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MicroMamba 安装与注意事项
记录一下 Micromamba/Mamba 安装的步骤和注意事项。 Micromamba 安装 参考 https://mamba.readthedocs.io/en/latest/micromamba-installation.html。 ，把 bin/micromamba 部分提出来使用。 以下 magic URL 始终返回 micromamba 的最新可用版本，并且使用 tar 自动提取 bin/micromamba 部分。 micromamba/osx-arm64/latest | tar -xvj bin/micromamba 提取完成后，我们就可以使用 micromamba 二进制文件了。
8.2K20编辑于 2023-09-17 - 来自专栏生信探索
基因组实战02: 软件安装和GATK数据下载
ftp.broadinstitute.org/bundle/ # download all the hg38 directory mirror hg38 use google cloud 35M/s 图片 micromamba create -n gsutil micromamba activate gsutil micromamba install -y -c conda-forge python=3.4 gsutil create -n dna2 python=2 micromamba activate dna2 micromamba install -y -c bioconda bwa samtools bcftools vcftools snpeff fastqc qualimap gatk4 tabix multiqc python 3 micromamba create -n dna3 micromamba activate dna3 micromamba install -y -c conda-forge python=3.10 python_abi xopen micromamba install -y -c bioconda
1.9K10编辑于 2023-03-31 - 来自专栏「毅硕|生信教程」
「毅硕|生信教程」 micromamba：mamba的C++实现，超越conda
1 Micromamba 简介 大家是否有这样的经历，使用conda/anaconda进行环境配置的是否速度非常慢，进度经常卡在“Collecting package metadata”上。 直到有天小编发现了mamba这个工具，进而发现了micromamba（micromamba是mamba包管理器的小型版本，采用C++实现，具有mamba的核心功能，且体积更小，可以脱离conda独立运行 至此，miniconda和micromamba的配置就完成了。 测试 开始测试 用micromamba进行搜索 micromamba search sentieon 运行神速，很快就得到结果了 # 仅展示，截取部分输出内容 bioconda/linux-64 en/latest/user_guide/micromamba.html 获取更多信息。
87111编辑于 2024-10-24 - 来自专栏生信技能树
conda是旧爱，mamba为新欢
下载安装 这里我们下载安装micromamba。 $ curl -Ls https://micro.mamba.pm/api/micromamba/linux-64/latest | tar -xvj bin/micromamba $ ls bin/ micromamba bin/micromamba 配置shell环境变量 . /bin/micromamba shell init -s bash -p ~/micromamba -p 可以设置自己想要的路径，创建的环境，配置文件等都在这个目录下。 当前调用是通过命令micromamba， 名字稍长，我们可以在~/.bashrc里加上这句来通过mamba调用 alias mamba=micromamba 配置 rc 文件表示run commands
5.5K30编辑于 2023-02-27 - 来自专栏生信宝典
新版Mamba体验超快的软件安装
# curl micro.mamba.pm/install.sh | bash curl -Ls https://micro.mamba.pm/api/micromamba/linux-64/latest | tar -xvj bin/micromamba . /bin/micromamba shell init -s bash -p /mambaforge/ source ~/.bashrc # mamba操作 micromamba activate # this activates the base environment micromamba install python=3.10 jupyter -c conda-forge # or micromamba /bin/micromamba /mambaforge/bin ln -s /mambaforge/bin/micromamba /mambaforge/bin/mamba ln -s /mambaforge
2.2K40编辑于 2023-08-30 - 来自专栏生信探索
01.Python Dash网页开发：环境配置和初试
dash-bootstrap-components（dbc） https://dash-bootstrap-components.opensource.faculty.ai/ conda环境配置 我一直使用的是micromamba micromamba create -n dash;micromamba activate dash micromamba -y install -c anaconda ipywidgets pandas numpy seaborn scikit-learn micromamba -y install -c conda-forge matplotlib ipykernel dash dash-core-components filter_options ) if __name__ == "__main__": app.run_server(debug=True, port=8888) 在terminal中运行 micromamba
1.1K30编辑于 2023-02-14 - 来自专栏单细胞天地
CellphoneDB及可视化
准备环境 需要为cellphonedb单独准备一个环境 micromamba和conda用法一样，只是速度更快，可以把micromamba换成conda，另外conda一次装十几个包是会报错的。 micromamba create -n cpdb; micromamba activate cpdb micromamba install -y python=3.7 pip install -U cellphonedb cellphonedb database download ## V4 单细胞分析环境 micromamba create -n SC; micromamba activate SC micromamba pytables matplotlib ipykernel scanpy python-igraph leidenalg scvi-tools scikit-misc python-annoy pyarrow micromamba
1.9K20编辑于 2023-02-16 - 来自专栏生信探索
单细胞转录组实战05: CellphoneDB细胞通讯及可视化
准备环境 需要为cellphonedb单独准备一个环境 micromamba和conda用法一样，只是速度更快，可以把micromamba换成conda，另外conda一次装十几个包是会报错的。 micromamba create -n cpdb; micromamba activate cpdb micromamba install -y python=3.7 pip install -U cellphonedb -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple cellphonedb database download 单细胞分析环境 micromamba create -n SC; micromamba activate SC micromamba install -y -c conda-forge ipywidgets pandas numpy seaborn pytables matplotlib ipykernel scanpy python-igraph leidenalg scvi-tools scikit-misc python-annoy pyarrow micromamba
