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plink软件cookbook
所以，好好利用plink软件，对于速度的提升非常显著。 功能强大，我在使用plink的过程中，它逐渐给我惊喜，仔细研究说明文档非常有必要。 1 (PART) Part I 软件介绍 1 plink 软件介绍 准备写一系列plink软件常用的命令，最近在数据分析时，需要将基因型的数据转化为0-1-2的形式，编程实现效果太差，100万的数据，plink 格式」 「第三种常用的格式：hapmap格式」 3.1 plink正常格式转二进制格式 比如这里有plink格式的文件，前缀为a的plink文件： $ ls a.map a.ped 将其转化为二进制文件 --cow --dog --horse --mouse· --rice --sheep 3.2 plink二进制格式转为正常格式 这里有plink格式的文件，前缀为b的plink二进制文件 文件转为vcf文件 这里有plink格式的文件，前缀为c的plink二进制文件： $ ls *c* c.hh c.log c.map c.ped 将其转化文件：d.vcf plink --file
2.7K30发布于 2021-03-30 - 来自专栏育种数据分析之放飞自我
plink2.0和plink1.9的忧伤笔记
飞哥真心话： 虽然plink2.0已经存在好久了，但是一直用的都是plink1.9，因为语法熟悉。 更主要是plink2.0语法变动太大，害怕步子迈得太大了…… plink2.0用是不会用的，2022年都不会用！！！ 建议：plink1.9简写为plink，plink2.0 简写为plink2 3，plink帮助文档 可以通过官网查询具体参数：https://www.cog-genomics.org/plink/ plink2 --ped yuanshi.ped --map yuanshi.map 或者写为： plink2 --pedmap yuanshi 默认输出文件： plink2.log plink2 .pgen plink2.psam plink2.pvar • plink2.log，log日志，不用理会 • plink2.pgen，二进制文件，类似plink1.9的bim文件 • plink2
2.8K10编辑于 2022-12-13 - 来自专栏育种数据分析之放飞自我
当R语言遇到plink，就在R中运行plink吧
R语言和plink软件都是常用的软件，随着对软件的熟悉，就不用自己写代码了，直接改代码了，既然改代码，就在一个环境下运行就行了，不想来回切换R和Bash。 问题来了：如何在R语言中运行plink软件。 Linux系统下，将plink放到bin文件夹下，直接调用就行，用R语言的system直接调用就行。 1，下载plink软件 2，下载R语言 3，将plink.exe文件，放到R语言的bin文件夹下 4，将R语言的路径放到环境变量中 然后就可以在R中调用plink软件了，而且代码放到Linux系统下 1，下载plink软件 网址：https://www.cog-genomics.org/plink/ 然后解压，进入文件夹，找到plink.exe文件。 5，测试是否成功 打开Rstudio，新建一个R脚本： # test plink system("plink") 运行： 搞定！ 分割线 ---- 大家好，我是邓飞，一个持续分享的数据分析师
2.8K11编辑于 2022-12-12 - 来自专栏生信修炼手册
采用plink挑选tagSNPs
plink 软件可以用于识别tagSNPs。由于tagSNPs是建立在haplotype的基础上的，所以首先需要识别haplotype block。 命令如下 plink --bfile mydata --blocks 这条命令会产生两个文件，plink.blocks 和 plink.blocks.det 。 基于haplotype的结果，我们就可以去分析某个haplotype block中的tagSNPs位点了，用法如下 plink --bfile mydata --show-tags mysnps.txt mysnps.txt 文件中每一行是一个SNP位点，示例如下 rs7527871 rs2840528 rs7545940 plink只会对mysnps.txt文件指定的一组SNP位点挑选tagSNPs 这一步会生成两个文件，plink.list和plink.tags.list。 plinks.list和mysnps.txt文件内容类似，只不过在其基础上新增了tagSNP位点的ID。
3.3K30发布于 2020-05-11 - 来自专栏生信修炼手册
plink PED 文件格式介绍
plink是进行全基因组关联分析常用的软件之一，该软件需要两种基本格式的输入文件，ped和map。本篇重点介绍一下ped格式。 phenotype代表表型，其中表型可以是离散型的（比如质量性状），也可以是连续型的（比如数量性状），plink会自动识别对应的类型。通过以上6个必须的字段，可以完整的映射到某一性状的家系图上。
