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来自专栏三代测序-说
全长转录组 | Oxford Nanopore (ONT) 三代全长转录组分析流程 -- 数据质控和预处理
使用软件Pychopper：https://github.com/epi2me-labs/pychopper软件安装$ conda install -c nanoporetech -c conda-forge #实际样本$ mkdir 2_pychopper$ nohup pychopper -t 8 -r 2_pychopper/ERR3218373_report.pdf \ -u 2_pychopper 2_pychopper/ERR3218373_full_length.fq \ 1> 2_pychopper/ERR3218373.pychopper.log 2>&1 &$ nohup pychopper -t 8 -r 2_pychopper/ERR3218377_report.pdf \ -u 2_pychopper/ERR3218377_unclassified.fq \ -w 2_pychopper _pychopper/ERR3218377.pychopper.log 2>&1 &# -r report_pdf Report PDF (pychopper_report.pdf).#
8.6K23编辑于 2024-02-05
来自专栏天意生信俱乐部
三代测序100问（8）| 三代全长转录本该如何鉴定？
ONT平台：Pychopper的精准识别对于ONT纳米孔测序平台，全长转录本的鉴定则依赖于其特定的工具： Pychopper：基于引物和Poly(A)识别 “ONT平台可以使用官方的pychopper 李老师着重指出，“在对ONT原始数据进行质控时，务必保留其双端引物序列，否则pychopper将无法识别全长转录本。有些同学在质控阶段就把引物过滤掉了，导致后续无法进行全长鉴定。”
34500编辑于 2025-07-04
来自专栏三代测序-说
全长转录组 | 三代全长转录组分析流程（PacBio & ONT ）-- IsoQuant
output output_dir 关于Full length全长序列，PacBio可通过isoseq软件获得，具体参考全长转录组 | Iso-Seq 三代测序数据分析流程 (PacBio) ；ONT可通过pychopper
2.6K10编辑于 2024-02-22
来自专栏三代测序-说
全长转录组 | 三代全长转录组分析流程（PacBio & ONT ）-- Flair
如果下机数据来自 Oxford Nanopre（ONT）平台，建议对原始数据使用Pychopper后（目的是鉴定全长转录组本），再运行FLAIR。
4.6K22编辑于 2024-04-12

全长转录组 | Oxford Nanopore (ONT) 三代全长转录组分析流程 -- 数据质控和预处理

三代测序100问（8）| 三代全长转录本该如何鉴定？

全长转录组 | 三代全长转录组分析流程（PacBio & ONT ）-- IsoQuant

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