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生物信息学算法之Python实现|Rosalind刷题笔记：005 GC含量计算
示例数据 >Rosalind_6404 CCTGCGGAAGATCGGCACTAGAATAGCCAGAACCGTTTCTCTGAGGCTTCCGGCCTTCCC TCCCACTAATAATTCTGAGG >Rosalind_5959 CCATCGGTAGCGCATCCTTAGTCCAATTAAGTCCCTATCCAGGCGCTCCGCCGAAGGTCT ATATCCATTTGTCAGCAGACACGC >Rosalind_0808 CCACCCTCGTGGTATGGCTAGGCATTCAGGAACCGGAGAACGCTTCAGACCAGCCCGGAC TGGGAACCTGCGGGCAGTAGGTGGAAT In Rosalind's implementation, a string in FASTA format will be labeled by the ID "Rosalind_xxxx", where Sample Output Rosalind_0808 60.919540 ----
1.5K20发布于 2020-12-14 - 来自专栏简说基因
生物信息学算法之Python实现|Rosalind刷题笔记：010 DNA一致性序列计算
图源：rosalind.info 计算一致性序列，通常借助一个中间矩阵，如上图的 Profile。 示例数据 >Rosalind_1 ATCCAGCT >Rosalind_2 GGGCAACT >Rosalind_3 ATGGATCT >Rosalind_4 AAGCAACC >Rosalind_5 TTGGAACT >Rosalind_6 ATGCCATT >Rosalind_7 ATGGCACT 示例结果 ATGCAACT A: 5 1 0 0 5 5 0 0 C: 0 0 1 4 2 0 6 count.items(), key=lambda x: x[1])[0] return cons, profile def test(): cons, profile = consensus('rosalind_cons_test.txt ') #cons, profile = consensus('rosalind_cons.txt') print(cons) for i,base in enumerate('ACGT
98320发布于 2020-12-15 - 来自专栏简说基因
生物信息学算法之Python实现|Rosalind刷题笔记：001 碱基统计
前言 Rosalind is a platform for learning bioinformatics and programming through problem solving. Rosalind 是一个通过解决实际生物学问题来学习生物信息和练习编程的平台，类似于 IT 行业的力扣（LeetCode）。工作学习之余，咱们也来刷一波吧。 Rosalind 刷题需要有一定的 Python 编程基础。 最好在 Linux 系统下进行编写和测试 Python 脚本。 鉴于 Python 的哲学是：处理一件事最好的方法只有一种。 __ == '__main__': if not test(): print("count_dna_nucleotides: Failed") with open('rosalind_dna.txt defaultdict 而不是普通的 dict，defaultdict 的好处是任意键都已经默认初始化了一个值，可以直接使用 一个小技巧是构造一个测试函数 test()，先用示例数据测试通过后再用从 Rosalind
1.5K20发布于 2020-12-14 - 来自专栏AI科技评论
深度 |“情感计算”之母 Rosalind Picard 二十年经验分享：那些令我惊讶的发现
