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R海拾遗_hdf5r包
为大数据而生hdfr5 概述 hdf5文件是一种大数据存储结构，除了目前介绍的hdf5r包之外，同时cran中的h5包，Bioconductor中的rhdf5也能够实现类似的功能。 简单开始 创建文件、分组和数据集 library(hdf5r) # 创建一个临时hdf5文件 test_filename <- tempfile(fileext = ".h5") # 读取hdf5文件，
1.8K10发布于 2021-02-05 - 来自专栏生信技能树
要学会say no
install.packages(update[instlib == l, "Package"], l, repos = repos, : installation of package ‘ hdf5r Package"], l, repos = repos, : installation of package ‘ RcppArmadillo ’ had non-zero exit status 既然 hdf5r 和 RcppArmadillo包报错了，就先安装它们，首先是hdf5r ， 第一次尝试安装它： > BiocManager::install('hdf5r') 'getOption("repos")' (Yes/no/cancel) yes installing the source package ‘hdf5r’ 然后可怕的事情就出来了： configure: error: hdf5 does not [a/s/n]: n > library(hdf5r) Attaching package: ‘hdf5r’ 也就是说在最开始面临是否编译的选择，只需要 选择no就好了 ： Do you want
1.2K20发布于 2021-04-30 - 来自专栏生物信息学_troubleshooting
read h5 files
整理了几种读取h5 file的方法#Method1 to read .h5 filelibrary(Seurat)library(hdf5r)GSM4411701 <- Read10X_h5(". /GSM4453619_Control1_HPAP022_molecule_info.h5")#Method2 to read .h5 file{ library(hdf5r) h5_data <- hdf5r::H5File$new('GSM4411701_ca02_filtered_gene_bc_matrices_h5.h5',mode = 'r') feature_matrix <- GSM4453619_Control1_HPAP022_molecule_info.h5",name = "umi")}#Method4: process non-standard h5 files{library(hdf5r
30910编辑于 2024-12-18 - 来自专栏生信技能树
在Ubuntu下安装旧版seurat
"tidyr", "ggridges", "metap", "lmtest", "fitdistrplus", "png", "doSNOW", "reticulate", "foreach", "hdf5r libmariadb-client-lgpl-dev libcurl4-openssl-dev libudunits2-dev 安装好必备库之后，再安装R包： pkgs=c('curl','openssl','hdf5r ','httr','plotly') BiocManager::install(pkgs,ask = F,update = F) 关于hdf5r的失败 谷歌没有找到答案，重新看日志，同样是缺库： sudo apt-get install libhdf5-dev 再次安装hdf5r就可以成功。 pkgs='hdf5r' BiocManager::install(pkgs,ask = F,update = F) 最后成功安装旧版seurat packageurl <- "https://cran.r-project.org
2.4K10发布于 2019-07-30 - 来自专栏深度学习
【2023最新版】R安装（直接+Anaconda）及使用（Pycharm配置R）教程
R软件包 安装 install.packages("hdf5r") 加载 library(hdf5r) 加载hdf5r包后，才可以使用它提供的函数和方法。
1.1K10编辑于 2024-07-29 - 来自专栏单细胞
ShinyCell： 随手画出细胞比例图，不会单细胞分析的小白也可以做可视化分析
下面进入实战 1 安装r包 reqPkg = c("data.table", "Matrix", "hdf5r", "reticulate", "ggplot2", "gridExtra reticulate::py_install("anndata")reqPkg = c("shiny", "shinyhelper", "data.table", "Matrix", "DT", "hdf5r
73410编辑于 2024-03-22 - 来自专栏生信技能树
随心所欲对指定R包进行升级与降级
, type="source") 这样做的后果是，很多该包的依赖包需要自行安装； ERROR: dependencies ‘mixtools’, ‘lars’, ‘dtw’, ‘doSNOW’, ‘hdf5r for package ‘Seurat’ 代码是： remove.packages('Seurat') pkgs = c( 'mixtools', 'lars', 'dtw', 'doSNOW', 'hdf5r
8.8K10发布于 2019-07-30 - 来自专栏单细胞天地
僵小鱼的故事
