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MIMIC-IV表结构详解（一）
之前我们在介绍mimic数据库时候有简单讲过表结构，可以看这篇文章MIMIC-IV，重症医学数据库介绍和使用说明今天我们详细讲解下mimic-iv数据库的主要模块，以及各个模块的内容、模块内数据表各个字段的含义 数据库提取教程-提取某种疾病下的实验室指标MIMIC数据库提取教程-提取某种疾病下的患者人口统计学指标因文章较长且微信展示表格不太友好，本文提供pdf版本，公众号回复 “表结构详解01”一、MIMIC数据档案MIMIC-IV 这些是事件表，在结构上与 MIMIC-III（图表事件等）相同④ed – 来自急诊科的数据⑤cxr – 从 MIMIC-CXR 查找表和元数据，允许链接到 MIMIC-IV⑥note – 去识别的自由文本临床笔记 在利用 MIMIC-IV数据库进行研究时，往往需要运用sql语言对多个数据库进行连接，连接的基础一般就是这三个字段三、HOSP该模块包含来自医院范围的电子病历的数据。 死亡日期的国家和医院记录是在 MIMIC-IV 最后一个病人出院两年后收集的，这应该会限制延迟报告死亡日期的影响。出院后一年以上的死亡日期作为身份识别过程的一部分被审查。
4.5K10编辑于 2023-11-17 - 来自专栏mimic数据库
MIMIC-IV 数据查询加速教程
MIMIC-IV查询加速保姆级教程为什么查询会这么慢？
79410编辑于 2023-11-28 - 来自专栏从百草园到三味书屋
《MIMIC-IV, a freely accessible electronic health record dataset》论文笔记
every 2 minutes 去隐私化方法可以借鉴 PIC，中国12881例患者13941次儿科ICU记录 问题，当前数据库都只是单模态的数据或各有特点，且临床实践发展变化快，数据库需要不断更新完善； MIMIC-IV 是当代的综合多模态数据库 方法 mimic-iv数据库是怎么建的？ 与MIMIC-III论文写法不同，mimic-iv对数据库构建过程写的更加详细，可操作性更高，而mimic-iii由于没有很好的把这个过程结构化抽象分成几步显得构建细节不足，而mimic-iii论文表格比较丰富 ，对数据库进行了一些粗粒度的介绍，mimic-iv论文没有。 MIMIC-IV, a freely accessible electronic health record dataset.
1.9K41编辑于 2023-03-09 - 来自专栏mimic数据库
Python连接MIMIC-IV数据库并图表可视化
之前我们讲解了如何提取MIMIC-IV数据数据： 这种直接SQL提取方式很直接，但是不是最好的方式也不利于数据的进一步统计分析、可视化和预测分析， 所以我们这里讲解下： 如何用python语言连接我们装好的数据库 ，并做简单的数据可视化（图表展示） 本文主要是将MIMICIII版本官方代码内的教程升级成mimic-iv版本 ， 不同之处在于两点 数据读取方式： MIMICIII教程使用的直接读取csv文档的方式 ， 我们这里连接数据 数据和代码更新：因mimic-iv数据表更新了很多，所以可视化代码也需要更新 数据来源：PostgreSQL数据库 前置条件， 学会安装python环境、anconda代码包集成环境 、ide编辑器（本期文章） 一、 连接mimic-iv数据库 1.1 安装psycopg2包 主要三种方式 Pycharm编辑器 嫌费事的同学也可直接安装Anaconda集成环境 也可用命令行工具
1K10编辑于 2023-12-12 - 来自专栏mimic数据库
手把手教会你认识跟安装MIMIC-IV数据库物化视图
官方的物化视图mimic-iv数据库官方的视图安装脚本可以在官方网站下载，官方地址为：https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/tree/main/mimic-iv/concepts_postgres 输入命令：\i C:/Users/Administrator/Desktop/mimic-code-main/mimic-iv/concepts_postgres/postgres-functions.sql 2.生成物化视图首先，我们切换目录为 C:\Users\Administrator\Desktop\mimic-code-main\mimic-iv\concepts_postgres 执行代码\cd C:/Users/Administrator/Desktop/mimic-code-main/mimic-iv/concepts_postgres注意：这里windows系统中一定要用正斜杠‘/’ 否则会报错
1.6K10编辑于 2023-11-17 - 来自专栏mimic数据库
Python连接MIMIC-IV数据库并图表可视化
之前我们讲解了如何提取MIMIC-IV数据数据： 这种直接SQL提取方式很直接，但是不是最好的方式也不利于数据的进一步统计分析、可视化和预测分析， 所以我们这里讲解下： 如何用python语言连接我们装好的数据库 ，并做简单的数据可视化（图表展示） 本文主要是将MIMICIII版本官方代码内的教程升级成mimic-iv版本 ， 不同之处在于两点 数据读取方式： MIMICIII教程使用的直接读取csv文档的方式 ， 我们这里连接数据 数据和代码更新：因mimic-iv数据表更新了很多，所以可视化代码也需要更新 数据来源：PostgreSQL数据库 前置条件， 学会安装python环境、anconda代码包集成环境 、ide编辑器（本期文章） 一、 连接mimic-iv数据库 1.1 安装psycopg2包 主要三种方式 Pycharm编辑器 嫌费事的同学也可直接安装Anaconda集成环境 也可用命令行工具
81210编辑于 2023-12-12 - 来自专栏mimic数据库
MIMIC数据库安装保姆级教程（下)
