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【R语言】热图绘制-heatmap+gplots配色方案
这个R包里面的配色方案 ☞R语言中的颜色(二)-gplots包 首先我们还是先读取需要的数据，这里用到的数据跟【R语言】热图绘制-heatmap函数用到的数据是一样的 #读取所有miRNA的表达矩阵 expr 这个R包，因为需要用到里面的配色方案 #如果没有安装gplots这个包，需要先去掉下一行中的#，再运行进行安装 #install.packages("gplots") #加载gplots包 library (gplots) 最后我们就可以来利用heatmap和gplots里面的配色方案来绘制火山图了 1.采用gplots包中的redblue配色方案，蓝色高表达，红色低表达 heatmap(data, cexCol ="row",col = bluered(100)) 3.采用gplots包中的redgreen配色方案，绿色高表达，红低表达 heatmap(data, cexCol = 1,scale="row" ,col = redgreen(100)) 4.采用gplots包中的greenred配色方案，红色高表达，绿低表达 heatmap(data, cexCol = 1,scale="row",col
3.2K20编辑于 2022-09-21 - 来自专栏yw的数据分析
gplots heatmap.2和ggplot2 geom_tile实现数据聚类和热图plot
ggplot2 数据处理成矩阵形式，给行名列名 hclust聚类，改变矩阵行列顺序为聚类后的顺序 melt数据，处理成ggplot2能够直接处理的数据结构，并加上列名 ggplot_tile进行画图 gplots library(gplots) library(data.table) CN_DT <- fread("/home/ywliao/project/Gengyan/ONCOCNV_result/ONCOCNV_all_result.txt
5.2K70发布于 2018-04-28 - 来自专栏用户7627119的专栏
R语言中的颜色(二)
这一期我给大家介绍一下gplots这个R包中的配色方案。 gplots包里面也包含了一些颜色相关的函数 colorpanel(n, low, mid, high) redgreen(n) greenred(n) bluered(n) redblue(n) 我们结合一个具体的例子来看下 ，这里的n是要生成的颜色的个数 #如果没有安装gplots这个包，需要先去掉下一行中的#，再运行进行安装 #install.packages("gplots") library(gplots) #两行两列 library(gplots) #一行两列，可以摆放两张图 par(mfrow = c(1, 2)) #绿色到红色渐变，生成20个颜色 pie(rep(1, 20), col = colorpanel(
1K20编辑于 2022-09-21 - 来自专栏用户7627119的专栏
【R语言】热图绘制-heatmap+grDevice配色方案
前面给大家介绍了如何使用R自带的heatmap函数+R自带的配色方案来绘制热图 ☞【R语言】热图绘制-heatmap函数 ☞R语言中的颜色(一)-自带的调色板 也给大家介绍了如何使用R自带的heatmap函数+gplots 的配色方案来绘制热图 ☞R语言】热图绘制-heatmap+gplots配色方案 ☞R语言中的颜色(二)-gplots包 今天我们接着来聊heatmap这个函数绘制热图，这次我们使用grDevice这个 课程网址： https://ke.qq.com/course/package/37513 参考资料： ☞【R语言】热图绘制-heatmap函数+默认配色方案 ☞【R语言】热图绘制-heatmap+gplots 配色方案 ☞R语言中的颜色(一)-自带的调色板 ☞R语言中的颜色(二)-gplots包 ☞R语言中的颜色(三)-grDevice包 ☞ 超详细的热图绘制教程(5000余字)，真正的保姆级教程 ☞
