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NGS基础：测序原始数据下载
使用NCBI提供的SRA-toolkit中的工具fastq-dump直接下载SRR文件，并转换为FASTQ格式，--split-3参数表示如果是双端测序就自动拆分，如果是单端不受影响。 nohup fastq-dump -v --split-3 --gzip SRR5908360 & nohup fastq-dump -v --split-3 --gzip SRR5908361 & nohup fastq-dump -v --split-3 --gzip SRR5908362 & nohup fastq-dump -v --split-3 --gzip SRR5908363 & nohup fastq-dump -v --split-3 --gzip SRR5906250 & nohup fastq-dump -v --split-3 --gzip SRR5906251 & nohup fastq-dump -v --split-3 --gzip SRR5906252 & nohup fastq-dump -v --split-3 --gzip SRR5906253 & 注意：如果数据量很大可能需要下载1
1.8K21发布于 2018-08-01 - 来自专栏Y大宽
3：数据处理:sra转成fq文件
project/raw_fq/下 cd /project/raw_fq/ for id in `seq 8223 8454`; do nohup sudo fastq-dump --gzip --split data/fudan_TNBC/SRR851${id}.sra . & done nohup for id in `seq 854 999`; do sudo fastq-dump --gzip --split /data/fudan_TNBC/SRR8517{id}.sra -O .; done & for ((i=854;i<=999;i++));do sudo fastq-dump --gzip --split
1.4K50发布于 2019-05-29 - 来自专栏生物信息学
linux上简单好用的并行软件ParaFly
简单举个例子： fastq-dump拆分三个SRA文件，可以把这三条命令写到fastq_dump.txt文件里面： $ cat fastq_dump.txtfastq-dump --split- 3 SRR1510125.1fastq-dump --split-3 SRR1004284.1fastq-dump --split-3 SRR1004285.1 之后使用ParaFly并行化： $ ParaFly fastq_dump.txt -CPU 3 服务器会同时用三个核分别来运行这三条命令，ParaFly结果文件： $ cat fastq_dump.txt.completedfastq-dump --split -3 SRR1004285.1fastq-dump --split-3 SRR1004284.1fastq-dump --split-3 SRR1510125.1 总体来看ParaFly方便易学，比linux
4K41发布于 2020-04-14 - 来自专栏生信菜鸟团
SRA数据库官方工具—SRA Toolkit
拆分的输出设置 --split-spot: 将双端测序分为两份,但是都放在同一个文件中 --split-files: 将双端测序分为两份,放在不同的文件,但是对于一方有而一方没有的reads直接丢弃 --split -3 : 将双端测序分为两份,放在不同的文件,但是对于一方有而一方没有的reads会单独放在一个文件夹里 其中 fasterq-dump reads拆分默认是 split-3 split-3 split-spot -s|--split-spot：见上文 -S|--split-files：见上文 -3|--split-3：见上文 --include-technical：包含技术性reads（如果不加这个参数是不会分解出来 指定输出位置 -Q：质量转换偏移量，默认为33 --gzip：使用gzip压缩输出 --bzip2：使用bzip2压缩输出 --split-spot: 见上文 --split-files: 见上文 --split
3.8K11编辑于 2023-12-06 - 来自专栏Y大宽
RNA-seq(3):sra到fastq格式转换并进行质量控制
注意现在是base环境） (base) kelly@DESKTOP-MRA1M1F:/mnt/f/rna_seq/data$ fastq-dump -h #命令1 fastq-dump --gzip --split #或者命令2 for id in `seq 56 62` do fastq-dump --gzip --split-3 -O -A SRR35899${id} . done #或者命令3 for ((i=56;i<=62;i++));do fastq-dump --gzip --split-3 -A SRR35899$i.sra -O .
2.2K20发布于 2018-09-10 - 来自专栏生信技能树
谁能告诉我，这数据测毁了么？
： 关于输出： -O 指定输出路径--gzip 指定输出格式为gzip压缩格式（fastqc软件可以直接识别gzip压缩的文件）--bzip2 指定输出格式为bzip2压缩格式**多个文件参数**--split 明白了fastq-dump的常用参数，我们就得到了转换sra文件的套路 fastq-dump --gzip --split-3 -O path -A accession 具体到我们下载的数据，可以直接用 @徐州更博文中的命令进行转换 for i in `seq 56 62`do fastq-dump --gzip --split-3 -O .
