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读《Handbook of Single-Cell Technologies》
《Handbook of Single-Cell Technologies》这本斯普林格出版的英文专业书籍就像一个单细胞技术的大观园，带我们观瞻光学、化学、工程等在观察和操纵细胞的武器库。 《Handbook of Single-Cell Technologies》这本书聚焦于单细胞技术，而又开阔了单细胞技术人员的视野，也就应了那句话：专业的也必然是博学的。
37620编辑于 2022-05-24 - 来自专栏单细胞天地
The bone marrow microenvironment at single-cell resolution
文章信息 文章题目：The bone marrow microenvironment at single-cell resolution 发表期刊：nature 发表时间：2019年4月10日 原文链接 Fig. 3: Single-cell transcriptome profiling of the bone marrow niche in response to chemotherapy Notch
1.1K32编辑于 2022-01-10 - 来自专栏生信菜鸟团
读《Single-cell best practices》2025实践版
《Single-cell best practices》是咱们生信书房推荐的第66本书。 关于单细胞数据分析最佳实践(Single-cell best practices)，一直伴随着单细胞数据的发展，概念、工具、方法、流程。 Best practices for single-cell analysis across modalities.
58110编辑于 2025-08-11 - 来自专栏生信技能树
scBayes——整合bulk DNA与single-cell RNA进行肿瘤亚克隆表达研究的工具
. (2024) A Bayesian framework to study tumor subclone-specific expression by combining bulk DNA and single-cell
36610编辑于 2024-03-25 - 来自专栏单细胞天地
SCENIC | 以single-cell RNA-seq数据推断基因调控网络和细胞功能聚类
SCENIC: single-cell regulatory network inference and clustering[J].
10.1K54发布于 2020-03-30 - 来自专栏单细胞天地
单细胞差异分析方法评测
简单理解，pseudobulks就是一群vs一群，而single-cell方法就是一个vs一个 既然两种逻辑有差异，那么对后面的生物学功能解释影响大吗？ 发现也是pseudobulks方法得到的差异基因更贴合真正的生物学通路（图e），比如f这个通路基因在single-cell检验方法中就没有得到 图2：single-cell的方法对高表达基因存在bias 目的是看为什么pseudobulks方法要优于single-cell 图a可以看到，single-cell方法拿到的每个细胞表达量都不高，并且很离散（存在很多0表达量），而pseudobulks进行了一步整合 （图b） 那么作者又问了：为什么表达量高，却成了single-cell方法的制约因素呢？ 又使用了不同物种、不同细胞类型、不同技术、不同处理的46个scRNA数据集合，发现确实single-cell的bias是广泛存在（f） 图3：single-cell数据的差异分析必须考虑生物重复 目的是看看
4.6K41发布于 2021-11-15 - 来自专栏生信技能树
单细胞转录组的质控降维聚类分群和注释哪个步骤最关键
Identifying cell populations with scRNASeq ｜ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28712804 2018年2月的 Single-cell Clustering methods for single-cell RNA sequencing data ? 还有 Table 2. Trajectory inference methods for single-cell RNA sequencing data Table 3. Cell-type annotation methods for single-cell RNA sequencing data Table 4. Integrating datasets methods for single-cell RNA sequencing data 挺容易看懂的，今年入坑单细胞的，可以优先看看这个！
94020发布于 2021-04-30 - 来自专栏生信技能树
跟我一起玩转shiny
2.ShinyCell SGDDNB/ShinyCell: Shiny Interactive Web Apps for Single-Cell Data (github.com) ShinyCell是一个 image-20210420182447227 6.iS-CellR: a user-friendly tool for analyzing and visualizing single-cell RNA 相关案例--期刊数据类 A Single-Cell Transcriptome Atlas of the Mouse Glomerulus Glomerulus single-cell atlas (mdc-berlin.de ) A Single-Cell Transcriptome Atlas of the Mouse Glomerulus - PubMed (nih.gov) ? analysis of single-cell epigenomic landscapes with ChromSCape - PubMed (nih.gov) https://github.com/
2.2K21发布于 2021-04-29 - 来自专栏单细胞天地
2021 Single Cell Genomics Day 直播录屏B站资源
