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- 来自专栏我杨某人的青春满是悔恨
Kingfisher源码阅读（一）
Kingfisher是喵神写的一个异步下载和缓存图片的Swift库，github上将近3k的Star，相信不需要我再安利了。它的中文简介在这里，github地址在这里。 我花了一个白天加两个晚上认真地读了一遍Kingfisher，加了一些中文注释，本系列比较详细地记录了阅读过程，所以可能会显得有点啰嗦。 Kingfisher的文档非常完备，我先大致看了一下，然后下载源码，跑了一下demo。 最近想找点优秀的源码读一读，第一时间就想到了Kingfisher。 下一篇地址：Kingfisher源码阅读（二）
1.8K20发布于 2018-09-10 - 来自专栏我杨某人的青春满是悔恨
Kingfisher源码阅读（三）
上一篇地址：Kingfisher源码阅读（二） 第一篇地址：Kingfisher源码阅读（一） 上篇看完下载模块了，这篇主要是看一下缓存模块。 Kingfisher中还用到了很多小技巧，比如对关联对象（Associated Object）的使用，解决了extension不能扩展存储属性的问题： //全局变量，用来作为关联对象（估计是因为extension
95240发布于 2018-09-10 - 来自专栏我杨某人的青春满是悔恨
Kingfisher源码阅读（二）
上一篇地址：Kingfisher源码阅读（一） 开始下载任务 上次说到了downloadAndCacheImageWithURL这个方法，看名字就知道既要下载图片又要缓存图片，它的方法体是这样的： // barrierQueue是在初始化函数里创建的一个并发队列: public init(name: String) { if name.isEmpty { fatalError("[Kingfisher 话说昨天给Kingfisher提了个萌萌的pull request，喵神接受了诶，喵神真是好人^ ^不过虽然我读的是最新的版本，但fork的版本比较老了，都忘了这茬，导致了很多冲突，让喵神不好merge 我好蠢－ －.png 下一篇地址：Kingfisher源码阅读（三）
1K50发布于 2018-09-10 - 来自专栏生信菜鸟团
一行代码下载原始数据—Kingfisher
工欲善其事，必先利其器 kingfisher是由昆士兰科技大学微生物组研究中心的 Ben J. Woodcroft 教授开发的一款专门用于高通量测序数据下载的工具。 Github网址：https://github.com/wwood/kingfisher-download 1简要用途： 一行代码下载原始数据 Kingfisher 是一个快速灵活的程序，用于从公共数据库 2如何安装 一般我们推荐是conda安装 conda create -n kingfisher python=3.8 conda activate kingfisher conda install -c bioconda kingfisher 3最小化使用 get 模式 ——下载并选择转换序列数据 ##下载整个Bioproject kingfisher get -p PRJNA486534 -m ena-ascp --ascp-ssh-key ASCP_SSH_KEY：用于Aspera的openssh密钥路径（默认：使用Kingfisher附带的密钥）。
1.7K21编辑于 2023-11-15 - 来自专栏DannyHoo的专栏
iOS开发中在swift项目中使用Kingfisher下载图片
article/details/80307208 在iOS开发中不可避免地会用到图片下载功能，在OC中有SDWebImage这个经典三方库，而在swift中同样有一个知名图片下载的三方库，那就是Kingfisher Kingfisher的使用： ? placeholder: UIImage(named: “test”), options: nil, progressBlock: nil, completionHandler: nil) 目前我使用的Kingfisher
3.8K40发布于 2018-09-13 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
踩坑日志 | kingfisher 公共测序数据 SRAFastq 下载神器！
这时可以试试使用Kingfisher来自动下载数据。 ---- Kingfisher简介 Kingfisher是一个高通量测序数据下载工具，用户提供Run accessions或者BioProject accessions，即可在ENA、SRA、Amazon Kingfisher会尝试从一系列的数据源进行数据下载，直到某个源能够work。 Kingfisher安装与使用 安装 conda create -c conda-forge -c bioconda -n kingfisher pigz python extern curl sra-tools pandas requests aria2 conda activate kingfisher #使用conda activate不能成功激活环境时可以尝试使用：source activate kingfisher
4.1K20发布于 2021-08-31 嘴对嘴的单细胞上游数据分析(从fastq开始).Day2 使用aspear批量下载fastq文件
#安装kingfisher#多次尝试，只有克隆github上的库可以成功运行，建议凌晨进行这一步(个人经验，此时网络较快)git clone https://github.com/wwood/kingfisher-downloadcd kingfisher-downloadmamba env create -n kingfisher -f kingfisher.ymlmamba activate kingfishercd binexport /MultiSetcd MultiSet#下载GSE217727的上游数据mkdir GSE217727/cd GSE217727/#使用kingfisher进行下载 1表示运行日志，最后的& 表示后台挂起kingfisher get -p PRJNA900232 -m ena-ascp ena-ftp prefetch aws-http 1>down_PRJNA90023.log 2>&1 &kingfisher annotate -p PRJNA793914 -f csv --all-column -o .