系统下脚本目录请使用正斜杠 #切换到mimiciv数据库 \c mimiciv #生成表，create.sql是生成表的目录，注意使用正斜杠 \i D:/workspace/mimic-code-main/mimic-iv 数据存放路径 \set mimic_data_dir 'D:/mimic/mimiciv-data/mimic-iv-2.2' # 加载数据 \i D:/workspace/mimic-code-main/mimic-iv 04 创建主键 执行以下语句，创建表的主键 # 创建主键 \i D:/workspace/mimic-code-main/mimic-iv/buildmimic/postgres/constraint.sql 05 创建索引 执行以下脚本创建索引 # 增加索引 \i D:/workspace/mimic-code-main/mimic-iv/buildmimic/postgres/index.sql 创建索引的过程也会比较长
2.1K31编辑于 2023-07-21 - 来自专栏mimic数据库
MIMIC-IV-ED数据集介绍
它是 MIMIC-IV 的一个模块，这意味着 MIMIC-IV-ED 中包含的信息可以与 MIMIC-IV 中的信息联系起来[1]。 例如，连接到 MIMIC-IV，将提供 ED 患者的大致年龄，因为这些数据可以在 MIMIC-IV 中的patients table中获得。 对 ED 患者的实验室测量可以在 MIMIC-IV 的hosp module的labevents table中找到，处方药可以在 MIMIC-IV 的hosp module的prescriptions MIMIC-IV 比 MIMIC-IV-ED 涵盖的时间范围更广，因为并非所有在 MIMIC-IV 的急诊部门案例都会出现在 MIMIC-IV-ED 中，但 MIMIC-IV-ED 中的所有急诊部门入院病人都会出现在 MIMIC-IV 中。
1.2K10编辑于 2024-01-15 - 来自专栏mimic数据库
MIMIC-IV，重症医学数据库介绍和使用说明
四、MIMIC-IV数据表说明 Tables 分为六个模块，Core、Hosp、ICU、ED、CXR、Note Core Core模块包含患者跟踪数据。 NOT PUBLICLY AVAILABLE): 所有文本报告，出院、超声、心电、影像等报告 五、官网及数据库下载网址 官方介绍见 MIMIC官方网站 : https://mimic.mit.edu/ MIMIC-IV 数据库下载见 MIMIC-IV发布页: https://physionet.org/content/mimiciv/1.0/ X光胸片dicom格式数据下载见 MMIC-CXR Database: https content/mimic-cxr-jpg/2.0.0/ 急诊数据见 MIMIC-IV-ED : https://physionet.org/content/mimic-iv-ed/1.0/ Reference MIMIC-IV electronic health record dataset：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9810617/ Python 系列 – MIMIC-IV
10.3K70编辑于 2023-07-21 - 来自专栏从百草园到三味书屋
公开重症监护数据库MIMIC代码仓库介绍
为了让研究更加透明，也需要公开相应数据分析和数据处理的代码 补充 代码库地址：https://github.com/MIT-LCP/mimic-code 之前以MIMIC-III为主，现在mimic-iii和mimic-iv
2.1K10编辑于 2023-03-09 - 来自专栏AiCharm
每日学术速递7.11
临床 LLaMA-LoRA 使用从 MIMIC-IV 数据库获得的临床记录进行训练，从而创建专为临床领域设计的专用适配器。
39010编辑于 2023-07-26 - 来自专栏mimic数据库
MIMIC数据提取教程 - 官方提供的时间函数（一）
numpy as npimport pandas as pdimport matplotlib.pyplot as pltimport psycopg2schema_name = 'mimic'# 连接到MIMIC-IV
1.5K00编辑于 2023-12-12 - 来自专栏自然语言处理
如何构建一个可信的联邦RAG系统。
作者还引入了一个新的基于MIMIC-IV数据库的数据集，专门用于评估临床问答系统。通过解决隐私问题和增强可解释性，提出的方法在利用LLM进行临床应用方面迈出了重要一步。
64810编辑于 2024-12-20 AI+Drug 文献速递 | MFERL：基于多尺度特征学习的 circRNA-miRNA 相互作用预测新方法
实验使用UK Biobank和MIMIC-IV队列数据，结果表明该方法能有效识别已知和新的药物不良反应，且通过副作用相似性分析验证了新发现的临床相关性。
22910编辑于 2026-01-08- 来自专栏小小挖掘机
ICLR2023推荐系统投稿论文集锦
We evaluate EDGE on two real-world datasets: the public EHR data (MIMIC-IV) and private industrial claims
1.1K20编辑于 2022-12-30 - 来自专栏图与推荐
ICLR2023推荐系统投稿论文集锦
We evaluate EDGE on two real-world datasets: the public EHR data (MIMIC-IV) and private industrial claims
76621编辑于 2023-02-26 - 来自专栏arXiv每日学术速递
机器学习学术速递[6.22]
we empirically benchmark our online Neural CDE model on three continuous monitoring tasks from the MIMIC-IV
2.3K30发布于 2021-07-02
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