4.4K41发布于 2020-05-11 - 来自专栏育种数据分析之放飞自我
plink如何更新表型数据
平时在分析时，也有时候需要将外部准备好的数据，更新到plink数据中。 其实，plink自己有一个参数，可以自动更新表型数据，只需要将所要更新的表型数据准备好就行了。下面介绍一下操作流程。 1. plink文本文件更新表型数据 下面我们用plink示例数据来进行演示，这个数据很小，也可以自己生成。 0 A A 1 1000000001 0 0 1 1 C C G A 2. plink二进制文件更新表型数据 首先，用toy生成二进制的plink文件 plink --file toy 为何要更新表型数据 初学者看到plink的ped第六列或者fam的第六列是表型数据，就想把自己的数据加进去。
2.1K10编辑于 2022-12-13 - 来自专栏生信修炼手册
plink中casecontrol关联分析细节解析
作为关联分析最常用的工具，plink支持多种关联分析的算法。 plink中的费舍尔精确检验是一个双边检验的结果，用R语言验证的结果如下 ? 目前plink只有-assoc支持输出置信区间和多重假设检验的校正，--model不支持。
3.4K31发布于 2019-12-19 - 来自专栏生信修炼手册
使用plink进行casecontrol关联分析
本篇文章按照plink官方提供的教程，进行一个实际操作。可以看做是官方教程的一个翻译版本。 官方教程的链接如下 http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/tutorial.shtml 1. 下载测试数据 wget http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/hapmap1.zip unzip hapmap1.zip 文件列表如下 ├── hapmap1.map ├── 查看输入文件的基本信息 plink运行时，会联网检查软件是否是最新版，如果不想进行这一操作，可以添加--noweb选项。plink 需要两个输入文件，分别为.ped和.map格式。 命令如下 plink --file hapmap1 --noweb 需要注意的是，plink默认情况下，会对输入数据进行过滤，主要是过滤突变位点和和样本。
2.5K31发布于 2020-05-11 - 来自专栏育种数据分析之放飞自我
如何在R语言中安装plink2R用于读取plink二进制文件
('plink2R/',repos=NULL) ERROR: dependencies ‘Rcpp’, ‘RcppEigen’ are not available for package ‘plink2R ’ * removing ‘/home/gwas/R3.6/lib/R/library/plink2R’ Warning message: In install.packages("plink2R/", loading ** help Warning: /home/gwas/test/plink2R/plink2R/man/plink2R-package.Rd:33: All text must be in a section Warning: /home/gwas/test/plink2R/plink2R/man/plink2R-package.Rd:34: All text must be in (plink2R) dat <- read_plink("data") dim(dat$bed) dim(dat$fam) dim(dat$bim)
1.1K10编辑于 2024-06-21 - 来自专栏育种数据分析之放飞自我
plink文件使用Haploview进行单倍型分析
1，vcf变为plink，或者excel变为plink格式，然后直接读入到Haploview，卒。 vcf变为plink，以及plink提取snp导出plink格式，或者excel的格式变为plink格式，这些数据都建议用plink重新跑一下，确保数据没问题。 plink --file file --maf 0.01 --geno 0.3 --recode --out qc300 如果plink运行报错，就不要往下走了，先把这个问题解决掉！ 2，plink格式的map数据，需要变为info格式 简单来说，就是提取map的第二列和第四列，生成info为后缀的文件 awk '{print $2,$4}' qc300.map >qc300.info 代码汇总： plink --file file --maf 0.01 --geno 0.3 --recode --out qc300 sed -i 's/-/_/g' qc300.ped sed -
1.2K10编辑于 2023-12-20 - 来自专栏育种数据分析之放飞自我
GBS hapmap 格式 转化为Plink格式方法
