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- 来自专栏walterlv - 吕毅的博客
.NET 实现 NTFS 文件系统的硬链接 mklink J（Junction）
publish\ D:\Walterlv\DemoRepo\bin\Debug\publish\ 使用 .NET/C# 实现 本文的代码主要参考自 jeff.brown 在 Manipulating NTFS Junction - Stack Overflow Manipulating NTFS Junction Points in .NET - CodeProject Reparse Points - Windows applications - Microsoft Docs 本文会经常更新，请阅读原文： https://blog.walterlv.com/post/mklink-junction-in-dotnet.html ，以避免陈旧错误知识的误导
76940编辑于 2023-10-22 - 来自专栏walterlv - 吕毅的博客
Compare four different file (folder) links on Windows (NTFS hard links, junction points, symbolic li
same folder or file in difference paths. mklink Using mklink command, you can create a “hard link”, “junction /J Creates a Directory Junction. Link Specifies the new symbolic link name. Specifies the path (rel e.g: 1 mklink /J current %APPDATA%\walterlv\packages\1.0.0 That is to create a junction Then I’ve post them below: Hard Link Junction Point Symbolic Link Command mklink /H Link Target mklink Extras If you create shortcuts in your start menu, and the shortcuts are linking to files that are in junction
46530编辑于 2023-10-22 - 来自专栏CSDN旧文
Extended Traffic LightOJ - 1074
Each junction of the city is marked with a positive integer (≤ 20) denoting the busyness of the junction Whenever someone goes from one junction (the source junction) to another (the destination junction), The next q lines each contain a destination junction-number. There can be at most one direct road from a junction to another junction. 1 (the zero point) to the given junction.
42440发布于 2020-10-28 - 来自专栏用户7494468的专栏
半导体基础知识（2）：PN结二极管和二极管特性
pn结和半导体二极管 正向和反向偏置 二极管作为电路组件 结论 The pn Junction and the Semiconductor Diode Forward and Reverse Bias 原文链接：The PN Junction Diode and Diode Characteristics[2]该篇教程探讨了通过将n型半导体材料与p型半导体材料接触而形成的电子结构的物理和电气行为。 , we use the term pn junction; when we’re focusing on circuit design, we use the term diode. In a silicon pn-junction diode, the contact potential is about 0.6 V. 在这里插入图片描述 Applying a reverse-bias voltage widens the junction’s depletion region.
1.5K50发布于 2020-06-29 - 来自专栏生信修炼手册
3C的衍生技术简介
4C在junction reads基础上，进行二次酶切，形成包含junction reads的环状序列，然后针对感兴趣的基因组区域，设计PCR引物，将包含该基因组区域的环状片段扩增出来，从而可以研究该基因组片段与其他片段的相互作用关系 5C采用事先设计好的，两端带有通用引物的探针与junction reads杂交，进行PCR扩增，PCR产物两端包含了通用引物，下游可以结合芯片或者高通量测序来分析基因组区域的互作。 3C,4C,5C都是基于最原始的junction reads, 不同之处就在于不同引物设计策略导致的通量的差异。 Hi-C在原始3C基础上有所变化，junction reads产生过程中添加生物素标记，然后采用抗体富集带有标记的junction reads, 再构建普通的测序文库，进行高通量测序。
1.1K10发布于 2019-12-19 - 来自专栏生信修炼手册
使用CIRI识别环状RNA
对于输入的sam文件，需要经过两次扫描，在第一次扫描时，根据双端数据的比对情况筛选候选的环状RNA，这一步通过判断SAM文件中CIGAR那一列的值来实现，本质上是检测覆盖环状RNA连接点处的junction 图A表示junction read只覆盖了起始外显子和终止外显子的部分序列，这两部分reads在基因组上的比对位置是相反的，绝大部分的环状RNA都符合这种模型。 图B表示junction read除了覆盖了起始外显子和终止外显子的两部分序列外，还覆盖了中间的一个外显子的部分序列，这种情况下reads可以分成3个部分比对到基因组上。 图C表示junction read除了覆盖了整个环状RNA外，还重复又读了一部分序列，这个只有当环状RNA的序列长度小于测序读长时才可能出现。 在后续验证时，可以挑选表达量较高的来验证，在软件对应的文章中，挑选了junction reads数大于5的环状RNA来进行验证。
2.2K40发布于 2019-12-19 - 来自专栏生信技能树
conda安装的star-fusion流程内部软件版本不兼容