当晚，我在我们单细胞天地的各个交流群通知了大家记得录屏，毕竟按照往年惯例每次放出的recording都是不全的 ， 今天终于在B站看到了全部的超高清录屏，真爽： 01 Rahul Satija Single-cell RNA sequencing and perturbat 06 Jaison Jain Reference-based mapping for single-cell analysis 07 Sarah Pierce Spear-ATAC Pooled, droplet-based, single-cell chromatin accessib 08 Dana Peer Trajectories of plasticity in development and cancer 09 Saket Choudhary Count models for normalization of single-cell CUT&TAG 13 Efthymia Papalexi Analytical strategies for single-cell pooled CRISPR screens 视频连接是：https
95040发布于 2021-04-16 - 来自专栏生信技能树
不要过度神话英文专业书籍
RNA-Seq 17 Normalization of Single-Cell RNA-Seq 18 Dimensionality Reduction of Single-Cell RNA-Seq 19 Single-Cell RNA Sequencing Analysis: A Step-by-Step ? Analysis of single cell RNA-seq data》，内容目录如下： Table of Contents 1 About the course 2 Introduction to single-cell Feature Selection 6.4 Other Options For Analysis 7 Single Cell Resources 7.1 Comprehensive list of single-cell resources 7.2 Computational packages for single-cell analysis 7.3 eLife Commentary on the Human Cell
69440发布于 2021-04-29 - 来自专栏生信技能树
单细胞蛋白质组学全套视频课程
Meni Wanunu at the 6th single-cell proteomics conference, SCP2023: https://single-cell.net. 可以看到在YouTube上面的不仅仅是最新的2023会议全部录屏，而是有历年的每次研讨会的视频: 历年的每次研讨会的视频 比如 2019的： Welcome to the workshop of the single-cell proteomics conference | Nikolai Slavov | SCP2019 Design of single-cell proteomics experiments | Harrison Specht | SCP2019 Sample preparation for single-cell MS analysis | Edward Emmott | SCP2019 Optimizing
30522编辑于 2023-09-04 【工具】SCEMENT大规模单细胞测序数据的可扩展和内存高效集成工具
AbstractMotivationIntegrative analysis of large-scale single-cell data collected from diverse cell populations While several algorithms have been developed for single-cell RNA-sequencing data integration, many lack unsupervised sparse matrix setting to enable accurate integration of diverse and large collections of single-cell Using tens to hundreds of real single-cell RNA-seq datasets, we show that SCEMENT outperforms ComBat https://github.com/AluruLab/scementSCEMENT: scalable and memory efficient integration of large-scale single-cell
25910编辑于 2025-04-02- 来自专栏生信菜鸟团
读《结节状病灶细胞生态学的单细胞视角》
与其说是一本书，不如说是博士生论文，它的名字叫做Understanding the Cellular Ecology of Mtb Granulomas Using Single-Cell Sequencing 与这份毕业论文的缘分，要从一个习惯讲起：隔三岔五地会用Understanding和Single-Cell Sequencing作为关键词在学术期刊中查询一些文章，以期看看单细胞测序还有哪些新的方向和视角 文章详情可以下载文献阅读，奉上论文目录~ Chapter 1: Introduction Overview of Single-Cell mRNA Sequencing Methods for Single-cell inflammation Chapter 2: Seq-Well: A Portable, Low-cost Platform for Single-Cell RNA-Seq of Low-Input Samples Chapter 3: Highly Efficient, Massively-Parallel Single-Cell RNA-Seq Reveals Cellular States
23310编辑于 2023-12-03 - 来自专栏生信星球
基于python的空间转录组资料大全
started with AnnData AnnData 入门 原文：This tutorial helps you to explore the structure and content of single-cell Perturbation modeling 扰动建模 原文：This tutorial covers 3 approaches using single-cell perturbation data: Adaptive immune cell receptor 适应性免疫细胞受体 Single-cell T-cell receptor analysis with scirpy 使用 scirpy 进行单细胞 ATAC-seq 染色质可及性分析 Processing chromatin accessibility 染色质可及性数据处理 原文：This chapter shows multimodal single-cell Robust alignment of single-cell and spatial transcriptomes with CytoSPACE 使用CytoSPACE进行单细胞和空间转录组的稳健比对
