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用ImageJ处理空间成像数据
今天给大家演示一下用ImageJ来处理空间图像数据，尽管这只是ImageJ众多功能中的一个。 ImageJ是由 National Institutes of Health（NIH）开发的一款基于 java的图像处理软件，在科研中应用极为广泛。 这时候可以选择对图形做背景校正，具体步骤如下： 效果如下： 处理后需要跑spaceranger需要将数据图片存储为TIFF格式，TIFF是唯一一种（除了“raw”原始格式）支持所有ImageJ的数据格式 ImageJ的教程如Seurat一般丰富，ImageJ实用教程汇总中安装讲到了插件开发，可以说比官网教程还要用心了。 轴向光照不均校正 伪彩与Calibration bar的添加 视频剪辑与制作 荧光比率图的制作 这里只截取了图像基本分析，更多分析可以看官网或者教程，注意，不是说要把ImageJ的所有功能都用一遍！！
1.8K20发布于 2021-10-21 - 来自专栏单细胞天地
用ImageJ处理空间成像数据
今天给大家演示一下用ImageJ来处理空间图像数据，尽管这只是ImageJ众多功能中的一个。 ImageJ是由 National Institutes of Health（NIH）开发的一款基于 java的图像处理软件，在科研中应用极为广泛。 ImageJ的教程如Seurat一般丰富，ImageJ实用教程汇总中安装讲到了插件开发，可以说比官网教程还要用心了。 具体来看ImageJ可以做哪些工作： 荧光照片的合并、分割 比例尺的批量添加 图像基本信息的获取 图片序列转GIF和视频 快速区域选取 明场图片白平衡 角度测量 背景校正 自动图片拼接 图像标注 电镜上色 轴向光照不均校正 伪彩与Calibration bar的添加 视频剪辑与制作 荧光比率图的制作 这里只截取了图像基本分析，更多分析可以看官网或者教程，注意，不是说要把ImageJ的所有功能都用一遍！！
1.7K30发布于 2021-01-25 - 来自专栏百味科研芝士
如何利用ImageJ进行荧光强度测量？
导言 ImageJ是一个很强大的图片处理工具，那么对于我们平时拍的带有荧光色彩的图片，想要测量荧光的强度用来进行定量描述，这些都可以用ImageJ来进行完成，如下图所示，我们可以对其进行荧光强度测定
31.6K11发布于 2020-09-22 - 来自专栏小汪Waud
使用 ImageJ 为你的照片添加比例尺
使用前，你需要准备以下内容 带有任意已知长度参照物的图片 ImageJ 所谓已知长度参照物，比如在图中放把尺子，又或者给盆栽拍照的时候，已知盆栽的直径等等，不管是拍照前就知道参照物的长度，还是拍照后再去测量参照物的长度
2.9K20编辑于 2023-09-18 - 来自专栏全栈程序员必看
将图像转换为8位通道_imagej像素和毫米转换
遥感图像一般像素深度比较高，基本的就是unit16了，但是如果想在OpenCV中正确使用，而且不丢失数据RGB三通道信息，就需要转为unit8才能进行其他分析。
1.3K10编辑于 2022-09-30 - 来自专栏贾志刚-OpenCV学堂
图像二值化-局部阈值方法汇总
常见的图像二值化局部自动阈值的方法有九种，在ImageJ的分支Fiji中已经全部实现，OpenCV中自适应阈值方法也实现了局部阈值的均值法与高斯均值法算法。 运行与各种方法介绍： 首先看一下ImageJ种九种二值化方法的运行演示： 原图 ? 对应基于各种局部二值化方法运行结果： ? Bernsen 实现了Bernsen算法，ImageJ中的代码实现是基于圆形的掩膜而不是标准算法中的矩形掩膜。 最初输入的对比度阈值(Contrast Threshold)为T=15，第二个参数在ImageJ的代码实现中没有用到。
9.8K101发布于 2018-04-04 用 ImageJ 对 Sebutape 贴片图像进行皮脂斑点自动量化分析（附参数设置与实战技巧）