AI科技评论按：本文将为大家介绍一位在世界 AI 江湖享有特殊声望的人工智能大牛—— Rosalind Picard。 而身为“情绪计算”之母的 Rosalind Picard，便是该领域首屈一指的专家。在机器学习算法工具日渐普及的今天，人们猛然醒觉“认知”“情感”正是创造出真正的 AI 的瓶颈。 于是，全世界的目光都投向了 Rosalind Picard 的研究。 Rosalind Picard 这次演讲中，我想要与大家分享很多故事。尤其自我早年受到 AI 启发后，研究中遇到的惊奇发现。 我年轻的时候，想要创造一个无比智能的 AI 。 为解开这两个谜题， Rosalind Picard 求证于某儿童医院的癫痫脑外科医生，该医生在从医生涯中的确遇到过癫痫发作前在身体一侧产生生理反应的病例，但医学上尚未有合理解释。
3K40发布于 2018-03-09 - 来自专栏简说基因
生物信息学算法之Python实现|Rosalind刷题笔记：013 随机DNA序列
0.476 0.641 0.742 0.783 示例结果 -5.737 -5.217 -5.263 -5.360 -5.958 -6.628 -7.009 Python 实现 本题思路参考自下述博客： Rosalind math import log10 #dna = 'ACGATACAA' #A = '0.129 0.287 0.423 0.476 0.641 0.742 0.783' with open('rosalind_prob.txt 参考资料 [1] Rosalind – Introduction to Random Strings: https://recologia.com.br/2016/06/08/rosalind-introduction-to-random-strings
73030发布于 2021-01-04 - 来自专栏简说基因
生物信息学算法之Python实现|Rosalind刷题笔记：012 排列组合
点突变只能使同一个物种内的个体得到变异，而要产生新物种，则需要更大规模的改变，这就是基因组重排。如果我们比较相邻物种的基因组，会发现它们的染色体之间存在许多共线性区域。这些共线性区域所有可能的排列顺序，可以用数学上的全排列来评估。
72210发布于 2021-01-04 - 来自专栏Python基础、进阶与实战
Python90-8 使用zip同时迭代多个迭代器
例如，names增加了一个元素，但是counts没有相应增加： names.append('Rosalind') for name, count in zip(names, counts): print (name) >>> Cecilia Lise Marie names中新加的'Rosalind'没有出现。 itertools.zip_longest(names, counts): print(f'{name}: {count}') >>> Cecilia: 7 Lise: 4 Marie: 5 Rosalind
86730编辑于 2022-12-06 - 来自专栏简说基因
生物信息学算法之Python实现|Rosalind刷题笔记：011 DNA六框翻译
图源：rosalind.info 给定： Fasta 文件中一条长度不超过 1kb 的 DNA 序列。 需得： 不同的由 ORF 翻译而来的蛋白序列。返回翻译的蛋白序列时可以是任意顺序。 示例数据 >Rosalind_99 AGCCATGTAGCTAACTCAGGTTACATGGGGATGACCCCGCGACTTGGATTAGAGTCTCTTTTGGAATAAGCCTGAATGATCCGAGTAGCATCTCAG test(): print("six_frame_translate: Failed") sys.exit(1) with pysam.FastxFile('rosalind_orf.txt
1.4K30发布于 2020-12-15 - 来自专栏用户3288143的专栏
Python——找出内层字典中所用到的全部键，并以集合的形式返回。
','The Chimpanzees of Gombe']}, 'rfranklin':{'surname':'Franklin', 'forename':'Rosalind ','The Chimpanzees of Gombe']}, 'rfranklin':{'surname':'Franklin', 'forename':'Rosalind
72030发布于 2020-07-07 - 来自专栏生物信息学、python、R、linux
推荐一些学习的网站
Rosalind:http://rosalind.info/problems/locations/ 包含很多生物信息学相关的练习题 ?
