- 综合排序
- 最热优先
- 最新优先
- 来自专栏生信修炼手册
MEME:motif分析的综合性工具
欢迎关注”生信修炼手册 MEME是一个motif分析的工具箱，提供了多种相关工具，网址如下 http://meme-suite.org/index.html 根据分析目的和功能，将相关工具划分成了以下4 Motif Discovery 这部分工具用于预测输入序列上的motif信息，支持DNA，RNA或者蛋白序列，对应的功能称之为de novo motif discovery,包含的工具列表如下 MEME DREME MEME-ChIP GLAM2 MoMo 常见的应用场景是根据chip_seq等数据获取到的peak序列，挖掘这些序列中存在的模式特征。 以MEME为例，输出结果示意如下 ? 2. MEME同时提供了在线版和本地版，功能强大的同时使用方式也较为简单，是motif分析的利器。 ·end· —如果喜欢，快分享给你的朋友们吧— 扫描关注微信号，更多精彩内容等着你！
5.2K20发布于 2019-12-19 - 来自专栏生信修炼手册
使用MEME挖掘序列中的de novo motif
meme是一款最常用的工具，网址如下 http://meme-suite.org/tools/meme 操作简单，只需要上传序列，然后设置几个参数值就可以了 ? 在线工具最大支持80M的输入序列，更大的文件就需要本地版软件来运行，基本用法如下 meme \ input.fna \ -oc out_dir \ -dna \ -mod zoops \ -nmotifs 3 \ -revcomp meme的算法使得这个工具可以同时得到motif和motif在输入序列上的位置两种信息，在输出多个motif时，在输入序列上sites越多的motif优先输出，所以通常情况下只需要参考前
1.6K10发布于 2019-12-19 - 来自专栏生信修炼手册
使用MEME-ChIP挖掘序列中的de novo motif
MEME-ChIP是一款综合性的motif分析软件，集成了以下几款软件 MEME DREME CentriMo Tomtom FIMO SpaMo 适用于分析数据量较大的序列上的motif信息。 在线工具的网址如下 http://meme-suite.org/tools/meme-chip 只需要提供输入序列就可以了 ? 命令行版本的基本用法如下 meme-chip \ -meme-p 6 \ -oc out_dir \ -db JASPAR2018_CORE_non-redundant.meme \ input.fna 其中-meme-p指定运行MEME时的线程数，MEME这个软件的运行速度减慢，多线程可以提高运行速度,-db参数指定已知motif的数据库，在该软件的官网提供了motif的数据库供下载。 相比MEME和DREME, MEME-ChIP功能更加的强大。 ·end· —如果喜欢，快分享给你的朋友们吧— 扫描关注微信号，更多精彩内容等着你！
3.7K30发布于 2019-12-19 - 来自专栏简说基因
MEME功能全解析：发现序列数据中的隐藏模式
1976年，演化生物学家理查德·道金斯在《自私的基因》中首次提出meme概念，即“通过模仿传播的文化单位”。互联网时代，“meme”常指病毒式传播的搞笑图或短视频。 MEME是由华盛顿大学的研究人员开发的，通过识别DNA、RNA或蛋白质序列中的保守模式（motif），帮助科研人员发现转录因子结合位点、酶活性区域等关键功能元件。 网址：https://academic.oup.com/nar/article/37/suppl_2/W202/1135092 MEME功能特点 MEME 最大的亮点之一就是采用无监督学习算法，不需要预先知道模式的信息 蛋白质组学研究：MEME帮助研究者识别蛋白质-蛋白质相互作用的特征结构域，从而理解蛋白质的功能和相互作用。 在Galaxy生信云平台上（usegalaxy.cn），Meme更是变得触手可及，让每一位生物或医学相关的从业人员和学生都能轻松上传自己的数据，选择Meme进行分析，无需担心复杂的安装和配置过程。
1.6K10编辑于 2025-02-25 - 来自专栏Zaqdt_ACM
Meme Problem(数学)
题目连接：http://codeforces.com/contest/1076/problem/C
56830发布于 2019-01-10 - 来自专栏生信札记
windows下直接跑MEME suite？对！任何人都可以。
