包中的 stringi::stri_enc_toascii() 函数(推荐),配合 stringi::stri_enc_isascii() 使用: a <- "Sympathetic\xcaNervous System" a #> [1] "Sympathetic\xcaNervous System" stringi::stri_enc_isascii(a) #> [1] FALSE b <- stringi ::stri_enc_toascii(a) b #> [1] "Sympathetic\032Nervous System" stringi::stri_enc_isascii(b) #> [1] TRUE 利用第 3 种方法,我首先将问题锁定到了某一个数据: is_asc <- function(x) { x <- stringi::stri_enc_isascii(x) if (FALSE % ` <- stringi::stri_enc_toascii(toil_info$`_primary_site`) 提交的 gh action 也显示问题解决了: ❯ checking installed
作 者回复 两天以后stringi包的作者@gagolews把这个issue和stringi的一个issue关联了起来,大猫有点纳闷,为什么stringi包的作者也跑过来了? 待大猫细细一看,原来是@骑着白马唱着歌认为cidian无法加载搜狗词库是stringi的锅,给stringi发了一个issue…… 三天过去了,cidian包的作者木有任何动静。 也欢迎大家提问哦,有价值的问题大猫会放到公众号上来哒~ 插 曲 stringi的作者@gagolews似乎也长出一口气,心里想stringi这么robust使用范围那么广,怎么可能会有问题,这锅老子可不要背
import StringIO a = cStringIO.StringIO('title') a.write('content1\n') 返回AttributeError: 'cstringIO.StringI __class__ 返回: <type instance> <type instance> <type cStringIO.StringO> <type cStringIO.StringI> StringIO.StringIO at XXXX> <class StringIO.StringIO at XXXX> <type cStringIO.StringO> <type cStringIO.StringI > 但是说明带默认参数的 cStringIO.StringIO生成的是cStringIO.StringI,它是read-only的,无默认参数的是cStringIO.StringO,它是可读写的。
paste(rev_complementary,collapse = "") #输出反向互补序列 rev_complementary_DNA 2.使用mgsub包中的mgsub函数 #安装mgsub和stringi BiocManager::install("mgsub") BiocManager::install("stringi") #加载mgsub和stringi library(mgsub) library (stringi) DNA='ATTTAGCGATGCGGCTATGCTATCGGA' #使用mgsub获取互补序列 complementary_DNA=mgsub(DNA, #原始序列
="\t",col.names=F,row.names=F) #查看result1的前几行 head(result1) 可以发现第四列的注释信息中,转录本ID已经全部转换成了基因名字 方法二、使用stringi 函数 #如果没有安装过stringi这个包,先运行下一行命令进行安装 #BiocManager::install("stringi") library(stringi) #先将bed文件中的内容存放在result2
stringr构建在stringi之上,stringr专注于最重要且最常用的字符串操作函数,而stringi提供了涵盖几乎所有可以想象的内容的全面集合。 如果发现stringr缺少所需的功能,请尝试查看stringi。
“ 你和stringi包的作者Marek Gagolewski (老毛子啊)之间处的怎么样?合作?还是竞争?(不怀好意脸) ” (大笑)我想应该是合作吧。 stringi是一个原创的包,包含了很多非常棒的C库(速度快),而stringr最初只是对于base R函数的一个打包。 不过,(也许是看到stringr的统一命名法真的很有效)stringi复制了stringr的API。于是我想,为什么我不直接用stringr去打包(wrap)stringi呢? 但毕竟两者还是有所不同的,stringr打包的是常用的字符串函数,没有stringi那么大而全。换句话说,如果你学会了stringr,那么你学stringi就很快了。
使用stringi包 library(stringi) start <- proc.time() final_result <- stri_reverse(dna) final_result end < final_result <- Biostrings::reverse(dna) final_result end <- proc.time() print(end - start) 从上面的结果我们可以看出,方法3使用stringi
首先是stringi包 // 输入最传统的install.packages的方法 install.packages("stringi") [图片.png] 相比于昨天也是成功的装了stringi包,如果是后台缺少相关的环境条件 ,可以参考这篇文章,来进行依赖库的补齐(https://stringi.gagolewski.com/install.html) // rgeos包安装 install.packages("rgeos"
为了做到极致的性能,Quanteda做了如下努力 : 内部使用stringi作为字符处理工具 01 stringi由C++写成,效率毋庸置疑,是目前R中最优秀的字符串处理包,没有之一。 此外,Quanteda在设计之初就格外重视stringi的Unicode(UTF-8)实现,因而对于中文等Unicode字符的处理丝毫没有压力,这对于国内的小伙伴简直是个福音。
1st 坑 你需要安装一系列的包,这些包有的在CRAN上,有的在BioCondutor上,有的在github上,我们先从CRAN上的包说起,有个包叫做stringi,目前版本是1.4.6。 好在R对gcc的版本没有要求,安装好gcc之后就可以用 install.packages(“stringi”) 安装和编译这个包了,这个编译的时间也比较长,可以继续离开把刚才没喝完的咖啡喝完。 2nd 坑 安装完stringi后面就没啥难度了吧。不一定。
1st 坑 你需要安装一系列的包,这些包有的在CRAN上,有的在BioCondutor上,有的在github上,我们先从CRAN上的包说起,有个包叫做stringi,目前版本是1.4.6。 好在R对gcc的版本没有要求,安装好gcc之后就可以用 install.packages(“stringi”) 安装和编译这个包了,这个编译的时间也比较长,可以继续离开把刚才没喝完的咖啡喝完。 2nd 坑 安装完stringi后面就没啥难度了吧。不一定。
接着,在安装cidian前,我们还需要先安装以下几个包: 1> install.packages("devtools") 2> install.packages("stringi") 3> install.packages 2> “stringi”是一个强大的字符处理包。
package ‘ggplot2’ successfully unpacked and MD5 sums checked > install.packages("reshape2") 还安装相依关系‘stringi ’, ‘plyr’, ‘Rcpp’, ‘stringr’ 试开URL’https://cloud.r-project.org/bin/windows/contrib/4.1/stringi_1.7.6 _1.4.4.zip' Content type 'application/zip' length 818001 bytes (798 KB) downloaded 798 KB package ‘stringi
#加载包: library(plyr) library(maps) library(mapdata) library(leaflet) library(stringi) library(maptools
plotrix', 'R6', 'RcppArmadillo', 'RCurl', 'remotes', 'rlang', 'rmarkdown', 'roxygen2', 'RSQLite', 'stringi
pillar, lifecycle, deldir, goftest, spatstat.geom, digest, cachem, bslib, later, R6, mime, httpuv, stringi
<- data.frame(replicate(10, sample(0:2000, 15 * 10^5, rep = TRUE)), replicate(10, stringi
在远程服务器中进入R 环境,安装 languageserver : install.packages("languageserver") install.packages("httpd") 安装过程中可能出现stringi
terminal中进入R 环境,安装 languageserver : install.packages("languageserver") install.packages("httpd") 安装过程中可能出现stringi