_outdir/Chimeric.out.junction 106M 1月 31 12:32 K001392N_HLMGGDSXY-L2_outdir/Chimeric.out.junction 68M _outdir/Chimeric.out.junction 342M 1月 31 14:56 K001451T_HLMGGDSXY-L4_outdir/Chimeric.out.junction 151M _outdir/Chimeric.out.junction 191M 1月 31 13:55 K003021N_HLW7YDSXY-L4_outdir/Chimeric.out.junction 378M _outdir/Chimeric.out.junction 最耗时的步骤已经是过去了，理论上这个时候star-fusion流程内部的一个perl脚本去解析star比对过程中输出的Chimeric.out.junction 文件，但是star这个比对软件本身就修改了Chimeric.out.junction文件的格式，导致后面的解析Chimeric.out.junction文件的perl脚本也不得不与时俱进。
2.1K20编辑于 2022-03-03 - 来自专栏Android 开发者
Room 中的数据库关系
Owner SELECT Dog.dogId AS dogId, Dog.dogOwnerId AS dogOwnerId, Dog.name AS name, _junction.ownerId FROM DogOwnerCrossRef AS _junction INNER JOIN Dog ON (_junction.dogId = Dog.dogId) WHERE _junction.ownerId 我们通过使用 Junction 引用这张表。 Relation( parentColumn = "ownerId", entityColumn = "dogId", associateBy = Junction (DogOwnerCrossRef::class) ) val dogs: List<Dog> ) Junction: developer.android.google.cn/reference
2.6K10发布于 2020-03-09 - 来自专栏生信技能树
一个好像没有做任何改变的参数
Chimeric.out.junction文件，看看能否修改格式，让它符合star-fusion的输入呢？ 首先看，正确的格式： $head Lib_FUSCCTNBC001_Chimeric.out.junction chrX 153959404 + chr11 65441502 - 那我们现在看看这个参数修改后的Chimeric.out.junction文件增加的两个井号键开头的注释信息到底是什么吧： # 2.7.3a /home/yb77613/biosoft/STAR-2.7.3a :# Nreads 41047586 NreadsUnique 31992503 NreadsMulti 6000335 Lib_FUSCCTNBC003_Chimeric.out.junction :# Nreads 34291126 NreadsUnique 27037183 NreadsMulti 4164969 Lib_FUSCCTNBC004_Chimeric.out.junction
1.8K30发布于 2019-11-06 - 来自专栏生信修炼手册
使用CIRCexplorer2识别环状RNA
在v1版本中只支持tophat-fusion和STAR两款软件进行序列比对来识别junction reads,在v2版本中，扩展到了以下5种软件 Tophat-Fusion STAR BWA MapSplice 软件的使用过程就显得简单多了，该软件分为以下5个功能模块 Align Parse Annotate Assemble Denovo Align用于将序列比对到参考基因组上;Parse用于从比对结果中挑选junction 2. parse parse用于解析序列比对的结果，支持多款软件，以常用的STAR为例，代码如下 CIRCexplorer2 parse \ -t STAR \ Chimeric.out.junction \ > CIRCexplorer2_parse.log 对于其他软件的用法，具体请参考官方文档，无论是什么比对软件，该命令最终都会生成以下文件 back_spliced_junction.bed 3 ref hg19_ref.txt 预测环状RNA的代码如下 CIRCexplorer2 annotate \ -r hg19_ref.txt \ -g hg19.fa \ -b back_spliced_junction.bed
1.4K20发布于 2019-12-19 - 来自专栏码匠的流水账
聊聊skywalking的AbstractPlatformTransactionManagerInstrumentation
define to enhance class " + enhanceOriginClassName); } ElementMatcher.Junction <MethodDescription> junction = not(isStatic()).and(instanceMethodsInterceptPoint.getMethodsMatcher()) = junction.and(ElementMatchers. else { newClassBuilder = newClassBuilder.method(junction else { newClassBuilder = newClassBuilder.method(junction
58600发布于 2020-03-04 - 来自专栏又见苍岚
Windows 中的硬链接、软链接、符号链接、快捷方式
Windows支持 4 种 ”链接” 机制，分别是shortcut（快捷方式）、hard link（硬链接）、junction point（软链接）、symbolic link（符号链接）。 \Demo.txt junction point/softlink/reparsepoint junction point/softlink/reparsepoint 中文名 交接点 / 软链接 / 即使创建junction point时使用了相对路径，保存到NTFS中时将隐式转换成绝对路径。 使用限制 junction point必须与target directory位于同一local computer，可以简单理解成不能跨主机, 在local computer范围内，可以跨盘符。 关联 删除target directory，junction point仍将存在，但失效了，变得不可用。这个很好理解，因为此时junction point指向不存在的目录。
10.4K42编辑于 2022-08-10 - 来自专栏生信修炼手册
chromosome conformation capture:染色质构象捕获技术