作者：科采通｜标签：ImageJ、皮脂分析、Sebutape、生物图像处理、皮肤科学一、背景介绍在皮肤油脂（皮脂）研究中，Sebutape Patches 是一种常用的标准化采样工具。 借助 ImageJ，我们可以实现自动化、定量分析，输出数据用于科研统计或产品效果验证。二、准备工作1. 软件准备 ImageJ/Fiji（推荐使用 Fiji，内置插件更全） 下载地址：https://imagej.net/software/fiji/ 2. 八、结语借助 ImageJ，Sebutape Patches 不再只是“定性观察”的贴片，而是可以生成高精度定量数据的科研工具。对皮肤科研、功效测试、皮脂疾病建模都极具价值。
40600编辑于 2025-07-02Java 图片处理简易指南
ImageJ：用于科学图像分析的Java开源图像处理工具。二、使用Java AWT和Java 2D进行图像处理2.1 加载和显示图像使用Java AWT和Java 2D API加载和显示图像非常简单。 进行科学图像分析ImageJ是一个开源的Java图像处理工具，广泛用于科学图像分析。 以下介绍如何使用ImageJ进行一些基本的图像处理任务。5.1 安装和配置ImageJ首先，需要从这里下载并安装ImageJ。然后，可以在项目中使用ImageJ的Java库。 5.2 使用ImageJ进行图像读取和显示以下是一个使用ImageJ读取和显示图像的示例：import ij.IJ;import ij.ImagePlus;public class ImageJImageDisplay 进行图像分析ImageJ提供了丰富的图像分析工具，可以用于细胞计数、粒子分析等。
92210编辑于 2024-08-02- 来自专栏贾志刚-OpenCV学堂
图像二值化方法汇总介绍
ImageJ中图像二值化方法介绍 概述 二值图像分析在对象识别与模式匹配中有重要作用，同时也在机器人视觉中也是图像处理的关键步骤，选择不同图像二值化方法得到的结果也不尽相同。 imageJ重要开源分支Fiji中已经实现了全局自动阈值16种方法。 ImageJ演示 首先来看一下原图，是一张人体细胞组织的图像，显示如下： ? MaxEntropy（最大熵值分割）： 基于Kapur-Sahoo-Wong的《Maximum Entropy thresholdingmethod》方法实现该算法，ImageJ Fiji中已经实现。 除了ImageJ中已有实现，此方法在MATLAB中也有实现。
5.2K50发布于 2018-04-04 - 来自专栏一心无二用，本人只专注于基础图像算法的实现与优化。
【短道速滑三】去除图像竖直（垂直）条纹算法
我这里提出两个解决方案： 方案1： 使用带通滤波器，基于FFT的，这个应该是最为标准的答案，详细的参考代码可以见ImageJ软件的BandPass Filer，具体路径为ImageJ\source 上面的处理后的图像还有些模糊，原因是ImageJ这个插件对其他位置的频谱也处理掉了一些（上面有图的Filter除水平黑线之外的其他黑色区域），如果用于工业实践，可再次适当修改下代码。
2.3K10发布于 2020-07-27 - 来自专栏聊点学术
【免疫组化分析法】色彩分割+机器学习！
（image J开源软件下载地址：https://imagej.net/Fiji） (IHC Toolbox下载地址：https://imagej.nih.gov/ij/plugins/ihc-toolbox
3.1K10发布于 2020-09-23 - 来自专栏一心无二用，本人只专注于基础图像算法的实现与优化。
【工程应用六】 继续聊一聊高效率的模板匹配算法（分水岭助威+蒙版提速）。
我尝试把几个测试图的顶层金字塔的得分数转换为图像，分别如下所示： 可以看到，他们都是类似的这种有局部最亮点的图像，那如何用算法实现呢，后来我在ImageJ里发现一个功能（如上图所示界面的Process 菜单下的FindMaxma），基本就是这个功能的翻版： 于是我就去ImageJ里找这个算法的代码，在MaximumFinder.java里找到了相关的资料，代码有1300多行，说垛也不多，不过我去描了一下 ，还是过于复杂了，关键是没有相关参考文章，无法理解其代码的意义，不过一个核心的意思就是利用了分水岭算法，并且ImageJ里的一些二值分割算法里也用到这个。 知道了他是用的分水岭算法，那就好办了，我同样在ImageJ的网站了找到了这个：https://imagej.nih.gov/ij/plugins/watershed.html，他提供了最原始的分水岭实现代码
