作者将五个KGE模型应用到SNOMED-CT知识图谱中,提供了与现有方法的比较基准并深入讨论目前的最佳实践应用,并说明了利用知识图谱的多关系特性来学习生物医学知识表示的重要性。 例如,SNOMED Clinical Terms(SNOMED-CT),世界上使用最广泛的医疗保健文献和报告的临床术语,包含数十万个医学术语及其关系并拥有多层次组织结构。 我们可以将SNOMED-CT看作一个知识图谱,此外,它提供了一个词库,该词库在一个通用的本体论框架下结合了数百万种生物医学概念和关系。 鉴于SNOMED-CT比两个数据集更大,并且可以说是一个更复杂的知识图谱,因此链接预测结果表明KGE模型学习了SNOMED-CT的合理表示。 表2显示了SNOMED-CT上5个KGE模型的链接预测任务的结果,其中表的上部针对SNOMED-CT上的5个KGE模型,下部针对两个标准KGE数据集上的TransE和RotatE。
分享 作者 | Zeljko 编译 | VK 来源 | Towards Data Science 生物医学NER+L致力于从电子健康记录(EHR)中的文本中提取概念,并将其链接到大型生物医学数据库,如SNOMED-CT
通过新的解决方案,夏普现在可以利用NLP来识别临床术语,然后将这些术语规范化为众所周知的本体代码,最着名的是UMLS CUI,Snomed-CT和RxNorm。
例如将CT影像的3D卷积特征与病理报告的BioBERT嵌入向量进行正交映射,减少模态鸿沟 时序解耦优化undefined建立多模态数据缓存池,预计算超声图像的YOLO-Med检测结果与电子病历的SNOMED-CT 伦理风险治理多模态生成审计体系 建立三层审核机制: 算法层:植入SNOMED-CT术语约束生成器 流程层:关键诊断建议强制双模型交叉验证 临床层:设立AI决策伦理审查委员会(每季度更新白名单)
通过在国际系统医学术语集(SNOMED-CT)之上预测两个实体(i,j)之间的关系(r)而做的链路预测,功能改装方法的语义学习效果得到了验证。
可以考虑目前比较流行的FHIR格式,加上SNOMED-CT这样的医疗术语标准 分布式机器学习:目前MedRec只是个数据查询系统,但并不支持跨医疗机构的数据分析,即使是最基本的统计。
生命科学的一些领域受益于语义网技术已经有相当长的历史了,例如,前面提到的 SNOMED-CT 和基因本体论。一般来说,生物医学领域是语义网概念的早期采用者。