crosslinking, 反交联，用蛋白酶消除DNA的交联状态 通过以上步骤处理之后，可以得到不同染色质片段连接在一起的DNA，这样的片段是一个嵌合体，由来自空间结构相近的两个不同DNA片段构成，称之为junction 通过分析junction reads中的不同部分分别对应哪些基因组区域，可以得到DNA之间的相互作用关系。 在传统的3C技术中，得到junction reads后，需要针对感兴趣的两个目标片段设计引物，通过PCR反应将这两个区域构成的junction reads扩增出来，通过PCR产物的有无和定量，可以评估目的片段之间相互作用关系的有无和强度
2.2K20发布于 2019-12-19 - 来自专栏生信修炼手册
使用find_circ识别环状RNA
那么如何区分剪切的spliced read 和 来自环状RNA的junction read呢，从上面的示意图我们可以直接看出，spliced read 的两部分比对在基因组上的前后位置和转录本中的位置保持一致 ，而来自circRNA的junction read 其比对的位置是相反的。 具体操作的时候，首先从junction read的5’端和3’端取一部分序列，分别叫做5’ anchor 和 3’ anchor, 如果两个序列比对的位置是相反的，这条reads 就是一个可能的junction 结果筛选 根据以下规则对结果进行筛选 根据关键词CIRCULAR筛选环状RNA 去除线粒体上的环状RNA 筛选unique junction reads数至少为2的环状RNA 去除断裂点不明确的环状RNA
1.7K30发布于 2019-12-19 - 来自专栏walterlv - 吕毅的博客
比较 Windows 上四种不同的文件（夹）链接方式（NTFS 的硬链接、目录联接、符号链接，和大家熟知的快捷方式）
mklink 使用 mklink 命令，你可以创建“硬链接（Hard Link）”、“目录联接（Junction Point）”和“符号链接（Symbolic Link）”。 有关使用 .NET/C# 来创建目录联接的方法，可以阅读我的另一篇博客： .NET 实现 NTFS 文件系统的硬链接 mklink /J（Junction） - walterlv 快捷方式 快捷方式是一个单纯 硬链接（Hard Link） 目录联接（Junction Point） 符号链接（Symbolic Link） 命令 mklink /H Link Target mklink /J Link Target 额外的坑 如果你在开始菜单里面有快捷方式指向了一个目录联接（Junction Point）中的文件，那么在 Windows 10 操作系统更新后这个快捷方式便会消失。 包输出目录来快速调试公共组件代码 - walterlv 参考资料 NTFS reparse point - Wikipedia windows - What is the difference between NTFS Junction
3.7K30编辑于 2023-10-22 - 来自专栏DrugOne
DGL | 基于深度图学习框架DGL的分子图生成
环境准备 PyTorch：深度学习框架 DGL：用于图上的深度学习，支持PyTorch、MXNet等多种深度学习框架 RDKit：用于构建分子图并从字符串表示形式绘制结构式 分子生成与Junction 药物发现的的目标是产生对疾病有效的药物，副作用更少且易合成 Junction Tree VAE JT-VAE (junction tree variational autoencoder) ? "Junction Tree Variational Autoencoder for Molecular Graph Generation." ICML. 2018.
2K20发布于 2021-01-28 - 来自专栏软件
还是用RSeQC对比对后的转录组数据做一下质控
geneBody_coverage.py geneBody_coverage2.py infer_experiment.py inner_distance.py insertion_profile.py junction_annotation.py junction_saturation.py mismatchprofile.pynormalizebigwig.pyoverlay_bigwig.py read_distribution.py read_duplication.py 用 来计算RNA-seq 在基因上的覆盖度，这里推荐对所有的样本的 文件一起运行该程序进行诊断，如图： junction_annotation.py: 输入一个 或 文件和一个 格式的参考基因文件,这个模块将根据参考基因模型计算剪切融合 (splice junctions)事件. splice read: 一个RNA read,能够被剪切一次或多次 splice junction:多个跨越同一个内含子的剪切事件能够合并为一个 . 一般来说，novel的junction区域总是有的，因为我们用的是ucsc的refseq参考注释集，本身就是不够完整的。
2.2K100发布于 2018-01-24 - 来自专栏生信修炼手册
环状RNA芯片简介
在定量的准确性上，高通量测序采用覆盖连接点的junction reads来作为环状RNA的表达量，由于环状RNA相比线性RNA占比低，且随机打断检测到junction reads的概率问题，导致高通量测序得到的环状 RNA表达量普遍较低，且样本间差异较大，往往只在某一个或者某几个样本中有表达，在其他样本中没有检测到；环状RNA芯片也是采用探针来捕获junction reads, 在不同样本中覆盖度较为均一，在大多数样本中都能够检测到环状
75910发布于 2019-12-19 - 来自专栏生信修炼手册
解密Hi-C数据分析中的分辨率
Hi-C基于传统的染色质构象捕获技术，在DNA连接时引入生物素标记分子，标记交联的染色质，然后富集带有生物素标记的junction reads, 再结合高通量测序和下游的生物信息学分析，可以在全基因组范围内研究染色质的空间互作关系 图中蓝色和红色对应的染色质区域有互作，黑色和黄色对应的染色质区域有互作，在对应的Hi-C文库中，我们可以得到如下所示的junction reads ? 将这些reads正确比对到参考基因组上之后，就可以确定对应的染色质区域之间存在互作，而对应的junction reads的数目越多，则代表两个区域交互作用发生的频率越高。 ?
3K20发布于 2019-12-19 - 来自专栏硅光技术分享
Y型分束器
., "Operation mechanism of the single-mode optical-waveguide Y junction", Opt. Lett. 7,136(1982) Y. Zhang, et.al., "A compact and low loss Y-junction for submicron silicon waveguide", Opt. Lin, et.al., "Broadband, low-loss silicon photonic Y-junction with an arbitrary power splitting ratio
4.7K40发布于 2020-08-13
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