- 综合排序
- 最热优先
- 最新优先
- 来自专栏小明的数据分析笔记本
JBrowse安装配置的一些教程
2 用JBrowse搭建基因组浏览器 3 Jbrowse 安装及使用说明 4 jbrowse centos安装过程 5 JBrowse使用说明：如何安装JBrowse 6 可能是最全的JBrowse基因浏览器介绍 我用的是Ubuntu系统 按照 JBrowse使用说明：如何安装JBrowse这篇教程中的步骤进行安装 用到的命令是 sudo mkdir /var/www/jbrowse sudo chown `whoami ` /var/www/jbrowse cd /var/www/jbrowse # unzip it and cd into it unzip JBrowse-1.16.9.zip cd JBrowse 我的nginx已经安装好了 在自己的电脑浏览器输入http://123.56.89.209/jbrowse/JBrowse-1.16.9/index.html? /jbrowse/JBrowse-1.16.9/* ./ 然后在自己本地电脑浏览器输入http://123.56.89.209/index.html?
1.5K10发布于 2020-07-24 - 来自专栏生信情报站
基因组浏览器 JBrowser 安装
details/104903255 5.搭建服务器 以安装 lampp 为例 https://blog.csdn.net/u011262253/article/details/70876900 6.安装 jbrowse cd /opt/lampp/htdocs curl -L -O https://github.com/GMOD/jbrowse/releases/download/1.16.8-release/JBrowse -1.16.8.zip unzip JBrowse-1.16.8.zip sudo mv JBrowse-1.16.8 /var/www/html/jbrowse cd /var/www/html sudo chown `whoami` jbrowse cd jbrowse .
1K10发布于 2021-01-13 - 来自专栏生信技能树
可能是最全的JBrowse基因浏览器介绍
JBrowse 安装 在JBrowse官网下载压缩包，最新的版本一共也就只有4.88 MB大小。 # 建立有写权限的目录sudo mkdir /var/www/jbrowse;sudo chown `whoami` /var/www/jbrowse;cd /var/www/jbrowse;# 下载最新的安装包 curl -O http://jbrowse.org/releases/JBrowse-1.12.1.zip# 解压之后进入目录unzip JBrowse-x.x.x.zipcd JBrowse-x.x.x JBrowse 主目录下的 CSS目录可以供你对网页的CSS属性进行更改；主目录下的 jbrowse.conf和 jbrowse_conf.json文件可以起到全局配置的作用；主目录下的 docs目录则包含了各种说明文档 JBrowse的URL如下所示： http://<server>/<path to jbrowse>?
10.3K82发布于 2018-03-08 - 来自专栏生信技能树
我测试了一下Jbrowse的安装及初步试用
前些天我们公众号元老，熊，投稿了关于Jbrowse的史上最全介绍，如下： 可能是最全的JBrowse基因浏览器介绍(请点击阅读) 最为生物信息学痴的我当然不能错过，今天终于找到了空隙时间来体验一把！ http://gmod.org/wiki/JBrowse_FAQ 我简单浏览了一下FAQ； 似乎我想的简单了，还是去我的linux里面安装吧~ 用的是下面的方法来安装jbrowse： ? data=sample_data/json/volvox http://biotrainee.com/jbrowse/JBrowse-1.12.1/index.html? /JBrowse-1.12.1/index.html? 结果展示如下： http://biotrainee.com/jbrowse/JBrowse-1.12.1/index.html?data=bowtie2_data ?
1.9K50发布于 2018-03-05 - 来自专栏生信技能树
生信编程直播第12题：json格式数据的格式化
json数据大家统一用我给的测试数据，自己在浏览器打开下载：http://biotrainee.com/jbrowse/JBrowse-1.12.1/sample_data/json/modencode 完成之后应该是：http://biotrainee.com/jbrowse/JBrowse-1.12.1/sample_data/json/modencode/modencodeMetaData.csv
1.2K100发布于 2018-03-08 - 来自专栏生信修炼手册
玩转基因组浏览器之初识IGV
基因组浏览器有很多种，常见的几种列表如下 UCSC Genome Browser Ensembl Genome Browser JBrowse IGV 其中前三者都是基于网页的，而IGV则提供了独立的安装包
2.2K40发布于 2020-05-07 - 来自专栏生信技能树
【资源分享】生物信息学编程实战
测试数据 http://biotrainee.com/jbrowse/JBrowse-1.12.1/sample_data/json/modencode/modencodeMetaData.json Perl say join ',', map ""$_"", @{$item}{@fields}; } } 参考结果 完成之后的结果应该是：http://biotrainee.com/jbrowse /JBrowse-1.12.1/sample_data/json/modencode/modencodeMetaData.csv 11 14：多个探针对应一个基因，取平均值、最大值 题目 编写脚本对多个探针对应一个基因
4.3K50发布于 2018-06-07 - 来自专栏Sentieon：文献解读
文献解读-LettuceGDB: The community database for lettuce genetics and omics
为提升用户体验，LettuceGDB整合了八个专业分析工具，包括Assembly Converter、Search Gene、BLAST、JBrowse、Primer Design和Gene Annotation
28810编辑于 2025-05-08 - 来自专栏生信宝典
国家生物信息中心在核酸研究发表单细胞DNA甲基化数据库—scMethBank
比如在搜索页面中我们指定遗传性乳腺癌相关基因BRCA1，通过表格最后一栏跳转至基因页面，页面展示了数据库中各种人类细胞类型在该基因上的平均甲基化水平，并可在JBrowse中进行交互式浏览和查看。
1K10编辑于 2022-01-18 - 来自专栏三代测序-说
全长转录组 | 三代全长转录之circRNA（ONT ）-- CIRI-long
从版本v1.1.0以后，CIRI-long包含misc/conver_bed.py 脚本，用户可以使用此脚本将 circRNA.info（gtf格式）转化为.bed格式，此.bed文件可以利用IGV或Jbrowse2
84920编辑于 2024-04-07 - 来自专栏生信技能树
给学徒ChIP-seq数据处理流程(附赠长达5小时的视频指导)
chip_rep1_2_sorted.bam -o ap2_chip_rep1_2.bw # ap2_chip_rep1_2_sorted.bam是前期比对得到的BAM文件 得到的bw文件就可以送去IGV/Jbrowse
13.6K43发布于 2018-09-21 - 来自专栏生信菜鸟团
读书笔记 | 第二部分 NGS 介绍和数据分析
常用的可视化工具包括综合基因组查看器（IGV）、Artemis、SeqMonk、JBrowse和Tablet。 UCSC和Ensembl基因组浏览器也通过添加自定义的BAM轨道提供了可视化选项。
98510编辑于 2024-11-23
腾讯云开发者
Copyright © 2013 - 2026 Tencent Cloud. All Rights Reserved. 腾讯云 版权所有
深圳市腾讯计算机系统有限公司 ICP备案/许可证号：粤B2-20090059 
粤公网安备44030502008569号
腾讯云计算（北京）有限责任公司 京ICP证150476号 | 京ICP备11018762号