32110编辑于 2024-06-28- 来自专栏生信技能树
肝癌单细胞转录组数据之SRP318499
接下来就使用conda来配置mamba后设置kingfisher环境。 配置mamba后设置kingfisher环境 七八年前我写教程，尤其是多组学测序数据分析，都是从ncbi的sra数据库里面下载sra文件，然后一步步处理。很多教程还录制成为了视频上传到b站。 所以就有了kingfisher，仅仅是需要一个项目ID，就可以自动去检索ebi的ena数据库和ncbi的sra数据库，自动合适的方式下载，非常方便。 代码如下所示： conda install mamba mamba create -n kingfisher python=3.8 mamba init mamba list mamba activate kingfisher mamba install -c bioconda kingfisher 一行代码下载数据 mamba activate kingfisher kingfisher get -
77910编辑于 2023-02-27 - 来自专栏生信技能树
aspera的高速下载确实很快吗
首先需要使用conda安装两个软件（kingfisher和aspera），大家现在可能会倾向于选择mamba来替代conda。 执行conda的安装两个软件（kingfisher和aspera），是如下所示的代码： mamba create -n kingfisher python=3.8 mamba init mamba list # 重启terminal： mamba activate kingfisher mamba install -c bioconda kingfisher mamba create -n download kingfisher下载 这个kingfisher软件，它一行代码下载 确实是很方便 ： mamba activate kingfisher kingfisher get -p PRJNA793914 所以还需要单独再安转一下aspera才能正常使用，kingfisher的官网也有说明，如果要 ena-ascp发挥作用，必须要再单独安装 ASpera： 必须要再单独安装 ASpera 所以其实kingfisher
50210编辑于 2024-11-21 - 来自专栏移动端开发
Swift 网络请求数据与解析
Git地址: https://github.com/SwiftyJSON/SwiftyJSON 第三个： Kingfisher （一个图片加载的国产库。重点是国产的的支持！） Git地址：https://github.com/onevcat/Kingfisher/releases 说说他们导入时候的问题，其实三方我们用的时候，可能导入的时候会有问题，能用的反倒不会说不会用怎样 pod 'Kingfisher', '~> 2.4' 如果导入有问题，好好上网去找一下问题所在的地方，你不断地坚持尝试和探索的过程本来就是一个在学习的过程，建议你一定要搞清楚要知道你做的每一步是什么意义 二：完整代码示例用法 import UIKit import Alamofire import SwiftyJSON import Kingfisher // 相当于数据模型model class itemsModel self.dataArray[indexPath.row] cell.likeNumberLabel.text = model.likecount // 这个就是用到 Kingfisher
3.2K80发布于 2018-01-09 - 来自专栏天意生信俱乐部
只需一个服务器账号，单细胞分析轻松上手！
# 例如：安装下载数据的小工具-kingfisher ## kingfisher 安装 conda create -n kingfisher conda activate kingfisher conda install kingfisher conda install -c hcc aspera-cli -y ## iseq 安装 conda create -n iseq conda install
96010编辑于 2025-02-21 - 来自专栏机器人网
机器人产业创新者如何颠覆传统？
Clearpath Robotics Kingfisher 无人水面艇|数据收集平台类优胜者 Kingfisher是用于研究的无人水面艇。其易用，便携，强健，备受研究人员和工业专家的喜爱。 Kingfisher可以充当深水测量和水文数据收集的远程测量系统。 Kingfisher是基于开源系统设计，大大方面了机器人社群，研究者能够分享、设计和改进软件。 在加拿大进行的测试也证明，Kingfisher未来可以应用于中国建造的大型船只。 另外，Kingfisher 提供其完整的状态监控，用户可以访问所有的原始变量和底层控制，专有的“黑盒子”设计确保所有的研究数据不会遭受损失。 ?