MEME suite是一个motif挖掘和分析工具。 Windows下直接运行MEME suite 课题组最近做了一些测序，需要做类似的分析。我个人的建议是，把序列抓出来，然后到MEME suite官网跑一下看看。结果是什么？无尽地等待！ [n52fb0p08e.png] 使用MEME，任何平台都可以 注：如果是linux或者Mac，需要自行安装好MEME suite.... 文件，直接用文本编辑器打开，即可看到类似MEME suite网页版运行结果的纯文字版本； 而meme.xml文件可以直接用于TBtools做可视化 [blze0mwf75.png] [103zkvc4mw.png 我们可以直接上述使用meme.xml文件作为输入。这里我们使用原来的蛋白序列集合作为输入。
1.7K31发布于 2021-04-12 - 来自专栏相约机器人
在Keras和Tensorflow中使用深度卷积网络生成Meme（表情包）文本
为了加速训练并降低模型的复杂性，仅使用48个最受欢迎的Meme（表情包）和每个Meme（表情包）准确的20,000个字幕，总计960,000个字幕作为训练数据。 跳过包含竖线字符的meme标题，|因为它是特殊的文本框结尾字符。 通过语言检测库运行文本，并跳过不太可能是英语的meme标题。 第5步：预测 现在有一个模型可以输出meme标题中下一个字符应该出现的概率，但是如何使用它来实际创建一个完整的meme（表情包）标题？ 这会生成非常单一的结果，因为它每次为给定的Meme（表情包）选择完全相同的文本，并且它在Meme（表情包）中反复使用相同的单词。” 以下是一些随机生成的例子： 在imgflip.com/ai-meme的48个Meme（表情包）中生成。 https://imgflip.com/ai-meme 使用方法2进行运行时预测的代码如下。
1.3K40发布于 2019-06-21 - 来自专栏浅聊区块链
PEPE再掀投机热潮，下一个Meme Coin是什么？
如果买家在 Meme Coin 刚火之前买入，放弃短期获利机会继续 Hold，则靠 Meme Coin 中致富几率大大增加。 成为 Meme Coin 百万富翁需要前期投入多少钱？ 根据对 10 个 Meme Coin 价格回报的分析，投资者平均需要 66, 298.25 美元才能成为 Meme Coin 百万富翁。 你能多快成为 Meme Coin 百万富翁？ 投资者可以在不到一年的时间里成为 Meme Coin 百万富翁。 另一方面，从长远来看，狗狗币一直是最成功的 Meme Coin，自 2013 年以来一直是 Meme Coin 的“代名词”。 2023 年下一个带来“暴富机会”的 Meme Coin 是什么？ 目前市场上一共有多少种 Meme Coin？ 目前，在 CoinGecko 上共追踪了 179 种 Meme Coin。
45810编辑于 2023-05-06 被AI改造后的meme梗图，已经变成了我看不懂的模样。
你知道meme梗图吗？ 这个词你可能会听起来有一些陌生，但是如果我放一张图，你一定会心领神会，然后说一声，卧槽，就这玩意啊。 上面的这张著名的黑人问号，就是meme。 meme已经在我们的生活里，存在了很久很久，有数不清的灵光一现，传遍大江南北，被人人用来当作自己的嘴替，表达自己的想法。 而这两天，AI圈的meme梗图，又瞬间爆火了起来。 也参与到这场meme的狂欢中来？ meme这个东西，可以说是世界的共识。 而这一次Glif的meme生成器之所以爆火，除了fabian的灵光乍现外，还有一个很重要的点，是时机。 大家之所以疯狂转发，以Glif生成的meme当嘴替，其实不就是因为，这些梗真的有趣、好玩，真的能打中我们的心里吗？
66000编辑于 2025-04-14- 来自专栏AIGC新知
MEME图生成器Wojak，听我说谢谢你，揭开了世界的真相
在某AGI社群看到大佬发了一个meme图（梗图）的AI玩具，感觉挺不错的， 顺便去玩了一下，woc，生成的meme图有一种复古抽象的风格（大聪明喜欢的风格，安利给他），夹带极度幽默而有讽刺，有趣！！！ 链接：https://glif.app/ 技术实现路径： - Claude 3.5 块将 meme 生成为 JSON - ComfyUI 块使用 Wojak Lora 生成合适的图像 - JSON 提取器 + Canvas 块将它们连接在一起 提示词（来源网络）： You are simulating a most unhinged Wojak meme creator that is specialized
72410编辑于 2024-10-08 - 来自专栏翩翩白衣少年
我们所熟知的meme梗图也可以用AI生成了，老外都玩坏了。