70610编辑于 2025-07-14 - 来自专栏生信技能树
SPDB——单细胞蛋白组组数据库
SPDB: a comprehensive resource and knowledgebase for proteomic data at the single-cell resolution. Meni Wanunu at the 6th single-cell proteomics conference, SCP2023: https://single-cell.net. . … 可以看到在YouTube上面的不仅仅是最新的2023会议全部录屏，而是有历年的每次研讨会的视频: 比如 2019的： Welcome to the workshop of the single-cell proteomics conference | Nikolai Slavov | SCP2019 Design of single-cell proteomics experiments | Harrison Specht | SCP2019 Sample preparation for single-cell MS analysis | Edward Emmott | SCP2019 Optimizing
1K11编辑于 2024-03-25 - 来自专栏用户7627119的专栏
单细胞ATAC-seq技术介绍
图1 转座酶Tn5作用示意图 单细胞ATAC-seq测序则是在此基础上与单细胞技术联合起来，例如联合单细胞组合标记测序技术（single-cell combinatorial indexed sequencing 图7 内皮细胞在组织中的分布 2018年发表在《cell》上题为“Integrated Single-Cell Analysis Maps the ContinuousRegulatory Landscape Comprehensive Integration of Single-Cell Data. Sequencing thousands of single-cell genomes with combinatorial indexing[J]. A Single-Cell Atlas of In Vivo Mammalian Chromatin Accessibility.
4.4K30发布于 2020-08-06 - 来自专栏生信技能树
单细胞RT-PCR表达量数据也可以差异分析
最近搜集整理单细胞研究的时候，看到于2015年发表在nature杂志的文章是：Single-cell analysis reveals a stem-cell program in human metastatic breast cancer cells ，蛮有意思的，居然是 Single-cell multiplex qPCR 数据哦！ 差异分析后的热图可视化 数据在GEO可以下载 Single-cell multiplex qPCR data are available at the NCBI GEO database (accession
91720发布于 2020-11-11 - 来自专栏用户7627119的专栏
三代测序与单细胞转录组
2020年7月中山大学肖传乐老师发表题为“HIT-scISOseq: High-throughput and High-accuracy Single-cell full-length Isoform Sequencing for Corneal Epithelium”的研究论文，介绍了一种三代单细胞转录组测序技术-HIT-scISOseq（High-throughput single-cell isoform 2020年12月30日，北京大学未来基因诊断高精尖创新中心、生物医学前沿创新中心汤富酬课题组在Plos Biology上在线发表了题为“Single-cell RNA-seq analysis of mouse HIT-scISOseq: High-throughput and High-accuracy Single-cell Full-length Isoform Sequencing for Corneal Single-cell RNA-seq analysis of mouse preimplantation embryos by third-generation sequencing.
2.2K10编辑于 2022-09-21 - 来自专栏生信菜鸟团
Seurat Weekly NO.11 ||预告2021 Single Cell Genomics Day
年上的第一门比较完整和前沿的课程是Suerat团队的Single Cell Genomics Day，当时的议题有： Introduction to Deep Learning methods for single-cell analysis Integration and harmonization of single-cell data Single-cell genomics Recent advances and future directions Multi-modal single-cell analysis Imaging the transcriptome Mapping the brain with MERFISH
51220发布于 2021-03-23 - 来自专栏单细胞天地
被忽视的真相 | 细胞亚群内互作
@A pan-cancer single-cell panorama of human natural killer cells 再比如，两个相邻Epithelial cell是如何相互通讯的(b)？ s41576-020-00292-x) [Comparison of methods and resources for cell-cell communication inference from single-cell 021-00790-x) [InterCellar enables interactive analysis and exploration of cell−cell communication in single-cell gene expression deconvolution with BayesPrism enables Bayesian integrative analysis across bulk and single-cell controls macrophage population size](https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2205360119) [A pan-cancer single-cell
48730编辑于 2023-08-31
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