12 install.packages("rJava") install.packages("~/Downloads/Rwordseg_0.2-1.tar", repos=NULL, type="source 1234567 install.packages("bitops") #RCurl的依赖 install.packages("~/Downloads/RCurl_1.95-4.1.tar", repos ="source") 1 install.packages("tm") 1 install.packages("~/Downloads/tmcn_0.1-3.tar", repos=NULL, type ="source") 12 install.packages("rJava") install.packages("~/Downloads/Rwordseg_0.2-1.tar", repos=NULL -9.tar", repos=NULL, type="source") 1 install.packages("tm") 1 install.packages("~/Downloads/tmcn_0.1
install.packages("tm") tmcn、Rwordseg、Rweibo是李舰等人开发的中文文本挖掘包。三个网页(官网)中提供了包说明与安装方法。但经测试,其中的安装方法不可用。 install.packages("~/Downloads/tmcn_0.1-3.tar", repos=NULL, type="source") Rwordseg依赖于rJava。 install.packages("rJava") install.packages("~/Downloads/Rwordseg_0.2-1.tar", repos=NULL, type="source install.packages("bitops") #RCurl的依赖 install.packages("~/Downloads/RCurl_1.95-4.1.tar", repos=NULL, type="source") install.packages("~/Downloads/XML_3.98-1.1.tar", repos=NULL, type="source") install.packages
require("ggplot2")) install.packages("ggplot2") if(! require("lars")) install.packages("lars") if(! require("glmnet")) install.packages("glmnet") if(! require("ggpubr")) install.packages("ggpubr") if(! require("ROCR")) install.packages("ROCR") if(! require("Hmisc")) install.packages("Hmisc") if(! require("caret")) install.packages("caret") # if(!
1 install.packages("tm") tmcn、Rwordseg、Rweibo是李舰等人开发的中文文本挖掘包。三个网页(官网)中提供了包说明与安装方法。但经测试,其中的安装方法不可用。 1 install.packages("~/Downloads/tmcn_0.1-3.tar", repos=NULL, type="source") Rwordseg依赖于rJava。 1 2 install.packages("rJava") install.packages("~/Downloads/Rwordseg_0.2-1.tar", repos=NULL, type=" 1 2 3 4 5 6 7 install.packages("bitops") #RCurl的依赖 install.packages("~/Downloads/RCurl_1.95-4.1.tar ") install.packages("~/Downloads/rjson_0.2.13.tar", repos=NULL, type="source") install.packages("
install.packages("rJava") install.packages("reshape2") install.packages("Rcpp") install.packages(" iterators") install.packages("itertools") install.packages("digest") install.packages("RJSONIO") install.packages("functional") 正常都一路通过! 一些电脑上需要添加的包如下: install.packages("caTools") 3、设置环境变量,安装HDFS。
R 包 install.packages("hwordcloud", dependencies = TRUE) install.packages("hchinamap", dependencies = TRUE) install.packages("hpackedbubble", dependencies = TRUE) install.packages("sankeywheel", dependencies = TRUE) install.packages("hrbrthemes", dependencies = TRUE) install.packages("tmap", dependencies = ('tidyquant', dependencies = TRUE) install.packages('rvest', dependencies = TRUE) install.packages('DT ', dependencies = TRUE) install.packages("basetheme", dependencies = TRUE) install.packages("ggchicklet
RpackagesR包安装按照BiocManager# 在 RStudio 中的 Console 中输入下面命令install.packages("BiocManager")修改Bioconductor "multtest")BiocManager::install("glmGamPoi")从CRAN中安装以下 包# 在 RStudio 中的 Console 中输入下面命令# 建议复制,因为大小写敏感install.packages ("tidyverse")install.packages("Matrix")install.packages("RCurl")install.packages("scales")install.packages ("cowplot")install.packages("Seurat")install.packages("metap")加载 包# 加载前,请确保上面包安装过程是成功的library(Seurat)
("vcd") install.packages("plotrix") install.packages("vioplot") install.packages("venn") install.packages ("RColorBrewer") install.packages("ggplot2") install.packages("ggExtra") install.packages("gcookbook" ) install.packages(c("carData","gridExtra")) install.packages("ggsci") install.packages("ggpubr") install.packages ("ggthemes") install.packages(c("Rwordseg","wordcloud2")) install.packages("pheatmap") install.packages ("qqman") install.packages("maps") install.packages("factoextra") install.packages("circlize") install.packages
Rpackages R包安装 按照BiocManager # 在 RStudio 中的 Console 中输入下面命令 install.packages("BiocManager") 修改Bioconductor multtest") BiocManager::install("glmGamPoi") 从CRAN中安装以下 包 # 在 RStudio 中的 Console 中输入下面命令 # 建议复制,因为大小写敏感 install.packages ("tidyverse") install.packages("Matrix") install.packages("RCurl") install.packages("scales") install.packages ("cowplot") install.packages("Seurat") install.packages("metap") 加载 包 # 加载前,请确保上面包安装过程是成功的 library(Seurat
requireNamespace("ggtree", quietly = TRUE)) install.packages("ggtree") if (! requireNamespace("ape", quietly = TRUE)) install.packages("ape") if (! requireNamespace("dplyr", quietly = TRUE)) install.packages("dplyr") if (! requireNamespace("tidyr", quietly = TRUE)) install.packages("tidyr") if (! requireNamespace("ape", quietly = TRUE)) install.packages("ape") if (!