1.3K50发布于 2018-03-09 - 来自专栏单细胞天地
单细胞实战(二) cell ranger使用前注意事项
single-cell/MCC cd $wkd/raw/P2586-4 cat SRR_Acc_List-2586-4.txt |while read i do time fastq-dump --gzip --split 3 -A $i ${i}.sra && echo "** ${i}.sra to fastq done **" done 其中主要使用了三个参数： --gzip将生成的结果fastq文件进行压缩 --split 如果结果有三个文件，说明是双端文件，但是有的数据质量不高，存在trim的结果，第三个文件的名字一般是：<srr_id>.fastq， 而且文件也不大，基本可以忽略 -A指定输出的文件名 如果使用上面的参数--split ranger软件分析，一般需要两个输入文件，其中一个是测序reads，另一个是UMI+Barcode文件，那么只生成一个文件是不够的，因此可以换个参数 使用另外一个参数--split-files来替代--split
7K51发布于 2020-03-27 - 来自专栏生信补给站
单细胞免疫组库VDJ|从数据下载开始完成cellranger vdj分析（1）
/fastq-dump --split-3 $i done 注：--split-3 filename其中--split-3参数代表着如果是单端测序就生成一个 .fastq文件，如果是双端测序就生成_1
3.1K30编辑于 2023-08-25 - 来自专栏Linux基础入门
Flye | 三代测序数据组装软件③
amazonaws.com/sra/SRR8494939/SRR8494939 Flye示例数据处理（sra转fastq) # pacbio示例数据处理（sra转fastq) fastq-dump --gzip --split -3 pacbio.sra # nanopore示例数据处理（sra转fastq) fastq-dump --gzip --split-3 nanopore.sra Tips：fastq-dump会将
1.8K30编辑于 2022-08-18 - 来自专栏生信情报站
生信软件 | Sratools (操作SRA文件)
:-Access-SRA-Data 下载单个文件 prefetch SRR390728 下载多个文件 prefetch cart_0.krt 3.2 抽取fastq文件 fastq-dump --split 这个fasterq-dump与fastq-dump相比，就像动车碾压绿皮火车，用法如下： fasterq-dump --split-3 SRR893046 -O fastq 详情查看：https://
7.2K20发布于 2021-01-13 - 来自专栏Linux基础入门
Canu | 三代测序数据组装软件②
amazonaws.com/sra/SRR8494939/SRR8494939 Canu示例数据处理（sra转fastq) # pacbio示例数据处理（sra转fastq) fastq-dump --gzip --split -3 pacbio.sra # nanopore示例数据处理（sra转fastq) fastq-dump --gzip --split-3 nanopore.sra Tips：fastq-dump会将
2.1K20编辑于 2022-08-18 - 来自专栏Linux基础入门
wtdbg2 | 三代测序数据组装软件①
amazonaws.com/sra/SRR8494939/SRR8494939 wtdbg2示例数据处理（sra转fastq) #pacbio示例数据处理（sra转fastq) fastq-dump --gzip --split -3 pacbio.sra #nanopore示例数据处理（sra转fastq) fastq-dump --gzip --split-3 nanopore.sra Tips：fastq-dump会将sra
1.8K30编辑于 2022-08-18 - 来自专栏生信技能树
侠之大者，为老数据接盘
我没办法教你怎么泡咖啡，但安装seqkit还是很容易的，你只需要输入： #安装seqkit conda install -c bioconda seqkit 之后不要加--split-3你就能直接获得 #sra2fastq，不加入--split-3，这样整个序列不会被自动分割 ls *.sra |xargs -I [] echo 'fastq-dump --gzip [] &' > fastq-dump.sh
64030发布于 2020-11-19 - 来自专栏生信技能树
生信菜鸟团博客2周年精选文章集(6)三个最基础生信软件教程
.2.3.5-2-ubuntu64/bin/fastq-dump /home/jmzeng/down_software/sratoolkit.2.3.5-2-ubuntu64/bin/fastq-dump –split [shell] for i in *sra do echo $i /home/jmzeng/bio-soft/sratoolkit.2.3.5-2-ubuntu64/bin/fastq-dump –split
1.4K110发布于 2018-03-08 - 来自专栏生信宝典
耗时很长的程序忘加nohup就运行了怎么办？
nohup fastq-dump -v --split-3 --gzip SRR5908360 & nohup fastq-dump -v --split-3 --gzip SRR5908361 & 这个代码
1.1K10编辑于 2022-01-18 - 来自专栏生物信息学
下载NCBI SRA数据的最佳方法
下载完之后，可以用如下命令批量解压： for f in *.sra do nohup fastq-dump --split-3 $f & done 3.
2.5K20发布于 2020-04-14 - 来自专栏生信小白的专栏
人生第一次尝试Chip-seq analysis
Fastq-dump 进行SRA 文件分割 # fastq-dump 进行文件分割 SRA -> fastq.gz for i in $(cat SRR.txt);do fastq-dump --gzip --split
1.1K10编辑于 2023-05-17 - 来自专栏生信技能树
lncRNA实战项目-第四步-得到表达矩阵的流程
---- SRA—>FASTQ sra格式的数据需要先用fastq-dump转换, --split-3 表示双端测序，--gzip将生成的fastq文件压缩。 =230;i<=237;i++)) ;do /software/biosoft/software/sratoolkit.2.8.2-1-centos_linux64/bin/fastq-dump --split
3.8K52发布于 2018-03-05 - 来自专栏生信技能树
原创10000+生信教程大神给你的RNA实战视频演练
cd $wkd/raw ls /public/project/RNA/airway/sra/* | while read id; do ( nohup fastq-dump --gzip --split sra格式转fastq格式 格式转还用到的软件是fastq-dump for i in $wkd/*sra do echo $i nohup fastq-dump --split -3 --skip-technical --clip --gzip $i & done 得到fastq数据如下 原始数据是双端测序结果，fastq-dump配合--split-3参数，一个样本被拆分成两个
3.2K35发布于 2018-08-16 - 来自专栏Linux基础入门
Racon | 三代测序数据组装结果优化
nanopore数据进行演示，即下文assembly.fasta racon示例数据处理（sra转fastq) # nanopore原始数据处理（sra转fastq) fastq-dump --gzip --split
3.3K20编辑于 2022-08-18
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