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来自专栏生信技能树
一行命令将count转为CPM/TPM/FPKM
实现代码一行命令将count转为CPM/TPM/FPKM 的软件为rnanorm,是一个基于Python开发的命令行工具。安装可以通过命令安装： pip install rnanorm 我以featureCounts的输出文件进行举例，用featureCounts对进行基因count计数 featureCounts -T 用sed将Geneid换成FEATURE_ID，因为当前版本rnanorm（ 1.5.1）要求第一列的基因ID列名必须为FEATURE_ID 然后就是一行代码将count转为CPM/TPM/FPKM。 rnanorm sample.count.tsv --annotation gencode.vM25.annotation.gtf \ --cpm-output sample.count.cpm.tsv
4.4K20编辑于 2023-02-27
来自专栏生物信息学_troubleshooting
从bam文件到TPM file
昨天试着从raw counts 转换到TPM, 之前一直run的比较好的工具rnanorm突然不能用了，可能和最近单位的Linux系统升级相关。。。总之搞了好久也没能解决。
43600编辑于 2023-07-26
来自专栏生信技能树
怀疑了不该怀疑的人
前面介绍了：一行命令将count转为CPM/TPM/FPKM ，是一个Python软件，也是读取gtf文件，根据id来自动计算每个基因的长度后进行相对应的公式的转换： rnanorm sample.count.tsv
70710编辑于 2023-02-27