2.1K40编辑于 2022-05-18 - 来自专栏生信菜鸟团
如何打开dat文件之从mrxs图像到细胞识别
ImageJ/FIJI 可以用ImageJ/FIJI直接衔接从CaseViewer导出的tif文件吗？ 当然没问题！
3K10编辑于 2025-04-10 - 来自专栏Python人工智能优质搜罗
【建议收藏】实用CV开源项目汇总
GitHub地址：https://github.com/Roujack/mathAI 03 Imagepy 基于像imagej之类的插件的图像处理框架，可以说粘合scipy.ndimage，scikit-image
58110编辑于 2022-05-23 - 来自专栏一心无二用，本人只专注于基础图像算法的实现与优化。
【算法随记四】自动色阶、对比度、直方图均衡等算法的一些小改进。
对于直方图均衡化的改进，我在ImageJ的代码中找到这样一段话： // Changes the tone curves of images. // It should bring up the This code was contributed by Richard Kirk (rak@cre.canon.co.uk). // ImageJ\source\ij\plugin\ContrastEnhancer.java
1.2K11发布于 2019-09-11 - 来自专栏ISP图像处理相关
图像条纹噪声消除
是水平方向掩膜，h_2 = h_1^{'}是垂直方向掩膜，*代表卷积 基于频率滤波 首先通过傅里叶变换从空域转到时域，在时域与高斯低通/带通滤波器进行卷积，进行低通/带通滤波，剔除高频信息或者指定位置的信息，通过imageJ 图、imageJ软件处理步骤 损失了一部分细节，频域滤波器的参数可以精调 基于空域滤波 非均匀校正算法具有普遍性，对于条纹噪声，有时达不到满意的效果。
2.6K10编辑于 2022-01-14 - 来自专栏AI算法与图像处理
【建议收藏】实用CV开源项目汇总
GitHub地址：https://github.com/Roujack/mathAI 03 Imagepy 基于像imagej之类的插件的图像处理框架，可以说粘合scipy.ndimage，scikit-image
80420编辑于 2022-05-19 - 来自专栏贾志刚-OpenCV学堂
自动色阶、对比度、直方图均衡等算法的一些小改进
对于直方图均衡化的改进，我在ImageJ的代码中找到这样一段话： // Changes the tone curves of images. // It should bring up the This code was contributed by Richard Kirk (rak@cre.canon.co.uk). // ImageJ\source\ij\plugin\ContrastEnhancer.java
1.9K31发布于 2019-08-21 - 来自专栏云深之无迹
Orbbec Viewer输出格式探究
下面使用imageJ打开，可以选择一些自定义 格式raw 选择参数 8 位无符号整数 16 位有符号整数（通过添加 32,768 转换为无符号整数） 16 位无符号整数 32 位有符号整数（转换为浮点数 bmp相对的就简单很多 https://imagej.nih.gov/ij/docs/menus/file.html#raw https://www.cnblogs.com/onepixel/p/7468343
1.2K20编辑于 2021-12-08 - 来自专栏BestSDK
不知道这21 款插件，别说你用过Eclipse
ImageJ Eclipse 通常情况的使用者是程序员，但是随着计算机渗透到更多科学领域，越来越多科学家+程序员双重身份的人开始涌现。的确，你很难找到一个完全不会写代码的科学家。 ImageJ(https://marketplace.eclipse.org/content/imagej-plugin) 是一个强大的图像分析程序，它彻底改变了大量视觉数据的收集方式。
2K100发布于 2018-03-02
腾讯云开发者
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