大家好，我是邓飞，今天介绍一下hapmap格式的数据，如何变为plink格式的数据。 1.需求说明 进行重测序或者GBS时，hapmap 是比较常见的格式，生信中经常使用这种格式。 但是在GWAS和GS中，数据筛选，质控，构建矩阵都是使用的plink的格式。本文介绍如何tassel 和vcftools两个软件，将hapmap格式的数据转化为plink格式的数据。 格式：ped和map plink格式是基因组选择中经常用到的文件类型， plink软件功能强大，运行速度快。 /run_pipeline.pl -fork1 -h test.sort.hmp.txt -export -exportType VCF 生成一个test.vcf文件 5.3 使用plink生成plink -out t1 # 生成的t1.ped 和 t1.map为plink的结果文件
69410编辑于 2024-12-30 - 来自专栏生信修炼手册
使用plink进行连锁不平衡分析
plink是进行连锁不平衡分析的常用工具之一，需要两个基本的输入文件，后缀分别为ped和map。ped文件格式在之前的文章中已经详细介绍过，这里只介绍map文件。 plink 进行LD分析有以下两种方式： 1. 对所有的SNP位点进行分析 命令如下： plink --file test --r plink --file test --r2 --r会直接输出所有LD分析的结果，而--r2会根据R2值对结果进行过滤 输出文件为plink.ld。 更多参数的用法请参考官方文档 http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/ld.shtml
6K21发布于 2020-05-09 - 来自专栏育种数据分析之放飞自我
GAPIT使用plink数据进行GWAS分析
hmp格式是一种基因型格式，但是现在更多的是vcf或者plink格式的数据，今天介绍一下plink格式的数据如何导入到GAPIT软件中进行分析。 GAPIT软件支持的基因型格式为：hmp格式，plink数据转化为hmp格式，中间经过了很多路。现在提供另外一种解决方案，不用将plink数据转化为hmp格式，进行GWAS分析。 参数，可以很容易的将plink数据转化为0-1-2的形式。 将plink格式转化为0-1-2的格式 c为二进制的plink文件，运行下面命令，生成plink.raw文件。 plink --bfile c --recodeA --out --re # 生成0-1-2的基因型数据 plink --bfile c --recode --out file # 生成map数据，用于
2.1K30编辑于 2022-12-13 - 来自专栏育种数据分析之放飞自我
plink软件如何计算PIC（多态信息含量）
今天介绍一下如何使用plink计算PIC，PIC的意思是多态信息含量 （polymorphism information content，PIC）。 maf和PIC的关系： 如何使用plink的maf结果计算PIC？ 1，对基因型数据进行质控 plink --file new_id_dd --chr-set 40 --snps-only just-acgt --chr 1-18 --mind 0.1 --geno 0.1 --hwe 1e-5 --recode --out temp 2，计算maf plink --file temp --freq 3，用R语言计算PIC library(data.table) library (tidyverse) freq=fread(file="plink.frq",header=T) head(freq) summary(freq) freq$Pic=1-freq[,5]^2-(1-freq
39410编辑于 2025-08-07 - 来自专栏育种数据分析之放飞自我
Excel的SNP数据如何变为plink格式
大家伙，我是邓飞，之前写过两篇Excle数据转为plink的格式： Excel格式的SNP数据怎么变为plink格式 Excel的SNP数据变为plink格式的数据--代码分享 有些人可以成功，也有很多人各种报错 map数据： ped数据： 使用plink命令判断是否转化成功 plink --file file --missing 如果没有报错，就转化成功了。 通过查看xlsx文件，发现最后有很多空白的内容，将相关行全部删除，再处理一下： 重新运行上面的代码： $ plink --file file --missing PLINK v1.90b6.21 64 Chang GNU General Public License v3 Logging to plink.log. 常见问题3：indel位点 plink格式不支持indel位点，需要将indel位点删除。 当然，如果有几万个snp，就不方便处理了。
2.1K10编辑于 2022-07-27 - 来自专栏Windows技术交流
用plink批量验证ssh免交互登录