5.5K60编辑于 2023-02-15 - 来自专栏量子位
6G显存玩转130亿参数大模型，仅需13行命令，RTX2060用户发来贺电
local/cuda-*-keyring.gpg /usr/share/keyrings/ 6sudo apt-get update 7sudo apt-get -y install cuda 然后是建立micromamba 接着需要在micromamba环境下安装一些包： 1export MAMBA_ROOT_PREFIX=（自定义安装路径） 2eval "$(micromamba shell hook --shell=bash )" 3micromamba create -n mymamba 4micromamba activate mymamba 5micromamba install -c conda-forge -n mymamba
1.2K20编辑于 2023-05-19 - 来自专栏生信探索
python免费压缩PDF文件
Python环境准备 micromamba create -n norm python=3.10 micromamba activate norm ## 按装pdf-compressor包 pip install
1.3K10编辑于 2023-03-18 - 来自专栏生信探索
基因组实战03: WGS toy example
-d $CLEAN_DIR ] then mkdir -p $CLEAN_DIR fi micromamba activate dna2 # 1.QC cd $FASTQ_DIR fastqc # 2.remove adapter micromamba activate dna3 for FILE in `ls $FASTQ_DIR/*_1.fastq.gz` do SAMPLE= /bin/bash #python2.7 HOME_DIR=~/Project/DNA GENOME_FILE=E.coli.fa INDEX_DIR=$HOME_DIR/genome micromamba /bin/bash #python2.7 micromamba activate dna2 HOME_DIR=~/Project/DNA BWA_INDEX=$HOME_DIR/genome/E.coli.fa /bin/bash micromamba activate dna2 HOME_DIR=~/Project/DNA BWA_INDEX=$HOME_DIR/genome/E.coli.fa ALIGN_DIR
55510编辑于 2023-03-31 - 来自专栏信数据得永生
Pandas 2.2 中文官方教程和指南（二十三）
.: Content of stderr: In file included from /home/runner/micromamba/envs/test/lib/python3.10/site-packages /numpy/core/include/numpy/ndarraytypes.h:1929, from /home/runner/micromamba/envs/test/lib/python3.10 /site-packages/numpy/core/include/numpy/ndarrayobject.h:12, from /home/runner/micromamba/envs/test/lib In [25]: a, b = 1, 2 In [26]: pd.eval("@a + b") Traceback (most recent call last): File ~/micromamba In [25]: a, b = 1, 2 In [26]: pd.eval("@a + b") Traceback (most recent call last): File ~/micromamba
1.1K00编辑于 2024-05-24 - 来自专栏生信探索
转录组实战02: 计算非冗余外显子长度之和
计算非冗余外显子长度 安装gtftools（http://www.genemine.org/gtftools.php） micromamba activate RNA micromamba install
54620编辑于 2023-02-27 - 来自专栏生信探索
使用homebrew管理linux和mac的包
raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/HEAD/uninstall.sh bash uninstall.sh -p ~/homebrew 安装mamba linux linux上只能安装micromamba brew install micromamba # 手动安装mamba wget https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/latest/download
1.6K20编辑于 2023-04-07 - 来自专栏生信探索
转录组实战01: 从数据下载到定量fastp+STAR
环境准备micromamba create -n RNAmicromamba activate RNA micromamba install -y -c hcc aspera-climicromamba '_[12].fastq.gz' > fq.txt#>>>downloadFQ.shcat fq.txt |while read idoascp -QT -l 300m -P33001 \-i ~/micromamba OJ1MpHhW08BcZSjMvFs3eghttps://mp.weixin.qq.com/s/OJ1MpHhW08BcZSjMvFs3eg环境List of packages in environment: "～/micromamba
1.1K20编辑于 2023-02-11 - 来自专栏生信探索
单细胞转录组实战06: pySCENIC转录因子分析（docker）
准备环境 pyscenic micromamba activate SC 安装docker 需要有root权限或者在docker的用户组 #1.Update the apt package index mtx_path} \ --annotations_fname ${tbl} \ grn.csv \ ${feather} 运行pySCENIC cd output/05.SCENIC micromamba
2K21编辑于 2023-02-21 - 来自专栏生信探索
04.Python Dash网页开发：ubuntu服务器部署DASH网站（uWSGI+nginx）
network.target[Service]User=ubuntuGroup=www-dataWorkingDirectory=/home/ubuntu/bioquestExecStart=/home/ubuntu/micromamba
1.2K20编辑于 2023-05-23 - 来自专栏生信探索
单细胞转录组实战01: CellRanger7定量
'_[12].fastq.gz' > fq.txt#>>>downloadFQ.shcat fq.txt |while read idoascp -QT -l 300m -P33001 \-i ~/micromamba
1K00编辑于 2023-02-11 - 来自专栏生信菜鸟团
Makefile
ls -l ${DIR} # Run the test suite. test: clean run install:: @echo micromamba install sra-tools #
55110编辑于 2025-04-01 - 来自专栏生信菜鸟团
HOMER - motif 挖掘和分析
我这里服务器的命令是这样的 基因集list perl /home/data/zs347/micromamba/envs/bioinfo/share/homer/. //configureHomer.pl -list 会输出基因list 2025-03-05 14:14:11 (75.1 KB/s) - '/home/data/zs347/micromamba/envs 下载命令 perl /home/data/zs347/micromamba/envs/bioinfo/share/homer/.
2.5K10编辑于 2025-03-11
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