者的生存差异需要有三个数据： （1）患者分组，比如高危组vs低危组； （2）随访时间； （3）随访结局，也就是随访结束时患者的结局 要知道，准备这几个数据还是有点烦的，如果再放到 就按一个3分钟，100个基因就是300分钟，5个小时！terrible吧？ 今天，猎豹师兄就带大家开启高能模式，以如下方案为例，开讲！ 3 提取生存数据 有了患者的分组信息，将overall survival date和overall survival status从表型信息中提取出来。那么患者的临床信息存储在哪个文件当中呢？ 老规矩，为了方便大家上手，为大家录制了操作视频，快上车吧~ 更多科研新鲜资讯、文献精度和生物信息技能，请关注科研猫公众号
1.9K10发布于 2019-09-24 - 来自专栏科研猫
【科研猫】轻盈的蛋白组学文章怎么发？
作者：科研猫 | 老丁 责编：科研猫 | 依米 蛋白质组学的催生得益于基因组学、生物化学、分析化学、自动化、基于电磁场的精密质谱仪、信号处理、数理统计和计算机科学等多学科的协同发展和进步。 抛开一些大牛实验室的高精尖蛋白组学研究，一般影响因子3-5分的蛋白质组学文章的套路还是挺简单的。 ? www.beyotime.com/html/Label-free.htm https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5733471/pdf/fpls-08-02113.pdf 科研猫原创出品
1.2K20发布于 2020-07-28 - 来自专栏科研猫
【科研猫·绘图】今夏最热的“热图”（带R代码分享）
热图是科研论文中一种常见的可视化手段，因其丰富的色彩变化和饱满的信息涵盖量，往往是一篇文章中最引人注目的所在之一。上至CNS顶刊，下至1到2分小文，可以说热图无处不在，堪称文章C位。 如何做出一张完美的热图，是居家旅行（科研写作），拜访亲朋好友（征服editor和reviewer的心）必备技能。本次教程，我们将为大家详细讲述如何使用R语言绘制高大上的热图。 ? 在科研做图过程中，有时候我们并不需要对基因或者样本进行聚类，那么如何调整热图中的聚类树呢，在pheatmap函数中，cluster_row参数可以控制基因的聚类，cluster_col可以控制样本的聚类 参考科研期刊中的文章热图，还有一个重要的部分，就是样本的附注，用来标注哪些样本是实验组，哪些样本是对照组。那么如何实现在热图中添加标注呢？代码如下： ? ? 本期干货 ！！绘制热图代码！！ 原文详情：“科研猫”公众号
8.9K21发布于 2019-09-24 - 来自专栏科研猫
【科研猫·绘图】缤纷版·韦恩图（带R代码分享）
还有不少同学在问有没有线下培训课程，科研猫已经在筹备啦，预计9月份会跟大家见面。只要是大家有需要，科研猫都会推出的。 绘图操作：使用科研猫提供的 韦恩图·R代码，只要提供几个参数即可： 由于我们常用的韦恩图可能涉及多个组别，如2组、3组乃至4组、5组，为了更全面地展示作图过程，更好地教会大家，我们在这里把不同组别全部做一遍 设置需要读入的列表2的数据文件；设置列表2的名称； 3. 设置需要读入的列表3的数据文件；设置列表3的名称； 4. 设置需要读入的列表4的数据文件；设置列表4的名称； ? 然后直接全选，运行代码即可。 同理，如果需要2组，3组，或者5组的韦恩图，需要设置对应数量的列表文件和列表的名称即可。画出来的图是这样的： ? 更多科研新鲜资讯、文献精度和生物信息技能，请关注科研猫公众号
2K10发布于 2019-09-24 - 来自专栏科研猫
科研猫小课堂：敲黑板！竞争风险模型应该如何分析？