我系统里的plink.exe是VMware自带的 C:\Program Files (x86)\VMware\VMware vCenter Converter Standalone\plink.exe 语法：plink.exe -ssh -P your_port -pw "password" username@your_host cmd、powershell通用，ssh可执行命令，在新窗口 首次执行会存在 -ssh -P 36000 -pw "密码" Administrator@81.70.149.112 cmd.exe /c start /wait plink.exe -ssh -P 36000 -pw /wait plink.exe -ssh -P 36000 -pw "密码" Administrator@81.70.243.227 cmd.exe /c start /wait plink.exe - -ssh -P 36000 -pw "密码" Administrator@82.156.192.171}}" 用plink批量验证ssh免交互登录非常方便。
81610编辑于 2024-05-30 - 来自专栏生物信息与临床医学专栏
初探PLINK文件格式（bed，bim，fam）
在我们进行GWAS分析时，经常会使用到PLINK软件，对于新手来说可能掌握起来比较困难，所以首先我将和大家分享PLINK文件的基本格式。 我在这里讲到的PLINK文件主要有三类，即bed，bim和fam文件。 N/4的结果取整后加1作为各组的字节数，编码信息如下： 00：基因型是bim文件第一个等位基因的纯合子 01：基因型缺失 10：基因型是杂合子 11：基因型是bim文件第二个等位基因的纯合子 如果你在PLINK 关于PLINK文件的基本格式就介绍完毕了，希望大家能牢记各个文件的结构信息，这在后续的数据分析中非常重要。
4.9K20发布于 2020-08-06 - 来自专栏育种数据分析之放飞自我
Excel格式的SNP数据怎么变为plink格式
有时候，我们会遇到Excel格式的基因型数据，这篇博文介绍一下如何手动转为plink格式。 可以在Excel中整理，也可以在R语言中整理。 主要思路是根据plink的格式特点，针对性的满足，然后导出，就可以了。 1. 2. plink的格式 「.map格式」 格式说明链接: http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/data.shtml#map ❝map格式的文件, 主要是图谱文件信息, 主要包括染色体名称 所以，下面的任务就是把Excel的格式，变为plink的ped和map格式。 3. 测试plink plink --file file --missing 搞定！ ---- 大家好，我是邓飞，一个持续分享的农业数据分析师
2.3K50编辑于 2022-05-19 - 来自专栏育种数据分析之放飞自我
GBS hapmap 格式 转化为Plink格式方法
但是在GWAS和GS中，数据筛选，质控，构建矩阵都是使用的plink的格式。本文介绍如何tassel 和vcftools两个软件，将hapmap格式的数据转化为plink格式的数据。 格式：ped和map plink格式是基因组选择中经常用到的文件类型， plink软件功能强大，运行速度快。 文件 vcftools --vcf test.vcf --plink --out tassel.test.vcf2plink 生成tassel.test.vcf2plink文件 5.4 使用plink 将vcf文件， 变为bed文件 plink --file tassel.test.vcf2plink --make-bed --out tassel.test.vcf2plink ? 5.5 使用plink将bed文件转化为map和ped文件 plink --bfile tassel.test.vcf2plink --recode --out result 结果生成：result.ped
3.2K20发布于 2019-10-24 - 来自专栏育种数据分析之放飞自我
plink计算TagSNP和lead SNP的方法
总之，clump命令在PLINK中用于将相关的SNP聚类到一起，并选择一个或多个代表性的SNP来代表整个关联区域。 看起来更像clump的结果。 我又看了一下--blocks和--clump的区别： 在PLINK中，clump和--block这两个选项用于处理不同的场景，具有不同的功能和用途。 另一方面，--block选项主要用于在PLINK的某些分析步骤中指定数据的块或区域。它允许用户将基因组数据划分为多个块或区域，并在后续的分析中单独处理这些块。 总结来说，clump和--block在PLINK中扮演着不同的角色。clump用于在GWAS结果中聚类相关的SNP，而--block则用于在数据分析过程中指定数据的块或区域。
1.4K10编辑于 2024-04-10
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