Scanpy读取loom文件转换为能够操作的anndata对象 要是实现上面的两个简单的步骤还需要安装一些R和python包，需要安装的有以下几个，如果已经安装了，忽略就好： •R包：seurat[7]•R包：hdf5r satijalab.org/seurat/v3.1/conversion_vignette.html [7] seurat: https://satijalab.org/seurat/install.html [8] hdf5r : https://github.com/hhoeflin/hdf5r [9] loomR: https://satijalab.org/loomR/loomR_tutorial.html [10] scater
1.6K20发布于 2020-03-30 - 来自专栏R语言交流中心
R语言之双细胞检测工具DoubletFinder
devtools::install_github('chris-mcginnis-ucsf/DoubletFinder') install.packages(“Seurat”) install.packages('hdf5r 5k_pbmc_v3_nextgem_filtered_feature_bc_matrix.h5 1.数据的预处理 library(Seurat) library(DoubletFinder) library(hdf5r
9.9K11编辑于 2022-11-21 - 来自专栏生信菜鸟团
单细胞不同格式数据转换——sceasy包
==0.6.19 scipy==1.2.1 -c bioconda conda install loompy -c bioconda 安装所需的R包 library(Seurat) library(hdf5r
6.3K21编辑于 2023-08-23 0单细胞单样本读取方法
#seu.obj是一个seurat对象class(ct)class(seu.obj).h5格式的读取展开代码语言：TXTAI代码解释library(Seurat)#install.packages("hdf5r
13910编辑于 2026-01-14- 来自专栏单细胞天地
单细胞分析工具||ShinyCell交互式展示单细胞数据
安装R包 # (1) 安装ShinyCell所需的依赖包 reqPkg = c("data.table", "Matrix", "hdf5r", "reticulate", "ggplot2", install.packages(newPkg)} # (2) 安装运行shiny所需的R包 reqPkg = c("shiny", "shinyhelper", "data.table", "Matrix", "DT", "hdf5r
2.7K60编辑于 2023-08-31 - 来自专栏单细胞
单细胞Seruat和h5ad数据格式互换(R与python)方法学习和整理
SeruatV4数据转化为h5ad格式数据1、导入(R)rm(list = ls())library(Seurat)library(qs)library(reticulate)library(hdf5r Resources/seurat5/".libPaths(V5_path).libPaths()library(Seurat)library(qs)library(reticulate)library(hdf5r
1.2K00编辑于 2024-09-27 - 来自专栏生信技能树
一步一个坑：单细胞数据的h5ad格式转换成R可读取对象
‘SeuratDisk’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]): 不存在叫‘hdf5r options("repos"=c(CRAN="https://mirrors.westlake.edu.cn/CRAN/")) # 安装 devtools::install_github("hhoeflin/hdf5r
4.8K11编辑于 2025-02-20 - 来自专栏火星娃统计
大数据存储_hdf5 简介
Attributes 与hdf5文件关联的文件，包含两个部分，名字和值，通俗点讲就是一个描述文件 语言支持 C语言 python的h5py模块（备用） R语言基于R6对象的hdf5r包（主要） 结束语
7.3K10发布于 2021-02-05 - 来自专栏单细胞
基于Seurat的空转单样本数据分析流程学习(六)-CNV分析
(list = ls())library(SPATA2)library(tidyverse)library(Seurat)library(future)library(ggplot2)library(hdf5r
30500编辑于 2025-10-12 - 来自专栏单细胞天地
读取loom格式的单细胞文件
现在我们来演示一下如何读取loom格式的单细胞文件，首先需要安装并且加载一些包： library(hdf5r) library(loomR) library(LoomExperiment) # remotes
4.3K32编辑于 2022-01-17 - 来自专栏生信菜鸟团
Seurat Weekly NO.13 || 依赖关系与维护
RcppProgress" $Suggests [1] "ape" "rsvd" "testthat" "hdf5r
1.7K10发布于 2021-04-29 - 来自专栏生信探索
monocle3轨迹分析
SingleCellExperiment', 'SummarizedExperiment', 'batchelor', 'HDF5Array', 'terra', 'ggrastr',"hhoeflin/hdf5r
1.1K00编辑于 2023-04-24 - 来自专栏生信探索
monocle3轨迹分析
SingleCellExperiment', 'SummarizedExperiment', 'batchelor', 'HDF5Array', 'terra', 'ggrastr',"hhoeflin/hdf5r
2.2K30编辑于 2023-04-27
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