作者：科研猫 | 西红柿 责编：科研猫 | 馋猫 1 背景 在观察某一事件是否发生时，如果该事件受到其他事件的阻碍，在这种所谓的竞争风险研究中可能会有多个结果事件，有些结果会阻止感兴趣的事件发生或影响其发生的概率 1library(foreign) 2bmt <-read.csv(‘bmtcrr.csv’) 3str(bmt) 4library(cmprsk) 5bmt$D <- as.factor(bmt$ $ Phase : 因子变量，4个水平：“CR1”, “CR2”, “CR3”, “Relapse”。 $ Age : 年龄。 $ Status: 结局，0=删失，1=复发，2=竞争风险事件。 函数用法如下： 1crr(ftime, fstatus, cov1, cov2, 2 tf, cengroup, failcode =1, 3 cencode =0, subset, 科研猫原创出品，任何形式转载，均需获授权 若您是读者，欢迎分享，无需授权 易法通律师事务所提供版权法律支持
4.7K20发布于 2020-07-28 - 来自专栏科研猫
【科研猫·绘图】看·箱线图·如何美丽动人（代码分享）
有请我们科研猫特聘作图系列讲师，飞飞老师~ 俗话说的好，“一图顶十表”。我们经常在Nature，Science杂志的各种高级文章中看到异常优美的图片，大都是这样色儿的： ? 那么如何才能绘制出美观的图形呢，从本次课程开始，科研猫推出《科研绘图系列课程》，我们将会逐一跟大家讲解每个图形的特点以及如何绘制出漂亮的科研图形。 绘图操作：直接使用 科研猫·箱线图R代码，读取数据，设置几个参数即可： （1）设置要读取的文件； （2）设置Box的颜色，可以是red、blue、green等各种颜色，当你想绘制多种颜色时，使用“random ”； （3）设置点的颜色； 然后直接运行代码即可。 3.流程图、机器学习、三维制图 ? 4.复杂三维绘图、杂志封面 ? 更多科研新鲜资讯、文献精度和生物信息技能，请关注科研猫公众号
3.2K11发布于 2019-09-24 - 来自专栏科研猫
【科研猫】基因表达与肿瘤预后：生存分析（1）代码+视频分享
就按一个3分钟，100个基因就是300分钟，5个小时！ 这个时候，我们就要求助于一种更为高级的方式，那就是R语言。 3 提取生存数据 有了患者的分组信息，将overall survival date和overall survival status从表型信息中提取出来。那么患者的临床信息存储在哪个文件当中呢？
5.3K11发布于 2019-11-07 - 来自专栏科研猫
【科研猫·绘图】团团“圆圆”，来个不一样的月饼
月圆圆月团圆夜，团圆夜里望月圆， 月圆夜圆月圆圆，夜圆月圆夜团圆～ 值此中秋佳节到来之际，“科研猫”祝大家节日快乐，还精心给大家备了一份送来圆圆的月饼。 前面三个相信都是大家想要的，最后一个是什么鬼？ 截止到2019年9月该文章已被引用将近3,500次。 所以，虽然这是运行Circos最原汁原味、而且功能最为强大的方法，画出来的图都是下面这样的，美但是不方便，但是科研猫温馨提示大家：如果Perl语言没到大神水平，千万不要尝试这种做法。 Step3 点击上传文件，然后点击“Visualiza Table”即可。做图来的图片如下，还可以支持矢量图下载哦。 是不是很简单，很方便呢？ 本期干货 Circos软件及绘图资料 原文详情：“科研猫”公众号 科研猫原创系列，未经许可严禁转载，版权事宜由上海辰明律师事务所提供法务支持。
1.1K40发布于 2019-09-24 - 来自专栏科研猫
【科研猫·绘图】优雅版·小提琴图（带R代码分享）
