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基因型填充前的质控条件简介
分型成功的比例称之为call rate, 根据snp call rate进行过滤的代码如下 plink \ --noweb \ --file test \ --geno 0.1 \ --out filter 过滤的代码如下 plink \ --noweb \ --file test \ ----maf 0.01 \ --out filter --maf指定MAF过滤的阈值，小于该阈值的位点会被过滤掉。 对于样本的过滤，常用的过滤条件如下 1. missingness 和SNP的call rate类似，只是换成了样本中的比例，过滤的代码如下 plink \ --noweb \ --file test \ 识别到不一致的样本之后，可以将对应的样本ID整理到一个文件中，每行一个ID,然后通过下列代码进行过滤 plink \ --noweb \ --file test \ --remove sample.list 计算样本间IBD距离的代码如下 plink \ --noweb \ --file test \ --genome \ --allow-no-sex \ --out ibd 4. heterozygosity
2.2K30发布于 2019-12-19 - 来自专栏生信修炼手册
使用plink进行case/control关联分析
查看输入文件的基本信息 plink运行时，会联网检查软件是否是最新版，如果不想进行这一操作，可以添加--noweb选项。plink 需要两个输入文件，分别为.ped和.map格式。 命令如下 plink --file hapmap1 --noweb 需要注意的是，plink默认情况下，会对输入数据进行过滤，主要是过滤突变位点和和样本。 命令如下 plink --file hapmap1 --make-bed --out hapmap1 --noweb 这一步会生成以下三个文件 hapmap1.bed hapmap1.bim hapmap1 加载二进制文件 加载二进制的ped文件，对应的参数需要替换成--bfile,命令如下 plink --bfile hapmap1 --noweb 和第一步相比，只是换成了二进制文件，处理速度更快，除此之外 统计基本信息 分别统计样本和突变位点基因型缺失的比例，命令如下 plink --bfile hapmap1 --missing --out miss_stat --noweb 这一步会生成以下3个文件
2.5K31发布于 2020-05-11 - 来自专栏EmacsTalk
如何在 Emacs 进行文学编程
最后，命名了的代码块还可以和 noweb 一起使用（见实战四）。 实战四 利用 noweb 导入已命名的代码块。 假设我有一个函数 add 。 def add(x, y): return x+y 下面我有两个独立的代码块都想要使用上面的 add 函数。 我可以通过在代码块的 header 设置 :noweb yes 来导入它。 block to use add function #+name: second block to use add function #+begin_src python :results output :noweb
1.1K20编辑于 2023-03-01 - 来自专栏育种数据分析之放飞自我
如何计算群体中的单倍型频率
QTLSaanen19.80 3，计算每个block的频率 使用plink1.07，参数：--hap-freq $ plink1.07 --file a19 --hap plink.blocks --noweb plink/ | @----------------------------------------------------------@ Skipping web check... [ --noweb ] Analysis started: Wed Apr 2 07:56:49 2025 Options in effect: --file a19 --hap plink.blocks --noweb
90010编辑于 2025-04-04 - 来自专栏python3
论文式编程
noweb 的作者在 noweb 的源文件里说：One of my observations is that the cost of creating a high quality, well-documented 这个程序的源码如下： % -*- mode: Noweb; noweb-code-mode: python-mode -*- \title{Hello！ 来写论文式程序，并希望能能生成含有数学公式、图片、表格的 PDF 文档，你至少需要安装 noweb 与 TeXLive。 noweb 中的 no，应该是作者的名字 Norman 的前两个字母。 我为 noweb 的使用写了一份简单的指南，见『noweb 的用法』。 为什么慢 如果你看了上文中的论文式编程代码以及所生成的 hello-ga.pdf 文档，可能会受到一些启发，甚至在业余时间里也尝试使用 noweb 来写一些论文式程序。
1.2K21发布于 2020-01-03 - 来自专栏生信修炼手册
IBD血缘同源简介
利用IBD可以描述两个样本间的亲缘关系，采用plink计算IBD的代码如下 plink \ --noweb \ --file test \ --genome \ --allow-no-sex \ --out
5.6K20发布于 2019-12-19 - 来自专栏生信修炼手册
IBS在遗传分析中的运用
在实际的数据分析中，可以借助plink软件来计算IBS距离矩阵，用法如下 plink --file hapmap1 --cluster --matrix --noweb 默认情况下会生成plink.mibs
4.7K20发布于 2020-05-11 - 来自专栏Go每日一库
Go每日一库之202：ddns-go（轻松的将域名绑定到自己的电脑或手机上）
\ddns-go.exe -s uninstall[可选] 支持安装带参数-l 监听地址-f 同步间隔时间(秒)-cacheTimes 间隔N次与服务商比对-c 自定义配置文件路径-noweb 不启动web
3.8K10编辑于 2025-01-10 - 来自专栏生物信息学
利用GCAT工具做PCA分析
用plink转换成二进制文件（输入和输出文件不需要加后缀名） plink --noweb --file A01 --make-bed --out A01_bfile 生成.bed、.bim 和 .fam
2.6K30发布于 2020-04-13 - 来自专栏MUM笔记
OpenWrt配置和使用DDNS-GO
Update frequency(seconds) (default 300) -l string Listen address (default ":9876") -noweb
10.8K11编辑于 2024-11-12 - 来自专栏RainMark 的文章
Writing device drivers in Linux: A brief tutorial
This text is then processed with the noweb tool to create aLaTeX file ( .tex ) and the source code files
1.8K10发布于 2019-09-10 - 来自专栏landv
烽火2640路由器命令行手册-07-安全配置命令
web-auth authentication weba 6.1.4 web-auth keep-alive 命令描述 web-auth keep-alive keep-alive-time noweb-auth
1.9K20发布于 2018-12-17
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