71560发布于 2018-04-13 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
bioconvert计算测序覆盖度并使用R语言ggplot2画折线图进行可视化展示
参考基因组下载自NCBI https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/FN433596 下载原始测序数据 最近发现了两个新方法 一个是bioconvert可以直接下载 还有一个工具是 kingfisher 这个好强大 git主页链接 https://github.com/wwood/kingfisher-download 我试了一下这个kingfisher这个工具 kingfisher get -r ERR043367
2.1K20发布于 2021-08-31 - 来自专栏生信菜鸟团
玩转服务器—零帧起手单细胞上下游分析
Kingfisher——一行代码下载数据 iSeq — 小而精的公共数据集下载集成工具 ##kingfisher安装 conda create -n kingfisher conda activate kingfisher conda install kingfisher conda install -c hcc aspera-cli -y ##iseq安装 conda create -n iseq
49610编辑于 2025-02-18 - 来自专栏韦弦的偶尔分享
Xcode 9.3 升级后编译报错
Module compiled with Swift 4.0.3 cannot be imported in Swift 4.1: /Users/**/**/**/Carthage/Build/iOS/Kingfisher.framework /Modules/Kingfisher.swiftmodule/x86_64.swiftmodule 是因为Carthage当前的Framework是用Swift4.0.3编译的，只需要update一下
1.2K20发布于 2018-09-11 - 来自专栏生信技能树
小鼠单细胞转录组数据之PRJNA604055
接下来就使用conda来配置mamba后设置kingfisher环境。 配置mamba后设置kingfisher环境 七八年前我写教程，尤其是多组学测序数据分析，都是从ncbi的sra数据库里面下载sra文件，然后一步步处理。很多教程还录制成为了视频上传到b站。 所以就有了kingfisher，仅仅是需要一个项目ID，就可以自动去检索ebi的ena数据库和ncbi的sra数据库，自动合适的方式下载，非常方便。 代码如下所示： conda install mamba mamba create -n kingfisher python=3.8 mamba init mamba list mamba activate kingfisher mamba install -c bioconda kingfisher 一行代码下载数据 kingfisher get -p PRJNA604055 -m ena-ascp
55910编辑于 2023-02-27 - 来自专栏生信技能树
能从源头解决数据分析的瑕疵吗
软件： conda install mamba mamba create -n kingfisher python=3.8 mamba init mamba list # 重启terminal： mamba activate kingfisher mamba install -c bioconda kingfisher 然后就一行代码下载数据 kingfisher get -p PRJNA853539 acc=GSE207546 所以我们本次的一行代码下载数据应该是如下所示： kingfisher get -p PRJNA856132 -m ena-ascp ena-ftp prefetch aws-http 所以其实是可以分开下载，比如我们首先挑选小鼠数据，代码如下所示： # 首先获取项目的全部的样品测序信息 kingfisher annotate -p PRJNA856132 -f csv --all-column if($8=="Mus musculus"){print $1 "\t" $8}}'|cut -f 1 > SRR_list.txt screen -r kinf /usr/bin/time -v kingfisher
32410编辑于 2024-01-23 基于yolov8的200鸟类智能检测与识别系统python源码+onnx模型+评估指标曲线+精美GUI界面
074-Florida_Jay 075-Green_Jay 076-Dark_eyed_Junco 077-Tropical_Kingbird 078-Gray_Kingbird 079-Belted_Kingfisher 080-Green_Kingfisher 081-Pied_Kingfisher 082-Ringed_Kingfisher 083-White_breasted_Kingfisher 084-Red_legged_Kittiwake 90 075-Green_Jay 100 076-Dark_eyed_Junco 91 077-Tropical_Kingbird 98 078-Gray_Kingbird 89 079-Belted_Kingfisher 89 080-Green_Kingfisher 91 081-Pied_Kingfisher 99 082-Ringed_Kingfisher 84 083-White_breasted_Kingfisher
43810编辑于 2025-07-22- 来自专栏单细胞
单细胞上游分析/cellranger流程学习(一）
t200558/downloads/SRR_Acc_List.txt \ -O /home/data/t200558/downloads/ \ --min-size 0 --max-size 500GB2.使用 kingfisher 下载kingfisher 是一个高效的工具，专门设计用于下载大规模的公共数据集（例如 SRA、ENA 等数据库）。 kingfisher 更加灵活，适合大规模数据下载任务。 ## kingfisher 下载方法kingfisher get --run-identifiers-list SRR_Acc_List.txt -m ena-ascp ena-ftp prefetch
79300编辑于 2025-02-12 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
使用fasterq-dump命令将sra格式数据转换为fastq格式遇到的问题
从NCBI下载了一些转录组数据，这里用到的下载工具是kingfisher ,github的链接是 https://github.com/wwood/kingfisher-download 下载方法选的是
6.8K20编辑于 2022-02-17
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