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Juicer软件的安装详解
下载juicer源代码 从github上下载juicer和jcuda的源代码，放置到scripts目录下。juicer可以在单机或者集群系统上运行，其中间脚本也对应了不同的系统，示意如下 ? juicer/CPU scripts cd scripts/common wget https://hicfiles.tc4ga.com/public/juicer/juicer_tools.1.9.9_jcuda .0.8.jar ln -s juicer_tools.1.9.9_jcuda.0.8.jar juicer_tools.jar 4.
6.4K20发布于 2019-12-19 - 来自专栏鸿的学习笔记
机器学习库/包的比较
Adobe 11 LIBLINEAR Java和C ++ 库 大规模线性分类库 支持向量机和逻辑回归 CUDA 还没 Oracle 6 Mahout Java 环境/框架 构建可扩展算法的环境 浅层学习 JCUDA Cuda-covnet C ++ 库 用于神经网络应用的机器学习库 深度神经网络 CUDA Cuda-covnet2即将到来 0 Mallet Java 库 用于统计自然语言处理的包 浅层学习 JCUDA Spark和Hadoop 0 JSAT Java 库 统计分析工具 浅层学习 JCUDA Spark和Hadoop 0 MultiBoost C ++ 库 机器学习 Boosting算法 CUDA
1.2K20发布于 2018-08-06 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
Juicer: 辅助基因组组装
scripts链接ln -s juicer/CPU scripts # scripts 应该在juicer目录下# 切换目录cd scripts/common# 下载 juicer_tools.1.9.9_jcuda .0.8.jarwget -c https://hicfiles.tc4ga.com/public/juicer/juicer_tools.1.9.9_jcuda.0.8.jar# 创建符号链接ln - s juicer_tools.1.9.9_jcuda.0.8.jar juicer_tools.jar3.
1.1K10编辑于 2023-01-19 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
Juicer: HiC数据分析与辅助基因组组装
ln -s juicer/CPU scripts # scripts 应该在juicer目录下 # 切换目录 cd scripts/common # 下载 juicer_tools.1.9.9_jcuda .0.8.jar wget -c https://hicfiles.tc4ga.com/public/juicer/juicer_tools.1.9.9_jcuda.0.8.jar # 创建符号链接 ln -s juicer_tools.1.9.9_jcuda.0.8.jar juicer_tools.jar 3.
3.5K20编辑于 2023-02-27 第七章：CPU与GPU计算引擎实现
System.arraycopy(right, 0, result, left.length, right.length); return result; } } 7.3 GPU计算引擎实现 7.3.1 JCuda 环境配置 package com.jvector.compute; import jcuda.*; import jcuda.driver.*; import jcuda.runtime.*; import /** * 初始化GPU环境 */ private void initializeGpu() { try { // 初始化JCuda 本章详细介绍了CPU和GPU计算引擎的设计与实现： 架构设计： 统一的计算引擎接口 可插拔的计算后端 自适应引擎选择 CPU优化： SIMD指令集优化 Fork/Join并行计算 多线程性能调优 GPU加速： JCuda
22710编辑于 2025-08-06- 来自专栏超级架构师
【人工智能】机器学习工具总览
Mahout Java Environment/ Framework An environment for building scalable algorithms Shallow Learning JCUDA Cuda-covnet2 0 Mallet Java Library Package for statistical natural language processing Shallow Learning JCUDA Spark and Hadoop 0 JSAT Java Library Statistical Analysis Tool Shallow Learning JCUDA Spark and Hadoop
1.4K40编辑于 2023-01-05 算法之张量PCA：高维数据的解构艺术与升维智慧
= tucker(tensor, ranks=[2,2,2]) 手工计算三维张量展开 可视化不同秩的重构效果 高手进阶： 实现增量张量分解（流数据处理） 开发GPU加速版本（使用JCuda ） 研究张量网络压缩理论 // GPU加速核心代码（示例） public class GPUTensorPCA { static { JCuda.setExceptionsEnabled
18910编辑于 2025-10-14- 来自专栏优雅R
「Workshop」第二十五期 HiC数据分析简介
juicer/CPU scripts cd scripts/common wget https://hicfiles.tc4ga.com/public/juicer/juicer_tools.1.9.9_jcuda .0.8.jar ln -s juicer_tools.1.9.9_jcuda.0.8.jar juicer_tools.jar 至此，juicer的安装就基本完成了 juicer的使用 运行下面的代码
4.8K21编辑于 2022-01-21 - 来自专栏程序猿DD
将 GPU 级性能带到企业级 Java：CUDA 集成实用指南
我们将逐步讲解： • GPU 级加速对 Java 应用意味着什么 • 并发模型的差异以及为什么 CUDA 至关重要 • 将 CUDA 与 Java 集成的实用方法（JCuda、JNI 等） • 带有性能基准的上手用例 JCuda 是 CUDA 的直接 Java 绑定，同时暴露底层 API 与诸如 Pointer、CUfunction 等高层抽象。 或者，开发者也可使用 JCuda 或 JavaCPP CUDA 预设等库在不手写 JNI 的情况下访问 CUDA 功能。
16010编辑于 2025-12-24 第一章：向量搜索引擎概述与理论基础
1.8.1 基本要求 Java 8+：本项目使用Java 8作为基础版本 Maven 3.6+：用于项目构建和依赖管理 IDE：推荐使用IntelliJ IDEA或Eclipse 1.8.2 可选组件 JCuda
44010编辑于 2025-07-26首章：向量搜索引擎的设计思路概览
计算引擎架构设计 7.2 CPU计算引擎实现 7.2.1 基础实现 7.2.2 SIMD优化 7.2.3 多线程并行 7.2.4 Fork/Join框架应用 7.3 GPU计算引擎实现 7.3.1 JCuda
23011编辑于 2025-07-26JAVA高级面试面试---多线程优化技巧与实战
Java提供了多种GPU加速库（如JOCL、JCuda等），可以帮助开发者在Java程序中利用GPU的计算能力。
37121编辑于 2024-12-24- 来自专栏Albert陈凯
2019-08-17 awesome-java,JAVA开发的武器库
JCuda - JCuda offers Java bindings for CUDA and CUDA-related libraries.
2.4K30发布于 2019-11-15
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