1K10发布于 2020-04-01 - 来自专栏简说基因
生物信息学算法之Python实现|Rosalind刷题笔记：006 计算点突变数
if not test(): print("hamm: Failed") sys.exit(1) lines = [] with open('rosalind_hamm.txt
94330发布于 2020-12-14 - 来自专栏简说基因
生物信息学算法之 Python 实现|Rosalind 刷题笔记：007 兔子问题和递推
递推关系是一种用来定义序列的方法，可以通过前面的项，推导出后面的项。如斐波那契兔子问题，某月的兔子数，等于上一个月的兔子数，加上新生的兔子数；一个关键的现象是，因为新生的兔子要隔一代才有繁殖能力，所以某月新生的兔子数等于两个月前的兔子数。因此某月的兔子数可以通过下面的公式描述：
74850发布于 2020-12-14 - 来自专栏简说基因
生物信息学算法之Python实现|Rosalind刷题笔记：003 中心法则：翻译
_main__': if not test(): print("translate: Failed") sys.exit(1) with open('rosalind_prot.txt
77020发布于 2020-12-14 - 来自专栏简说基因
生物信息学算法之Python实现|Rosalind刷题笔记：009 查找DNA中的motif
main__': if not test(): print("find_motif: Failed") sys.exit(1) with open('rosalind_subs.txt
95720发布于 2020-12-15 - 来自专栏简说基因
生物信息学算法之Python实现|Rosalind刷题笔记：008 孟德尔第一定律
遗传学三大定律是：基因的分离定律、基因的自由组合定律、基因的连锁与交换定律。本题主要考查孟德尔第一定律及概率论基础知识。
85030发布于 2020-12-14 - 来自专栏简说基因
生物信息学算法之Python实现|Rosalind刷题笔记：002 中心法则：转录
main__': if not test(): print("transcript: Failed") sys.exit(1) with open('rosalind_rna.txt
71220发布于 2020-12-14 - 来自专栏简说基因
生物信息学算法之Python实现|Rosalind刷题笔记：004 求DNA的反向互补序列
if not test(): print("reverse_complement: Failed") sys.exit(1) with open('rosalind_revc.txt
1.3K20发布于 2020-12-14 - 来自专栏大数据文摘
基于面部表情的情绪识别
她和她的导师 Rosalind Picard 一起成立了 Affectiva，一家开发情感分析软件的公司。Affectiva 也被一些商业媒体列为成长最快的创业公司。 Rosalind Picard 早起在 M.I.T 的 Media Lab 做一些图像压缩方面的技术开发，但是很快她就遇到了瓶颈，因为她开发的方法（尽管后来流行一时）与被处理的对象是完全独立的：比如说压缩大运河和总统肖像的图片用的都是一样的方法
2.7K50发布于 2018-05-23 - 来自专栏arXiv每日学术速递
诺奖前夜，Nature发文ChatGPT终极预测！mRNA疫苗能否锁定大奖
「DNA结构」发现者，缺一个诺贝尔奖 在《科学美国人》最新一期报道中称，英国物理化学家与晶体学家Rosalind Franklin（1920-1958）因发现DNA双螺旋结构，应当再加冕一个诺贝尔奖。 论文地址：https://www.nature.com/articles/171740a0 很多人都知道，因为解开了DNA双螺旋的秘密，背后最大贡献离不开Rosalind Franklin。 然而，1962年生物学家James Watson，Francis Crick和Maurice Wilkins因发现了DNA的分子结构而被授予生理学或医学奖，唯独没有Rosalind Franklin。 03074-7 https://www.nature.com/articles/d41586-023-03086-3 https://www.scientificamerican.com/article/rosalind-franklin-deserves-a-posthumous-nobel-prize-for-co-discovering-dna-structure
27320编辑于 2023-10-06 - 来自专栏新智元
诺奖前夜，Nature发文ChatGPT终极预测！mRNA疫苗能否锁定大奖
「DNA结构」发现者，缺一个诺贝尔奖 在《科学美国人》最新一期报道中称，英国物理化学家与晶体学家Rosalind Franklin（1920-1958）因发现DNA双螺旋结构，应当再加冕一个诺贝尔奖。 论文地址：https://www.nature.com/articles/171740a0 很多人都知道，因为解开了DNA双螺旋的秘密，背后最大贡献离不开Rosalind Franklin。 然而，1962年生物学家James Watson，Francis Crick和Maurice Wilkins因发现了DNA的分子结构而被授予生理学或医学奖，唯独没有Rosalind Franklin。 03074-7 https://www.nature.com/articles/d41586-023-03086-3 https://www.scientificamerican.com/article/rosalind-franklin-deserves-a-posthumous-nobel-prize-for-co-discovering-dna-structure
28720编辑于 2023-10-04
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