meme梗图不知道大家看到过嘛？相信你们看见下面的图你就会大叫“卧槽”，原来是这种图，我以前经常狂刷不止，太有趣了。 其实meme是一个网络流行语，可译为模因。 其中“表情包”也是meme的一种体现。 我们在网络上经常刷到的meme图都是利用表情包或一些有趣图片，再加上相关的文字，需要手动挑选素材，配上文案。 上周，刷到一篇文章介绍到一款新的AI MEME生成器在推特盛行。 我们在回到正题，这款meme梗图生成器已经被国内外的网友们“玩坏了”，创作生成了很多具有创意的梗图，据说每分钟就有上百张meme梗图生成。 我们只需要使用 Glif 上构建好的工具就可以，如果想要自己构建可以参考官网文档进行（官网地址及文档放到文末了） meme梗图生成器实际名称叫做WOJAK MEME GENERATOR。
1.3K10编辑于 2024-07-08 - 来自专栏新智元
得meme者得天下！马斯克买下Twitter 9.2%股份，成最大股东
这句话可以表达为，得meme者得天下。 当下，社交媒体对于舆论塑造的渗透性与日俱增，一些具有互联网模因（meme)属性，或者具有病毒式传播属性的产品，成了有效的传播手段。
61030编辑于 2022-04-06 - 来自专栏文献分享及代码学习
单细胞代码解析-妇科癌症单细胞转录组及染色质可及性分析18
/enhancers_${i}_meme/meme.txt ${dir}/JASPAR2020_CORE_vertebrates_non-redundant_pfms_meme.meme done = pd.DataFrame() for meme,tom in meme_cell_dict.items(): # load meme output meme_file = '%s/ meme.xml' % (meme) record = Bio.motifs.parse(open(meme_file),'meme') # Loop through all motifs () meme_tomtom_cell_transform = meme_tomtom_cell.T print(meme_tomtom_cell_transform.shape) index = meme_tomtom_cell.index ) # Add to previous data temp = meme_tomtom.add(meme_tomtom_cell_std
45810编辑于 2022-09-23 - 来自专栏生物信息学、python、R、linux
Motif中的PWM矩阵
将每个位置的频数转换为频率 (某核苷酸的出现数量/这个位置四种核苷酸的总数量)，可以得到position probability matrix (PPM) (图中行列互换 用的是JASPAR中的.meme motif可以由meme等软件找到，也可以从JASPAR, CISBP, HOCOMOCO等数据库中下载得到，meme的官方网站(http://meme-suite.org/tools/meme)提供了一系列的处理软件和现有的
2.8K30发布于 2020-04-01 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
ChIP-seq 分析：GO 功能测试与 Motifs 分析（12）
MEME-ChIP 现在文件“mycMel_rep1.fa”包含适合 MEME-ChIP 中 Motif 分析的峰几何中心周围的序列。 在您自己的工作中，您通常会在本地安装了 MEME 的笔记本电脑上运行它，但今天我们会将生成的 FASTA 文件上传到他们的门户网站[1]。按照此处[2]的说明在本地安装 MEME。 可以在此处[3]找到 MEME-ChIP 的结果文件 3.5. 结果解析 我们可以从 FIMO 输出中检索 MEME-ChIP 中识别的 Myc 基序的位置。 export.bed(MycMotifs[[1]], con = "MycMotifs.bed") 参考资料 [1] MEME: http://meme-suite.org/tools/meme-chip /myc_Meme_Example/meme-chip.html
81020编辑于 2023-03-21 【ChiP-seq分析】超级增强子系列7: 用MEME进行超级增强子转录因子motif 富集分析实战
这个 SE.fasta 文件即可作为输入，上传至MEME suite进行下一步分析。 三、进入MEME在线平台：选择XSTREME进行motif发现 1. 在STREME，MEME，SEA options也可以进行相应设置。最后点击Start Search进行motif 分析。 XSTREME non-redundant motifs in MEME text format：这是非冗余基序的标准化描述文件，以MEME工具专用的文本格式存储每个基序的位置权重矩阵（PWM），可用于后续的基序扫描或与其他工具 四、不同Motif分析工具深度对比：相同点与不同点 MEME、STREME、XSTREME、GLAM2 属于 deno vo motif discovery 工具；MEME-ChIP 是 集成分析流程； 集成分析类（MEME-ChIP） 目标：模拟完整ChIP-seq分析流程，自动执行“发现 → 扫描 → 富集 → 注释”全流程。