('naniar') # install.packages('ggplot2') # install.packages('mice') # install.packages("pROC") # install.packages ("maxstat") # install.packages("survminer") # install.packages("survival") install.packages("discretization ('glmnet') # install.packages('MASS') # install.packages('survival') # install.packages('rms') # install.packages ('car') # install.packages('ggplot2') # install.packages('survminer') # install.packages('ggridges') # install.packages('pROC') # install.packages("plotROC") # install.packages("riskRegression") library
来源和安装方式是对应的,从哪里来/怎么安装 (1)CRAN网站 install.packages() (2)biocounductor. ('WGCNA') install.packages(c("FactoMineR", "factoextra")) install.packages(c("ggplot2", "pheatmap","ggpubr require(ggplot2))install.packages('ggplot2',update = F,ask = F) if(! require(ggpubr))install.packages('ggpubr',update = F,ask = F) if(! require(eoffice))install.packages("eoffice",update = F,ask = F) if(!
函数,一般使用都是install.packages('包名'),比如安装ROCR包就是install.packages('ROCR')。 install.packages会自动从CRAN下载ROCR包的最新源码,并执行编译安装。 即可以如下方式安装ROCR包: install.packages("https://cran.r-project.org/src/contrib/ROCR_1.0-11.tar.gz") 当然从网址、 _1.0-11.tar.gz", repos = NULL) 不过install.packages函数是可以自动推断出来这个参数的,它会自动加上,所以此处可以省略。 直接安装R包文件 install.packages("ROCR_1.0-7.tar.gz") # 情形2.
在控制台中输入以下命令来安装包:install.packages("包名")。例如,如果要安装ggplot2包,可以输入install.packages('ggplot2')。 3. ,GitHub网址:https://github.com/ # 安装并加载devtools install.packages("devtools") library(devtools) devtools install.packages("clusterProfiler", dependencies = TRUE) • 权限错误:没有足够的权限安装包到指定目录。 解决方法:卸载冲突的包或使用install.packages("包名", lib = "指定路径")来解决依赖关系。 • 包路径问题:指定的包路径错误。 解决方法:确保路径正确,或使用install.packages("包名", lib = "指定路径")来指定安装路径。 • 其他问题:如编译错误、系统环境问题等。
这里先使用rhdfs来简单介绍下r语言怎样读取较大的文件 2 首先安装rhdfs插件,由于R语言要调用java 因此需要安装rjava插件 install.packages("rJava") 其他插件需要时也可以安装 ,这里将后续需要的插件一起安装 install.packages("reshape2") install.packages("Rcpp") install.packages("iterators") install.packages ("itertools") install.packages("digest") install.packages("RJSONIO") install.packages(“functional") 3
2基础安装 我们最常使用的就是install.packages()函数,来安装CRAN上的R包。 我们可以选择将单个包作为变量传输进入,也可以通过向量的形式进行多个R包的安装。 2.1 安装单个R包 install.packages("tidyverse") install.packages("ggstatsplot") install.packages("ggVennDiagram ") ---- 2.2 安装多个R包 install.packages(c("tidyverse", "ggstatsplot", "ggVennDiagram")) 3生物信息R包的安装 我们一些常用的生信 require("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("DESeq2 4.1 举个栗子 # install.packages("devtools") devtools::install_github("Hy4m/linkET", force = TRUE) packageVersion
首先看了看最原始的安装方式: > install.packages("oncoPredict") Warning in install.packages : package ‘oncoPredict Version: 0.2 Depends: R (≥ 4.1.0) 哪怕是下载源代码进行安装,也是绕不过去这个版本依赖 : > install.packages('oncoPredict_0.2.tar.gz type="source") ERROR: this R is version 4.0.2, package 'oncoPredict' requires R >= 4.1.0 Warning in install.packages * removing ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/library/oncoPredict’ Warning in install.packages ) 然后就成功啦: > install.packages('oncoPredict',repos=NULL, type="source") * installing *source* package
3.2 安装Snowball >> install.packages(c('Snowball')) 其会提示该包没有找到,需要使用以下包: >> install.packages 3.3 安装tm >> install.packages(c('tm')) ? ? 3.4 安装RWeka >> install.packages(c('RWeka')) ? ? 3.5 安装Rwordseg 直接执行install.packages(c('Rwordseg'))将会报错,提示找不到此类包。 需要切换到install.packages("Rwordseg", repos ="http://R-Forge.R-project.org", type = "source"),从另外一个源中进行安装
3.2 安装Snowball >> install.packages(c('Snowball')) 其会提示该包没有找到,需要使用以下包: >> install.packages 3.3 安装tm >> install.packages(c('tm')) ? ? 3.4 安装RWeka >> install.packages(c('RWeka')) ? ? 3.5 安装Rwordseg 直接执行install.packages(c('Rwordseg'))将会报错,提示找不到此类包。 需要切换到install.packages("Rwordseg", repos ="http://R-Forge.R-project.org", type = "source"),从另外一个源中进行安装
require(ggplot2))install.packages('ggplot2',update = F,ask = F)#作图包if(! require(ggpubr))install.packages('ggpubr',update = F,ask = F)#作图包if(! require(eoffice))install.packages("eoffice",update = F,ask = F)#导出包if(! require(patchwork))install.packages("patchwork",update = F,ask = F)#拼图包#加载以检查是否安装成功library(ggplot2)library