1.5K10编辑于 2022-09-21 - 来自专栏拓端tecdat
R语言画ROC曲线总结
library(ROCR)## Loading required package: gplots## ## Attaching package: 'gplots'## The following object df$labels)perf <- performance(pred,"tpr","fpr")plot(perf,colorize=TRUE) ## Loading required package: gplots ## ## Attaching package: 'gplots' ## The following object is masked from 'package:stats':## ## lowess
1.5K10发布于 2020-08-14 - 来自专栏用户7627119的专栏
【R语言】热图绘制-heatmap+RColorBrewer配色方案
R自带的heatmap函数+R自带的配色方案来绘制热图 ☞【R语言】热图绘制-heatmap函数+默认配色方案 ☞R语言中的颜色(一)-自带的调色板 也给大家介绍了如何使用R自带的heatmap函数+gplots 的配色方案来绘制热图 ☞【R语言】热图绘制-heatmap+gplots配色方案 ☞R语言中的颜色(二)-gplots包 也给大家介绍了如何使用R自带的heatmap函数+grDevice的配色方案来绘制热图 课程网址： https://ke.qq.com/course/package/37513 参考资料： ☞【R语言】热图绘制-heatmap函数+默认配色方案 ☞【R语言】热图绘制-heatmap+gplots 配色方案 ☞【R语言】热图绘制-heatmap+grDevice配色方案 ☞R语言中的颜色(一)-自带的调色板 ☞R语言中的颜色(二)-gplots包 ☞R语言中的颜色(三)-grDevice包 ☞R
6K20编辑于 2022-09-21 - 来自专栏生信技能树
在Python里面如何达到R的gplots包的balloonplot函数对table后的列联表的可视化效果
我们做单细胞转录组数据分析的时候尤其是喜欢使用这个函数，比如我们的多个样品整合后细分到亚群，然后在R的gplots包的balloonplot函数对table后的列联表的可视化效果如下所示： R的gplots 编程语言里面实现这个过程，首先是需要把R里面的数据导出来： load('phe.Rdata') colnames(phe) write.csv(phe[,c(1,16)],file = 'phe.csv') gplots
97610编辑于 2024-11-21 - 来自专栏生信技能树
很多时候你就是不知道如何提问
但是最近看CNS图表复现，就是：你要的rmarkdown文献图表复现全套代码来了（单细胞）,发现一个超级好的函数，就是gplots包的balloonplot函数，可以非常方便的比较seurat分群以及singleR library(SingleR) pro='only_immune' load(file= paste0(pro,'_sce_output_of_seurat_singleR.Rdata')) require(gplots 而且gplots包的balloonplot函数并不是唯一的可视化方法，也可以是热图可视化： tab.1 <- tab.1[,names(which(colSums(tab.1) !
53430发布于 2020-09-14 - 来自专栏生信技能树
展示细胞比例变化之balloonplot和马赛克图
而我展现这一现象使用的可视化方法就是balloonplot函数啦，它来自于gplots这个包！ ciliated airway epithelial cells (Ciliated; TPPP3+) balloonplot可视化 前面我们提到过可视化方法就是balloonplot函数啦，它来自于gplots library(gplots) balloonplot(table(cancer,p)) 效果如下所示： ?