29410编辑于 2025-12-29- 来自专栏程序编程之旅
HDOJ(HDU) 4847 Wow! Such Doge!(doge字符统计)
“Doge Is An Ac- tually Good Internet Meme. Wow.”. Gawker. Retrieved November 22, 2013. Doge is an Internet meme that became popular in 2013. By November 2013, the meme had become widespread on the Internet. On December 13, Doge was named the “top meme” of 2013 by Know Your Meme. Congress produced material in the meme’s style.
72610发布于 2021-01-21 - 来自专栏可以叫我才哥
『网络爬虫』自从学会了python，斗图就没怕过谁！！
class="text-center"',text)[0] # 表情包下载地址 meme_urls = re.findall(r'"data-original="(.*? ,search_result) # 下载每页的表情包 for meme_url in meme_urls: num += 1 # 表情包文件名 meme_name = re.findall(r'http://img.doutula.com/.*/(.*)',meme_url )[0] meme_img = requests.get(meme_url) # 表情包内容 bytes 格式 meme = meme_img.content /{keyword}/{meme_name}','wb') as f: f.write(meme) print(
48120发布于 2021-08-05 - 来自专栏浅聊区块链
币圈“土狗”万倍狂欢，一面暴富 一面归零
严格来说，PEPE是一种meme币，“meme”是同一个文化氛围中流行的或以衍生方式复制传播的互联网文化。 PEPE的官方宣言，很有娱乐色彩和煽动性，它说它的出现就是为了让meme币再次伟大，是时候让世界上最知名的表情包成为meme币之王了。 人们为什么愿意购买毫无价值支撑的“土狗”meme币令人深思。一些圈内大V认为，meme币往往代表着草根文化和娱乐精神，更容易获得散户的情绪认同，推动价格上涨的也往往是感性因素。 看到这里，你大概能理解为什么meme币会火了。相比应用型代币，讲故事、炒叙事才是meme币的精神内核，但它也仅仅有精神内核而已。回望过去，历史上每一轮meme币狂欢，最后都会演变成“跑得快”游戏。 这一波meme币热潮里，也已经有大把的代币暴跌或接近归零，包括XIRTAM、ROPE等。链上分析师余烬统计，一名加密资产大户近期投资了9个meme币，其中8个亏损惨重，唯一盈利的也只有13%的浮盈。
1.1K20编辑于 2023-05-11 - 来自专栏生信开发者
只要内存足够大，IO足够快，序列比对照样可以跑很快
redirectedFrom=fulltext github链接地址为： https://github.com/kaist-ina/BWA-MEME 以下feature截取自github： BWA-MEME Seeding throughput of BWA-MEME is up to 3.32x higher than BWA-MEM2. BWA-MEME builds upon BWA-MEM2 and includes performance improvements to the seeding. BWA-MEME leverages learned index in suffix array search. BWA-MEME also provides feature to accomodate various memory size in servers.
1.8K20编辑于 2022-04-15
腾讯云开发者
Copyright © 2013 - 2026 Tencent Cloud. All Rights Reserved. 腾讯云 版权所有
深圳市腾讯计算机系统有限公司 ICP备案/许可证号：粤B2-20090059 
粤公网安备44030502008569号
腾讯云计算（北京）有限责任公司 京ICP证150476号 | 京ICP备11018762号