生物信息系列课程-R语言入门；挖掘GEO速成SCI文章系列教程（3）-R语言基础。小板凳排排坐，飞飞老师要开课~ 上次教程中，我们从最常用的一个图形入手：箱线图。 绘图操作：使用科研猫提供的提琴图·R代码，只要提供几个参数即可： （1）设置用来绘图的数据文件； （2）设置小提琴的颜色，可以是red、blue、green等各种颜色，当你想绘制多种颜色时，使用“random ”； （3）设置x轴的标签； （4）设置y轴的标签 然后直接运行代码即可。 讲师简介： 飞飞老师，绰号“小飞鼠”，国家重点实验室生物信息学博士，生物信息及动画专业双985学士，有近十年科研绘图经验，精通R、Python、Perl等多门编程语言及Photoshop、Illustrator 3.流程图、机器学习、三维制图 ? 4.复杂三维绘图、杂志封面 ? 更多科研新鲜资讯、文献精度和生物信息技能，请关注科研猫公众号
6.2K12发布于 2019-09-24 - 来自专栏科研猫
【科研猫·绘图】献礼国庆70年，R语言绘制中国地图
最后，祝福祖国永远繁荣昌盛，愿祖国的科研、卫生事业快速稳定发展，跃居世界一流水平。 本期干货 ！地图绘制代码！ · 关注“科研猫”公众号，联系客服 胖雨小姐姐 or 折耳猫小姐姐 领取 ? ? 【科研猫·绘图】今夏最热的“热图”（带R代码分享） 【科研猫·绘图】看·箱线图·如何美丽动人（代码分享） 【科研猫·绘图】优雅版·小提琴图（带R代码分享） 【科研猫·绘图】缤纷版·韦恩图（带R代码分享 ） 【科研猫·绘图】朋友圈最火热的“火山图”（带R代码分享） 【科研猫·绘图】bar（霸）图绘制之霸气满屏 【科研猫·绘图】GSEA分析全攻略，带视频分享 【科研猫·绘图】团团“圆圆”，来个不一样的月饼 网络图 从网络图探寻基因互作的蛛丝马迹（1） 【科研猫·绘图】从网络图探寻基因互作的蛛丝马迹（2） 从网络图探寻基因互作的蛛丝马迹（3） 从网络图探寻基因互作的蛛丝马迹（4） 从网络图探寻基因互作的蛛丝马迹 （5） 生存分析系列 【科研猫】生存分析的正确姿势（1）视频+R代码分享 【科研猫·出品】TCGA超大批量生存分析教程 GEO数据挖掘系列 GEO数据库挖掘（1）--SCI文章速成 GEO数据库挖掘（2
2.7K20发布于 2019-09-28 - 来自专栏科研猫
【科研猫·绘图】朋友圈最火热的“火山图”（带R代码分享）
另外需要用到的一个包围ggthemes，这个包整合了很多ggplot2的绘图主题，对科研人员十分友好。 ? 在包安装完成之后，我们将它们加载到R环境中。接下来就是读取我们差异基因的文件了。 关注“科研猫”公众号 以上内容均为“科研猫”公众号原创，严禁未经许可擅自转载及资源分享，如需转载，请申请获得许可。
23K42发布于 2019-09-24 - 来自专栏科研猫
【科研猫·绘图】三维饼图-增加厚度才能提升高度
这个缺点极大地限制了Excel在科研绘图中的应用。今天我们重点学习一下，如何用R语言制作三维饼图。 输入数据 先来看看我们的数据。 图形绘制 现在我们开始画图，在R语言的绘制三维饼图需要使用plotrix包中的pie3D()函数，没错，就是pie3D(),非常好记，二维饼图的pie()函数加个3D就行。 pie3D()函数也是需要两个参数，需要给出第一个参数就是：数值，也就是我们这个数据中的Value一列；第二个参数就是：数值的标签，也就是我们数据当中的Group一列。 ? 所以我们可以直接使用 > pie3D(data$Value,labels=data$Group) 命令来做图，画出来就是这样的： ?
1.9K40发布于 2019-10-16
腾讯云开发者
Copyright © 2013 - 2026 Tencent Cloud. All Rights Reserved. 腾讯云 版权所有
深圳市腾讯计算机系统有限公司 ICP备案/许可证号：粤B2-20090059 
粤公网安备44030502008569号
腾讯云计算（北京）有限责任公司 京ICP证150476号 | 京ICP备11018762号