1.1K40发布于 2021-07-06 - 来自专栏用户7627119的专栏
【R语言】heatmap显示样本类型
前面分了四期类型给大家讲了绘制热图时的配色方案 ☞【R语言】热图绘制-heatmap函数+默认配色方案 ☞【R语言】热图绘制-heatmap+gplots配色方案 ☞【R语言】热图绘制-heatmap 课程网址： https://ke.qq.com/course/package/37513 参考资料： ☞【R语言】热图绘制-heatmap函数+默认配色方案 ☞【R语言】热图绘制-heatmap+gplots ☞【R语言】热图绘制-heatmap+grDevice配色方案 ☞【R语言】热图绘制-heatmap+RColorBrewer配色方案 ☞R语言中的颜色(一)-自带的调色板 ☞R语言中的颜色(二)-gplots
90610编辑于 2022-09-21 - 来自专栏作图丫
可以旋转的3D韦恩图你见过吗？
yellow', 'gray'),#填充颜色 alpha = 0.6,#填充颜色的透明度 col = 'black',#边框颜色 cex = 1,#文本大小 margin = 0.05#边缘距离 ) 02 gplots 包，2~5个数据集 install.packages("gplots");library(gplots) tmp <- venn(venn_list, #show.plot=T，#是否显示图片 #simplify
96510编辑于 2022-03-29 - 来自专栏百味科研芝士
可以旋转的3D韦恩图你见过吗？
02 gplots包，2~5个数据集 install.packages("gplots");library(gplots) tmp <- venn(venn_list, #show.plot=T，#是否显示图片
1.5K30发布于 2020-10-09 - 来自专栏菜鸟学数据分析之R语言
R语言-单因素分析
当包含的因子是解释变量时我们关注的重点通常会从预测转向组别的差异的分析，这种分析方法称作方差分析(ANOVA) ，除了R中的基础包，还需要加载car、gplots、HH、rrcov和mvoutlier包 10.4 --- Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 > library(gplots gplots包中的plotmeans（）可以用来绘制带有置信区间的组均值图形，图形展示带有95%的置信区间的各疗法均值，可以清楚的看到它们之间的差异。
1.4K20发布于 2020-08-06 - 来自专栏用户7627119的专栏
R语言中的颜色(三)-grDevice包
前面给大家介绍了 1.R语言中的颜色(一)-自带的调色板 2.R语言中的颜色(二)-gplots包 今天小编再来跟大家聊聊R中的另一个跟颜色相关色的R包grDevice 这个R包提供两个颜色相关的函数 参考资料： 1.R语言中的颜色(一)-自带的调色板 2.R语言中的颜色(二)-gplots包
82220编辑于 2022-09-21 - 来自专栏用户7627119的专栏
R语言中的颜色(四)-RColorBrewer包
前面给大家介绍了 1.R语言中的颜色(一)-自带的调色板 2.R语言中的颜色(二)-gplots包 3.R语言中的颜色(三)-grDevice包 今天小编再来跟大家聊聊R中的另一个跟颜色相关色的 参考资料： 1.R语言中的颜色(一)-自带的调色板 2.R语言中的颜色(二)-gplots包 3.R语言中的颜色(三)-grDevice包
3.9K10编辑于 2022-09-21 - 来自专栏拓端tecdat
R语言画ROC曲线总结
library(ROCR)## Loading required package: gplots#### Attaching package: 'gplots'## The following object
1.8K10发布于 2021-01-13 - 来自专栏生信小驿站
差异分析③
热图 使用来自gplots软件包的heatmap.2函数，从基础对比LP对比度的顶部100个DE基因（按调整的p值排列）创建热图。 library(gplots) basal.vs.lp.topgenes <- basal.vs.lp$ENTREZID[1:100] i <- which(v$genes$ENTREZID %in%
96930发布于 2018-08-27 - 来自专栏生信技能树
展示细胞比例变化之桑基图
当时我展现这一现象使用的可视化方法就是balloonplot函数啦，它来自于gplots这个包！ :5),n[1:5]), sample(paste0('p',1:5),sum(n[6:9]),replace = T)) table(p) table(cancer,p) library(gplots
1.3K20发布于 2021-07-06 - 来自专栏生信技能树
殊路同归的关键单细胞亚群鉴定算法
pos_UCell) b1=table(sc_dataset$pos_UCell> fivenum(sc_dataset$pos_UCell)[4], sc_dataset$celltype) gplots scissor) b1=table(sc_dataset$pos_UCell> fivenum(sc_dataset$pos_UCell)[4], sc_dataset$scissor) gplots
41920编辑于 2023-11-03 - 来自专栏生物信息云
R语言基础绘图教程——第3章：折线图和带状图
但是这样感觉还是不好看，我们可以利用gplots包设置2种颜色，数值高为一种，数值低为一种，中间就为这2种颜色的渐变色。和热图的渐变色一样。 library(gplots) color <- colorpanel(20,low="red", mid="green", high="red") points(x,y,col=color,pch=16
5.8K20发布于 2019-08-09
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